JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / data__structures_8h__dep__incl.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/data__structures_8h__dep__incl.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/data__structures_8h__dep__incl.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68e06fc
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1291 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: G
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 9200 188
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 9164 152 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node1
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 4503 121 moveto
+4503 143 lineto
+4917 143 lineto
+4917 121 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4503 121 moveto
+4503 143 lineto
+4917 143 lineto
+4917 121 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4511 130 moveto 398 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/data_structures.h) alignedtext
+grestore
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 0 60.5 376 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($2Dfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 61 moveto
+0 83 lineto
+376 83 lineto
+376 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 70 moveto 360 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/2Dfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.72 131.02 moveto
+3733.03 127.37 1197.99 113.25 385 84 curveto
+377.04 83.71 368.9 83.38 360.68 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.93 134.52 moveto
+4502.95 131.07 lineto
+4492.96 127.52 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.93 134.52 moveto
+4502.95 131.07 lineto
+4492.96 127.52 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node3
+gsave
+[ /Rect [ 394 60.5 774 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($2Dpfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 393.5 61 moveto
+393.5 83 lineto
+774.5 83 lineto
+774.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+401.5 70 moveto 365 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/2Dpfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.77 130.72 moveto
+3779.66 126.3 1514.22 110.5 783 84 curveto
+775.04 83.71 766.91 83.38 758.7 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.87 134.22 moveto
+4502.89 130.78 lineto
+4492.92 127.22 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.87 134.22 moveto
+4502.89 130.78 lineto
+4492.92 127.22 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+[ /Rect [ 792 60.5 1172 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($ali__plex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 792 61 moveto
+792 83 lineto
+1172 83 lineto
+1172 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+800 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/ali_plex.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.67 130.37 moveto
+3828.39 125.19 1830.72 108 1181 84 curveto
+1173.13 83.71 1165.09 83.38 1156.97 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.8 133.87 moveto
+4502.83 130.45 lineto
+4492.86 126.88 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.8 133.87 moveto
+4502.83 130.45 lineto
+4492.86 126.88 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node5
+gsave
+[ /Rect [ 1190 60.5 1562 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($alifold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1189.5 61 moveto
+1189.5 83 lineto
+1562.5 83 lineto
+1562.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1197.5 70 moveto 357 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/alifold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.61 129.98 moveto
+3879 124.09 2141.26 105.89 1571 84 curveto
+1563.37 83.71 1555.58 83.37 1547.71 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.87 133.49 moveto
+4502.9 130.08 lineto
+4492.93 126.49 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.87 133.49 moveto
+4502.9 130.08 lineto
+4492.93 126.49 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node6
+gsave
+[ /Rect [ 1580 60.5 1954 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($cofold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1580 61 moveto
+1580 83 lineto
+1954 83 lineto
+1954 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1588 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/cofold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.55 131.43 moveto
+4027.97 129.49 2904.22 121.02 1963 84 curveto
+1955.51 83.71 1947.85 83.37 1940.12 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.71 134.93 moveto
+4502.72 131.47 lineto
+4492.74 127.93 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.71 134.93 moveto
+4502.72 131.47 lineto
+4492.74 127.93 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node7
+gsave
+[ /Rect [ 1972 60.5 2348 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($duplex_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1972 61 moveto
+1972 83 lineto
+2348 83 lineto
+2348 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1980 70 moveto 360 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/duplex.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node7
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.96 130.5 moveto
+4077.93 126.99 3143.14 115.95 2357 84 curveto
+2349.64 83.7 2342.13 83.37 2334.54 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.94 134 moveto
+4502.97 130.59 lineto
+4493 127 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.94 134 moveto
+4502.97 130.59 lineto
+4493 127 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node8
