Add missing doc files
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / refman.log
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/refman.log b/binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/refman.log
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1177aaa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,4018 @@
+This is pdfTeX, Version 3.1415926-2.4-1.40.13 (TeX Live 2012/Debian) (format=pdflatex 2013.6.7)  5 SEP 2013 11:51
+entering extended mode
+ restricted \write18 enabled.
+ %&-line parsing enabled.
+**refman
+(./refman.tex
+LaTeX2e <2011/06/27>
+Babel <v3.8m> and hyphenation patterns for english, dumylang, nohyphenation, lo
+aded.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/book.cls
+Document Class: book 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/bk10.clo
+File: bk10.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
+)
+\c@part=\count79
+\c@chapter=\count80
+\c@section=\count81
+\c@subsection=\count82
+\c@subsubsection=\count83
+\c@paragraph=\count84
+\c@subparagraph=\count85
+\c@figure=\count86
+\c@table=\count87
+\abovecaptionskip=\skip41
+\belowcaptionskip=\skip42
+\bibindent=\dimen102
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/geometry/geometry.sty
+Package: geometry 2010/09/12 v5.6 Page Geometry
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty
+Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
+\KV@toks@=\toks14
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
+Package: ifpdf 2011/01/30 v2.3 Provides the ifpdf switch (HO)
+Package ifpdf Info: pdfTeX in PDF mode is detected.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
+Package: ifvtex 2010/03/01 v1.5 Detect VTeX and its facilities (HO)
+Package ifvtex Info: VTeX not detected.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
+Package: ifxetex 2010/09/12 v0.6 Provides ifxetex conditional
+)
+\Gm@cnth=\count88
+\Gm@cntv=\count89
+\c@Gm@tempcnt=\count90
+\Gm@bindingoffset=\dimen103
+\Gm@wd@mp=\dimen104
+\Gm@odd@mp=\dimen105
+\Gm@even@mp=\dimen106
+\Gm@layoutwidth=\dimen107
+\Gm@layoutheight=\dimen108
+\Gm@layouthoffset=\dimen109
+\Gm@layoutvoffset=\dimen110
+\Gm@dimlist=\toks15
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/makeidx.sty
+Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/natbib/natbib.sty
+Package: natbib 2010/09/13 8.31b (PWD, AO)
+\bibhang=\skip43
+\bibsep=\skip44
+LaTeX Info: Redefining \cite on input line 694.
+\c@NAT@ctr=\count91
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty
+Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphics.sty
+Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/trig.sty
+Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/graphics.cfg
+File: graphics.cfg 2010/04/23 v1.9 graphics configuration of TeX Live
+)
+Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
+File: pdftex.def 2011/05/27 v0.06d Graphics/color for pdfTeX
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
+Package: infwarerr 2010/04/08 v1.3 Providing info/warning/error messages (HO)
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ltxcmds.sty
+Package: ltxcmds 2011/11/09 v1.22 LaTeX kernel commands for general use (HO)
+)
+\Gread@gobject=\count92
+))
+\Gin@req@height=\dimen111
+\Gin@req@width=\dimen112
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/multicol.sty
+Package: multicol 2011/06/27 v1.7a multicolumn formatting (FMi)
+\c@tracingmulticols=\count93
+\mult@box=\box26
+\multicol@leftmargin=\dimen113
+\c@unbalance=\count94
+\c@collectmore=\count95
+\doublecol@number=\count96
+\multicoltolerance=\count97
+\multicolpretolerance=\count98
+\full@width=\dimen114
+\page@free=\dimen115
+\premulticols=\dimen116
+\postmulticols=\dimen117
+\multicolsep=\skip45
+\multicolbaselineskip=\skip46
+\partial@page=\box27
+\last@line=\box28
+\mult@rightbox=\box29
+\mult@grightbox=\box30
+\mult@gfirstbox=\box31
+\mult@firstbox=\box32
+\@tempa=\box33
+\@tempa=\box34
+\@tempa=\box35
+\@tempa=\box36
+\@tempa=\box37
+\@tempa=\box38
+\@tempa=\box39
+\@tempa=\box40
+\@tempa=\box41
+\@tempa=\box42
+\@tempa=\box43
+\@tempa=\box44
+\@tempa=\box45
+\@tempa=\box46
+\@tempa=\box47
+\@tempa=\box48
+\@tempa=\box49
+\c@columnbadness=\count99
+\c@finalcolumnbadness=\count100
+\last@try=\dimen118
+\multicolovershoot=\dimen119
+\multicolundershoot=\dimen120
+\mult@nat@firstbox=\box50
+\colbreak@box=\box51
+\multicol@sort@counter=\count101
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/float/float.sty
+Package: float 2001/11/08 v1.3d Float enhancements (AL)
+\c@float@type=\count102
+\float@exts=\toks16
+\float@box=\box52
+\@float@everytoks=\toks17
+\@floatcapt=\box53
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.sty
+\lst@mode=\count103
+\lst@gtempboxa=\box54
+\lst@token=\toks18
+\lst@length=\count104
+\lst@currlwidth=\dimen121
+\lst@column=\count105
+\lst@pos=\count106
+\lst@lostspace=\dimen122
+\lst@width=\dimen123
+\lst@newlines=\count107
+\lst@lineno=\count108
+\lst@maxwidth=\dimen124
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
+File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
+\c@lstnumber=\count109
+\lst@skipnumbers=\count110
+\lst@framebox=\box55
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.cfg
+File: listings.cfg 2007/02/22 1.4 listings configuration
+))
+Package: listings 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/color.sty
+Package: color 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
+File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
+)
+Package color Info: Driver file: pdftex.def on input line 130.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ifthen.sty
+Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/xcolor/xcolor.sty
+Package: xcolor 2007/01/21 v2.11 LaTeX color extensions (UK)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
+File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
+)
+Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 225.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/colortbl/colortbl.sty
+Package: colortbl 2012/02/13 v1.0a Color table columns (DPC)
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/array.sty
+Package: array 2008/09/09 v2.4c Tabular extension package (FMi)
+\col@sep=\dimen125
+\extrarowheight=\dimen126
+\NC@list=\toks19
+\extratabsurround=\skip47
+\backup@length=\skip48
+)
+\everycr=\toks20
+\minrowclearance=\skip49
+)
+LaTeX Info: Redefining \color on input line 702.
+\rownum=\count111
+Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1337.
+Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1341.
+Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1353.
+Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1355.
+Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1356.
+Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1357.
+Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1358.
+Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1359.
+Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1360.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/textcomp.sty
+Package: textcomp 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
+Package textcomp Info: Sub-encoding information:
+(textcomp)               5 = only ISO-Adobe without \textcurrency
+(textcomp)               4 = 5 + \texteuro
+(textcomp)               3 = 4 + \textohm
+(textcomp)               2 = 3 + \textestimated + \textcurrency
+(textcomp)               1 = TS1 - \textcircled - \t
+(textcomp)               0 = TS1 (full)
+(textcomp)             Font families with sub-encoding setting implement
+(textcomp)             only a restricted character set as indicated.
+(textcomp)             Family '?' is the default used for unknown fonts.
+(textcomp)             See the documentation for details.
+Package textcomp Info: Setting ? sub-encoding to TS1/1 on input line 71.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.def
+File: ts1enc.def 2001/06/05 v3.0e (jk/car/fm) Standard LaTeX file
+)
+LaTeX Info: Redefining \oldstylenums on input line 266.
+Package textcomp Info: Setting cmr sub-encoding to TS1/0 on input line 281.
+Package textcomp Info: Setting cmss sub-encoding to TS1/0 on input line 282.
+Package textcomp Info: Setting cmtt sub-encoding to TS1/0 on input line 283.
+Package textcomp Info: Setting cmvtt sub-encoding to TS1/0 on input line 284.
+Package textcomp Info: Setting cmbr sub-encoding to TS1/0 on input line 285.
+Package textcomp Info: Setting cmtl sub-encoding to TS1/0 on input line 286.
+Package textcomp Info: Setting ccr sub-encoding to TS1/0 on input line 287.
+Package textcomp Info: Setting ptm sub-encoding to TS1/4 on input line 288.
+Package textcomp Info: Setting pcr sub-encoding to TS1/4 on input line 289.
+Package textcomp Info: Setting phv sub-encoding to TS1/4 on input line 290.
+Package textcomp Info: Setting ppl sub-encoding to TS1/3 on input line 291.
+Package textcomp Info: Setting pag sub-encoding to TS1/4 on input line 292.
+Package textcomp Info: Setting pbk sub-encoding to TS1/4 on input line 293.
+Package textcomp Info: Setting pnc sub-encoding to TS1/4 on input line 294.
+Package textcomp Info: Setting pzc sub-encoding to TS1/4 on input line 295.
+Package textcomp Info: Setting bch sub-encoding to TS1/4 on input line 296.
+Package textcomp Info: Setting put sub-encoding to TS1/5 on input line 297.
+Package textcomp Info: Setting uag sub-encoding to TS1/5 on input line 298.
+Package textcomp Info: Setting ugq sub-encoding to TS1/5 on input line 299.
+Package textcomp Info: Setting ul8 sub-encoding to TS1/4 on input line 300.
+Package textcomp Info: Setting ul9 sub-encoding to TS1/4 on input line 301.
+Package textcomp Info: Setting augie sub-encoding to TS1/5 on input line 302.
+Package textcomp Info: Setting dayrom sub-encoding to TS1/3 on input line 303.
+Package textcomp Info: Setting dayroms sub-encoding to TS1/3 on input line 304.
+
+Package textcomp Info: Setting pxr sub-encoding to TS1/0 on input line 305.
+Package textcomp Info: Setting pxss sub-encoding to TS1/0 on input line 306.
+Package textcomp Info: Setting pxtt sub-encoding to TS1/0 on input line 307.
+Package textcomp Info: Setting txr sub-encoding to TS1/0 on input line 308.
