JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / group__subopt__fold.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__subopt__fold.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__subopt__fold.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8f0f070
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,375 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: structs
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 748 146
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 712 110 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node2
+gsave
+[ /Rect [ 433 79.5 683 102.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__zuker.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 432.5 80 moveto
+432.5 102 lineto
+683.5 102 lineto
+683.5 80 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+440.5 89 moveto 235 (Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989) alignedtext
+grestore
+% Node0
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 204.5 40 moveto
+204.5 62 lineto
+375.5 62 lineto
+375.5 40 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 204.5 40 moveto
+204.5 62 lineto
+375.5 62 lineto
+375.5 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+212.5 49 moveto 155 (Enumerating Suboptimal Structures) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 365.2 63.65 moveto
+380.67 66.16 396.85 68.72 412 71 curveto
+432.24 74.04 454.09 77.14 474.56 79.96 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 365.6 60.17 moveto
+355.16 62.01 lineto
+364.47 67.07 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 365.6 60.17 moveto
+355.16 62.01 lineto
+364.47 67.07 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+[ /Rect [ 460 39.5 656 62.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__stochbt.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 459.5 40 moveto
+459.5 62 lineto
+656.5 62 lineto
+656.5 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+467.5 49 moveto 181 (Stochastic backtracking in the Ensemble) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 385.66 51 moveto
+409.56 51 435.23 51 459.28 51 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 385.53 47.5 moveto
+375.53 51 lineto
+385.53 54.5 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 385.53 47.5 moveto
+375.53 51 lineto
+385.53 54.5 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node3
+gsave
+[ /Rect [ 413 -.5 703 22.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__wuchty.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 412.5 0 moveto
+412.5 22 lineto
+703.5 22 lineto
+703.5 0 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+420.5 9 moveto 275 (Suboptimal structures within an energy band arround the MFE) alignedtext
+grestore
+% Node0->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 365.2 38.35 moveto
+380.67 35.84 396.85 33.28 412 31 curveto
+432.24 27.96 454.09 24.86 474.56 22.04 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 364.47 34.93 moveto
+355.16 39.99 lineto
+365.6 41.83 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 364.47 34.93 moveto
+355.16 39.99 lineto
+365.6 41.83 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node1
+gsave
+[ /Rect [ 0 39.5 168 62.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($group__folding__routines.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 0 40 moveto
+0 62 lineto
+168 62 lineto
+168 40 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 49 moveto 152 (RNA Secondary Structure Folding) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node0
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.2 51 moveto
+186.86 51 195.6 51 204.18 51 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.09 47.5 moveto
+168.09 51 lineto
+178.09 54.5 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 178.09 47.5 moveto
+168.09 51 lineto
+178.09 54.5 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 748 146
+end
+restore
+%%EOF