+gsave
+[ /Rect [ 2366 60.5 2746 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($findpath_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 2366 61 moveto
+2366 83 lineto
+2746 83 lineto
+2746 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+2374 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/findpath.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.63 129.19 moveto
+4131.64 123.97 3385.74 110.75 2755 84 curveto
+2747.82 83.7 2740.5 83.36 2733.11 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.62 132.69 moveto
+4502.67 129.34 lineto
+4492.72 125.69 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.62 132.69 moveto
+4502.67 129.34 lineto
+4492.72 125.69 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node9
+gsave
+[ /Rect [ 2764 60.5 3126 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($fold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 2764 61 moveto
+2764 83 lineto
+3126 83 lineto
+3126 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+2772 70 moveto 346 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/fold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node9
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.65 127.62 moveto
+4188.75 120.98 3619.66 106.68 3135 84 curveto
+3128.4 83.69 3121.67 83.36 3114.87 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.83 131.12 moveto
+4502.9 127.84 lineto
+4492.98 124.12 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.83 131.12 moveto
+4502.9 127.84 lineto
+4492.98 124.12 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node10
+gsave
+[ /Rect [ 3144 60.5 3530 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($fold__vars_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3143.5 61 moveto
+3143.5 83 lineto
+3530.5 83 lineto
+3530.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3151.5 70 moveto 371 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/fold_vars.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node10
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.88 124.29 moveto
+4257.75 115.67 3871.68 100.7 3539 84 curveto
+3532.68 83.68 3526.26 83.35 3519.77 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.79 127.79 moveto
+4502.91 124.66 lineto
+4493.05 120.8 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4492.79 127.79 moveto
+4502.91 124.66 lineto
+4493.05 120.8 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node13
+gsave
+[ /Rect [ 3548 60.5 3922 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($gquad_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3547.5 61 moveto
+3547.5 83 lineto
+3922.5 83 lineto
+3922.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3555.5 70 moveto 359 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/gquad.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node13
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4521.05 120.37 moveto
+4345.56 109.57 4086.13 93.61 3913.93 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4520.97 123.87 moveto
+4531.17 121 lineto
+4521.4 116.89 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4520.97 123.87 moveto
+4531.17 121 lineto
+4521.4 116.89 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node14
+gsave
+[ /Rect [ 3940 60.5 4314 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($LPfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3940 61 moveto
+3940 83 lineto
+4314 83 lineto
+4314 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3948 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/LPfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node14
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4593.08 119.97 moveto
+4488.32 109.19 4335.93 93.5 4234.24 83.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4592.76 123.45 moveto
+4603.07 121 lineto
+4593.48 116.49 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4592.76 123.45 moveto
+4603.07 121 lineto
+4593.48 116.49 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node15
+gsave
+[ /Rect [ 4332 60.5 4698 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($MEA_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4331.5 61 moveto
+4331.5 83 lineto
+4698.5 83 lineto
+4698.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4339.5 70 moveto 351 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/MEA.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node15
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4664.37 117.96 moveto
+4629.75 107.31 4582.82 92.87 4550.87 83.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4663.65 121.4 moveto
+4674.23 121 lineto
+4665.71 114.71 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4663.65 121.4 moveto
+4674.23 121 lineto
+4665.71 114.71 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node16
+gsave
+[ /Rect [ 4716 60.5 5096 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($params_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4716 61 moveto
+4716 83 lineto
+5096 83 lineto
+5096 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4724 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/params.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node16
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4755.87 117.96 moveto
+4790.66 107.31 4837.83 92.87 4869.95 83.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4754.49 114.72 moveto
+4745.95 121 lineto
+4756.54 121.41 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4754.49 114.72 moveto
+4745.95 121 lineto
+4756.54 121.41 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node17
+gsave
+[ /Rect [ 5114 60.5 5500 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5114 61 moveto
