JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / group__folding__routines.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__folding__routines.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__folding__routines.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7833d67
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,615 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: structs
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 594 426
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 558 390 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node5
+gsave
+[ /Rect [ 255 359.5 499 382.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 255 360 moveto
+255 382 lineto
+499 382 lineto
+499 360 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+263 369 moveto 228 (Predicting Consensus Structures from Alignment\(s\)) alignedtext
+grestore
+% Node10
+gsave
+[ /Rect [ 294 319.5 460 342.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__class__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 293.5 320 moveto
+293.5 342 lineto
+460.5 342 lineto
+460.5 320 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+301.5 329 moveto 151 (Classified Dynamic Programming) alignedtext
+grestore
+% Node9
+gsave
+[ /Rect [ 262 279.5 492 302.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__inverse__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 261.5 280 moveto
+261.5 302 lineto
+492.5 302 lineto
+492.5 280 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+269.5 289 moveto 215 (Searching Sequences for Predefined Structures) alignedtext
+grestore
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 253 239.5 501 262.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__pf__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 253 240 moveto
+253 262 lineto
+501 262 lineto
+501 240 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+261 249 moveto 232 (Calculating Partition Functions and Pair Probabilities) alignedtext
+grestore
+% Node7
+gsave
+[ /Rect [ 204 199.5 550 222.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__energy__parameters.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 204 200 moveto
+204 222 lineto
+550 222 lineto
+550 200 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+212 209 moveto 330 (Change and Precalculate Energy Parameter Sets and Boltzmann Factors) alignedtext
+grestore
+% Node6
+gsave
+[ /Rect [ 246 159.5 508 182.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__local__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 245.5 160 moveto
+245.5 182 lineto
+508.5 182 lineto
+508.5 160 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+253.5 169 moveto 247 (Predicting Locally stable structures of large sequences) alignedtext
+grestore
+% Node3
+gsave
+[ /Rect [ 292 119.5 462 142.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 291.5 120 moveto
+291.5 142 lineto
+462.5 142 lineto
+462.5 120 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+299.5 129 moveto 155 (Enumerating Suboptimal Structures) alignedtext
+grestore
+% Node1
+gsave
+[ /Rect [ 256 79.5 498 102.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__mfe__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 255.5 80 moveto
+255.5 102 lineto
+498.5 102 lineto
+498.5 80 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+263.5 89 moveto 227 (Calculating Minimum Free Energy \(MFE\) Structures) alignedtext
+grestore
+% Node8
+gsave
+[ /Rect [ 329 39.5 425 62.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__eval.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 328.5 40 moveto
+328.5 62 lineto
+425.5 62 lineto
+425.5 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+336.5 49 moveto 81 (Energy evaluation) alignedtext
+grestore
+% Node0
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 0 180 moveto
+0 202 lineto
+168 202 lineto
+168 180 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 180 moveto
+0 202 lineto
+168 202 lineto
+168 180 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 189 moveto 152 (RNA Secondary Structure Folding) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 92.82 211.76 moveto
+109.05 247.14 147.27 318.43 204 351 curveto
+219.47 359.88 237 365.73 254.81 369.48 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 95.92 210.12 moveto
+88.66 202.41 lineto
+89.52 212.97 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 95.92 210.12 moveto
+88.66 202.41 lineto
+89.52 212.97 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node10
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 96.93 210.49 moveto
+116.46 238.14 156.34 287.96 204 311 curveto
+231.36 324.22 263.9 330.15 293.33 332.46 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 99.65 208.28 moveto
+91.1 202.03 lineto
+93.89 212.25 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 99.65 208.28 moveto
+91.1 202.03 lineto
+93.89 212.25 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node9
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 104.03 208.77 moveto
+126.61 227.68 165.23 256.78 204 271 curveto
+222.02 277.61 241.75 282.17 261.23 285.3 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 106.08 205.91 moveto
+96.2 202.08 lineto
+101.53 211.23 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 106.08 205.91 moveto
+96.2 202.08 lineto
+101.53 211.23 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 121.2 205.62 moveto
+144.62 214.26 175.67 224.71 204 231 curveto
+220.09 234.57 237.16 237.53 254.08 239.97 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 122.26 202.27 moveto
+111.66 202.04 lineto
+119.8 208.83 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 122.26 202.27 moveto
+111.66 202.04 lineto
+119.8 208.83 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node7
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.68 197.46 moveto
+190.59 198.28 203.03 199.12 215.61 199.98 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.57 193.95 moveto
+168.35 196.76 lineto
+178.09 200.93 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.57 193.95 moveto
+168.35 196.76 lineto
+178.09 200.93 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.38 184.56 moveto
+199.77 183.1 222.87 181.52 245.49 179.98 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.09 181.07 moveto
+168.35 185.24 lineto
+178.57 188.05 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.09 181.07 moveto
+168.35 185.24 lineto
+178.57 188.05 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 121.2 176.38 moveto
+144.62 167.74 175.67 157.29 204 151 curveto
+232.04 144.78 263.09 140.42 291.06 137.4 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 119.8 173.17 moveto
+111.66 179.96 lineto
+122.26 179.73 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 119.8 173.17 moveto
+111.66 179.96 lineto
+122.26 179.73 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node1
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 104.03 173.23 moveto
+126.61 154.32 165.23 125.22 204 111 curveto
+220.18 105.07 237.73 100.78 255.24 97.71 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 101.53 170.77 moveto
+96.2 179.92 lineto
+106.08 176.09 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 101.53 170.77 moveto
+96.2 179.92 lineto
+106.08 176.09 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 96.93 171.51 moveto
+116.46 143.86 156.34 94.04 204 71 curveto
+242.93 52.18 292.35 48.15 328.39 48.25 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 93.89 169.75 moveto
+91.1 179.97 lineto
+99.65 173.72 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 93.89 169.75 moveto
+91.1 179.97 lineto
+99.65 173.72 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+[ /Rect [ 226 -.5 528 22.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__cofold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 226 0 moveto
+226 22 lineto
+528 22 lineto
+528 0 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+234 9 moveto 286 (Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 92.82 170.24 moveto
+109.05 134.86 147.27 63.57 204 31 curveto
+210.95 27.01 218.31 23.63 225.93 20.78 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 89.52 169.03 moveto
+88.66 179.59 lineto
+95.92 171.88 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 89.52 169.03 moveto
+88.66 179.59 lineto
+95.92 171.88 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 594 426
+end
+restore
+%%EOF