+Package textcomp Info: Setting txss sub-encoding to TS1/0 on input line 309.
+Package textcomp Info: Setting txtt sub-encoding to TS1/0 on input line 310.
+Package textcomp Info: Setting lmr sub-encoding to TS1/0 on input line 311.
+Package textcomp Info: Setting lmdh sub-encoding to TS1/0 on input line 312.
+Package textcomp Info: Setting lmss sub-encoding to TS1/0 on input line 313.
+Package textcomp Info: Setting lmssq sub-encoding to TS1/0 on input line 314.
+Package textcomp Info: Setting lmvtt sub-encoding to TS1/0 on input line 315.
+Package textcomp Info: Setting qhv sub-encoding to TS1/0 on input line 316.
+Package textcomp Info: Setting qag sub-encoding to TS1/0 on input line 317.
+Package textcomp Info: Setting qbk sub-encoding to TS1/0 on input line 318.
+Package textcomp Info: Setting qcr sub-encoding to TS1/0 on input line 319.
+Package textcomp Info: Setting qcs sub-encoding to TS1/0 on input line 320.
+Package textcomp Info: Setting qpl sub-encoding to TS1/0 on input line 321.
+Package textcomp Info: Setting qtm sub-encoding to TS1/0 on input line 322.
+Package textcomp Info: Setting qzc sub-encoding to TS1/0 on input line 323.
+Package textcomp Info: Setting qhvc sub-encoding to TS1/0 on input line 324.
+Package textcomp Info: Setting futs sub-encoding to TS1/4 on input line 325.
+Package textcomp Info: Setting futx sub-encoding to TS1/4 on input line 326.
+Package textcomp Info: Setting futj sub-encoding to TS1/4 on input line 327.
+Package textcomp Info: Setting hlh sub-encoding to TS1/3 on input line 328.
+Package textcomp Info: Setting hls sub-encoding to TS1/3 on input line 329.
+Package textcomp Info: Setting hlst sub-encoding to TS1/3 on input line 330.
+Package textcomp Info: Setting hlct sub-encoding to TS1/5 on input line 331.
+Package textcomp Info: Setting hlx sub-encoding to TS1/5 on input line 332.
+Package textcomp Info: Setting hlce sub-encoding to TS1/5 on input line 333.
+Package textcomp Info: Setting hlcn sub-encoding to TS1/5 on input line 334.
+Package textcomp Info: Setting hlcw sub-encoding to TS1/5 on input line 335.
+Package textcomp Info: Setting hlcf sub-encoding to TS1/5 on input line 336.
+Package textcomp Info: Setting pplx sub-encoding to TS1/3 on input line 337.
+Package textcomp Info: Setting pplj sub-encoding to TS1/3 on input line 338.
+Package textcomp Info: Setting ptmx sub-encoding to TS1/4 on input line 339.
+Package textcomp Info: Setting ptmj sub-encoding to TS1/4 on input line 340.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/alltt.sty
+Package: alltt 1997/06/16 v2.0g defines alltt environment
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
+Package: hyperref 2012/05/13 v6.82q Hypertext links for LaTeX
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-hyperref.sty
+Package: hobsub-hyperref 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset hyperref (HO)
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-generic.sty
+Package: hobsub-generic 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset generic (HO)
+Package: hobsub 2012/05/28 v1.13 Construct package bundles (HO)
+Package hobsub Info: Skipping package `infwarerr' (already loaded).
+Package hobsub Info: Skipping package `ltxcmds' (already loaded).
+Package: ifluatex 2010/03/01 v1.3 Provides the ifluatex switch (HO)
+Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
+Package hobsub Info: Skipping package `ifvtex' (already loaded).
+Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable calculations with integers (HO)
+Package hobsub Info: Skipping package `ifpdf' (already loaded).
+Package: etexcmds 2011/02/16 v1.5 Avoid name clashes with e-TeX commands (HO)
+Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
+(etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
+(etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
+(etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
+Package: kvsetkeys 2012/04/25 v1.16 Key value parser (HO)
+Package: kvdefinekeys 2011/04/07 v1.3 Define keys (HO)
+Package: pdftexcmds 2011/11/29 v0.20 Utility functions of pdfTeX for LuaTeX (HO
+)
+Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
+Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
+Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
+Package pdftexcmds Info: \pdfdraftmode found.
+Package: pdfescape 2011/11/25 v1.13 Implements pdfTeX's escape features (HO)
+Package: bigintcalc 2012/04/08 v1.3 Expandable calculations on big integers (HO
+)
+Package: bitset 2011/01/30 v1.1 Handle bit-vector datatype (HO)
+Package: uniquecounter 2011/01/30 v1.2 Provide unlimited unique counter (HO)
+)
+Package hobsub Info: Skipping package `hobsub' (already loaded).
+Package: letltxmacro 2010/09/02 v1.4 Let assignment for LaTeX macros (HO)
+Package: hopatch 2012/05/28 v1.2 Wrapper for package hooks (HO)
+Package: xcolor-patch 2011/01/30 xcolor patch
+Package: atveryend 2011/06/30 v1.8 Hooks at the very end of document (HO)
+Package atveryend Info: \enddocument detected (standard20110627).
+Package: atbegshi 2011/10/05 v1.16 At begin shipout hook (HO)
+Package: refcount 2011/10/16 v3.4 Data extraction from label references (HO)
+Package: hycolor 2011/01/30 v1.7 Color options for hyperref/bookmark (HO)
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
+Package: kvoptions 2011/06/30 v3.11 Key value format for package options (HO)
+)
+\@linkdim=\dimen127
+\Hy@linkcounter=\count112
+\Hy@pagecounter=\count113
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
+File: pd1enc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
+)
+\Hy@SavedSpaceFactor=\count114
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/hyperref.cfg
+File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
+)
+Package hyperref Info: Option `colorlinks' set `true' on input line 3941.
+Package hyperref Info: Option `unicode' set `true' on input line 3941.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/puenc.def
+File: puenc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDF Unicode definition (HO)
+)
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4062.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4067.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4070.
+Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 4077.
+Package hyperref Info: Backreferencing ON on input line 4080.
+Package hyperref Info: Implicit mode ON; LaTeX internals redefined.
+Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 4300.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/backref.sty
+Package: backref 2010/08/30 v1.36 Bibliographical back referencing
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/rerunfilecheck.sty
+Package: rerunfilecheck 2011/04/15 v1.7 Rerun checks for auxiliary files (HO)
+Package uniquecounter Info: New unique counter `rerunfilecheck' on input line 2
+82.
+))
+\c@Hy@tempcnt=\count115
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/url/url.sty
+\Urlmuskip=\muskip10
+Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
+)
+LaTeX Info: Redefining \url on input line 4653.
+\Fld@menulength=\count116
+\Field@Width=\dimen128
+\Fld@charsize=\dimen129
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 5773.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 5778.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 5781.
+Package hyperref Info: backreferencing ON on input line 5786.
+Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 5791.
+Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 5798.
+Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 5803.
+LaTeX Info: Redefining \ref on input line 5843.
+LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 5847.
+\Hy@abspage=\count117
+\c@Item=\count118
+\c@Hfootnote=\count119
+)
+
+Package hyperref Message: Driver: hpdftex.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
+File: hpdftex.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref driver for pdfTeX
+\Fld@listcount=\count120
+\c@bookmark@seq@number=\count121
+\Hy@SectionHShift=\skip50
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/inputenc.sty
+Package: inputenc 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
+\inpenc@prehook=\toks21
+\inpenc@posthook=\toks22
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/utf8.def
+File: utf8.def 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+Now handling font encoding OML ...
+... no UTF-8 mapping file for font encoding OML
+Now handling font encoding T1 ...
