JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
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index ae59270..3b2577f 100644 (file)
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-<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
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-<title>RNAlib-2.1.2: ViennaRNA Package core - RNAlib</title>
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+<title>RNAlib-2.1.2</title>
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-<div id="titlearea">
-<table cellspacing="0" cellpadding="0">
- <tbody>
- <tr style="height: 56px;">
-  <td style="padding-left: 0.5em;">
-   <div id="projectname">RNAlib-2.1.2
-   </div>
-  </td>
- </tr>
- </tbody>
-</table>
-</div>
-<!-- end header part -->
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-  <div id="navrow1" class="tabs">
-    <ul class="tablist">
-      <li class="current"><a href="index.html"><span>Main&#160;Page</span></a></li>
-      <li><a href="pages.html"><span>Related&#160;Pages</span></a></li>
-      <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
-      <li><a href="annotated.html"><span>Data&#160;Structures</span></a></li>
-      <li><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
-    </ul>
-  </div>
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-    </div>
-  </div>
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-  </div>
-</div>
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-</script>
-<div id="doc-content">
-<div class="header">
-  <div class="headertitle">
-<div class="title">ViennaRNA Package core - RNAlib </div>  </div>
-</div><!--header-->
-<div class="contents">
-<div class="textblock"><p><br/>
-</p>
- <center> <h2>A Library for folding and comparing RNA secondary structures</h2>
- </center> <p><br/>
-</p>
-<dl class="section date"><dt>Date:</dt><dd>1994-2012 </dd></dl>
-<dl class="section author"><dt>Authors:</dt><dd>Ivo Hofacker, Peter Stadler, Ronny Lorenz and many more</dd></dl>
-<h3>Table of Contents</h3>
-<hr/>
-<ul>
-<li><a class="el" href="index.html#mp_intro">Introduction</a> </li>
-<li><a class="el" href="group__folding__routines.html">RNA Secondary Structure Folding</a> </li>
-<li><a class="el" href="mp_parse.html">Parsing and Comparing - Functions to Manipulate Structures</a> </li>
-<li><a class="el" href="mp_utils.html">Utilities - Odds and Ends</a> </li>
-<li><a class="el" href="mp_example.html">Example - A Small Example Program</a> </li>
-<li>mp_ref</li>
-</ul>
-<hr/>
-<h1><a class="anchor" id="mp_intro"></a>
-Introduction</h1>
-<p>The core of the Vienna RNA Package (<a class="el" href="citelist.html#CITEREF_lorenz:2011">[8]</a>, <a class="el" href="citelist.html#CITEREF_hofacker:1994">[5]</a>) is formed by a collection of routines for the prediction and comparison of RNA secondary structures. These routines can be accessed through stand-alone programs, such as RNAfold, RNAdistance etc., which should be sufficient for most users. For those who wish to develop their own programs we provide a library which can be linked to your own code.</p>
-<p>This document describes the library and will be primarily useful to programmers. However, it also contains details about the implementation that may be of interest to advanced users. The stand-alone programs are described in separate man pages. The latest version of the package including source code and html versions of the documentation can be found at <br/>
-<br/>
- <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/">http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/</a> </p>
-</div></div><!-- contents -->
-</div><!-- doc-content -->
-<!-- start footer part -->
-<div id="nav-path" class="navpath"><!-- id is needed for treeview function! -->
-  <ul>
-    <li class="footer">Generated on Wed Jul 24 2013 13:39:00 for RNAlib-2.1.2 by
-    <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
-    <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.8.1.1 </li>
-  </ul>
-</div>
-</body>
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