JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / energy__const_8h__dep__incl.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/energy__const_8h__dep__incl.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/energy__const_8h__dep__incl.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3f4ed88
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1416 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: G
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 9426 248
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 9390 212 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node1
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 8754.5 181 moveto
+8754.5 203 lineto
+9161.5 203 lineto
+9161.5 181 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8754.5 181 moveto
+8754.5 203 lineto
+9161.5 203 lineto
+9161.5 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8762.5 190 moveto 391 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/energy_const.h) alignedtext
+grestore
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 4753 120.5 5167 143.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($data__structures_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4753 121 moveto
+4753 143 lineto
+5167 143 lineto
+5167 121 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4761 130 moveto 398 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/data_structures.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8744.11 188.79 moveto
+8048.14 178.35 5853.56 145.41 5167.24 135.11 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8744.19 192.29 moveto
+8754.24 188.94 lineto
+8744.3 185.29 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8744.19 192.29 moveto
+8754.24 188.94 lineto
+8744.3 185.29 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node17
+gsave
+[ /Rect [ 8776 60.5 9156 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($params_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8776 61 moveto
+8776 83 lineto
+9156 83 lineto
+9156 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8784 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/params.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node17
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8959.42 170.75 moveto
+8961.13 145.1 8963.94 102.94 8965.26 83.05 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8955.91 170.72 moveto
+8958.74 180.93 lineto
+8962.9 171.18 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8955.91 170.72 moveto
+8958.74 180.93 lineto
+8962.9 171.18 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node29
+gsave
+[ /Rect [ 8986 120.5 9382 143.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($energy__par_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8985.5 121 moveto
+8985.5 143 lineto
+9382.5 143 lineto
+9382.5 121 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8993.5 130 moveto 381 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/energy_par.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node29
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9009.34 178.37 moveto
+9049.6 167.68 9104.92 153 9142.43 143.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9008.22 175.05 moveto
+8999.45 181 lineto
+9010.02 181.81 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9008.22 175.05 moveto
+8999.45 181 lineto
+9010.02 181.81 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node3
+gsave
+[ /Rect [ 5956 60.5 6332 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($2Dfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5956 61 moveto
+5956 83 lineto
+6332 83 lineto
+6332 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5964 70 moveto 360 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/2Dfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.08 122.21 moveto
+5377.09 113 5682.1 98.51 5947 84 curveto
+5952.9 83.68 5958.9 83.34 5964.96 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5176.87 118.71 moveto
+5167.04 122.67 lineto
+5177.19 125.71 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5176.87 118.71 moveto
+5167.04 122.67 lineto
+5177.19 125.71 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+[ /Rect [ 8378 60.5 8758 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($2Dpfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8377.5 61 moveto
+8377.5 83 lineto
+8758.5 83 lineto
+8758.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8385.5 70 moveto 365 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/2Dpfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.52 130.25 moveto
+5826.69 124.83 7743.82 107.24 8369 84 curveto
+8376.87 83.71 8384.91 83.37 8393.03 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.09 126.76 moveto
+5167.12 130.34 lineto
+5177.15 133.76 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.09 126.76 moveto
+5167.12 130.34 lineto
+5177.15 133.76 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node5
+gsave
+[ /Rect [ 0 60.5 380 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($ali__plex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 61 moveto
+0 83 lineto
+380 83 lineto
+380 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/ali_plex.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.9 131.15 moveto
+3955.77 127.87 1252.77 114.56 389 84 curveto
+380.87 83.71 372.56 83.38 364.16 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.91 134.65 moveto
+4752.93 131.2 lineto
+4742.94 127.65 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.91 134.65 moveto
+4752.93 131.2 lineto
+4742.94 127.65 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node6
+gsave
+[ /Rect [ 398 60.5 770 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($alifold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 397.5 61 moveto
+397.5 83 lineto
+770.5 83 lineto
+770.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+405.5 70 moveto 357 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/alifold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.94 130.94 moveto
+4000.09 127.1 1562.43 112.58 779 84 curveto
+771.12 83.71 763.06 83.38 754.92 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.93 134.44 moveto
+4752.95 131 lineto
+4742.96 127.44 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.93 134.44 moveto
