website/download.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
   2 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="generator" content="HTML Tidy, see www.w3.org" />\r
   6 <meta http-equiv="Content-Type" content=\r
   7 "text/html; charset=iso-8859-1" />\r
   8 <title>Java Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) download\r
   9 page</title>\r
  10 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" />\r
  11 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js">\r
  12         \r
  13 </script>\r
  14 </head>\r
  15 <body>\r
  16 <div id="page">\r
  17 <div id="banner">\r
  18 <table> \r
  19 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img class="logo" src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  20 <td class="bg"><h2><span class="headeru">JA</span>va <span class=\r
  21 "headeru">B</span>ioinformatics <span class="headeru">A</span>nalysis <span class="headeru">W</span>eb <span\r
  22 class="headeru">S</span>ervices</h2></td>\r
  23 </tr>\r
  24 </table></div>\r
  25 \r
  26 <!-- banner end-->\r
  27 <div id="wrapper">\r
  28 <div id="panel"><a href="index.html">Home</a> <a href=\r
  29 "manual.html">Manual</a> <a href="howto.html">How To</a> <a class=\r
  30 "selected" href="download.html">Download</a> <a href=\r
  31 "http://www.jalview.org">Jalview</a>\r
  32 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">Barton Group</a> \r
  33 </div>\r
  34 \r
  35 <!-- panel end-->\r
  36 <div id="content">\r
  37 <h4><a name="minclient" id="minclient"></a>JABAWS Client</h4>\r
  38 \r
  39 <p>The client is an executable java archive which provides a\r
  40 command line client, and can be used by anyone who would like to\r
  41 program against the JABA Web Services in Java.</p>\r
  42 \r
  43 <ul>\r
  44 <li>JABAWS java client: <a href=\r
  45 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/min-jaba-client.jar">download</a>\r
  46 (64k)</li>\r
  47 </ul>\r
  48 \r
  49 <h4>JABAWS Server</h4>\r
  50 \r
  51 <p>The server is provided as a self-contained web application\r
  52 archive containing all necessary binaries, ready to install in any\r
  53 'modern' Java based web application server\r
  54 <!-- Note - mention servlet 2.4 compliance here? -->. Download this\r
  55 if you intend to run JABAWS services locally.</p>\r
  56 \r
  57 <ul>\r
  58 <li>A Complete Server for all platforms: <a href=\r
  59 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba.war">download</a>\r
  60 (45M)</li>\r
  61 \r
  62 <li>A Complete Server for windows: <a href=\r
  63 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-windows.war">download</a>\r
  64 (16M)</li>\r
  65 </ul>\r
  66 \r
  67 \r
  68 <div class="source">\r
  69 <div class="header" onclick=\r
  70 "$(this).toggleClassName('collapsed'); $(this).next('.body').toggleClassName('collapsed');"\r
  71  title="Click to open/close">Packages for experts</div>\r
  72 \r
  73 <div class="body">\r
  74 <h4>JABAWS server without alignment programs</h4>\r
  75 \r
  76 <p>If you have all the programs or wish to download them\r
  77 separately, then this package is for you.</p>\r
  78 <ul>\r
  79         <li>Complete Server without native executables: <a href=\r
  80 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-no-binaries.war">\r
  81 download</a> (14M)</li></ul>\r
  82 \r
  83 <h4>JABAWS server without JAX-WS</h4>\r
  84 \r
  85 <p>Download this if you intend to run JABAWS for your lab/institute\r
  86 locally, and have a java web application server which already has\r
  87 the JAX-WS libraries installed. This package does not contain <a\r
  88 href="https://jax-ws.dev.java.net/">JAX-WS</a> libraries, so its\r
  89 installation will not cause any version conflicts.<br />\r
  90 <em>Note: If you find the server does not work, then we suggest you\r
  91 try installing the full JABAWS server package.</em></p>\r
  92 \r
  93 <ul>\r
  94 <li>Server (without JAX-WS) for all platforms: <a href=\r
  95 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-no-jaxws.war">download</a>\r
  96 (31M)</li>\r
  97 \r
  98 <li>Server (without JAX-WS) for windows: <a href=\r
  99 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-no-jaxws-windows.war">\r
 100 download</a> (2M)</li>\r
 101 \r
 102 <li>Server (without JAX-WS) without binaries: <a href=\r
 103 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-no-jaxws-no-binaries.war">\r
 104 download</a> (&lt;1M)</li>\r
 105 </ul>\r
 106 \r
 107 <h4>JABAWS execution framework</h4>\r
 108 \r
 109 <p>This package is for developers who would like to use JABAWS's\r
 110 execution system in their own Java programs to control native\r
 111 executables in local or cluster environments. It is the JABAWS code\r
 112 without the server components.</p>\r
 113 \r
 114 <ul>\r
 115 <li>The framework package: <a href=\r
 116 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/full-jaba-client-pack.zip">\r
 117 download</a>(31M)</li>\r
 118 </ul> \r
 119 \r
 120 <h4>The complete source code</h4>\r
 121 \r
 122 <p>We offer the code under <a href=\r
 123 "http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt">Apache version 2\r
 124 licence</a> please feel free to download and use our product as\r
 125 well as the source code. The code comes in the form of an <a href=\r
 126 "http://www.eclipse.org">Eclipse</a> project, but Eclipse is not\r
 127 necessary to run it. Please examine the Ant build file (build.xml)\r
 128 to find out how to build JABAWS from source, and execute a variety\r
 129 of useful tasks, including a task for runing the JABAWS test\r
 130 cases.</p>\r
 131 \r
 132 <ul>\r
 133 <li>A complete eclipse project package: <a href=\r
 134 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-project.zip">download</a>\r
 135 (82M)</li>\r
 136 \r
 137 <li>Source only package: <a href=\r
 138 "archive/jaba-source.jar">download</a> (25K)</li>\r
 139 </ul>\r
 140 \r
 141 <br />\r
 142 <br />\r
 143 </div>\r
 144 \r
 145 <!--body end -->\r
 146 </div>\r
 147 \r
 148 <!--source end -->\r
 149 </div>\r
 150 \r
 151 <!-- content end-->\r
 152 <div id="copyright">Last update: 19 August 2010<br />\r
 153  Peter Troshin and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
 154 Dundee, UK</div>\r
 155 </div>\r
 156 \r
 157 <!-- wrapper end-->\r
 158 </div><!-- page end-->\r
 159 <!-- Google analitics -->\r
 160 <script type="text/javascript">\r
 161 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
 162 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
 163 </script>\r
 164 <script type="text/javascript">\r
 165 try{\r
 166 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 167 pageTracker._trackPageview();\r
 168 } catch(err) {}\r
 169 </script>\r
 170 \r
 171 </body>\r
 172 </html>\r
 173 \r