website/index.html

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   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
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   5 <head>\r
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   7 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) main page</title>\r
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  12 </head>\r
  13 \r
  14 <body>\r
  15 <div id="page">\r
  16 <div id="banner">\r
  17 <table>\r
  18         <tr>\r
  19                 <td style="width:150px;height:80px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif" width="158" height="90" alt="University of Dundee" class="logo" title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  20                 <td class="bg"><img src="images/jabaws21.png" width="256" height="67" alt="JABAWS-2.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.1"/></td>\r
  21                 <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
  22         </tr>\r
  23 </table>\r
  24 </div>\r
  25 <!-- banner end-->\r
  26 \r
  27 <div id="panel">\r
  28         <a class="newpressed" href="index.html">Home</a> \r
  29         <a class="newa" href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
  30         <a class="newa" href="man_about.html">Manual</a> \r
  31         <a class="newa" href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/download">Download</a> \r
  32         <a class="newa" href="PublicAnnualStat" title="JABAWS server usage statistics">Usage Statistics</a>\r
  33         <a class="newa" href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
  34         <a class="newa" href="contacts.html">Contact Us</a>\r
  35         <a class="newa" href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a>\r
  36         <a class="newa" href="jabaws_funding.html">Funding</a>\r
  37 </div>\r
  38 <!-- panel end-->\r
  39 \r
  40 <div id="wrapper">\r
  41 <div id="content">\r
  42 <h2 id="headtitle">JABAWS 2.1</h2>\r
  43 <p style="color:black; font-weight:normal; text-align:left;">\r
  44 <span style="border-bottom:dotted 1px #666" title="JAva Bioinformatics Analysis Web Services">JABAWS</span> \r
  45 is free software which provides <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Web_service">web services</a> conveniently \r
  46 packaged to run on your local computer, server, cluster or Amazon EC2 instance.\r
  47 </p>\r
  48 \r
  49 <p> Services for multiple sequence alignment include \r
  50 <a href="http://www.clustal.org/omega">Clustal Omega</a>, \r
  51 <a href="http://www.clustal.org/clustal2">Clustal W</a>, \r
  52 <a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">MAFFT</a>, \r
  53 <a href="http://www.drive5.com/muscle">MUSCLE</a>, \r
  54 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">T-Coffee</a>, \r
  55 <a href="http://probcons.stanford.edu/">ProbCons</a>,\r
  56 <a href="http://msaprobs.sourceforge.net/">MSAProbs</a>, and\r
  57 <a href="http://sourceforge.net/projects/glprobs/">GLProbs</a>. \r
  58 Analysis services allow prediction of the protein secondary structure with \r
  59 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">Jpred</a> and protein disorder with \r
  60 <a href="http://dis.embl.de/">DisEMBL</a>, \r
  61 <a href="http://iupred.enzim.hu">IUPred</a>, \r
  62 Jronn (a Java implementation of <a href="http://www.strubi.ox.ac.uk/RONN">Ronn</a> by P. Troshin and G. Barton, unpublished), and \r
  63 <a href="http://globplot.embl.de/">GlobPlot</a>; and calculation of amino acid alignment conservation \r
  64 with <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/aacon">AACon</a>. \r
  65 The secondary structure for an RNA aligment can be predicted with the RNAalifold program from the \r
  66 <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA">Vienna RNA package</a>.\r
  67 </p>\r
  68 \r
  69 <p><span style="color:black; font-weight:normal; text-align:left;">\r
  70 JABAWS 2.1 installation can be accessed from the <strong><a href="http://www.jalview.org">Jalview</a> desktop \r
  71 application</strong> (version 2.8 onwards) and the <a href="man_client.html">JABAWS command-line client</a>. \r
  72 JABAWS 2.1 is able to provide multiple alignment and sequence analysis calculations limited only by your own \r
  73 computing resources.<br />\r
  74 </span></p>\r
  75 \r
  76 <div id="mainpagefeatures">\r
  77 <table>\r
  78 <tr><td>\r
  79   <div class="brick">\r
  80   <div class="brick_header"><h2>For Users</h2></div>\r
  81     <div class="brick_content">\r
  82         <strong>The Server: </strong><a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=JABAWS201.pack.tar.gz">JABAWS Virtual Appliance:</a> (440M)\r
  83         or <a href="man_awscloud.html">JABAWS on Amazon Webservices Cloud</a><br/>\r
  84         <strong>The Main Client: </strong><a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a> (18M)\r
  85         <p>To use JABAWS web services on most operating systems, just download and <a href="manual_qs_va.html#qsc">install</a> \r
  86         the JABAWS Virtual Appliance (VA) or even easier - just start JABAWS machine on the cloud and point Jalview at it!</p>\r
  87      </div>\r
  88   </div>\r
