JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / loop__energies_8h__incl.eps
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/loop__energies_8h__incl.eps b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/loop__energies_8h__incl.eps
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b7a0ee8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,681 @@
+%!PS-Adobe-3.0
+%%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
+%%Title: G
+%%Pages: (atend)
+%%BoundingBox: (atend)
+%%EndComments
+save
+%%BeginProlog
+/DotDict 200 dict def
+DotDict begin
+
+/setupLatin1 {
+mark
+/EncodingVector 256 array def
+ EncodingVector 0
+
+ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
+EncodingVector 45 /hyphen put
+
+% Set up ISO Latin 1 character encoding
+/starnetISO {
+        dup dup findfont dup length dict begin
+        { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
+        } forall
+        /Encoding EncodingVector def
+        currentdict end definefont
+} def
+/Times-Roman starnetISO def
+/Times-Italic starnetISO def
+/Times-Bold starnetISO def
+/Times-BoldItalic starnetISO def
+/Helvetica starnetISO def
+/Helvetica-Oblique starnetISO def
+/Helvetica-Bold starnetISO def
+/Helvetica-BoldOblique starnetISO def
+/Courier starnetISO def
+/Courier-Oblique starnetISO def
+/Courier-Bold starnetISO def
+/Courier-BoldOblique starnetISO def
+cleartomark
+} bind def
+
+%%BeginResource: procset graphviz 0 0
+/coord-font-family /Times-Roman def
+/default-font-family /Times-Roman def
+/coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
+
+/InvScaleFactor 1.0 def
+/set_scale {
+       dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
+       scale
+} bind def
+
+% styles
+/solid { [] 0 setdash } bind def
+/dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
+/dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
+/invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
+/bold { 2 setlinewidth } bind def
+/filled { } bind def
+/unfilled { } bind def
+/rounded { } bind def
+/diagonals { } bind def
+
+% hooks for setting color 
+/nodecolor { sethsbcolor } bind def
+/edgecolor { sethsbcolor } bind def
+/graphcolor { sethsbcolor } bind def
+/nopcolor {pop pop pop} bind def
+
+/beginpage {   % i j npages
+       /npages exch def
+       /j exch def
+       /i exch def
+       /str 10 string def
+       npages 1 gt {
+               gsave
+                       coordfont setfont
+                       0 0 moveto
+                       (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
+               grestore
+       } if
+} bind def
+
+/set_font {
+       findfont exch
+       scalefont setfont
+} def
+
+% draw text fitted to its expected width
+/alignedtext {                 % width text
+       /text exch def
+       /width exch def
+       gsave
+               width 0 gt {
+                       [] 0 setdash
+                       text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
+               } if
+       grestore
+} def
+
+/boxprim {                             % xcorner ycorner xsize ysize
+               4 2 roll
+               moveto
+               2 copy
+               exch 0 rlineto
+               0 exch rlineto
+               pop neg 0 rlineto
+               closepath
+} bind def
+
+/ellipse_path {
+       /ry exch def
+       /rx exch def
+       /y exch def
+       /x exch def
+       matrix currentmatrix
+       newpath
+       x y translate
+       rx ry scale
+       0 0 1 0 360 arc
+       setmatrix
+} bind def
+
+/endpage { showpage } bind def
+/showpage { } def
+
+/layercolorseq
+       [       % layer color sequence - darkest to lightest
+               [0 0 0]
+               [.2 .8 .8]
+               [.4 .8 .8]
+               [.6 .8 .8]
+               [.8 .8 .8]
+       ]
+def
+
+/layerlen layercolorseq length def
+
+/setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
+       layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
+       aload pop sethsbcolor
+       /nodecolor {nopcolor} def
+       /edgecolor {nopcolor} def
+       /graphcolor {nopcolor} def
+} bind def
+
+/onlayer { curlayer ne {invis} if } def
+
+/onlayers {
+       /myupper exch def
+       /mylower exch def
+       curlayer mylower lt
+       curlayer myupper gt
+       or
+       {invis} if
+} def
+
+/curlayer 0 def
+
+%%EndResource
+%%EndProlog
+%%BeginSetup
+14 default-font-family set_font
+1 setmiterlimit
+% /arrowlength 10 def
+% /arrowwidth 5 def
+
+% make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
+/pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
+% make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
+/languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
+2 lt {