+... processing UTF-8 mapping file for font encoding T1
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.dfu
+File: t1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+   defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
+   defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
+   defining Unicode char U+00AB (decimal 171)
+   defining Unicode char U+00BB (decimal 187)
+   defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
+   defining Unicode char U+00C0 (decimal 192)
+   defining Unicode char U+00C1 (decimal 193)
+   defining Unicode char U+00C2 (decimal 194)
+   defining Unicode char U+00C3 (decimal 195)
+   defining Unicode char U+00C4 (decimal 196)
+   defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
+   defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
+   defining Unicode char U+00C7 (decimal 199)
+   defining Unicode char U+00C8 (decimal 200)
+   defining Unicode char U+00C9 (decimal 201)
+   defining Unicode char U+00CA (decimal 202)
+   defining Unicode char U+00CB (decimal 203)
+   defining Unicode char U+00CC (decimal 204)
+   defining Unicode char U+00CD (decimal 205)
+   defining Unicode char U+00CE (decimal 206)
+   defining Unicode char U+00CF (decimal 207)
+   defining Unicode char U+00D0 (decimal 208)
+   defining Unicode char U+00D1 (decimal 209)
+   defining Unicode char U+00D2 (decimal 210)
+   defining Unicode char U+00D3 (decimal 211)
+   defining Unicode char U+00D4 (decimal 212)
+   defining Unicode char U+00D5 (decimal 213)
+   defining Unicode char U+00D6 (decimal 214)
+   defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
+   defining Unicode char U+00D9 (decimal 217)
+   defining Unicode char U+00DA (decimal 218)
+   defining Unicode char U+00DB (decimal 219)
+   defining Unicode char U+00DC (decimal 220)
+   defining Unicode char U+00DD (decimal 221)
+   defining Unicode char U+00DE (decimal 222)
+   defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
+   defining Unicode char U+00E0 (decimal 224)
+   defining Unicode char U+00E1 (decimal 225)
+   defining Unicode char U+00E2 (decimal 226)
+   defining Unicode char U+00E3 (decimal 227)
+   defining Unicode char U+00E4 (decimal 228)
+   defining Unicode char U+00E5 (decimal 229)
+   defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
+   defining Unicode char U+00E7 (decimal 231)
+   defining Unicode char U+00E8 (decimal 232)
+   defining Unicode char U+00E9 (decimal 233)
+   defining Unicode char U+00EA (decimal 234)
+   defining Unicode char U+00EB (decimal 235)
+   defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
+   defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
+   defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
+   defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
+   defining Unicode char U+00F0 (decimal 240)
+   defining Unicode char U+00F1 (decimal 241)
+   defining Unicode char U+00F2 (decimal 242)
+   defining Unicode char U+00F3 (decimal 243)
+   defining Unicode char U+00F4 (decimal 244)
+   defining Unicode char U+00F5 (decimal 245)
+   defining Unicode char U+00F6 (decimal 246)
+   defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
+   defining Unicode char U+00F9 (decimal 249)
+   defining Unicode char U+00FA (decimal 250)
+   defining Unicode char U+00FB (decimal 251)
+   defining Unicode char U+00FC (decimal 252)
+   defining Unicode char U+00FD (decimal 253)
+   defining Unicode char U+00FE (decimal 254)
+   defining Unicode char U+00FF (decimal 255)
+   defining Unicode char U+0102 (decimal 258)
+   defining Unicode char U+0103 (decimal 259)
+   defining Unicode char U+0104 (decimal 260)
+   defining Unicode char U+0105 (decimal 261)
+   defining Unicode char U+0106 (decimal 262)
+   defining Unicode char U+0107 (decimal 263)
+   defining Unicode char U+010C (decimal 268)
+   defining Unicode char U+010D (decimal 269)
+   defining Unicode char U+010E (decimal 270)
+   defining Unicode char U+010F (decimal 271)
+   defining Unicode char U+0110 (decimal 272)
+   defining Unicode char U+0111 (decimal 273)
+   defining Unicode char U+0118 (decimal 280)
+   defining Unicode char U+0119 (decimal 281)
+   defining Unicode char U+011A (decimal 282)
+   defining Unicode char U+011B (decimal 283)
+   defining Unicode char U+011E (decimal 286)
+   defining Unicode char U+011F (decimal 287)
+   defining Unicode char U+0130 (decimal 304)
+   defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
+   defining Unicode char U+0132 (decimal 306)
+   defining Unicode char U+0133 (decimal 307)
+   defining Unicode char U+0139 (decimal 313)
+   defining Unicode char U+013A (decimal 314)
+   defining Unicode char U+013D (decimal 317)
+   defining Unicode char U+013E (decimal 318)
+   defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
+   defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
+   defining Unicode char U+0143 (decimal 323)
+   defining Unicode char U+0144 (decimal 324)
+   defining Unicode char U+0147 (decimal 327)
+   defining Unicode char U+0148 (decimal 328)
+   defining Unicode char U+014A (decimal 330)
+   defining Unicode char U+014B (decimal 331)
+   defining Unicode char U+0150 (decimal 336)
+   defining Unicode char U+0151 (decimal 337)
+   defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
+   defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
+   defining Unicode char U+0154 (decimal 340)
+   defining Unicode char U+0155 (decimal 341)
+   defining Unicode char U+0158 (decimal 344)
+   defining Unicode char U+0159 (decimal 345)
+   defining Unicode char U+015A (decimal 346)
+   defining Unicode char U+015B (decimal 347)
+   defining Unicode char U+015E (decimal 350)
+   defining Unicode char U+015F (decimal 351)
+   defining Unicode char U+0160 (decimal 352)
+   defining Unicode char U+0161 (decimal 353)
+   defining Unicode char U+0162 (decimal 354)
+   defining Unicode char U+0163 (decimal 355)
+   defining Unicode char U+0164 (decimal 356)
+   defining Unicode char U+0165 (decimal 357)
+   defining Unicode char U+016E (decimal 366)
+   defining Unicode char U+016F (decimal 367)
+   defining Unicode char U+0170 (decimal 368)
+   defining Unicode char U+0171 (decimal 369)
+   defining Unicode char U+0178 (decimal 376)
+   defining Unicode char U+0179 (decimal 377)
+   defining Unicode char U+017A (decimal 378)
+   defining Unicode char U+017B (decimal 379)
+   defining Unicode char U+017C (decimal 380)
+   defining Unicode char U+017D (decimal 381)
+   defining Unicode char U+017E (decimal 382)
+   defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
+   defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
+   defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
+   defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
+   defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
+   defining Unicode char U+201A (decimal 8218)
+   defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
+   defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
+   defining Unicode char U+201E (decimal 8222)
+   defining Unicode char U+2030 (decimal 8240)
+   defining Unicode char U+2031 (decimal 8241)
+   defining Unicode char U+2039 (decimal 8249)
+   defining Unicode char U+203A (decimal 8250)
+   defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
+)
+Now handling font encoding OT1 ...
+... processing UTF-8 mapping file for font encoding OT1
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ot1enc.dfu
+File: ot1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+   defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
+   defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
+   defining Unicode char U+00B8 (decimal 184)
+   defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
+   defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
+   defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
+   defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
+   defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
+   defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
+   defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
+   defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
+   defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
+   defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
+   defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
+   defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
+   defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
+   defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
+   defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
+   defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
+   defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
+   defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
+   defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
+   defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
+   defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
+   defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
+)
+Now handling font encoding OMS ...
+... processing UTF-8 mapping file for font encoding OMS
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/omsenc.dfu
+File: omsenc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+   defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
+   defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
+   defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
+   defining Unicode char U+2020 (decimal 8224)
+   defining Unicode char U+2021 (decimal 8225)
+   defining Unicode char U+2022 (decimal 8226)
+)
+Now handling font encoding OMX ...
+... no UTF-8 mapping file for font encoding OMX
+Now handling font encoding U ...
+... no UTF-8 mapping file for font encoding U
+Now handling font encoding TS1 ...
+... processing UTF-8 mapping file for font encoding TS1
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.dfu
+File: ts1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+   defining Unicode char U+00A2 (decimal 162)
+   defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
+   defining Unicode char U+00A4 (decimal 164)
+   defining Unicode char U+00A5 (decimal 165)
+   defining Unicode char U+00A6 (decimal 166)
+   defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
+   defining Unicode char U+00A8 (decimal 168)
+   defining Unicode char U+00A9 (decimal 169)
+   defining Unicode char U+00AA (decimal 170)
+   defining Unicode char U+00AC (decimal 172)
+   defining Unicode char U+00AE (decimal 174)
+   defining Unicode char U+00AF (decimal 175)
+   defining Unicode char U+00B0 (decimal 176)
+   defining Unicode char U+00B1 (decimal 177)
+   defining Unicode char U+00B2 (decimal 178)
+   defining Unicode char U+00B3 (decimal 179)
+   defining Unicode char U+00B4 (decimal 180)
+   defining Unicode char U+00B5 (decimal 181)
+   defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
+   defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
+   defining Unicode char U+00B9 (decimal 185)
+   defining Unicode char U+00BA (decimal 186)
+   defining Unicode char U+00BC (decimal 188)
+   defining Unicode char U+00BD (decimal 189)
+   defining Unicode char U+00BE (decimal 190)
+   defining Unicode char U+00D7 (decimal 215)
+   defining Unicode char U+00F7 (decimal 247)
+   defining Unicode char U+0192 (decimal 402)
+   defining Unicode char U+02C7 (decimal 711)
+   defining Unicode char U+02D8 (decimal 728)
+   defining Unicode char U+02DD (decimal 733)
+   defining Unicode char U+0E3F (decimal 3647)
+   defining Unicode char U+2016 (decimal 8214)
+   defining Unicode char U+2020 (decimal 8224)
+   defining Unicode char U+2021 (decimal 8225)
+   defining Unicode char U+2022 (decimal 8226)
+   defining Unicode char U+2030 (decimal 8240)
+   defining Unicode char U+2031 (decimal 8241)
+   defining Unicode char U+203B (decimal 8251)
+   defining Unicode char U+203D (decimal 8253)
+   defining Unicode char U+2044 (decimal 8260)
+   defining Unicode char U+204E (decimal 8270)
+   defining Unicode char U+2052 (decimal 8274)
+   defining Unicode char U+20A1 (decimal 8353)
+   defining Unicode char U+20A4 (decimal 8356)
+   defining Unicode char U+20A6 (decimal 8358)
+   defining Unicode char U+20A9 (decimal 8361)
+   defining Unicode char U+20AB (decimal 8363)
+   defining Unicode char U+20AC (decimal 8364)
+   defining Unicode char U+20B1 (decimal 8369)
+   defining Unicode char U+2103 (decimal 8451)
+   defining Unicode char U+2116 (decimal 8470)
+   defining Unicode char U+2117 (decimal 8471)
+   defining Unicode char U+211E (decimal 8478)
+   defining Unicode char U+2120 (decimal 8480)
+   defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
+   defining Unicode char U+2126 (decimal 8486)
+   defining Unicode char U+2127 (decimal 8487)
+   defining Unicode char U+212E (decimal 8494)
+   defining Unicode char U+2190 (decimal 8592)
+   defining Unicode char U+2191 (decimal 8593)
+   defining Unicode char U+2192 (decimal 8594)
+   defining Unicode char U+2193 (decimal 8595)
+   defining Unicode char U+2329 (decimal 9001)
+   defining Unicode char U+232A (decimal 9002)
+   defining Unicode char U+2422 (decimal 9250)
+   defining Unicode char U+25E6 (decimal 9702)
+   defining Unicode char U+25EF (decimal 9711)
+   defining Unicode char U+266A (decimal 9834)
+)
+Now handling font encoding PD1 ...
+... no UTF-8 mapping file for font encoding PD1
+Now handling font encoding PU ...
