JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / group__pf__fold.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__pf__fold.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__pf__fold.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6def719
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,535 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: structs
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 872 306
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 836 270 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node6
+gsave
+[ /Rect [ 489 239.5 827 262.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__pf__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 488.5 240 moveto
+488.5 262 lineto
+827.5 262 lineto
+827.5 240 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+496.5 249 moveto 323 (Partition Function and Base Pair Probabilities for Sequence Alignment\(s\)) alignedtext
+grestore
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 508 199.5 808 222.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__mea__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 508 200 moveto
+508 222 lineto
+808 222 lineto
+808 200 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+516 209 moveto 284 (Compute the structure with maximum expected accuracy \(MEA\)) alignedtext
+grestore
+% Node5
+gsave
+[ /Rect [ 491 159.5 825 182.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__up__cofold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 490.5 160 moveto
+490.5 182 lineto
+825.5 182 lineto
+825.5 160 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+498.5 169 moveto 319 (Partition Function for two hybridized Sequences as a stepwise Process) alignedtext
+grestore
+% Node0
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 204 120 moveto
+204 142 lineto
+452 142 lineto
+452 120 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 204 120 moveto
+204 142 lineto
+452 142 lineto
+452 120 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+212 129 moveto 232 (Calculating Partition Functions and Pair Probabilities) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 348.89 148.37 moveto
+378.02 171.53 433.43 211.83 488 231 curveto
+498.09 234.55 508.71 237.49 519.5 239.93 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 351.04 145.61 moveto
+341.06 142.05 lineto
+346.64 151.05 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 351.04 145.61 moveto
+341.06 142.05 lineto
+346.64 151.05 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 361.1 146.11 moveto
+392.95 160 442.8 180.04 488 191 curveto
+502.73 194.57 518.34 197.51 533.89 199.94 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 362.38 142.85 moveto
+351.82 142.02 lineto
+359.56 149.26 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 362.38 142.85 moveto
+351.82 142.02 lineto
+359.56 149.26 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node0->Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 425.25 143.27 moveto
+445.96 145.85 467.7 148.54 488 151 curveto
+512.34 153.95 538.65 157.08 563.12 159.96 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 425.53 139.78 moveto
+415.18 142.01 lineto
+424.67 146.73 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 425.53 139.78 moveto
+415.18 142.01 lineto
+424.67 146.73 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node8
+gsave
+[ /Rect [ 513 119.5 803 142.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__kl__neighborhood__pf.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 513 120 moveto
+513 142 lineto
+803 142 lineto
+803 120 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+521 129 moveto 274 (Calculate Partition Functions of a Distance Based Partitioning) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 462.53 131 moveto
+479.08 131 496.05 131 512.74 131 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 462.29 127.5 moveto
+452.29 131 lineto
+462.29 134.5 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 462.29 127.5 moveto
+452.29 131 lineto
+462.29 134.5 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node3
+gsave
+[ /Rect [ 582 79.5 734 102.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__centroid__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 581.5 80 moveto
+581.5 102 lineto
+734.5 102 lineto
+734.5 80 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+589.5 89 moveto 137 (Compute the centroid structure) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 425.25 118.73 moveto
+445.96 116.15 467.7 113.46 488 111 curveto
+518.53 107.3 552.17 103.32 581.4 99.89 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 424.67 115.27 moveto
+415.18 119.99 lineto
+425.53 122.22 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 424.67 115.27 moveto
+415.18 119.99 lineto
+425.53 122.22 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+[ /Rect [ 544 39.5 772 62.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__pf__cofold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 543.5 40 moveto
+543.5 62 lineto
+772.5 62 lineto
+772.5 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+551.5 49 moveto 213 (Partition Function for two hybridized Sequences) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 361.1 115.89 moveto
+392.95 102 442.8 81.96 488 71 curveto
+505.76 66.69 524.8 63.3 543.48 60.63 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 359.56 112.74 moveto
+351.82 119.98 lineto
+362.38 119.15 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 359.56 112.74 moveto
+351.82 119.98 lineto
+362.38 119.15 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node7
+gsave
+[ /Rect [ 525 -.5 791 22.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__local__pf__fold.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 524.5 0 moveto
+524.5 22 lineto
+791.5 22 lineto
+791.5 0 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+532.5 9 moveto 251 (Partition functions for locally stable secondary structures) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node7
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 348.89 113.63 moveto
+378.02 90.47 433.43 50.17 488 31 curveto
+499.64 26.91 511.97 23.62 524.46 20.98 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 346.64 110.95 moveto
+341.06 119.95 lineto
+351.04 116.39 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 346.64 110.95 moveto
+341.06 119.95 lineto
+351.04 116.39 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node1
+gsave
+[ /Rect [ 0 119.5 168 142.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__folding__routines.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 120 moveto
+0 142 lineto
+168 142 lineto
+168 120 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 129 moveto 152 (RNA Secondary Structure Folding) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node0
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.34 131 moveto
+186.64 131 195.12 131 203.62 131 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.31 127.5 moveto
+168.31 131 lineto
+178.31 134.5 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.31 127.5 moveto
+168.31 131 lineto
+178.31 134.5 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 872 306
+end
+restore
+%%EOF