website/index.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
   2 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="generator" content="HTML Tidy, see www.w3.org" />\r
   6 <meta http-equiv="Content-Type" content=\r
   7 "text/html; charset=iso-8859-1" />\r
   8 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) main\r
   9 page</title>\r
  10 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media=\r
  11 "screen, projection, handheld, tv" />\r
  12 <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href=\r
  13 "print.css" />\r
  14 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js">\r
  15         \r
  16 </script>\r
  17 </head>\r
  18 <body>\r
  19 <div id="page">\r
  20 <div id="banner">\r
  21 <table> \r
  22 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img class="logo" src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  23 <td class="bg"><h2><span class="headeru">JA</span>va <span class=\r
  24 "headeru">B</span>ioinformatics <span class="headeru">A</span>nalysis <span class="headeru">W</span>eb <span\r
  25 class="headeru">S</span>ervices</h2></td>\r
  26 </tr>\r
  27 </table>\r
  28 <!-- \r
  29 Future use?\r
  30 <div class="uniicon"><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk"><img src="images/uod.gif"  alt="University of Dundee, The Barton Group"  title="University of Dundee, The Barton Group" longdesc="http://www.compbio.dundee.ac.uk"/></a></div>\r
  31 -->\r
  32 </div>\r
  33 \r
  34 <!-- banner end-->\r
  35 <div id="wrapper">\r
  36 <div id="panel"><a class="selected" href="index.html">Home</a> <a\r
  37 href="manual.html">Manual</a> <a href="howto.html">How To</a> <a\r
  38 href="download.html">Download</a> <a href=\r
  39 "http://www.jalview.org">Jalview</a>\r
  40 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a> \r
  41 </div>\r
  42 \r
  43 <!-- panel end-->\r
  44 <div id="content">\r
  45 <h4>What is JABAWS?</h4>\r
  46 \r
  47 <p><span class="u">JA</span>va <span class=\r
  48 "u">B</span>ioinformatics <span class="u">A</span>nalysis <span\r
  49 class="u">W</span>eb <span class="u">S</span>ervices (JABAWS) is a\r
  50 collection of <a href=\r
  51 "http://www.w3schools.com/SOAP/soap_intro.asp">SOAP</a> web\r
  52 services for bioinformatics.<br />\r
  53  JABAWS is designed to make it easy to access bioinformatics\r
  54 analysis programs over the web, by providing web services, which\r
  55 make it easy to access programs and databases from anywhere, at\r
  56 anytime. The flavour of web services that JABAWS provides are SOAP\r
  57 web services, which are designed for use by other programs, rather\r
  58 than people.<br />\r
  59  The current version of JABAWS is compatible with version 2.6 of <a\r
  60 href="http://www.jalview.org">Jalview</a>, and provides five web\r
  61 services for multiple sequence alignment:</p>\r
  62 \r
  63 <ul>\r
  64 <li><a href="http://www.clustal.org/">Clustal W</a></li>\r
  65 \r
  66 <li><a href=\r
  67 "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">MAFFT</a></li>\r
  68 \r
  69 <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">MUSCLE</a></li>\r
  70 \r
  71 <li><a href=\r
  72 "http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">\r
  73 TCOFFEE</a></li>\r
  74 \r
  75 <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">PROBCONS</a></li>\r
  76 </ul>\r
  77 \r
  78 <h4>Why JABAWS?</h4>\r
  79 \r
  80 <p>JABA Web Services has a number of distinct features that are not\r
  81 found in other bioinformatics web services systems. In particular,\r
  82 JABAWS:</p>\r
  83 \r
  84 <ol>\r
  85 <li>Provides uniform remote access to a number of command line\r
  86 tools <span class="box">This allows you to access a number of\r
  87 programs anywhere, at any time. For instance, all multiple sequence\r
  88 alignment services can be accessed with a single command line\r
  89 interface, simplifying their invocation. However, most of the\r
  90 command line options for each program are supported, so you have\r
  91 nearly the same level of control as if you were running them on the\r
  92 command line yourself.</span></li>\r
  93 \r
  94 <li>Enables web based or stand-alone applications, like Jalview, to\r
  95 access a variety of bioinformatics analysis methods <span class=\r
  96 "box">The java web service client library makes it very easy to\r
  97 connect to one or more instances of JABAWS, so if one server is off\r
  98 line, all you need to know is the URL of another server that will\r
  99 do the job for you.<br />\r
 100 JABAWS provides <a href="http://www.ws-i.org/">WS-I basic\r
 101 profile</a> v. 1.1 compatible services, which means that clients\r