+... no UTF-8 mapping file for font encoding PU
+   defining Unicode char U+00A9 (decimal 169)
+   defining Unicode char U+00AA (decimal 170)
+   defining Unicode char U+00AE (decimal 174)
+   defining Unicode char U+00BA (decimal 186)
+   defining Unicode char U+02C6 (decimal 710)
+   defining Unicode char U+02DC (decimal 732)
+   defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
+   defining Unicode char U+2026 (decimal 8230)
+   defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
+   defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
+)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/mathptmx.sty
+Package: mathptmx 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a Times w/ Math, improved (SPQR, WaS) 
+LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `operators' on input line 28.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `normal'
+(Font)                  OT1/cmr/m/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `bold'
+(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
+LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `letters' on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `normal'
+(Font)                  OML/cmm/m/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `bold'
+(Font)                  OML/cmm/b/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `symbols' on input line 30.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `normal'
+(Font)                  OMS/cmsy/m/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `bold'
+(Font)                  OMS/cmsy/b/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
+LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `largesymbols' on input line 31.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `normal'
+(Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
+LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `bold'
+(Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
+\symbold=\mathgroup4
+\symitalic=\mathgroup5
+LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathbf on input line 34.
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `normal'
+(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `bold'
+(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
+LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathit on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `normal'
+(Font)                  OT1/cmr/m/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `bold'
+(Font)                  OT1/cmr/bx/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
+LaTeX Info: Redefining \hbar on input line 50.
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/helvet.sty
+Package: helvet 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS) 
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/courier.sty
+Package: courier 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS) 
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/sectsty/sectsty.sty
+Package: sectsty 2002/02/25 v2.0.2 Commands to change all sectional heading sty
+les
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
+Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
+Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
+\@emptytoks=\toks23
+\symAMSa=\mathgroup6
+\symAMSb=\mathgroup7
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
+(Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
+)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tocloft/tocloft.sty
+Package: tocloft 2010/10/13 v2.3e parameterised ToC, etc., typesetting
+Package tocloft Info: The document has chapter divisions on input line 43.
+\cftparskip=\skip51
+\cftbeforetoctitleskip=\skip52
+\cftaftertoctitleskip=\skip53
+\cftbeforepartskip=\skip54
+\cftpartnumwidth=\skip55
+\cftpartindent=\skip56
+\cftbeforechapskip=\skip57
+\cftchapindent=\skip58
+\cftchapnumwidth=\skip59
+\cftbeforesecskip=\skip60
+\cftsecindent=\skip61
+\cftsecnumwidth=\skip62
+\cftbeforesubsecskip=\skip63
+\cftsubsecindent=\skip64
+\cftsubsecnumwidth=\skip65
+\cftbeforesubsubsecskip=\skip66
+\cftsubsubsecindent=\skip67
+\cftsubsubsecnumwidth=\skip68
+\cftbeforeparaskip=\skip69
+\cftparaindent=\skip70
+\cftparanumwidth=\skip71
+\cftbeforesubparaskip=\skip72
+\cftsubparaindent=\skip73
+\cftsubparanumwidth=\skip74
+\cftbeforeloftitleskip=\skip75
+\cftafterloftitleskip=\skip76
+\cftbeforefigskip=\skip77
+\cftfigindent=\skip78
+\cftfignumwidth=\skip79
+\c@lofdepth=\count122
+\c@lotdepth=\count123
+\cftbeforelottitleskip=\skip80
+\cftafterlottitleskip=\skip81
+\cftbeforetabskip=\skip82
+\cfttabindent=\skip83
+\cfttabnumwidth=\skip84
+) (./doxygen.sty
+Package: doxygen 
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/calc.sty
+Package: calc 2007/08/22 v4.3 Infix arithmetic (KKT,FJ)
+\calc@Acount=\count124
+\calc@Bcount=\count125
+\calc@Adimen=\dimen130
+\calc@Bdimen=\dimen131
+\calc@Askip=\skip85
+\calc@Bskip=\skip86
+LaTeX Info: Redefining \setlength on input line 76.
+LaTeX Info: Redefining \addtolength on input line 77.
+\calc@Ccount=\count126
+\calc@Cskip=\skip87
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
+\fancy@headwidth=\skip88
+\f@ncyO@elh=\skip89
+\f@ncyO@erh=\skip90
+\f@ncyO@olh=\skip91
+\f@ncyO@orh=\skip92
+\f@ncyO@elf=\skip93
+\f@ncyO@erf=\skip94
+\f@ncyO@olf=\skip95
+\f@ncyO@orf=\skip96
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/longtable.sty
+Package: longtable 2004/02/01 v4.11 Multi-page Table package (DPC)
+\LTleft=\skip97
+\LTright=\skip98
+\LTpre=\skip99
+\LTpost=\skip100
+\LTchunksize=\count127
+\LTcapwidth=\dimen132
+\LT@head=\box56
+\LT@firsthead=\box57
+\LT@foot=\box58
+\LT@lastfoot=\box59
+\LT@cols=\count128
+\LT@rows=\count129
+\c@LT@tables=\count130
+\c@LT@chunks=\count131
+\LT@p@ftn=\toks24
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/verbatim.sty
+Package: verbatim 2003/08/22 v1.5q LaTeX2e package for verbatim enhancements
+\every@verbatim=\toks25
+\verbatim@line=\toks26
+\verbatim@in@stream=\read1
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xtab/xtab.sty
+Package: xtab 2011/07/31 v2.3f Extended supertabular package
+\c@tracingst=\count132
+\PWSTcapht=\dimen133
+\ST@wd=\dimen134
+\ST@rightskip=\skip101
+\ST@leftskip=\skip102
+\ST@parfillskip=\skip103
+\c@PWSTtable=\count133
+\PWSTlastpage=\count134
+\PWSTpenultimate=\count135
+\PWSTcurpage=\count136
+\PWSTtempc=\count137
+\PWSTlines=\count138
+\PWST@lastht=\dimen135
+\PWST@generalht=\dimen136
+\PWST@ht=\dimen137
+\ST@pageleft=\dimen138
+\ST@headht=\dimen139
+\ST@tailht=\dimen140
+\ST@pagesofar=\dimen141
+\ST@pboxht=\dimen142
+\ST@lineht=\dimen143
+\ST@stretchht=\dimen144
+\ST@prevht=\dimen145
+\ST@toadd=\dimen146
+\ST@dimen=\dimen147
+\ST@pbox=\box60
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/multirow/multirow.sty
+\bigstrutjot=\dimen148
+)
+\tmplength=\skip104
+\xrefbox=\box61
+\xreflength=\skip105
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/fontenc.sty
+Package: fontenc 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.def
+File: t1enc.def 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX file
+LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding T1 on input line 43.
+))) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
+File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
+File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
+File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
+)
+\@indexfile=\write3
+\openout3 = `refman.idx'.
+
+Writing index file refman.idx
+(./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
+old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
+bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
+./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
+oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
+old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
+./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
+fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
+x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
+aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
+) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
+__kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
+dos.aux) (./group__parse.aux)
+
+LaTeX Warning: Label `group__consensus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42a
+cc49e' multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__consensus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc
+' multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f' mu
+ltiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_gaafb33d7473eb9af9d1b168ca8761c41a' mu
+ltiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333d2ab0c41a57' mu
+ltiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c' 
+multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__mfe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7' mult
+iply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095cad9f0ccf3' mult
+iply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__eval_ga567530678f6260a1a649a5beca5da4c5' multiply 
+defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__inverse__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9' 
+multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__local__pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8
+' multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca186
+2a0' multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65
+a66' multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc' multi
+ply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247' mul
+tiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c' mul
+tiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe' mul
+tiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f' mul
+tiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8' mul
+tiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d'
+ multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e'
+ multiply defined.
+
+
+LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe'
+ multiply defined.
+
+)
+\openout1 = `refman.aux'.
+
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for TS1/cmr/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+cmr on input line 49.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1cmr.fd
+File: ts1cmr.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
+)
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for PU/pdf/m/n on input line 49.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+phv on input line 49.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1phv.fd
+File: t1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for T1/phv.
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 49.
+*geometry* driver: auto-detecting
+*geometry* detected driver: pdftex
+*geometry* verbose mode - [ preamble ] result:
+* driver: pdftex
+* paper: a4paper
+* layout: <same size as paper>
+* layoutoffset:(h,v)=(0.0pt,0.0pt)
+* modes: twoside 
+* h-part:(L,W,R)=(71.13188pt, 455.24411pt, 71.13188pt)
+* v-part:(T,H,B)=(71.13188pt, 702.78308pt, 71.13188pt)
+* \paperwidth=597.50787pt
+* \paperheight=845.04684pt
+* \textwidth=455.24411pt
+* \textheight=702.78308pt
+* \oddsidemargin=-1.1381pt
+* \evensidemargin=-1.1381pt
+* \topmargin=-31.2056pt
+* \headheight=12.0pt
+* \headsep=18.06749pt
+* \topskip=10.0pt
+* \footskip=25.29494pt
+* \marginparwidth=125.0pt
+* \marginparsep=7.0pt
+* \columnsep=10.0pt
+* \skip\footins=9.0pt plus 4.0pt minus 2.0pt
+* \hoffset=0.0pt
+* \voffset=0.0pt
+* \mag=1000
+* \@twocolumnfalse
+* \@twosidetrue
+* \@mparswitchtrue
+* \@reversemarginfalse
+* (1in=72.27pt=25.4mm, 1cm=28.453pt)
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/context/base/supp-pdf.mkii
+[Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
+\scratchcounter=\count139
+\scratchdimen=\dimen149
+\scratchbox=\box62
+\nofMPsegments=\count140
+\nofMParguments=\count141
+\everyMPshowfont=\toks27
+\MPscratchCnt=\count142
+\MPscratchDim=\dimen150
+\MPnumerator=\count143
+\makeMPintoPDFobject=\count144
+\everyMPtoPDFconversion=\toks28
+) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/epstopdf-base.sty
+Package: epstopdf-base 2010/02/09 v2.5 Base part for package epstopdf
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/grfext.sty
+Package: grfext 2010/08/19 v1.1 Manage graphics extensions (HO)
+)
+Package grfext Info: Graphics extension search list:
+(grfext)             [.png,.pdf,.jpg,.mps,.jpeg,.jbig2,.jb2,.PNG,.PDF,.JPG,.JPE
+G,.JBIG2,.JB2,.eps]
+(grfext)             \AppendGraphicsExtensions on input line 452.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/epstopdf-sys.cfg
+File: epstopdf-sys.cfg 2010/07/13 v1.3 Configuration of (r)epstopdf for TeX Liv
+e
+))
+\c@lstlisting=\count145
+\AtBeginShipoutBox=\box63
+Package backref Info: ** backref set up for natbib ** on input line 49.
+Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 49.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/nameref.sty
+Package: nameref 2010/04/30 v2.40 Cross-referencing by name of section
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/gettitlestring.sty
+Package: gettitlestring 2010/12/03 v1.4 Cleanup title references (HO)
+)
+\c@section@level=\count146
+)
+LaTeX Info: Redefining \ref on input line 49.
+LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 49.
+LaTeX Info: Redefining \nameref on input line 49.
+(./refman.out) (./refman.out)
+\@outlinefile=\write4
+\openout4 = `refman.out'.
+
+\big@size=\dimen151
+Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `false' on input line 50.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 54.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 56.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 58.
+[1
+
+
+{/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2
+
+]
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <24.88> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 63.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+phv on input line 63.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1phv.fd
+File: ot1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for OT1/phv.
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
+(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
+(./refman.toc
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ztmcm on input line 1.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ztmcm.fd
+File: ot1ztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OT1/ztmcm.
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OML+ztmcm on input line 1.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omlztmcm.fd
+File: omlztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OML/ztmcm.
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMS+ztmcm on input line 1.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omsztmcm.fd
+File: omsztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMS/ztmcm.
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMX+ztmcm on input line 1.
+
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omxztmcm.fd
+File: omxztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMX/ztmcm.
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ptm on input line 1.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ptm.fd
+File: ot1ptm.fd 2001/06/04 font definitions for OT1/ptm.
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7.4> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <6> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
+[1
+
+]
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <7> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 68.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 68.
+[2] [3] [4] [5] [6] [7]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 279--279
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 280--280
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 281--281
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 285--285
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 290--290
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 292--292
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 294--294
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 299--299
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+[8]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 301--301
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 303--303
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 314--314
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 320--320
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 335--335
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold- 
+ []
+
+[9]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 358--358
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 365--365
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 367--367
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 369--369
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+[10]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 378--378
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 382--382
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 386--386
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 388--388
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 389--389
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 390--390
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 398--398
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 403--403
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 405--405
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot- 
+ []
+
+[11]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 416--416
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 422--422
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 434--434
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 435--435
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N- 
+ []
+
+[12]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 448--448
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 453--453
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 455--455
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 461--461
+ [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
+ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+ []
+
+[13] [14]
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 530.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 530.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <9> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
+)
+\tf@toc=\write5
+\openout5 = `refman.toc'.
+
+[15] [16
+
+]
+Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `true' on input line 66.
+Chapter 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <20.74> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 67.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
+(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
+(./index.tex
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
+(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 6.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 13.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+phv on input line 26.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ts1phv.fd
+File: ts1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for TS1/phv.
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `TS1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 26.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <14.4> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
+(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
+(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+pcr on input line 34.
+(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1pcr.fd
+File: t1pcr.fd 2001/06/04 font definitions for T1/pcr.
+)) [1
+
+] [2
+
+]
+Chapter 2.
+(./mp_parse.tex
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 3.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 3.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 7.19995pt on input line 9.
+[3]) [4]
+Chapter 3.
+(./mp_utils.tex) [5
+
+] [6
+
+]
+Chapter 4.
+(./mp_example.tex
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
+(Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 4.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <5> not available
+(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 56.
+[7]) [8]
+Chapter 5.
+(./deprecated.tex [9
+
+]) [10]
+Chapter 6.
+(./modules.tex [11
+
+]) [12]
+Chapter 7.
+(./annotated.tex [13
+
+]) [14]
+Chapter 8.
+(./files.tex
+
+LaTeX Warning: Reference `mainpage_8h' on page 15 undefined on input line 3.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `ali__plex_8h' on page 15 undefined on input line 6.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `aln__util_8h' on page 15 undefined on input line 8.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 10--10
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]convert-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--11
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 12--12
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]dist-_-vars.- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 14--14
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]edit-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]energy-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `energy__par_8h' on page 15 undefined on input line 16
+.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 energy-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--19
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]fold-_- 
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 3250) has occurred while \output is active []
+
+[15
+
+]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--23
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]loop-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `move__set_8h' on page 16 undefined on input line 27.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 27--27
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 move-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `pair__mat_8h' on page 16 undefined on input line 29.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--29
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 pair-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 31--31
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 32--32
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `PKplex_8h' on page 16 undefined on input line 34.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `plex_8h' on page 16 undefined on input line 35.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 36--36
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]plot-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `ProfileAln_8h' on page 16 undefined on input line 37.
+
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 Profile- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]read-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `ribo_8h' on page 16 undefined on input line 41.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 42--42
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]R-N- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `snofold_8h' on page 16 undefined on input line 43.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `snoop_8h' on page 16 undefined on input line 44.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `svm__utils_8h' on page 16 undefined on input line 47.
+
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 47--47
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 svm-_- 
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_- 
+ []
+
+[16]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--51
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl11_8h' on page 17 undefined on input line 52.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl11dH_8h' on page 17 undefined on input line 53.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--53
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl11d- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl21_8h' on page 17 undefined on input line 54.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl21dH_8h' on page 17 undefined on input line 55.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl21d- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl22_8h' on page 17 undefined on input line 56.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `intl22dH_8h' on page 17 undefined on input line 57.
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--57
+ [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
+it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl22d- 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Reference `list_8h' on page 17 undefined on input line 58.
+
+) [17] [18
+
+]
+Chapter 9.
+(./group__folding__routines.tex <group__folding__routines.pdf, id=3335, 399.492
+5pt x 588.1975pt>
+File: group__folding__routines.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__folding__routines.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__folding__routines.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 515.35365pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[19]
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <9> not available
+(Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 21.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
+(Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 21.
+[20 <./group__folding__routines.pdf>]) [21]
+\openout2 = `group__mfe__fold.aux'.
+
+(./group__mfe__fold.tex <group__mfe__fold.pdf, id=3386, 584.1825pt x 262.9825pt
+>
+File: group__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mfe__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__mfe__fold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 157.566pt.
+[22
+
+ <./group__mfe__fold.pdf>]
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/it' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `OT1/phv/bc/sl' tried instead on input line 67.
+LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/sl' will be
+(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 67.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
+ []
+
+[23]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 133
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 162
+ []
+
+) [24]
+\openout2 = `group__pf__fold.aux'.
+
+(./group__pf__fold.tex <group__pf__fold.pdf, id=3473, 570.13pt x 497.86pt>
+File: group__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__pf__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__pf__fold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 305.63132pt.
+[25
+
+
+ <./group__pf__fold.pdf>] [26]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 114
+ []
+
+[27]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 188
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[28] [29]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 286
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 326
+ []
+
+[30]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 351
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 382
+ []
+
+) [31]
+\openout2 = `group__mea__fold.aux'.
+
+(./group__mea__fold.tex <group__mea__fold.pdf, id=3624, 393.47pt x 124.465pt>
+File: group__mea__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mea__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__mea__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 110.71272pt.
+) [32
+
+
+ <./group__mea__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__centroid__fold.aux'.
+
+(./group__centroid__fold.tex <group__centroid__fold.pdf, id=3637, 379.4175pt x 
+112.42pt>
+File: group__centroid__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__centroid__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__centroid__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 103.70554pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 52
+ []
+
+[33
+
+
+ <./group__centroid__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+ []
+
+) [34]
+\openout2 = `group__subopt__fold.aux'.
+
+(./group__subopt__fold.tex <group__subopt__fold.pdf, id=3666, 523.9575pt x 236.
+885pt>
+File: group__subopt__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__subopt__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 158.24222pt.
+) [35
+
+
+ <./group__subopt__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__subopt__zuker.aux'.
+
+(./group__subopt__zuker.tex <group__subopt__zuker.pdf, id=3688, 349.305pt x 124
+.465pt>
+File: group__subopt__zuker.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__zuker.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__subopt__zuker.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 43
+ []
+
+) [36
+
+
+ <./group__subopt__zuker.pdf>]
+\openout2 = `group__subopt__wuchty.aux'.
+
+(./group__subopt__wuchty.tex <group__subopt__wuchty.pdf, id=3710, 349.305pt x 1
+24.465pt>
+File: group__subopt__wuchty.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__wuchty.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__subopt__wuchty.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
+ []
+
+[37
+
+
+ <./group__subopt__wuchty.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 93
+ []
+
+) [38]
+\openout2 = `group__subopt__stochbt.aux'.
+
+(./group__subopt__stochbt.tex <group__subopt__stochbt.pdf, id=3749, 536.0025pt 
+x 186.6975pt>
+File: group__subopt__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__stochbt.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__subopt__stochbt.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 121.91028pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
+ []
+
+[39
+
+
+ <./group__subopt__stochbt.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 81
+ []
+
+) [40]
+\openout2 = `group__cofold.aux'.
+
+(./group__cofold.tex <group__cofold.pdf, id=3788, 525.965pt x 248.93pt>
+File: group__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__cofold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__cofold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.65411pt.
+) [41
+
+
+ <./group__cofold.pdf>]
+\openout2 = `group__mfe__cofold.aux'.