  89   </td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr>\r
  92     <td><div class="brick">\r
  93       <div class="brick_header"><h2>For System Administrators</h2></div>\r
  94         <div class="brick_content">\r
  95           <p>\r
  96           <strong>The Server: </strong><a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=jabaws.war">JABAWS Web \r
  97           Application aRchive</a> (55M)\r
  98           </p>\r
  99           <p>JABAWS requires a Servlet 2.4 compatible servlet container like <a href="http://tomcat.apache.org">Apache Tomcat</a>\r
 100           to run. Please check the <a href="manual_qs_war.html#qsc">quick start guide</a> for installation instructions.\r
 101           </p>\r
 102    </div>\r
 103   </div></td>\r
 104   </tr>\r
 105   <tr>\r
 106     <td><div class="brick">\r
 107      <div class="brick_header"><h2>For Bioinformaticians/Developers</h2></div>\r
 108      <div class="brick_content">\r
 109 <strong>The Server: </strong><a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=jabaws.war">JABAWS Web Application aRchive</a>  (55M)\r
 110   <br/>\r
 111   <strong>The Client: </strong>\r
 112       Command Line Client <a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=min-jaba-client-2.1.jar">binary</a> | <a href=\r
 113 "http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=jaba-client-src-2.1.jar">source</a> \r
 114 \r
 115 <p>\r
 116 You can either use the JABAWS Virtual Appliance or the JABAWS Web Application aRchive (WAR) from your own computer or a lab server. \r
 117 The WAR version gives greater flexibility but requires a bit more configuration. Alternatively you can just script against our public \r
 118 server (see below) with the command line client or you own script. \r
 119 Check out the <a href="manual_qs_client.html#qsc">quick start guide</a> for further details.</p>\r
 120 \r
 121  </div>\r
 122 </div></td>\r
 123  </tr>\r
 124 </table>\r
 125 </div>\r
 126 \r
 127 <h3 style="margin:0;">Public JABAWS Server</h3>\r
 128 <p> You can access our public JABAWS web services with our <a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/jabaws-dev/get?id=min-jaba-client-2.1.jar">command line client</a>, \r
 129     <a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a>, or with your own program. Jalview version 2.8 or later is fully compatible with JABAWS 2.1.\r
 130     The latest versions of Jalview are configured to use public JABAWS server by default.</p>\r
 131 <ul>\r
 132   <li>The JABAWS public web services address is <strong>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</strong> </li>\r
 133   <li>A detailed web services description is available from here: <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?"\r
 134 title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?" rel=\r
 135 "nofollow">WSDL List</a></li>\r
 136 </ul>\r
 137 <p>These web services accept submissions of less than one thousand sequences.  Should you find this to be insufficient for your needs, \r
 138    or if you are concerned about privacy or on an unreliable network connection, then you can \r
 139    <a href="http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:8086/download">download</a> and run the JABAWS Server on your own hardware.</p>\r
 140 \r
 141 \r
 142 \r
 143 <h3>Previous versions of JABAWS </h3>\r
 144 <p>\r
 145 We advise you to update to JABAWS 2.1 as this version is fully backward compatible with JABAWS v1.0 and v2.0 and contains \r
 146 <a href="man_about.html#jaba2.1">some important bug fixes</a>. Please consult the <a href="man_about.html#jalviewsup">manual</a> \r
 147 for more information on compatibility between versions.</p><p>Should you require them, however, old versions of JABAWS are available here:</p>\r
 148 <ul>\r
 149         <li><strong><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws1">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws1</a></strong></li> \r
 150         <li><strong><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws2">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws2</a></strong></li>\r
 151         <li><strong><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws201">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws201</a></strong></li>\r
 152 </ul> \r
 153 \r
 154 \r
 155 \r
 156 <h3>Reference</h3>\r
 157 <p><span class="hightlight">\r
 158 </span> Peter V. Troshin, James B. Procter and Geoffrey J. Barton - &quot;Java Bioinformatics Analysis Web Services for \r
 159 Multiple Sequence Alignment - JABAWS:MSA&quot; <span class="i">Bioinformatics</span> 2011; \r
 160 <a href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/05/18/bioinformatics.btr304.abstract?keytype=ref&amp;ijkey=gd0DwuYBzFRhe4T">\r
 161 doi: 10.1093/bioinformatics/btr304</a>.</p>\r
 162 </div><!-- content end-->\r
 163 <div id="copyright">Last update: 14 October 2013<br /> This site is best viewed in Firefox 3.6, Google Chrome 10, Internet Explorer 8 or above </div>\r
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 175 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 176 pageTracker._trackPageview();\r
 177 } catch(err) {}\r
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 180 </body>\r
 181 </html>\r