+    userdict (<<) cvn ([) cvn load put
+    userdict (>>) cvn ([) cvn load put
+} if
+
+%%EndSetup
+setupLatin1
+%%Page: 1 1
+%%PageBoundingBox: 36 36 600 308
+%%PageOrientation: Portrait
+0 0 1 beginpage
+gsave
+36 36 564 272 boxprim clip newpath
+1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
+% Node1
+gsave
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 44 241 moveto
+44 263 lineto
+454 263 lineto
+454 241 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+filled
+0 0 0 nodecolor
+newpath 44 241 moveto
+44 263 lineto
+454 263 lineto
+454 241 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+52 250 moveto 394 (/homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H/loop_energies.h) alignedtext
+grestore
+% Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 0 181 moveto
+0 203 lineto
+46 203 lineto
+46 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+8 190 moveto 30 (stdio.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node2
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 197.5 240.97 moveto
+160.37 232.64 108.95 220.29 55.88 204.06 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 56.9 200.71 moveto
+46.31 201.1 lineto
+54.83 207.4 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 56.9 200.71 moveto
+46.31 201.1 lineto
+54.83 207.4 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 63.5 181 moveto
+63.5 203 lineto
+110.5 203 lineto
+110.5 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+71.5 190 moveto 31 (stdlib.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node3
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 219.04 240.99 moveto
+194.63 232 159.05 218.88 120.17 204.43 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 121.35 201.13 moveto
+110.76 200.93 lineto
+118.91 207.69 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 121.35 201.13 moveto
+110.76 200.93 lineto
+118.91 207.69 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 128 181 moveto
+128 203 lineto
+174 203 lineto
+174 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+136 190 moveto 30 (math.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node4
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 231.03 241 moveto
+216.2 231.92 194.94 218.9 178.05 208.56 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 179.55 205.37 moveto
+169.19 203.14 lineto
+175.89 211.34 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 179.55 205.37 moveto
+169.19 203.14 lineto
+175.89 211.34 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 192 181 moveto
+192 203 lineto
+240 203 lineto
+240 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+200 190 moveto 32 (ctype.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node5
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 242.95 241 moveto
+238.54 232.98 232.44 221.88 227.15 212.28 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 230.12 210.42 moveto
+222.24 203.34 lineto
+223.99 213.79 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 230.12 210.42 moveto
+222.24 203.34 lineto
+223.99 213.79 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 258 181 moveto
+258 203 lineto
+306 203 lineto
+306 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+266 190 moveto 32 (string.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node6
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 255.05 241 moveto
+259.46 232.98 265.56 221.88 270.85 212.28 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 274.01 213.79 moveto
+275.76 203.34 lineto
+267.88 210.42 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 274.01 213.79 moveto
+275.76 203.34 lineto
+267.88 210.42 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node7
+gsave
+[ /Rect [ 324 180.5 382 203.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($params_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 324 181 moveto
+324 203 lineto
+382 203 lineto
+382 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+332 190 moveto 42 (params.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node7
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 268.08 241 moveto
+283.95 231.83 306.79 218.66 324.79 208.28 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 326.78 211.17 moveto
+333.69 203.14 lineto
+323.28 205.1 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 326.78 211.17 moveto
+333.69 203.14 lineto
+323.28 205.1 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node11
+gsave
+[ /Rect [ 400 180.5 464 203.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($fold__vars_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 399.5 181 moveto
+399.5 203 lineto
+464.5 203 lineto
+464.5 181 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+407.5 190 moveto 49 (fold_vars.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node11
