website/download.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
   2 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="generator" content="HTML Tidy, see www.w3.org" />\r
   6 <meta http-equiv="Content-Type" content=\r
   7 "text/html; charset=iso-8859-1" />\r
   8 <meta name="Last-modified" content="Mon, 11 Oct 2010 01:03:33 GMT"/>\r
   9 <title>Java Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) download\r
  10 page</title>\r
  11 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" />\r
  12 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js">\r
  13         \r
  14 </script>\r
  15 </head>\r
  16 <body>\r
  17 <div id="page">\r
  18 <div id="banner">\r
  19 <table> \r
  20 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img class="logo" src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  21 <td class="bg"><h1><span class="headeru">JA</span>va <span class=\r
  22 "headeru">B</span>ioinformatics <span class="headeru">A</span>nalysis <span class="headeru">W</span>eb <span\r
  23 class="headeru">S</span>ervices</h1></td>\r
  24 </tr>\r
  25 </table></div>\r
  26 \r
  27 <!-- banner end-->\r
  28 <div id="wrapper">\r
  29 <div id="panel"><a href="index.html">Home</a> <a href=\r
  30 "manual.html">Manual</a> \r
  31 <a class="selected" href="download.html">Download</a> \r
  32 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">Barton Group</a> \r
  33 </div>\r
  34 \r
  35 <!-- panel end-->\r
  36 <div id="content">\r
  37   <h2 id="headtitle" style="text-align:left">For Users </h2>\r
  38   <h3 style="margin:0;">JABAWS Server Virtual Machine </h3>\r
  39   <p><span style="text-align:left">JABAWS virtual machine is a way of running fully functional JABA Web Services on your own computer. To use virtual machine (VM) you have to install a software for running it. We would recommend <a href="http://www.vmware.com/products/player">VMWare Player</a> v 3.1 for Windows and Linux users. There is also an  <a href="http://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_3_2">Oracle VirtualBox</a> v. 3.2 for Mac users. Both are free and installation is simple.  <a href="http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm">Jalview</a></span> can <a href="man_servervm.html#jalviewWithJaba">use your local JABAWS VM</a>. </p>\r
  40   <ul>\r
  41     <li> JABAWS Virtual Appliance: <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jabaws-vm.zip">download</a> (520M) </li>\r
  42     </ul>\r
  43   <p>Please check out our <a href="man_servervm.html#whenvm">manual</a> for the detailed instructions. </p>\r
  44   <h2>For System Administrators </h2>\r
  45   <h3 style="margin:0;"><a name="jabawswar" id="jabawswar"></a>JABAWS Server Web Application </h3>\r
  46 <p> The JABAWS Server Web Application aRchive (WAR) version is for you if you want to deploy JABAWS for many users e.g. your laboratory or if you are an expert user and want to have more control on JABAWS. Typically, you will have a cluster or at least a powerful server machine which all users are willing to use. If you only have a single server then, you may use JABAWS Server Virtual Appliance instead. The server is provided as a self-contained <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/WAR_(Sun_file_format)">Web Application\r
  47 aRchive (WAR) </a> containing all necessary binaries. WAR file can be deployed on any\r
  48  web application server\r
  49 <!-- Note - mention servlet 2.4 compliance here? -->supporting Servlet 2.4 specification i.e. <a href="http://tomcat.apache.org/download-60.cgi">Tomcat 6.0</a>. </p>\r
  50 \r
  51 <ul>\r
  52 <li>A Complete Server for all platforms: <a href=\r
  53 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba.war">download</a>\r
  54 (45M)</li>\r
  55 </ul>\r
  56 \r
  57 \r
  58 <p>Please bear in mind that if you deploy JABAWS WAR on Windows only Muscle and Clustal web services will work! If you want to run other web services on Windows use JABAWS Server VM package instead.  \r
  59   <!-- content end-->\r
  60 </p>\r
  61 <h2>For Bioinformaticians/Developers</h2>\r
  62 <h3 style="margin:0;"> <a name="minclient" id="minclient"></a>JABAWS Command Line Client </h3>\r
  63 <p>The command line client is an  executable Java program for scripting against JABA web services.  If you intend to use JABAWS in your own program and need a template - download a command line client source package. You can even generate a Graphical User Interface (GUI) for JABA web services for your own program!  You can consult <a href="http://www.jalview.org/source/jalview_2_6_1.tar.gz">Jalview source code</a> for a help with that. </p>\r
  64 <ul>\r
  65   <li>Command line client\r
  66     <ul>\r
  67         <li>binaries: <a href=\r
  68 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/min-jaba-client.jar">download</a> (80 K)</li>\r
  69       <li>source: <a href=\r
  70 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-client-source.jar">download</a> (70 K)</li>\r
  71     </ul>\r
  72   </li>\r
  73 </ul>\r
  74 <p> Help with a command line client is available from <a href="man_client.html#usingcclient">the manual  pages</a>. </p>\r
  75 \r
  76 <div class="source">\r
  77 <div class="header collapsed" onclick=\r
  78 "$(this).toggleClassName('collapsed'); $(this).next('.body').toggleClassName('collapsed');"\r
  79  title="Click to open/close">The Source Code</div>\r
  80 \r
  81 <div class="body collapsed">\r
  82 <h3>The Complete Source Code</h3>\r
  83 <p>If you want to add another web service or modify JABAWS in any way just download a complete JABAWS source code. We offer the code under <a href=\r
  84 "http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt">Apache licence</a>.  The code archive contains the complete <a href=\r
  85 "http://www.eclipse.org">Eclipse</a> JABAWS project, but Eclipse is not\r
  86   necessary to build it. Please examine the Ant build file (build.xml)\r
  87   to build and test JABAWS from sources.</p>\r
  88 <ul>\r
  89   <li>A complete Eclipse project package: <a href=\r
  90 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-project.zip">download</a> (82M)</li>\r
  91   <li>JABAWS source  only package: <a href=\r
  92 "archive/jaba-source.jar">download</a> (250K</li>\r
  93   </ul>\r
  94 \r
  95 <!--body end -->\r
  96 </div>\r
  97 \r
  98 <!--source end -->\r
  99 </div>\r
 100 \r
 101 \r
 102 <div id="copyright">Last update: 7 January 2011<br />\r
 103  Peter Troshin and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
 104 Dundee, UK</div>\r
 105 </div>\r
 106 \r
 107 <!-- wrapper end-->\r
 108 </div><!-- page end-->\r
 109 <!-- Google analitics -->\r
 110 <script type="text/javascript">\r
 111 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
 112 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
 113 </script>\r
 114 <script type="text/javascript">\r
 115 try{\r
 116 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 117 pageTracker._trackPageview();\r
 118 } catch(err) {}\r
 119 </script>\r
 120 </div>\r
 121 </body>\r
 122 </html>\r
 123 \r