website/prog_docs/jpred.txt

   1 Usage:
   2     ./jpred.pl -in/-sequence <FILE1> [-out/-output <FILEPREFIX>] [-dbname
   3     <DBNAME>] [-dbpath <PATH>] [-ncpu NNN] [-psi <psiblast output>]
   4     [-pred-nohits] [-verbose] [-debug] [-help] [-man]
   5
   6 Options:
   7     -in/-sequence FILE
   8          The path to the sequence file (in FASTA format) you want to
   9          predict.
  10
  11     -out/-output FILEPREFIX
  12          A prefix to the filenames created by Jpred, defaults to the value
  13          set by -sequence/-in.
  14
  15     -dbpath PATH
  16          Path to the uniref database used for PSI-BLAST querying.
  17          Default: .
  18
  19     -dbname database
  20          Database to use for PSI-BLAST querying. This only accepts databases
  21          from a list which is pre-defined in the code.
  22          Default: uniref90
  23
  24     -psi path
  25          Path to a PSI-BLAST output file.
  26
  27     -ncpu NNN
  28          Number of CPU used by jpred.pl. Maximum value is 8
  29          Default: NNN = 1
  30
  31     -pred-nohits
  32          Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are no
  33          PSI-BLAST hits.
  34
  35     -verbose
  36          Verbose mode. Print more information while running jpred.
  37
  38     -debug
  39          Debug mode. Print debugging information while running jpred.
  40
  41     -help
  42          Gives help on the programs usage.
  43
  44     -man Displays this man page.
  45