website/docs/_sources/changelog.rst.txt

   1 Changelog
   2 =========
   3
   4
   5 .. _v2.2:
   6
   7 Version 2.2 (Released 02 June 2017)
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   9
  10 The website and documentation were improved:
  11
  12 * `Sphinx`_ is now used to generate our documentation pages.
  13 * Documentation was updated to reflect the latest changes introduced in the project.
  14 * Usage Statistics are now cached and refreshed every hour for improved website loading times.
  15 * Service Status are now similarly cached and monitored every 10 minutes.
  16 * Downloading the JABAWS distributions no longer require 'sign in' or 'sign up' to a user account.
  17 * The pre-configured JABAWS Amazon Machine Image (AMI), which allowed for JABAWS to be run in the Amazon EC2 cloud, is no longer provided due to very limited use by the scientific community peers.
  18
  19 The versions of several application programs provided by JABAWS were bumped to the latest available.
  20
  21 * Clustal Omega was updated to version 1.2.4
  22 * ClustalW was updated to version 2.1
  23 * Mafft was updated to version 7.3.10
  24 * T-Coffee was updated to version 11.00.8cbe486
  25 * `AACon`_ was updated to version 1.1
  26 * Protein secondary structure prediction with Jpred (version 3.0.3) was dropped from the list of provided services, as the use of the dedicated Jpred REST API (Jpred 4) is encouraged and recommended. This is the version that is currently provided within Jalview 2.9 or later.
  27
  28 .. note:: JABAWS version 2.2 is fully backward compatible with JABAWS v1.0 and v2.0. This means all JABAWS 1.0, 2.0, 2.0.1 and 2.1 clients should also be able to use JABAWS 2.2 services.
  29
  30
  31 .. _Sphinx: http://www.sphinx-doc.org/en/stable/
  32 .. _AACon: http://www.compbio.dundee.ac.uk/aacon/
  33
  34 ------------
  35
  36 .. _v2.1:
  37
  38 Version 2.1 (Released 1st Oct 2013)
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  40
  41 Several new web services are available in this version of JABAWS:
  42
  43 * Two multiple sequence aligners (MSAprobs and GLprobs), both services return the standard Alignment object
  44 * RNAalifoldWS returns RNAStructScoreManager, which is the standard ScoreManager objects with several additional methods
  45 * JpredWS returns the JpredAligment object, which is the standard alignment with additional methods for extracting Jpred predictions. These predictions are supplied as additional sequences in the aligment
  46
  47 Some bugs have been fixed and several improvements have been done:
  48
  49 * WS status servlet returns version and some additional information on each web service
  50 * a bug with path to help in the client
  51 * Fix two bug with the Google Analytics library: no-stop due to running thread
  52 * GoogleAnalytics gets proper JABAWS version
  53
  54 ------------
  55
  56 .. _v2.0.1:
  57
  58 Version 2.0.1 (Released 2nd Jul 2013)
  59 -------------------------------------
  60
  61 JABAWS 2.0.1 includes several bug fixes and minor updates for JABAWS Version 2.0. These are listed below:
  62
  63 * Disembl returned swapped strings for HOTLOOPS and REM465
  64 * Jronn failed to process jobs with more than 3 sequences
  65 * JABAWS could not deal with FASTA records with '>' symbols in the record identificator
  66 * Change of parameter description for AACon: parameters have been replaced with options for calculation methods. This allows a user to get several AACon's conservation scores in one call
  67 * JABAWS never cleaned up job directories. Now JABAWS deletes the job directory if it exist longer than a period defined in Engine.properties
  68 * Default web security has been incompatible with Tomcat 7.0.31 and newer
  69 * Documentation has been updated
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  72
  73 .. _v2.0:
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  75 Version 2 (Released 16th Dec 2011)
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  78 Compared to JABAWS 1, JABAWS 2 offers a greater number and diversity of web services, Amazon EC2 integration and improved ease of use.
  79
  80 It now contains:
  81
  82 * Updates for all multiple sequence alignment services
  83 * Four new protein disorder prediction services
  84 * Clustal Omega multiple sequence alignment web service
  85 * Amino acid conservation service
  86 * Web services execution statistics visualization
  87 * Web services status check from a web page
  88 * VirtualBox support was dropped in favour of VMware
  89 * New WAR package for Mac users
  90 * Amazon Machine Image (AMI) distributive to enable users to use JABAWS on the EC2 cloud
  91 * Improved web services client API
  92 * Simplified WAR package installation
  93
  94 .. warning:: To access the analysis web services introduced in JABAWS 2.0, clients that were designed for JABAWS v1.0 must be updated.