+4752.95 131 lineto
+4742.96 127.44 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node7
+gsave
+[ /Rect [ 788 60.5 1162 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($cofold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 788 61 moveto
+788 83 lineto
+1162 83 lineto
+1162 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+796 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/cofold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node7
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.61 130.63 moveto
+4046 126.04 1873.86 109.95 1171 84 curveto
+1163.16 83.71 1155.15 83.38 1147.07 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.73 134.13 moveto
+4752.75 130.7 lineto
+4742.78 127.14 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.73 134.13 moveto
+4752.75 130.7 lineto
+4742.78 127.14 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node8
+gsave
+[ /Rect [ 1180 60.5 1556 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($duplex_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1180 61 moveto
+1180 83 lineto
+1556 83 lineto
+1556 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1188 70 moveto 360 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/duplex.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.51 130.26 moveto
+4095.18 124.85 2187.33 107.34 1565 84 curveto
+1557.21 83.71 1549.25 83.37 1541.21 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.86 133.76 moveto
+4752.89 130.34 lineto
+4742.92 126.76 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.86 133.76 moveto
+4752.89 130.34 lineto
+4742.92 126.76 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node9
+gsave
+[ /Rect [ 1574 60.5 1954 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($findpath_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1574 61 moveto
+1574 83 lineto
+1954 83 lineto
+1954 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1582 70 moveto 364 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/findpath.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node9
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.53 129.77 moveto
+4148.1 123.47 2504.43 104.65 1963 84 curveto
+1955.3 83.71 1947.44 83.37 1939.5 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.89 133.27 moveto
+4752.93 129.88 lineto
+4742.97 126.27 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.89 133.27 moveto
+4752.93 129.88 lineto
+4742.97 126.27 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node10
+gsave
+[ /Rect [ 1972 60.5 2334 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($fold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 1972 61 moveto
+1972 83 lineto
+2334 83 lineto
+2334 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+1980 70 moveto 346 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/fold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node10
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.81 131.3 moveto
+4294.24 129.13 3232.94 120.25 2343 84 curveto
+2335.73 83.7 2328.31 83.37 2320.82 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.95 134.8 moveto
+4752.96 131.35 lineto
+4742.98 127.8 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.95 134.8 moveto
+4752.96 131.35 lineto
+4742.98 127.8 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node11
+gsave
+[ /Rect [ 6388 60.5 6774 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($fold__vars_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 6387.5 61 moveto
+6387.5 83 lineto
+6774.5 83 lineto
+6774.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+6395.5 70 moveto 371 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/fold_vars.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node11
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.21 126.24 moveto
+5454.85 118.51 5950.3 103.47 6374 84 curveto
+6380.83 83.69 6387.79 83.35 6394.82 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5176.92 122.75 moveto
+5167.02 126.53 lineto
+5177.11 129.75 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5176.92 122.75 moveto
+5167.02 126.53 lineto
+5177.11 129.75 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node14
+gsave
+[ /Rect [ 2768 60.5 3142 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($gquad_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 2767.5 61 moveto
+2767.5 83 lineto
+3142.5 83 lineto
+3142.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+2775.5 70 moveto 359 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/gquad.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node14
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.51 128.66 moveto
+4402.7 122.89 3725.27 109.19 3151 84 curveto
+3144.02 83.69 3136.9 83.36 3129.7 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.65 132.16 moveto
+4752.71 128.83 lineto
+4742.77 125.16 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.65 132.16 moveto
+4752.71 128.83 lineto
+4742.77 125.16 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node15
+gsave
+[ /Rect [ 3160 60.5 3534 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($LPfold_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3160 61 moveto
+3160 83 lineto
+3534 83 lineto
+3534 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3168 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/LPfold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node15
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.61 126.48 moveto
+4464.44 118.99 3967.72 104.19 3543 84 curveto
+3536.44 83.69 3529.77 83.36 3523.02 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.74 129.98 moveto
+4752.83 126.75 lineto
+4742.92 122.99 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.74 129.98 moveto
+4752.83 126.75 lineto
+4742.92 122.99 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node16
+gsave
+[ /Rect [ 3552 60.5 3918 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($MEA_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3551.5 61 moveto
+3551.5 83 lineto
+3918.5 83 lineto
+3918.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3559.5 70 moveto 351 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/MEA.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node16
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.51 122.91 moveto
