website/docs/_sources/changelog.rst.txt

   1 Changelog
   2 =========
   3
   4
   5 .. _v2.2:
   6
   7 Version 2.2 (Released 19 May 2017)
   8 ------------------------------------
   9
  10 The website and documentation were improved:
  11
  12 * `Sphinx`_ is now used to generate our documentation pages.
  13 * Documentation was updated to reflect the latest changes introduced in the project.
  14 * Downloading the JABAWS distributions no longer require 'sign in' or 'sign up' to a user account.
  15 * The pre-configured JABAWS Amazon Machine Image (AMI), which allowed for JABAWS to be run in the Amazon EC2 cloud, is no longer provided due to very limited use by the scientific community peers.
  16
  17 The versions of several application programs provided by JABAWS were bumped to the latest available.
  18
  19 * Clustal Omega was updated to version 1.2.4
  20 * ClustalW was updated to version 2.1
  21 * Mafft was updated to version 7.3.10
  22 * T-Coffee was updated to version 11.00.8cbe486
  23 * `AACon`_ was updated to version 1.1
  24 * Protein secondary structure prediction with Jpred (version 3.0.3) was dropped from the list of provided services, as the use of the dedicated Jpred REST API (Jpred 4) is encouraged and recommended. This is the version that is currently provided within Jalview 2.9 or later.
  25
  26 .. note:: JABAWS version 2.2 is fully backward compatible with JABAWS v1.0 and v2.0. This means all JABAWS 1.0, 2.0, 2.0.1 and 2.1 clients should also be able to use JABAWS 2.2 services.
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  28
  29 .. _Sphinx: http://www.sphinx-doc.org/en/stable/
  30 .. _AACon: http://www.compbio.dundee.ac.uk/aacon/
  31
  32 ------------
  33
  34 .. _v2.1:
  35
  36 Version 2.1 (Released 1st Oct 2013)
  37 -----------------------------------
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  39 Several new web services are available in this version of JABAWS:
  40
  41 * Two multiple sequence aligners (MSAprobs and GLprobs), both services return the standard Alignment object
  42 * RNAalifoldWS returns RNAStructScoreManager, which is the standard ScoreManager objects with several additional methods
  43 * JpredWS returns the JpredAligment object, which is the standard alignment with additional methods for extracting Jpred predictions. These predictions are supplied as additional sequences in the aligment
  44
  45 Some bugs have been fixed and several improvements have been done:
  46
  47 * WS status servlet returns version and some additional information on each web service
  48 * a bug with path to help in the client
  49 * Fix two bug with the Google Analytics library: no-stop due to running thread
  50 * GoogleAnalytics gets proper JABAWS version
  51
  52 ------------
  53
  54 .. _v2.0.1:
  55
  56 Version 2.0.1 (Released 2nd Jul 2013)
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  58
  59 JABAWS 2.0.1 includes several bug fixes and minor updates for JABAWS Version 2.0. These are listed below:
  60
  61 * Disembl returned swapped strings for HOTLOOPS and REM465
  62 * Jronn failed to process jobs with more than 3 sequences
  63 * JABAWS could not deal with FASTA records with '>' symbols in the record identificator
  64 * Change of parameter description for AACon: parameters have been replaced with options for calculation methods. This allows a user to get several AACon's conservation scores in one call
  65 * JABAWS never cleaned up job directories. Now JABAWS deletes the job directory if it exist longer than a period defined in Engine.properties
  66 * Default web security has been incompatible with Tomcat 7.0.31 and newer
  67 * Documentation has been updated
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  70
  71 .. _v2.0:
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  73 Version 2 (Released 16th Dec 2011)
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  76 Compared to JABAWS 1, JABAWS 2 offers a greater number and diversity of web services, Amazon EC2 integration and improved ease of use.
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  78 It now contains:
  79
  80 * Updates for all multiple sequence alignment services
  81 * Four new protein disorder prediction services
  82 * Clustal Omega multiple sequence alignment web service
  83 * Amino acid conservation service
  84 * Web services execution statistics visualization
  85 * Web services status check from a web page
  86 * VirtualBox support was dropped in favour of VMware
  87 * New WAR package for Mac users
  88 * Amazon Machine Image (AMI) distributive to enable users to use JABAWS on the EC2 cloud
  89 * Improved web services client API
  90 * Simplified WAR package installation
  91
  92 .. warning:: To access the analysis web services introduced in JABAWS 2.0, clients that were designed for JABAWS v1.0 must be updated.