JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / latex / refman.log
index 1177aaa..d637d4e 100644 (file)
@@ -1,17 +1,21 @@
-This is pdfTeX, Version 3.1415926-2.4-1.40.13 (TeX Live 2012/Debian) (format=pdflatex 2013.6.7)  5 SEP 2013 11:51
+This is pdfTeXk, Version 3.141592-1.40.3 (Web2C 7.5.6) (format=pdflatex 2016.1.20)  11 APR 2017 12:11
 entering extended mode
- restricted \write18 enabled.
  %&-line parsing enabled.
-**refman
+**refman.tex
 (./refman.tex
-LaTeX2e <2011/06/27>
-Babel <v3.8m> and hyphenation patterns for english, dumylang, nohyphenation, lo
-aded.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/book.cls
-Document Class: book 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/bk10.clo
-File: bk10.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
+LaTeX2e <2005/12/01>
+Babel <v3.8h> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
+yphenation, arabic, basque, bulgarian, coptic, welsh, czech, slovak, german, ng
+erman, danish, esperanto, spanish, catalan, galician, estonian, farsi, finnish,
+ french, greek, monogreek, ancientgreek, croatian, hungarian, interlingua, ibyc
+us, indonesian, icelandic, italian, latin, mongolian, dutch, norsk, polish, por
+tuguese, pinyin, romanian, russian, slovenian, uppersorbian, serbian, swedish, 
+turkish, ukenglish, ukrainian, loaded.
+
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/book.cls
+Document Class: book 2005/09/16 v1.4f Standard LaTeX document class
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/bk10.clo
+File: bk10.clo 2005/09/16 v1.4f Standard LaTeX file (size option)
 )
 \c@part=\count79
 \c@chapter=\count80
@@ -25,77 +29,43 @@ File: bk10.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
 \abovecaptionskip=\skip41
 \belowcaptionskip=\skip42
 \bibindent=\dimen102
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/geometry/geometry.sty
-Package: geometry 2010/09/12 v5.6 Page Geometry
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty
-Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
-\KV@toks@=\toks14
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
-Package: ifpdf 2011/01/30 v2.3 Provides the ifpdf switch (HO)
-Package ifpdf Info: pdfTeX in PDF mode is detected.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
-Package: ifvtex 2010/03/01 v1.5 Detect VTeX and its facilities (HO)
-Package ifvtex Info: VTeX not detected.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
-Package: ifxetex 2010/09/12 v0.6 Provides ifxetex conditional
-)
-\Gm@cnth=\count88
-\Gm@cntv=\count89
-\c@Gm@tempcnt=\count90
-\Gm@bindingoffset=\dimen103
-\Gm@wd@mp=\dimen104
-\Gm@odd@mp=\dimen105
-\Gm@even@mp=\dimen106
-\Gm@layoutwidth=\dimen107
-\Gm@layoutheight=\dimen108
-\Gm@layouthoffset=\dimen109
-\Gm@layoutvoffset=\dimen110
-\Gm@dimlist=\toks15
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/makeidx.sty
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/base/makeidx.sty
 Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/natbib/natbib.sty
-Package: natbib 2010/09/13 8.31b (PWD, AO)
-\bibhang=\skip43
-\bibsep=\skip44
-LaTeX Info: Redefining \cite on input line 694.
-\c@NAT@ctr=\count91
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/graphicx.sty
 Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphics.sty
-Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/trig.sty
+(/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/keyval.sty
+Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
+\KV@toks@=\toks14
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/graphics.sty
+Package: graphics 2006/02/20 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
+(/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/trig.sty
 Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/graphics.cfg
-File: graphics.cfg 2010/04/23 v1.9 graphics configuration of TeX Live
-)
-Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
-File: pdftex.def 2011/05/27 v0.06d Graphics/color for pdfTeX
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
-Package: infwarerr 2010/04/08 v1.3 Providing info/warning/error messages (HO)
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ltxcmds.sty
-Package: ltxcmds 2011/11/09 v1.22 LaTeX kernel commands for general use (HO)
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/config/graphics.cfg
+File: graphics.cfg 2007/01/18 v1.5 graphics configuration of teTeX/TeXLive
 )
-\Gread@gobject=\count92
+Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 90.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
+File: pdftex.def 2007/01/08 v0.04d Graphics/color for pdfTeX
+\Gread@gobject=\count88
 ))
-\Gin@req@height=\dimen111
-\Gin@req@width=\dimen112
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/multicol.sty
-Package: multicol 2011/06/27 v1.7a multicolumn formatting (FMi)
-\c@tracingmulticols=\count93
+\Gin@req@height=\dimen103
+\Gin@req@width=\dimen104
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/tools/multicol.sty
+Package: multicol 2006/05/18 v1.6g multicolumn formatting (FMi)
+\c@tracingmulticols=\count89
 \mult@box=\box26
-\multicol@leftmargin=\dimen113
-\c@unbalance=\count94
-\c@collectmore=\count95
-\doublecol@number=\count96