+4533.43 113.92 4208.55 99.34 3927 84 curveto
+3921.16 83.68 3915.23 83.35 3909.23 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.55 126.41 moveto
+4752.69 123.34 lineto
+4742.85 119.42 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.55 126.41 moveto
+4752.69 123.34 lineto
+4742.85 119.42 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node2->Node17
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.2 130.62 moveto
+5875.8 125.98 8060.37 109.75 8767 84 curveto
+8774.96 83.71 8783.09 83.38 8791.3 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.01 127.13 moveto
+5167.03 130.69 lineto
+5177.05 134.13 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.01 127.13 moveto
+5167.03 130.69 lineto
+5177.05 134.13 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node18
+gsave
+[ /Rect [ 3936 60.5 4322 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 3936 61 moveto
+3936 83 lineto
+4322 83 lineto
+4322 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+3944 70 moveto 370 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node18
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4797.39 120.26 moveto
+4647.84 109.46 4427.76 93.57 4281.51 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4797.36 123.77 moveto
+4807.58 121 lineto
+4797.86 116.78 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4797.36 123.77 moveto
+4807.58 121 lineto
+4797.86 116.78 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node19
+gsave
+[ /Rect [ 4340 60.5 4742 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func__co_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4340 61 moveto
+4340 83 lineto
+4742 83 lineto
+4742 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4348 70 moveto 386 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func_co.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node19
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4873.22 119.57 moveto
+4798.04 108.81 4690.27 93.38 4618.07 83.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4872.75 123.04 moveto
+4883.15 121 lineto
+4873.75 116.11 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4872.75 123.04 moveto
+4883.15 121 lineto
+4873.75 116.11 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node20
+gsave
+[ /Rect [ 4760 60.5 5160 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($part__func__up_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4759.5 61 moveto
+4759.5 83 lineto
+5160.5 83 lineto
+5160.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4767.5 70 moveto 385 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/part_func_up.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node20
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4960 110.92 moveto
+4960 101.64 4960 91.11 4960 83.34 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4956.5 111 moveto
+4960 121 lineto
+4963.5 111 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4956.5 111 moveto
+4960 121 lineto
+4963.5 111 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node21
+gsave
+[ /Rect [ 5178 60.5 5556 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($PKplex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5178 61 moveto
+5178 83 lineto
+5556 83 lineto
+5556 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5186 70 moveto 362 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/PKplex.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node21
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5044.74 119.51 moveto
+5117.75 108.74 5222.15 93.35 5292.14 83.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5044.03 116.07 moveto
+5034.65 121 lineto
+5045.05 123 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5044.03 116.07 moveto
+5034.65 121 lineto
+5045.05 123 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node22
+gsave
+[ /Rect [ 5574 60.5 5938 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($plex_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 5573.5 61 moveto
+5573.5 83 lineto
+5938.5 83 lineto
+5938.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+5581.5 70 moveto 349 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/plex.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node22
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5116.19 120.23 moveto
+5259.43 109.43 5469.96 93.56 5609.92 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5115.71 116.75 moveto
+5106 121 lineto
+5116.23 123.73 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5115.71 116.75 moveto
+5106 121 lineto
+5116.23 123.73 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node23
+gsave
+[ /Rect [ 2352 60.5 2750 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($plot__layouts_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 2351.5 61 moveto
+2351.5 83 lineto
+2750.5 83 lineto
+2750.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+2359.5 70 moveto 383 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/plot_layouts.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node23
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.71 129.84 moveto
+4347.69 125.34 3485.52 112.87 2759 84 curveto
+2751.41 83.7 2743.67 83.37 2735.84 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.78 133.34 moveto
+4752.82 129.95 lineto
+4742.86 126.34 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 4742.78 133.34 moveto
+4752.82 129.95 lineto
+4742.86 126.34 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node24
+gsave
+[ /Rect [ 4177 .5 4555 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($PS__dot_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 4176.5 1 moveto
+4176.5 23 lineto
+4555.5 23 lineto
+4555.5 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+4184.5 10 moveto 363 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/PS_dot.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node24
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.32 128.29 moveto
+5561.22 121.2 6321.09 104.61 6341 84 curveto
+6348.41 76.33 6348.45 67.63 6341 60 curveto
+6310.09 28.33 5044.74 16.52 4555.94 13.14 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.13 124.79 moveto
+5167.2 128.47 lineto
+5177.26 131.79 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.13 124.79 moveto
+5167.2 128.47 lineto