+5114 83 lineto
+5500 83 lineto
+5500 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5122 70 moveto 370 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node17
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4829.73 119.97 moveto
+4937.1 109.18 5093.31 93.48 5197.44 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4829.1 116.51 moveto
+4819.5 121 lineto
+4829.8 123.48 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4829.1 116.51 moveto
+4819.5 121 lineto
+4829.8 123.48 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node18
+gsave
+[ /Rect [ 5518 60.5 5920 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func__co_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5518 61 moveto
+5518 83 lineto
+5920 83 lineto
+5920 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5526 70 moveto 386 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func_co.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node18
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4905.27 120.39 moveto
+5086.89 109.59 5355.53 93.61 5533.83 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4904.84 116.91 moveto
+4895.07 121 lineto
+4905.26 123.9 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4904.84 116.91 moveto
+4895.07 121 lineto
+4905.26 123.9 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node19
+gsave
+[ /Rect [ 5938 60.5 6338 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func__up_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5937.5 61 moveto
+5937.5 83 lineto
+6338.5 83 lineto
+6338.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5945.5 70 moveto 385 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func_up.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node19
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.15 124.63 moveto
+5170.99 116.08 5578.46 100.96 5929 84 curveto
+5935.53 83.68 5942.18 83.35 5948.9 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4926.98 121.13 moveto
+4917.11 124.98 lineto
+4927.23 128.13 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4926.98 121.13 moveto
+4917.11 124.98 lineto
+4927.23 128.13 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node20
+gsave
+[ /Rect [ 6356 60.5 6734 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($PKplex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 6356 61 moveto
+6356 83 lineto
+6734 83 lineto
+6734 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+6364 70 moveto 362 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/PKplex.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node20
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.25 127.79 moveto
+5240.85 121.22 5838.59 106.85 6347 84 curveto
+6353.88 83.69 6360.89 83.36 6367.98 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.06 124.29 moveto
+4917.13 128 lineto
+4927.2 131.29 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.06 124.29 moveto
+4917.13 128 lineto
+4927.2 131.29 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node21
+gsave
+[ /Rect [ 6752 60.5 7116 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($plex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 6751.5 61 moveto
+6751.5 83 lineto
+7116.5 83 lineto
+7116.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+6759.5 70 moveto 349 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/plex.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node21
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.22 129.66 moveto
+5299.18 125.03 6081.94 112.56 6743 84 curveto
+6749.97 83.7 6757.08 83.37 6764.27 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.11 126.16 moveto
+4917.15 129.78 lineto
+4927.2 133.16 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.11 126.16 moveto
+4917.15 129.78 lineto
+4927.2 133.16 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node22
+gsave
+[ /Rect [ 7134 60.5 7532 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($plot__layouts_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7133.5 61 moveto
+7133.5 83 lineto
+7532.5 83 lineto
+7532.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7141.5 70 moveto 383 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/plot_layouts.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node22
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.43 130.43 moveto
+5350.66 126.76 6314.72 115.41 7125 84 curveto
+7132.77 83.7 7140.7 83.36 7148.72 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.2 126.93 moveto
+4917.23 130.52 lineto
+4927.26 133.93 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.2 126.93 moveto
+4917.23 130.52 lineto
+4927.26 133.93 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node23
+gsave
+[ /Rect [ 7257 .5 7635 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($PS__dot_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7256.5 1 moveto
+7256.5 23 lineto
+7635.5 23 lineto
+7635.5 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7264.5 10 moveto 363 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/PS_dot.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node23
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.21 130.32 moveto
+5586 124.95 7518.13 107.26 7541 84 curveto
+7565.3 59.28 7517.13 36.09 7480.92 23 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.09 126.82 moveto
+4917.12 130.4 lineto
+4927.15 133.82 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.09 126.82 moveto
+4917.12 130.4 lineto
+4927.15 133.82 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node24
+gsave