+
+(./group__mfe__cofold.tex <group__mfe__cofold.pdf, id=3816, 375.4025pt x 174.65
+25pt>
+File: group__mfe__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mfe__cofold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__mfe__cofold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 162.84354pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 61
+ []
+
+
+Overfull \vbox (18.034pt too high) has occurred while \output is active []
+
+[42
+
+
+ <./group__mfe__cofold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
+ []
+
+) [43]
+\openout2 = `group__pf__cofold.aux'.
+
+(./group__pf__cofold.tex <group__pf__cofold.pdf, id=3857, 363.3575pt x 174.6525
+pt>
+File: group__pf__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__pf__cofold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__pf__cofold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 168.23746pt.
+[44
+
+
+ <./group__pf__cofold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 119
+ []
+
+[45]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 166
+ []
+
+[46]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 190
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 226
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 259
+ []
+
+) [47]
+\openout2 = `group__up__cofold.aux'.
+
+(./group__up__cofold.tex <group__up__cofold.pdf, id=3951, 397.485pt x 174.6525p
+t>
+File: group__up__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__up__cofold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__up__cofold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 153.79327pt.
+[48
+
+
+ <./group__up__cofold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 109
+ []
+
+) [49]
+\openout2 = `group__consensus__fold.aux'.
+
+(./group__consensus__fold.tex <group__consensus__fold.pdf, id=4005, 564.1075pt 
+x 299.1175pt>
+File: group__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__consensus__fold.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.58784pt.
+[50
+
+
+ <./group__consensus__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 116
+ []
+
+[51]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 194
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 230
+ []
+
+
+Overfull \vbox (15.12947pt too high) has occurred while \output is active []
+
+[52]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 277
+ []
+
+) [53]
+\openout2 = `group__consensus__mfe__fold.aux'.
+
+(./group__consensus__mfe__fold.tex <group__consensus__mfe__fold.pdf, id=4078, 3
+95.4775pt x 162.6075pt>
+File: group__consensus__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__mfe__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__consensus__mfe__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 143.91135pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
+ []
+
+[54
+
+
+ <./group__consensus__mfe__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+ []
+
+) [55]
+\openout2 = `group__consensus__pf__fold.aux'.
+
+(./group__consensus__pf__fold.tex <group__consensus__pf__fold.pdf, id=4106, 405
+.515pt x 162.6075pt>
+File: group__consensus__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__pf__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__consensus__pf__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 140.35085pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 58
+ []
+
+[56
+
+
+ <./group__consensus__pf__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
+ []
+
+) [57]
+\openout2 = `group__consensus__stochbt.aux'.
+
+(./group__consensus__stochbt.tex <group__consensus__stochbt.pdf, id=4146, 399.4
+925pt x 162.6075pt>
+File: group__consensus__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__stochbt.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__consensus__stochbt.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 142.46977pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
+ []
+
+) [58
+
+
+ <./group__consensus__stochbt.pdf>]
+\openout2 = `group__local__fold.aux'.
+
+(./group__local__fold.tex <group__local__fold.pdf, id=4163, 501.875pt x 236.885
+pt>
+File: group__local__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__local__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.2075pt.
+) [59
+
+
+ <./group__local__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__local__mfe__fold.aux'.
+
+(./group__local__mfe__fold.tex <group__local__mfe__fold.pdf, id=4183, 383.4325p
+t x 174.6525pt>
+File: group__local__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__mfe__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__local__mfe__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 159.43237pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+ []
+
+) [60
+
+
+ <./group__local__mfe__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__local__pf__fold.aux'.
+
+(./group__local__pf__fold.tex <group__local__pf__fold.pdf, id=4205, 379.4175pt 
+x 174.6525pt>
+File: group__local__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__pf__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__local__pf__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
+ []
+
+[61
+
+
+ <./group__local__pf__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 154
+ []
+
+) [62]
+\openout2 = `group__local__consensus__fold.aux'.
+
+(./group__local__consensus__fold.tex <group__local__consensus__fold.pdf, id=424
+8, 379.4175pt x 174.6525pt>
+File: group__local__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__consensus__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__local__consensus__fold.pdf used on input line 9
+.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
+ []
+
+) [63
+
+
+ <./group__local__consensus__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__energy__parameters.aux'.
+
+(./group__energy__parameters.tex <group__energy__parameters.pdf, id=4265, 540.0
+175pt x 124.465pt>
+File: group__energy__parameters.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__energy__parameters.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 80.67148pt.
+[64
+
+
+ <./group__energy__parameters.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 92
+ []
+
+[65]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 136
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 158
+ []
+
+) [66]
+\openout2 = `group__energy__parameters__rw.aux'.
+
+(./group__energy__parameters__rw.tex <group__energy__parameters__rw.pdf, id=433
+5, 552.0625pt x 124.465pt>
+File: group__energy__parameters__rw.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters__rw.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__rw.pdf used on input line 1
+4.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 78.91284pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 55
+ []
+
+[67
+
+
+ <./group__energy__parameters__rw.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
+ []
+
+) [68]
+\openout2 = `group__energy__parameters__convert.aux'.
+
+(./group__energy__parameters__convert.tex <group__energy__parameters__convert.p
+df, id=4376, 391.4625pt x 112.42pt>
+File: group__energy__parameters__convert.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters__convert.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__convert.pdf used on input l
+ine 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 100.51834pt.
+[69
+
+
+ <./group__energy__parameters__convert.pdf>] [70] [71]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
+ []
+
+) [72]
+\openout2 = `group__eval.aux'.
+
+(./group__eval.tex <group__eval.pdf, id=4488, 337.26pt x 112.42pt>
+File: group__eval.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__eval.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__eval.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 336.0pt x 112.00288pt.
+[73
+
+
+ <./group__eval.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 73
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 106
+ []
+
+[74]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 172
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 211
+ []
+
+[75]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 250
+ []
+
+) [76]
+\openout2 = `group__inverse__fold.aux'.
+
+(./group__inverse__fold.tex <group__inverse__fold.pdf, id=4555, 371.3875pt x 11
+2.42pt>
+File: group__inverse__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__inverse__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__inverse__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 105.94756pt.
+[77
+
+
+ <./group__inverse__fold.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 62
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 86
+ []
+
+) [78]
+\openout2 = `group__class__fold.aux'.
+
+(./group__class__fold.tex <group__class__fold.pdf, id=4602, 544.0325pt x 162.60
+75pt>
+File: group__class__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__class__fold.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__class__fold.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 104.61678pt.
+) [79
+
+
+ <./group__class__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood.tex <group__kl__neighborhood.pdf, id=4628, 572.1375p
+t x 236.885pt>
+File: group__kl__neighborhood.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 144.9117pt.
+) [80
+
+
+ <./group__kl__neighborhood.pdf>]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__mfe.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__mfe.tex <group__kl__neighborhood__mfe.pdf, id=4654,
+ 437.635pt x 162.6075pt>
+File: group__kl__neighborhood__mfe.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__mfe.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__mfe.pdf used on input line 14
+.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 130.04648pt.
+[81
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__mfe.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 95
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
+ []
+
+
+Overfull \vbox (6.97314pt too high) has occurred while \output is active []
+
+[82]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
+ []
+
+) [83]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__pf.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__pf.tex <group__kl__neighborhood__pf.pdf, id=4716, 4
+01.5pt x 162.6075pt>
+File: group__kl__neighborhood__pf.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__pf.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__pf.pdf used on input line 14.
+
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 141.76016pt.
+
+Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 28--28
+[]\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
+es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
+ []
+
+[84
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__pf.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 65
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 89
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
+ []
+
+[85]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 140
+ []
+
+) [86]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__stochbt.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__stochbt.tex <group__kl__neighborhood__stochbt.pdf, 
+id=4774, 417.56pt x 162.6075pt>
+File: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf used on input lin
+e 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 136.3065pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 59
+ []
+
+[87
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 98
+ []
+
+) [88]
+\openout2 = `group__dos.aux'.
+
+(./group__dos.tex <group__dos.pdf, id=4806, 321.2pt x 112.42pt>
+File: group__dos.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__dos.pdf>
+Package pdftex.def Info: group__dos.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 320.0pt x 112.00288pt.
+) [89
+
+
+ <./group__dos.pdf>]
+\openout2 = `group__parse.aux'.
+
+(./group__parse.tex) [90
+
+
+]
+Chapter 10.
+(./structbondT.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structbondTEn.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structcofoldF.tex [91
+
+
+]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 26--26
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structConcEnt.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--20
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structconstrain.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structCOORDINATE.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structcpair.tex [92]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structduplexT.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structdupVar.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structfolden.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structinteract.tex [93]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 38--38
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structintermediate__t.tex <structintermediate__t__coll__graph.pdf, id=4916
+, 158.5925pt x 172.645pt>
+File: structintermediate__t__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structintermediate__t__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structintermediate__t__coll__graph.pdf used on input l
+ine 11.
+(pdftex.def)             Requested size: 158.0pt x 172.01494pt.
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structINTERVAL.tex [94 <./structintermediate__t__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structLIST.tex <structLIST__coll__graph.pdf, id=4946, 197.73875pt x 196.73
+5pt>
+File: structLIST__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structLIST__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structLIST__coll__graph.pdf used on input line 11.
+(pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 196.00201pt.
+) (./structLST__BUCKET.tex <structLST__BUCKET__coll__graph.pdf, id=4947, 197.73
+875pt x 102.3825pt>
+File: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structLST__BUCKET__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf used on input line 
+11.
+(pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 102.00105pt.
+) (./structmodel__detailsT.tex [95 <./structLIST__coll__graph.pdf> <./structLST
+__BUCKET__coll__graph.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./structLST__BUCKET__coll__graph.pdf): PDF inclu
+sion: multiple pdfs with page group included in a single page
+>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structmove__t.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structPAIR.tex [96]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structpair__info.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 48--48
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structpairpro.tex <structpairpro__coll__graph.pdf, id=5002, 126.4725pt x 2
+20.825pt>
+File: structpairpro__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structpairpro__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structpairpro__coll__graph.pdf used on input line 11.