-\multicoltolerance=\count97
-\multicolpretolerance=\count98
-\full@width=\dimen114
-\page@free=\dimen115
-\premulticols=\dimen116
-\postmulticols=\dimen117
-\multicolsep=\skip45
-\multicolbaselineskip=\skip46
+\multicol@leftmargin=\dimen105
+\c@unbalance=\count90
+\c@collectmore=\count91
+\doublecol@number=\count92
+\multicoltolerance=\count93
+\multicolpretolerance=\count94
+\full@width=\dimen106
+\page@free=\dimen107
+\premulticols=\dimen108
+\postmulticols=\dimen109
+\multicolsep=\skip43
+\multicolbaselineskip=\skip44
 \partial@page=\box27
 \last@line=\box28
 \mult@rightbox=\box29
@@ -119,82 +89,52 @@ Package: multicol 2011/06/27 v1.7a multicolumn formatting (FMi)
 \@tempa=\box47
 \@tempa=\box48
 \@tempa=\box49
-\c@columnbadness=\count99
-\c@finalcolumnbadness=\count100
-\last@try=\dimen118
-\multicolovershoot=\dimen119
-\multicolundershoot=\dimen120
+\c@columnbadness=\count95
+\c@finalcolumnbadness=\count96
+\last@try=\dimen110
+\multicolovershoot=\dimen111
+\multicolundershoot=\dimen112
 \mult@nat@firstbox=\box50
 \colbreak@box=\box51
-\multicol@sort@counter=\count101
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/float/float.sty
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/float/float.sty
 Package: float 2001/11/08 v1.3d Float enhancements (AL)
-\c@float@type=\count102
-\float@exts=\toks16
+\c@float@type=\count97
+\float@exts=\toks15
 \float@box=\box52
-\@float@everytoks=\toks17
+\@float@everytoks=\toks16
 \@floatcapt=\box53
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.sty
-\lst@mode=\count103
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/listings.sty
+\lst@mode=\count98
 \lst@gtempboxa=\box54
-\lst@token=\toks18
-\lst@length=\count104
-\lst@currlwidth=\dimen121
-\lst@column=\count105
-\lst@pos=\count106
-\lst@lostspace=\dimen122
-\lst@width=\dimen123
-\lst@newlines=\count107
-\lst@lineno=\count108
-\lst@maxwidth=\dimen124
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
-File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
-\c@lstnumber=\count109
-\lst@skipnumbers=\count110
+\lst@token=\toks17
+\lst@length=\count99
+\lst@currlwidth=\dimen113
+\lst@column=\count100
+\lst@pos=\count101
+\lst@lostspace=\dimen114
+\lst@width=\dimen115
+\lst@newlines=\count102
+\lst@lineno=\count103
+\c@lstlisting=\count104
+\lst@maxwidth=\dimen116
+(/usr/share/texmf/tex/latex/listings/lstpatch.sty
+File: lstpatch.sty 2004/10/17 1.3b (Carsten Heinz)
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/lstmisc.sty
+File: lstmisc.sty 2004/09/07 1.3 (Carsten Heinz)
+\c@lstnumber=\count105
+\lst@skipnumbers=\count106
 \lst@framebox=\box55
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.cfg
-File: listings.cfg 2007/02/22 1.4 listings configuration
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/listings.cfg
+File: listings.cfg 2004/09/05 1.3 listings configuration
 ))
-Package: listings 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/color.sty
+Package: listings 2004/10/17 1.3b (Carsten Heinz)
+(/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/color.sty
 Package: color 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
+(/usr/share/texmf/tex/latex/config/color.cfg
 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
 )
 Package color Info: Driver file: pdftex.def on input line 130.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ifthen.sty
-Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
-) (/usr/share/texmf/tex/latex/xcolor/xcolor.sty
-Package: xcolor 2007/01/21 v2.11 LaTeX color extensions (UK)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
-File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
-)
-Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 225.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/colortbl/colortbl.sty
-Package: colortbl 2012/02/13 v1.0a Color table columns (DPC)
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/array.sty
-Package: array 2008/09/09 v2.4c Tabular extension package (FMi)
-\col@sep=\dimen125
-\extrarowheight=\dimen126
-\NC@list=\toks19
-\extratabsurround=\skip47
-\backup@length=\skip48
-)
-\everycr=\toks20
-\minrowclearance=\skip49
-)
-LaTeX Info: Redefining \color on input line 702.
-\rownum=\count111
-Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1337.
-Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1341.
-Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1353.
-Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1355.
-Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1356.
-Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1357.
-Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1358.
-Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1359.
-Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1360.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/textcomp.sty
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/base/textcomp.sty
 Package: textcomp 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
 Package textcomp Info: Sub-encoding information:
 (textcomp)               5 = only ISO-Adobe without \textcurrency
@@ -208,7 +148,7 @@ Package textcomp Info: Sub-encoding information:
 (textcomp)             Family '?' is the default used for unknown fonts.
