webservices/compbio/ws/client/Services.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
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  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
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  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.ws.client;\r
  20 \r
  21 import java.net.URL;\r
  22 \r
  23 import javax.xml.namespace.QName;\r
  24 import javax.xml.ws.Service;\r
  25 \r
  26 import compbio.data.msa.JABAService;\r
  27 import compbio.data.msa.MsaWS;\r
  28 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;\r
  29 import compbio.engine.client.Executable;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * List of web services currently supported by JABAWS version 2\r
  33  * \r
  34  */\r
  35 public enum Services {\r
  36         MafftWS, MuscleWS, ClustalWS, TcoffeeWS, ProbconsWS, AAConWS, JronnWS, DisemblWS, GlobPlotWS;\r
  37 \r
  38         public static Services getService(String servName) {\r
  39                 servName = servName.trim().toLowerCase();\r
  40                 for (Services service : Services.values()) {\r
  41                         if (service.toString().equalsIgnoreCase(servName)) {\r
  42                                 return service;\r
  43                         }\r
  44                 }\r
  45                 return null;\r
  46         }\r
  47 \r
  48         public static Services getService(Class<Executable<?>> runnerClassName) {\r
  49                 assert runnerClassName != null;\r
  50                 String sname = runnerClassName.getSimpleName().toLowerCase();\r
  51                 for (Services service : Services.values()) {\r
  52                         if (service.toString().toLowerCase().contains(sname)) {\r
  53                                 return service;\r
  54                         }\r
  55                 }\r
  56                 return null;\r
  57         }\r
  58 \r
  59         Service getService(URL url, String sqname) {\r
  60                 QName qname = new QName(sqname, this.toString());\r
  61                 return Service.create(url, qname);\r
  62         }\r
  63 \r
  64         Class<? extends JABAService> getServiceType() {\r
  65                 switch (this) {\r
  66                         // deliberate leaking\r
  67                         case AAConWS :\r
  68                         case JronnWS :\r
  69                         case DisemblWS :\r
  70                         case GlobPlotWS :\r
  71 \r
  72                                 return SequenceAnnotation.class;\r
  73 \r
  74                                 // deliberate leaking\r
  75                         case ClustalWS :\r
  76                         case MafftWS :\r
  77                         case MuscleWS :\r
  78                         case ProbconsWS :\r
  79                         case TcoffeeWS :\r
  80 \r
  81                                 return MsaWS.class;\r
  82                         default :\r
  83                                 throw new RuntimeException("Unrecognised Web Service Type "\r
  84                                                 + this + " - Should never happened!");\r
  85                 }\r
  86         }\r
  87 \r
  88         JABAService getInterface(Service service) {\r
  89                 assert service != null;\r
  90 \r
  91                 QName portName = new QName(service.getServiceName().getNamespaceURI(),\r
  92                                 this.toString() + "Port");\r
  93                 return service.getPort(portName, this.getServiceType());\r
  94         }\r
  95 }