+(pdftex.def)             Requested size: 126.0pt x 220.00565pt.
+[97]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 18--18
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structparamT.tex <structparamT__coll__graph.pdf, id=5018, 183.68625pt x 17
+2.645pt>
+File: structparamT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structparamT__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structparamT__coll__graph.pdf used on input line 16.
+(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
+[98 <./structpairpro__coll__graph.pdf> <./structparamT__coll__graph.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./structparamT__coll__graph.pdf): PDF inclusion:
+ multiple pdfs with page group included in a single page
+>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--35
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structpath__t.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structpf__paramT.tex <structpf__paramT__coll__graph.pdf, id=5046, 183.6862
+5pt x 172.645pt>
+File: structpf__paramT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structpf__paramT__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structpf__paramT__coll__graph.pdf used on input line 1
+6.
+(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
+[99 <./structpf__paramT__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structplist.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structPostorder__list.tex) (./structpu__contrib.tex [100]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structpu__out.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 34--34
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structsect.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structsnoopT.tex [101]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structSOLUTION.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--25
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structstruct__en.tex) (./structsvm__model.tex) (./structswString.tex) (./s
+tructTree.tex <structTree__coll__graph.pdf, id=5124, 177.66376pt x 172.645pt>
+File: structTree__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTree__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structTree__coll__graph.pdf used on input line 11.
+(pdftex.def)             Requested size: 177.0pt x 172.00441pt.
+[102]) (./structTwoDfold__solution.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+[103 <./structTree__coll__graph.pdf>]) (./structTwoDfold__vars.tex <structTwoDf
+old__vars__coll__graph.pdf, id=5161, 183.68625pt x 242.9075pt>
+File: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf used on input li
+ne 16.
+(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 242.01733pt.
+[104 <./structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structTwoDpfold__solution.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) (./structTwoDpfold__vars.tex [105] <structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf, i
+d=5223, 184.69pt x 242.9075pt>
+File: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>
+Package pdftex.def Info: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf used on input l
+ine 16.
+(pdftex.def)             Requested size: 184.0pt x 242.0025pt.
+[106 <./structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 6641) in paragraph at lines 64--65
+[][][]\T1/phv/m/n/10 get-_--Two-Dpfold-_-variables()[][], [][]get-_--Two-Dpfold
+-_-variables-_-from-_--M-F-E()[][], [][]destroy-_--Two-Dpfold-_-variables()[][]
+, [][]Two-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 70--70
+[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
+evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+ []
+
+) [107] [108
+
+]
+Chapter 11.
+(./2Dfold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<2Dfold_8h__incl.pdf, id=5277, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: 2Dfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use 2Dfold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: 2Dfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[109 <./2Dfold_8h__incl.pdf>]) (./2Dpfold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<2Dpfold_8h__incl.pdf, id=5304, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: 2Dpfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use 2Dpfold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: 2Dpfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 18--18
+[]\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
+es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
+ []
+
+[110 <./2Dpfold_8h__incl.pdf>]) (./alifold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<alifold_8h__incl.pdf, id=5334, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: alifold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use alifold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: alifold_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
+sus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42acc49e}) has been already used, dupl
+icate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.26 ...9e}{free\-\_\-alifold\-\_\-arrays} (void)}
+                                                  \label{group__consensus__m...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
+sus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc}) has been already used, duplicate
+ ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.31 ...76f7289cc}{readribosum} (char $\ast$name)}
+                                                  \label{group__consensus__f...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[111 <./alifold_8h__incl.pdf>]) (./cofold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<cofold_8h__incl.pdf, id=5377, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: cofold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use cofold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: cofold_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[112]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
+fe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f}) has been already used, duplicat
+e ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.22 ...\ast$parameters, int is\-\_\-constrained)}
+                                                  \label{group__mfe__cofold_...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
+ofold_gaafb33d7473eb9af9d1b168ca8761c41a}) has been already used, duplicate ign
+ored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.25 ...761c41a}{free\-\_\-co\-\_\-arrays} (void)}
+                                                  \label{group__mfe__cofold_...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
+ofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333d2ab0c41a57}) has been already used, duplicate ign
+ored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.28 ...7}{update\-\_\-cofold\-\_\-params} (void)}
+                                                  \label{group__mfe__cofold_...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
+__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}) has been already used, duplicate i
+gnored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.37 ...structparamT}{param\-T} $\ast$parameters)}
+                                                  \label{group__subopt__zuke...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[113 <./cofold_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 70
+ []
+
+) (./convert__epars_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+[114]) (./data__structures_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<data__structures_8h__incl.pdf, id=5443, 250.9375pt x 254.9525pt>
+File: data__structures_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use data__structures_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: data__structures_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 254.0143pt.
+<data__structures_8h__dep__incl.pdf, id=5444, 4442.5975pt x 327.2225pt>
+File: data__structures_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use data__structures_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: data__structures_8h__dep__incl.pdf used on input line 
+22.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 25.77888pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[115 <./data__structures_8h__incl.pdf> <./data__structures_8h__dep__incl.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./data__structures_8h__dep__incl.pdf): PDF inclu
+sion: multiple pdfs with page group included in a single page
+>] [116]) (./dist__vars_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<dist__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5514, 439.6425pt x 232.87pt>
+File: dist__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use dist__vars_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: dist__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[117 <./dist__vars_8h__dep__incl.pdf>]) (./duplex_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<duplex_8h__incl.pdf, id=5540, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: duplex_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use duplex_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: duplex_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+) (./edit__cost_8h.tex [118 <./duplex_8h__incl.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+) (./energy__const_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<energy__const_8h__incl.pdf, id=5553, 250.9375pt x 196.735pt>
+File: energy__const_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use energy__const_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: energy__const_8h__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
+<energy__const_8h__dep__incl.pdf, id=5554, 4556.02126pt x 421.575pt>
+File: energy__const_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use energy__const_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: energy__const_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
+
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 32.38225pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[119 <./energy__const_8h__incl.pdf> <./energy__const_8h__dep__incl.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./energy__const_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
+n: multiple pdfs with page group included in a single page
+>]) (./findpath_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<findpath_8h__incl.pdf, id=5596, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: findpath_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use findpath_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: findpath_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[120]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 56
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[121 <./findpath_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 84
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
+ []
+
+) (./fold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<fold_8h__incl.pdf, id=5635, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: fold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: fold_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[122]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
+fe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7}) has been already used, duplicate 
+ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.38 ...56bfd849f6866c7}{free\-\_\-arrays} (void)}
+                                                  \label{group__mfe__fold_ga...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[123 <./fold_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the same ide
+ntifier (name{group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095cad9f0ccf3}) has been al
+ready used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.45 ...cf3}{update\-\_\-fold\-\_\-params} (void)}
+                                                  \label{group__mfe__fold_ga...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__eval_g
+a567530678f6260a1a649a5beca5da4c5}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.80 ...8f6260a1a649a5beca5da4c5}{eos\-\_\-debug}}
+                                                  \label{group__eval_ga56753...
+[124]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 150
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[125]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 214
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 245
+ []
+
+[126]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 312
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 349
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[127]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 380
+ []
+
+) (./fold__vars_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<fold__vars_8h__incl.pdf, id=5751, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: fold__vars_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold__vars_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+<fold__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5752, 439.6425pt x 232.87pt>
+File: fold__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold__vars_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[128 <./fold__vars_8h__incl.pdf>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[129 <./fold__vars_8h__dep__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
+ []
+
+[130]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[131]) (./gquad_8h.tex [132]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<gquad_8h__incl.pdf, id=5852, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: gquad_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use gquad_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: gquad_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[133 <./gquad_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
+ []
+
+[134]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
+ []
+
+) (./inverse_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__invers
+e__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}) has been already used, duplicate i
+gnored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.19 ...91e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}{symbolset}}
+                                                  \label{group__inverse__fol...
+) (./Lfold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[135]) (./loop__energies_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<loop__energies_8h__incl.pdf, id=5901, 625.33624pt x 371.3875pt>
+File: loop__energies_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use loop__energies_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: loop__energies_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 207.8679pt.
+[136 <./loop__energies_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
+ []
+
+
+Overfull \vbox (40.56966pt too high) has occurred while \output is active []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[137]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 165
+ []
+
+[138]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 215
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[139]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 280
+ []
+
+[140]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 331
+ []
+
+) (./LPfold_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<LPfold_8h__incl.pdf, id=5974, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: LPfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use LPfold_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: LPfold_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__local_
+_pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8}) has been already used, duplicate
+ ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.24 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
+                                                  \label{group__local__pf__f...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[141 <./LPfold_8h__incl.pdf>]) (./MEA_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<MEA_8h__incl.pdf, id=6000, 252.945pt x 313.17pt>
+File: MEA_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use MEA_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: MEA_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 252.0pt x 312.00801pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[142]) (./mm_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[143 <./MEA_8h__incl.pdf>]) (./naview_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<naview_8h__dep__incl.pdf, id=6023, 250.9375pt x 327.2225pt>
+File: naview_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use naview_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: naview_8h__dep__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 326.01837pt.
+) (./params_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<params_8h__incl.pdf, id=6024, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: params_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use params_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: params_8h__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[144 <./naview_8h__dep__incl.pdf>] <params_8h__dep__incl.pdf, id=6037, 250.9375
+pt x 232.87pt>
+File: params_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use params_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: params_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[145 <./params_8h__incl.pdf> <./params_8h__dep__incl.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./params_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusion: mult
+iple pdfs with page group included in a single page
+>]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__ener
+gy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca1862a0}) has been already used, dupl
+icate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.33 ...\_\-parameters} (unsigned int n\-\_\-seq)}
+                                                  \label{group__energy__para...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__energy
+__parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65a66}) has been already used, duplic
+ate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.36 ...065acc6dee0af68931b52cfd}{pf\-\_\-scale})}
+                                                  \label{group__energy__para...