+5177.26 131.79 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node25
+gsave
+[ /Rect [ 6792 60.5 7180 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($profiledist_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 6791.5 61 moveto
+6791.5 83 lineto
+7180.5 83 lineto
+7180.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+6799.5 70 moveto 373 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/profiledist.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node25
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.18 128.58 moveto
+5518.95 122.68 6203.14 108.77 6783 84 curveto
+6790.14 83.69 6797.43 83.36 6804.78 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.11 125.08 moveto
+5167.17 128.75 lineto
+5177.23 132.08 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.11 125.08 moveto
+5167.17 128.75 lineto
+5177.23 132.08 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node26
+gsave
+[ /Rect [ 7198 60.5 7576 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($snofold_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7197.5 61 moveto
+7197.5 83 lineto
+7576.5 83 lineto
+7576.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7205.5 70 moveto 363 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/snofold.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node26
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.33 130.13 moveto
+5576.14 126.08 6451.6 114.27 7189 84 curveto
+7196.31 83.7 7203.77 83.37 7211.31 83.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.09 126.63 moveto
+5167.13 130.24 lineto
+5177.16 133.63 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.09 126.63 moveto
+5167.13 130.24 lineto
+5177.16 133.63 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node27
+gsave
+[ /Rect [ 7594 60.5 7968 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($snoop_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7594 61 moveto
+7594 83 lineto
+7968 83 lineto
+7968 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7602 70 moveto 358 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/snoop.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node27
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.42 131.17 moveto
+5627.1 128.77 6692.02 119.48 7585 84 curveto
+7592.49 83.7 7600.15 83.37 7607.88 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.22 127.67 moveto
+5167.24 131.23 lineto
+5177.26 134.67 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.22 127.67 moveto
+5167.24 131.23 lineto
+5177.26 134.67 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node28
+gsave
+[ /Rect [ 7986 60.5 8360 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($subopt_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 7985.5 61 moveto
+7985.5 83 lineto
+8360.5 83 lineto
+8360.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+7993.5 70 moveto 359 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/subopt.h) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node28
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.14 129.82 moveto
+5774.04 123.64 7431.43 105.03 7977 84 curveto
+7984.66 83.7 7992.5 83.37 8000.41 83 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.1 126.32 moveto
+5167.13 129.93 lineto
+5177.17 133.32 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 5177.1 126.32 moveto
+5167.13 129.93 lineto
+5177.17 133.32 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node12
+gsave
+[ /Rect [ 8761 .5 9171 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($loop__energies_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 8761 1 moveto
+8761 23 lineto
+9171 23 lineto
+9171 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8769 10 moveto 394 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/loop_energies.h) alignedtext
+grestore
+% Node11->Node12
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6770.28 60.54 moveto
+6774.56 60.35 6778.8 60.17 6783 60 curveto
+7510 30.42 8374 18.21 8760.89 13.96 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6770.07 57.05 moveto
+6760.24 61 lineto
+6770.39 64.04 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6770.07 57.05 moveto
+6760.24 61 lineto
+6770.39 64.04 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node13
+gsave
+[ /Rect [ 6389 .5 6773 23.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($pair__mat_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 6389 1 moveto
+6389 23 lineto
+6773 23 lineto
+6773 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+6397 10 moveto 368 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/pair_mat.h) alignedtext
+grestore
+% Node11->Node13
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6581 50.92 moveto
+6581 41.64 6581 31.11 6581 23.34 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6577.5 51 moveto
+6581 61 lineto
+6584.5 51 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 6577.5 51 moveto
+6581 61 lineto
+6584.5 51 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node17->Node12
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8966 50.92 moveto
+8966 41.64 8966 31.11 8966 23.34 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8962.5 51 moveto
+8966 61 lineto
+8969.5 51 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 8962.5 51 moveto
+8966 61 lineto
+8969.5 51 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node23->Node24
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 2747.67 60.51 moveto
+2751.48 60.33 2755.26 60.16 2759 60 curveto
+3271.21 37.58 3875.73 22.62 4176.38 15.96 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 2747.35 57.02 moveto
+2737.52 60.99 lineto
+2747.67 64.01 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 2747.35 57.02 moveto
+2737.52 60.99 lineto
+2747.67 64.01 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node29->Node12
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9183.95 110.67 moveto
+9182.74 94.6 9178.44 73.15 9165 60 curveto
+9148.02 43.37 9094.46 31.02 9047.18 23.01 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9180.46 110.92 moveto
+9184.37 120.77 lineto
+9187.45 110.63 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 9180.46 110.92 moveto
+9184.37 120.77 lineto
+9187.45 110.63 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 9426 248
+end
+restore
+%%EOF