 102 can be created for them in almost any programming\r
 103 language.</span></li>\r
 104 \r
 105 <li>Can be easily deployed as a server on a variety of platforms,\r
 106 with command line tools run on the same machine or on a\r
 107 cluster.<span class="box"><a href="howto.html#clustsubsys">JABAWS\r
 108 integrates with a number of cluster job management systems (e.g.\r
 109 GridEngine, PBS, LSF, Condor).</a> It also intelligently manages\r
 110 task scheduling depending on their size, eliminatng the scalability\r
 111 issues and let you focus on your research.</span></li>\r
 112 </ol>\r
 113 \r
 114 <p>Here are just some of the problems that JABAWS can solve:</p>\r
 115 \r
 116 <ul>\r
 117 <li>\r
 118 <p><strong>The default settings for a program don't work for my\r
 119 data!</strong><br />\r
 120  JABAWS includes a comprehensive parameter model and validation\r
 121 mechanism, allowing you to specify additional options and\r
 122 arguments. Want to use PAM200 substitution matrix, set the number\r
 123 of iterations, or sequence clustering method? No problem - JABAWS\r
 124 lets you do that. You are no longer limited to defaults!</p>\r
 125 </li>\r
 126 \r
 127 <!--<li>\r
 128                         <p><strong>JABAWS in Dundee is not available?</strong> No problem,\r
 129                         choose a different service provider and off you go. We hope that\r
 130                         other major service providers like EBI will soon be housing\r
 131                         JABAWS.</p>\r
 132                         </li> -->\r
 133 <li>\r
 134 <p><strong>I don't want to send my data to the\r
 135 internet!</strong><br />\r
 136  Simply <a href="download.html">download</a> and <a href=\r
 137 "howto.html#hdjaba">install</a> JABAWS on a trusted machine in your\r
 138 lab or institute, and use its web address instead of the public\r
 139 JABAWS services. No data will leave your lab any longer.</p>\r
 140 </li>\r
 141 \r
 142 <li>\r
 143 <p><strong>Running programs using the public services is slower\r
 144 than using my own computer!</strong><br />\r
 145  The JABAWS server can run programs on a single machine or on a\r
 146 cluster, and are <a href="howto.html#hdjaba">easy to install</a>.\r
 147 If your server is going to be heavily used, then it is better to <a\r
 148 href="howto.html#clustsubsys">configure JABAWS to access your\r
 149 cluster</a>, which is straightforward.</p>\r
 150 </li>\r
 151 </ul>\r
 152 \r
 153 <h3>Public JABAWS Server</h3>\r
 154 \r
 155 <table>\r
 156 <tbody>\r
 157 <tr>\r
 158 <th>Feature</th>\r
 159 <th>Description</th>\r
 160 </tr>\r
 161 \r
 162 <tr>\r
 163 <td><acronym title="Uniform Resource Locator">URL</acronym> </td>\r
 164 <td><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" title=\r
 165 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" rel=\r
 166 "nofollow">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</a> </td>\r
 167 </tr>\r
 168 \r
 169 <tr>\r
 170 <td>Execution limits</td>\r
 171 <td>Local execution limit is 40 sequnces with no more than 500\r
 172 letters average length. Larger tasks are send to the College of\r
 173 Life Sciences HPC cluster. Tasks exceeding 1000&times;1000\r
 174 (sequences per letters) will not be accepted for alignment. If you\r
 175 would like to work with bigger alignments consider installing\r
 176 JABAWS in your lab.</td>\r
 177 </tr>\r
 178 \r
 179 <tr>\r
 180 <td>Web Services Description</td>\r
 181 <td><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?"\r
 182 title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?" rel=\r
 183 "nofollow">WSDL List</a> </td>\r
 184 </tr>\r
 185 </tbody>\r
 186 </table>\r
 187 \r
 188 <h4>Authors</h4>\r
 189 \r
 190 <p>Peter Troshin and Geoff Barton are the authors of the JABA Web\r
 191 Services. Jim Procter helped with the JABAWS design process and web\r
 192 pages, and developed the interface and management components in\r
 193 Jalview to access JABAWS servers.</p>\r
 194 </div>\r
 195 \r
 196 <!-- content end-->\r
 197 <div id="copyright">Last update: 19 August 2010<br />\r
 198  Peter Troshin and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
 199 Dundee, UK</div>\r
 200 </div>\r
 201 \r
 202 <!-- wrapper end-->\r
 203 </div>\r
 204 <!-- Google analitics -->\r
 205 <script type="text/javascript">\r
 206 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
 207 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
 208 </script>\r
 209 <script type="text/javascript">\r
 210 try{\r
 211 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 212 pageTracker._trackPageview();\r
 213 } catch(err) {}\r
 214 </script>\r
 215 <!-- page end-->\r
 216 </body>\r
 217 </html>\r
 218 \r