+[ /Rect [ 7588 60.5 7976 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($profiledist_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7587.5 61 moveto
+7587.5 83 lineto
+7976.5 83 lineto
+7976.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7595.5 70 moveto 373 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/profiledist.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node24
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.3 131.39 moveto
+5405.74 129.37 6586.22 120.76 7574 84 curveto
+7581.95 83.7 7590.07 83.37 7598.28 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.16 127.89 moveto
+4917.18 131.43 lineto
+4927.19 134.89 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.16 127.89 moveto
+4917.18 131.43 lineto
+4927.19 134.89 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node25
+gsave
+[ /Rect [ 7994 60.5 8372 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($snofold_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7993.5 61 moveto
+7993.5 83 lineto
+8372.5 83 lineto
+8372.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8001.5 70 moveto 363 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/snofold.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node25
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.3 130.12 moveto
+5558.85 124.44 7387.05 106.49 7985 84 curveto
+7992.74 83.71 8000.65 83.38 8008.65 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.14 126.62 moveto
+4917.17 130.21 lineto
+4927.2 133.62 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.14 126.62 moveto
+4917.17 130.21 lineto
+4927.2 133.62 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node26
+gsave
+[ /Rect [ 8390 60.5 8764 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($snoop_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8390 61 moveto
+8390 83 lineto
+8764 83 lineto
+8764 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8398 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/snoop.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node26
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.4 130.53 moveto
+5609.51 125.71 7702.29 109.2 8381 84 curveto
+8388.84 83.71 8396.85 83.37 8404.93 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.19 127.03 moveto
+4917.21 130.6 lineto
+4927.23 134.03 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.19 127.03 moveto
+4917.21 130.6 lineto
+4927.23 134.03 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node27
+gsave
+[ /Rect [ 8782 60.5 9156 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($subopt_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8781.5 61 moveto
+8781.5 83 lineto
+9156.5 83 lineto
+9156.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8789.5 70 moveto 359 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/subopt.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node27
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.17 130.85 moveto
+5656.35 126.77 8013.86 111.71 8773 84 curveto
+8780.92 83.71 8789.02 83.38 8797.2 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.06 127.35 moveto
+4917.08 130.91 lineto
+4927.1 134.35 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4927.06 127.35 moveto
+4917.08 130.91 lineto
+4927.1 134.35 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node11
+gsave
+[ /Rect [ 4124 .5 4534 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($loop__energies_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4124 1 moveto
+4124 23 lineto
+4534 23 lineto
+4534 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4132 10 moveto 394 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/loop_energies.h) alignedtext
+grestore
+% Node10->Node11
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3528.98 60.39 moveto
+3707.54 49.59 3971.66 33.61 4146.95 23.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3528.72 56.9 moveto
+3518.95 61 lineto
+3529.14 63.88 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3528.72 56.9 moveto
+3518.95 61 lineto
+3529.14 63.88 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node12
+gsave
+[ /Rect [ 3145 .5 3529 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($pair__mat_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3145 1 moveto
+3145 23 lineto
+3529 23 lineto
+3529 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3153 10 moveto 368 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/pair_mat.h) alignedtext
+grestore
+% Node10->Node12
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3337 50.92 moveto
+3337 41.64 3337 31.11 3337 23.34 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3333.5 51 moveto
+3337 61 lineto
+3340.5 51 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 3333.5 51 moveto
+3337 61 lineto
+3340.5 51 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node16->Node11
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4789.97 59.93 moveto
+4686.3 49.15 4535.68 33.49 4435.14 23.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4789.86 63.44 moveto
+4800.17 61 lineto
+4790.58 56.48 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4789.86 63.44 moveto
+4800.17 61 lineto
+4790.58 56.48 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node22->Node23
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 7362.57 56.3 moveto
+7382.19 45.88 7407.46 32.47 7425.02 23.14 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 7360.92 53.21 moveto
+7353.73 61 lineto
+7364.2 59.4 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 7360.92 53.21 moveto
+7353.73 61 lineto
+7364.2 59.4 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 9200 188
+end
+restore
+%%EOF