JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / group__consensus__mfe__fold.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__consensus__mfe__fold.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__consensus__mfe__fold.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0fd63de
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,295 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: structs
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 584 106
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 548 70 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node1
+gsave
+[ /Rect [ 0 39.5 244 62.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 40 moveto
+0 62 lineto
+244 62 lineto
+244 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 49 moveto 228 (Predicting Consensus Structures from Alignment\(s\)) alignedtext
+grestore
+% Node0
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 280 20 moveto
+280 42 lineto
+540 42 lineto
+540 20 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 280 20 moveto
+280 42 lineto
+540 42 lineto
+540 20 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+288 29 moveto 244 (MFE Consensus Structures for Sequence Alignment\(s\)) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node0
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 254.14 41.82 moveto
+262.69 41.23 271.29 40.63 279.83 40.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 253.87 38.33 moveto
+244.14 42.52 lineto
+254.36 45.32 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 253.87 38.33 moveto
+244.14 42.52 lineto
+254.36 45.32 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 1 -.5 243 22.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__mfe__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath .5 0 moveto
+.5 22 lineto
+243.5 22 lineto
+243.5 0 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8.5 9 moveto 227 (Calculating Minimum Free Energy \(MFE\) Structures) alignedtext
+grestore
+% Node2->Node0
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 253.87 20.16 moveto
+262.54 20.76 271.27 21.37 279.93 21.97 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 253.94 16.65 moveto
+243.72 19.45 lineto
+253.45 23.64 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 253.94 16.65 moveto
+243.72 19.45 lineto
+253.45 23.64 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 584 106
+end
+restore
+%%EOF