+) (./part__func_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<part__func_8h__incl.pdf, id=6081, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: part__func_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: part__func_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[146 <./part__func_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the sa
+me identifier (name{group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc}) has be
+en already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.35 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
+                                                  \label{group__pf__fold_ga0...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[147]) (./part__func__co_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<part__func__co_8h__incl.pdf, id=6149, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: part__func__co_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func__co_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: part__func__co_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[148]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__p
+f__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247}) has been already used, duplicate
+ ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.26 ...{free\-\_\-co\-\_\-pf\-\_\-arrays} (void)}
+                                                  \label{group__pf__cofold_g...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__pf__co
+fold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}) has been already used, duplicate igno
+red
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.44 ...27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}{mirnatog}}
+                                                  \label{group__pf__cofold_g...
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[149 <./part__func__co_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with th
+e same identifier (name{group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe}) 
+has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.47 ...a988fe}{F\-\_\-monomer} \mbox{[}2\mbox{]}}
+                                                  \label{group__pf__cofold_g...
+) (./part__func__up_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<part__func__up_8h__incl.pdf, id=6195, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: part__func__up_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func__up_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: part__func__up_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Underfull \vbox (badness 3815) has occurred while \output is active []
+
+[150]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__u
+p__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f}) has been already used, duplicate
+ ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.24 ...link{structinteract}{interact} $\ast$pin)}
+                                                  \label{group__up__cofold_g...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__up__co
+fold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8}) has been already used, duplicate igno
+red
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.27 ...ctpu__contrib}{pu\-\_\-contrib} $\ast$pu)}
+                                                  \label{group__up__cofold_g...
+) (./plot__layouts_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[151 <./part__func__up_8h__incl.pdf>] <plot__layouts_8h__incl.pdf, id=6228, 254
+.9525pt x 313.17pt>
+File: plot__layouts_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use plot__layouts_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 254.0pt x 312.0128pt.
+<plot__layouts_8h__dep__incl.pdf, id=6229, 250.9375pt x 232.87pt>
+File: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use plot__layouts_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
+
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
+[152 <./plot__layouts_8h__incl.pdf> <./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
+n: multiple pdfs with page group included in a single page
+>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[153]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 115
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 148
+ []
+
+[154]) (./profiledist_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<profiledist_8h__incl.pdf, id=6317, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: profiledist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use profiledist_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: profiledist_8h__incl.pdf used on input line 9.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[155 <./profiledist_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
+ []
+
+) (./PS__dot_8h.tex [156]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<PS__dot_8h__incl.pdf, id=6352, 250.9375pt x 371.3875pt>
+File: PS__dot_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use PS__dot_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: PS__dot_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 370.02084pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[157 <./PS__dot_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 100
+ []
+
+[158]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 130
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 157
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 182
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 207
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[159]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 244
+ []
+
+) (./read__epars_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+) (./RNAstruct_8h.tex [160]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[161]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 107
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 126
+ []
+
+[162]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 145
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 164
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 183
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 202
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[163]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 221
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 242
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 260
+ []
+
+) (./stringdist_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<stringdist_8h__incl.pdf, id=6475, 250.9375pt x 196.735pt>
+File: stringdist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use stringdist_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: stringdist_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[164]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 45
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[165 <./stringdist_8h__incl.pdf>]) (./subopt_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<subopt_8h__incl.pdf, id=6506, 250.9375pt x 313.17pt>
+File: subopt_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use subopt_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: subopt_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
+__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d}) has been already used, duplicate 
+ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.22 ...nt is\-\_\-circular, F\-I\-L\-E $\ast$fp)}
+                                                  \label{group__subopt__wuch...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
+__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e}) has been already used, duplicate 
+ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.30 ...437f8efa8b1fec854a0e}{subopt\-\_\-sorted}}
+                                                  \label{group__subopt__wuch...
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
+__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe}) has been already used, duplicate 
+ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.33 ...5feeecdf520e25313fcfe}{print\-\_\-energy}}
+                                                  \label{group__subopt__wuch...
+[166 <./subopt_8h__incl.pdf>]) (./treedist_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<treedist_8h__incl.pdf, id=6533, 250.9375pt x 196.735pt>
+File: treedist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use treedist_8h__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: treedist_8h__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 33.97194pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[167 <./treedist_8h__incl.pdf>]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
+ []
+
+) (./utils_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+<utils_8h__dep__incl.pdf, id=6564, 250.9375pt x 232.87pt>
+File: utils_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use utils_8h__dep__incl.pdf>
+Package pdftex.def Info: utils_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
+(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[168]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[169 <./utils_8h__dep__incl.pdf>] [170]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[171] [172]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[173]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 317
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 339
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 361
+ []
+
+
+Overfull \vbox (11.92694pt too high) has occurred while \output is active []
+
+[174]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 379
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 415
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 454
+ []
+
+
+Overfull \vbox (9.90102pt too high) has occurred while \output is active []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[175]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 476
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 499
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 520
+ []
+
+[176]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 548
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[177]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 611
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 632
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 653
+ []
+
+[178]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 674
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 693
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 730
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[179]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 762
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 789
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 807
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 823
+ []
+
+[180]
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 847
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 874
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 909
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 22.16548pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[181]) (./1_88_84__epars_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+) (./1_88_84__intloops_8h.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
+[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
+t/develop/binaries/src/-
+ []
+
+) [182] (./refman.bbl (./refman.brf)
+\tf@brf=\write6
+\openout6 = `refman.brf'.
+
+) (./refman.ind [183
+
+]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--5
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 5--7
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 7--9
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--11
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-Lfold.-h,
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--13
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E-A.-h,
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 13--15
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--17
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--19
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/alifold.-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--21
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/cofold.-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--25
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/data-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--27
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--31
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--37
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold.-h,
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--39
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--45
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/loop-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 45--47
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/mm.-h,
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--53
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--55
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--57
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--59
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot-_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 61--63
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/read-_-
+ []
+
+
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[184
+
+]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 69--71
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/utils.-h,
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 71--73
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--75
+\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1014) in paragraph at lines 82--84
+[]| \T1/phv/m/n/10 Lo-cal M-F-E con-sen-sus struc-tures for Se-quence
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 108--110
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1231) in paragraph at lines 161--163
+[]\T1/phv/m/n/10 Calculate Sec-ondary Struc-tures of two R-N-As upon
+ []
+
+[185]
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 270--272
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 283--285
+[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 316--318
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 348--350
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+[186]
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 504--506
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 515--517
+[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 524--526
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+[187]
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 552--554
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+[188]
+Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 751--753
+[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+ []
+
+[189]
+Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 905--907
+[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 962--964
+[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 965--967
+[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 993--995
+[]| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
+ []
+
+[190]
+Underfull \hbox (badness 954) in paragraph at lines 1060--1062
+[]\T1/phv/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-tance
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1124--1126
+[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1131--1133
+[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1134--1136
+[]| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1137--1139
+[]| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 1172--1174
+[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+ []
+
+[191]
+Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 1300--1302
+[]| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
+ []
+
+[192])
+Package atveryend Info: Empty hook `BeforeClearDocument' on input line 205.
+Package atveryend Info: Empty hook `AfterLastShipout' on input line 205.
+(./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
+old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
+bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
+./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
+oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
+old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
+./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
+fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
+x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
+aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
+) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
+__kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
+dos.aux) (./group__parse.aux))
+Package atveryend Info: Executing hook `AtVeryEndDocument' on input line 205.
+Package atveryend Info: Executing hook `AtEndAfterFileList' on input line 205.
+Package rerunfilecheck Info: File `refman.out' has not changed.
+(rerunfilecheck)             Checksum: 4FC7D86BF1840749A49B270F992064F3;109726.
+
+
+Package rerunfilecheck Warning: File `refman.brf' has changed.
+(rerunfilecheck)                Rerun to get bibliographical references right.
+
+Package rerunfilecheck Info: Checksums for `refman.brf':
+(rerunfilecheck)             Before: D41D8CD98F00B204E9800998ECF8427E;0
+(rerunfilecheck)             After:  A9C978DDBACF9DACF639239F0A1C99B3;705.
+
+LaTeX Warning: There were undefined references.
+
+
+LaTeX Warning: There were multiply-defined labels.
+
+Package atveryend Info: Empty hook `AtVeryVeryEnd' on input line 205.
+ ) 
+Here is how much of TeX's memory you used:
+ 15087 strings out of 495059
+ 251611 string characters out of 3182031
+ 353442 words of memory out of 3000000
+ 16035 multiletter control sequences out of 15000+200000
+ 91895 words of font info for 147 fonts, out of 3000000 for 9000
+ 14 hyphenation exceptions out of 8191
+ 41i,13n,58p,1533b,579s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
+pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_misc} has been referenced but does
+ not exist, replaced by a fixed one
+
+pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_struc} has been referenced but does 
+not exist, replaced by a fixed one
+
+pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_seq} has been referenced but does no
+t exist, replaced by a fixed one
+
+pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_aln} has been referenced but does no
+t exist, replaced by a fixed one
+
+pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_dot} has been referenced but does no
+t exist, replaced by a fixed one
+
+{/usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/enc/dvips/base/8r.enc}</usr/share/texlive/
+texmf-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi10.pfb></usr/share/texlive/texmf-
+dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fo
+nts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/ty
+pe1/urw/courier/ucrr8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helve
+tic/uhvb8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvb8ac.
+pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvbo8ac.pfb></usr/
+share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvr8a.pfb></usr/share/texliv
+e/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvro8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dis
+t/fonts/type1/urw/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/ur
+w/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmr8a.p
+fb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmri8a.pfb>
+Output written on refman.pdf (210 pages, 1151473 bytes).
+PDF statistics:
+ 7830 PDF objects out of 8907 (max. 8388607)
+ 7272 compressed objects within 73 object streams
+ 1544 named destinations out of 1728 (max. 500000)
+ 4606 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
+