testsrc/testdata/MuscleParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
   4     <options isRequired="false">\r
   5         <name>Group sequences</name>\r
   6         <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
   7         <optionNames>-group</optionNames>\r
   8         <optionNames>-stable</optionNames>\r
   9         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  10         <defaultValue>-stable</defaultValue>\r
  11     </options>\r
  12     <options isRequired="false">\r
  13         <name>Anchor optimisation</name>\r
  14         <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
  15         <optionNames>-anchors</optionNames>\r
  16         <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
  17         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  18         <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
  19     </options>\r
  20     <options isRequired="false">\r
  21         <name>Root alignment computation method</name>\r
  22         <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
  23         <optionNames>-brenner</optionNames>\r
  24         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  25     </options>\r
  26    <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support \r
  27    <options isRequired="false">\r
  28         <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
  29         <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
  30         <optionNames>-cluster</optionNames>\r
  31         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  32    </options>\r
  33     -->\r
  34    <options isRequired="false">\r
  35         <name>dimer</name>\r
  36         <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
  37         <optionNames>-dimer</optionNames>\r
  38         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  39    </options>\r
  40     <options isRequired="false">\r
  41         <name>Diagonal</name>\r
  42         <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
  43         <optionNames>-diags</optionNames>\r
  44     </options>\r
  45     <options isRequired="false">\r
  46         <name>Diagonal 1</name>\r
  47         <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
  48         <optionNames>-diags1</optionNames>\r
  49     </options>\r
  50    <options isRequired="false">\r
  51         <name>Profile scoring method</name>\r
  52         <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
  53                                  sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
  54                                  sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
  55         <optionNames>-le</optionNames>\r
  56         <optionNames>-sp</optionNames>\r
  57         <optionNames>-sv</optionNames>\r
  58         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  59                 <defaultValue>-le</defaultValue>\r
  60     </options>\r
  61     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  62         <parameters isRequired="false">\r
  63         <name>Sequence type</name>\r
  64         <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
  65         <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
  66         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  67         <defaultValue>auto</defaultValue>\r
  68         <possibleValues>auto</possibleValues>\r
  69         <possibleValues>protein</possibleValues>\r
  70         <possibleValues>nucleo</possibleValues>\r
  71     </parameters>\r
  72         <parameters isRequired="false">\r
  73         <name>Maxiters</name>\r
  74         <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
  75         <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
  76         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  77         <defaultValue>16</defaultValue>\r
  78         <validValue>\r
  79                 <type>Integer</type>\r
  80             <min>1</min>\r
  81             <max>100</max>\r
  82         </validValue>\r
  83     </parameters>\r
  84  <!-- \r
  85         <parameters isRequired="false">\r
  86         <name>Matrix</name>\r
  87         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
  88         <optionNames>-matrix</optionNames>\r
  89         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  90         <defaultValue>blosum62</defaultValue>\r
  91         <possibleValues>blosum62</possibleValues>\r
  92         <possibleValues>pam250</possibleValues>\r
  93         <possibleValues>pam100</possibleValues>\r
  94     </parameters>\r
  95      -->\r
  96     <parameters>\r
  97         <name>Gap open penalty</name>\r
  98         <description>Gap opening penalty.  Must be negative</description>\r
  99         <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
 100         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 101         <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
 102         <validValue>\r
 103                 <type>Float</type>\r
 104             <min>-100</min>\r
 105             <max>0</max>\r
 106         </validValue>\r
 107     </parameters>\r
 108     <parameters>\r
 109         <name>Gap extension penalty</name>\r
 110         <description>Gap extension penalty.  Must be negative</description>\r
 111         <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
 112         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 113         <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
 114         <validValue>\r
 115                 <type>Float</type>\r
 116             <min>-100</min>\r
 117             <max>0</max>\r
 118         </validValue>\r
 119     </parameters>\r
 120     <parameters>\r
 121         <name>Center</name>\r
 122         <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
 123         <optionNames>-center</optionNames>\r
 124         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 125         <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
 126         <validValue>\r
 127                 <type>Float</type>\r
 128             <min>-100</min>\r
 129             <max>0</max>\r
 130         </validValue>\r
 131     </parameters>\r
 132     <parameters>\r
 133         <name>Hydro</name>\r
 134         <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
 135         <optionNames>-hydro</optionNames>\r
 136         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 137         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 138         <validValue>\r
 139                 <type>Integer</type>\r
 140             <min>0</min>\r
 141             <max>100</max>\r
 142         </validValue>\r
 143     </parameters>\r
 144     <parameters>\r
 145         <name>Hydrofactor</name>\r
 146         <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
 147         <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
 148         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 149         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 150         <validValue>\r
 151                 <type>Float</type>\r
 152             <min>0</min>\r
 153             <max>10</max>\r
 154         </validValue>\r
 155     </parameters>\r
 156         <parameters isRequired="false">\r
 157         <name>cluster1</name>\r
 158         <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
 159         <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
 160         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 161         <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
 162         <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
 163     </parameters>\r
 164         <parameters isRequired="false">\r
 165         <name>cluster2</name>\r
 166         <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
 167         <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
 168         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 169         <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
 170         <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
 171         <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
 172     </parameters>\r
 173     <parameters isRequired="false">\r
 174         <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
 175         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
 176                 none=all sequences have equal weight.\r
 177                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 178                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 179                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 180                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 181         <optionNames>-weight1</optionNames>\r
 182         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 183         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 184         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 185         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 186         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 187         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 188         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 189         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 190     </parameters>\r
 191     <parameters isRequired="false">\r
 192         <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
 193         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
 194         iterations for tree-dependent refinement.\r
 195                 none=all sequences have equal weight.\r
 196                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 197                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 198                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 199                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 200         <optionNames>-weight2</optionNames>\r
 201         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 202         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 203         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 204         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 205         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 206         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 207         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 208         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 209     </parameters>\r
 210         <parameters isRequired="false">\r
 211         <name>Distance1</name>\r
 212         <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
 213         <optionNames>-distance1</optionNames>\r
 214         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 215         <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
 216         <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
 217         <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
 218         <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
 219         <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
 220         <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
 221     </parameters>\r
 222 </runnerConfig>\r