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 282.57 241 moveto
+312.68 231.12 357.01 216.59 389.57 205.91 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 390.85 209.17 moveto
+399.26 202.73 lineto
+388.67 202.52 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 390.85 209.17 moveto
+399.26 202.73 lineto
+388.67 202.52 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node12
+gsave
+[ /Rect [ 482 120.5 556 143.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($energy__par_8h_source.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 481.5 121 moveto
+481.5 143 lineto
+556.5 143 lineto
+556.5 121 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+489.5 130 moveto 59 (energy_par.h) alignedtext
+grestore
+% Node1->Node12
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 332.37 240.96 moveto
+386.2 232.56 450.29 219.76 473 204 curveto
+491.17 191.39 503.77 169.06 511.13 152.6 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 514.42 153.82 moveto
+515.04 143.24 lineto
+507.96 151.12 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 514.42 153.82 moveto
+515.04 143.24 lineto
+507.96 151.12 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node8
+gsave
+[ /Rect [ 376 60.5 460 83.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($energy__const_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 375.5 61 moveto
+375.5 83 lineto
+460.5 83 lineto
+460.5 61 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+383.5 70 moveto 69 (energy_const.h) alignedtext
+grestore
+% Node7->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 352.22 180.77 moveto
+351.68 165.94 352.5 139.43 363 120 curveto
+369.66 107.68 380.81 97.06 391.34 88.96 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 393.5 91.72 moveto
+399.55 83.02 lineto
+389.4 86.04 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 393.5 91.72 moveto
+399.55 83.02 lineto
+389.4 86.04 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node10
+gsave
+[ /Rect [ 372 120.5 464 143.5 ]
+  /Border [ 0 0 0 ]
+  /Action << /Subtype /URI /URI ($data__structures_8h.html) >>
+  /Subtype /Link
+/ANN pdfmark
+1 setlinewidth
+0 0 0 nodecolor
+newpath 372 121 moveto
+372 143 lineto
+464 143 lineto
+464 121 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+380 130 moveto 76 (data_structures.h) alignedtext
+grestore
+% Node7->Node10
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 364.92 181 moveto
+374.24 172.39 387.4 160.25 398.28 150.21 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 400.74 152.7 moveto
+405.71 143.34 lineto
+395.99 147.55 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 400.74 152.7 moveto
+405.71 143.34 lineto
+395.99 147.55 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node9
+gsave
+1 setlinewidth
+0 0 0.74902 nodecolor
+newpath 394.5 1 moveto
+394.5 23 lineto
+441.5 23 lineto
+441.5 1 lineto
+closepath stroke
+0 0 0 nodecolor
+10 /FreeSans set_font
+402.5 10 moveto 31 (limits.h) alignedtext
+grestore
+% Node8->Node9
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 418 61 moveto
+418 53.31 418 42.8 418 33.49 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 421.5 33.34 moveto
+418 23.34 lineto
+414.5 33.34 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 421.5 33.34 moveto
+418 23.34 lineto
+414.5 33.34 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node10->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 418 121 moveto
+418 113.31 418 102.8 418 93.49 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 421.5 93.34 moveto
+418 83.34 lineto
+414.5 93.34 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 421.5 93.34 moveto
+418 83.34 lineto
+414.5 93.34 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node11->Node10
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 429.43 181 moveto
+427.62 173.23 425.13 162.57 422.94 153.19 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 426.33 152.29 moveto
+420.65 143.34 lineto
+419.51 153.88 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 426.33 152.29 moveto
+420.65 143.34 lineto
+419.51 153.88 lineto
+closepath stroke
+grestore
+% Node12->Node8
+gsave
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 500.48 121 moveto
+485.05 111.83 462.87 98.66 445.4 88.28 curveto
+stroke
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 447.13 85.24 moveto
+436.75 83.14 lineto
+443.56 91.25 lineto
+closepath fill
+1 setlinewidth
+solid
+0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
+newpath 447.13 85.24 moveto
+436.75 83.14 lineto
+443.56 91.25 lineto
+closepath stroke
+grestore
+endpage
+showpage
+grestore
+%%PageTrailer
+%%EndPage: 1
+%%Trailer
+%%Pages: 1
+%%BoundingBox: 36 36 600 308
+end
+restore
+%%EOF