 (textcomp)             See the documentation for details.
 Package textcomp Info: Setting ? sub-encoding to TS1/1 on input line 71.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.def
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/ts1enc.def
 File: ts1enc.def 2001/06/05 v3.0e (jk/car/fm) Standard LaTeX file
 )
 LaTeX Info: Redefining \oldstylenums on input line 266.
@@ -243,155 +183,91 @@ Package textcomp Info: Setting pxtt sub-encoding to TS1/0 on input line 307.
 Package textcomp Info: Setting txr sub-encoding to TS1/0 on input line 308.
 Package textcomp Info: Setting txss sub-encoding to TS1/0 on input line 309.
 Package textcomp Info: Setting txtt sub-encoding to TS1/0 on input line 310.
-Package textcomp Info: Setting lmr sub-encoding to TS1/0 on input line 311.
-Package textcomp Info: Setting lmdh sub-encoding to TS1/0 on input line 312.
-Package textcomp Info: Setting lmss sub-encoding to TS1/0 on input line 313.
-Package textcomp Info: Setting lmssq sub-encoding to TS1/0 on input line 314.
-Package textcomp Info: Setting lmvtt sub-encoding to TS1/0 on input line 315.
-Package textcomp Info: Setting qhv sub-encoding to TS1/0 on input line 316.
-Package textcomp Info: Setting qag sub-encoding to TS1/0 on input line 317.
-Package textcomp Info: Setting qbk sub-encoding to TS1/0 on input line 318.
-Package textcomp Info: Setting qcr sub-encoding to TS1/0 on input line 319.
-Package textcomp Info: Setting qcs sub-encoding to TS1/0 on input line 320.
-Package textcomp Info: Setting qpl sub-encoding to TS1/0 on input line 321.
-Package textcomp Info: Setting qtm sub-encoding to TS1/0 on input line 322.
-Package textcomp Info: Setting qzc sub-encoding to TS1/0 on input line 323.
-Package textcomp Info: Setting qhvc sub-encoding to TS1/0 on input line 324.
-Package textcomp Info: Setting futs sub-encoding to TS1/4 on input line 325.
-Package textcomp Info: Setting futx sub-encoding to TS1/4 on input line 326.
-Package textcomp Info: Setting futj sub-encoding to TS1/4 on input line 327.
-Package textcomp Info: Setting hlh sub-encoding to TS1/3 on input line 328.
-Package textcomp Info: Setting hls sub-encoding to TS1/3 on input line 329.
-Package textcomp Info: Setting hlst sub-encoding to TS1/3 on input line 330.
-Package textcomp Info: Setting hlct sub-encoding to TS1/5 on input line 331.
-Package textcomp Info: Setting hlx sub-encoding to TS1/5 on input line 332.
-Package textcomp Info: Setting hlce sub-encoding to TS1/5 on input line 333.
-Package textcomp Info: Setting hlcn sub-encoding to TS1/5 on input line 334.
-Package textcomp Info: Setting hlcw sub-encoding to TS1/5 on input line 335.
-Package textcomp Info: Setting hlcf sub-encoding to TS1/5 on input line 336.
-Package textcomp Info: Setting pplx sub-encoding to TS1/3 on input line 337.
-Package textcomp Info: Setting pplj sub-encoding to TS1/3 on input line 338.
-Package textcomp Info: Setting ptmx sub-encoding to TS1/4 on input line 339.
-Package textcomp Info: Setting ptmj sub-encoding to TS1/4 on input line 340.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/alltt.sty
+Package textcomp Info: Setting futs sub-encoding to TS1/4 on input line 311.
+Package textcomp Info: Setting futx sub-encoding to TS1/4 on input line 312.
+Package textcomp Info: Setting futj sub-encoding to TS1/4 on input line 313.
+Package textcomp Info: Setting hlh sub-encoding to TS1/3 on input line 314.
+Package textcomp Info: Setting hls sub-encoding to TS1/3 on input line 315.
+Package textcomp Info: Setting hlst sub-encoding to TS1/3 on input line 316.
+Package textcomp Info: Setting hlct sub-encoding to TS1/5 on input line 317.
+Package textcomp Info: Setting hlx sub-encoding to TS1/5 on input line 318.
+Package textcomp Info: Setting hlce sub-encoding to TS1/5 on input line 319.
+Package textcomp Info: Setting hlcn sub-encoding to TS1/5 on input line 320.
+Package textcomp Info: Setting hlcw sub-encoding to TS1/5 on input line 321.
+Package textcomp Info: Setting hlcf sub-encoding to TS1/5 on input line 322.
+Package textcomp Info: Setting pplx sub-encoding to TS1/3 on input line 323.
+Package textcomp Info: Setting pplj sub-encoding to TS1/3 on input line 324.
+Package textcomp Info: Setting ptmx sub-encoding to TS1/4 on input line 325.
+Package textcomp Info: Setting ptmj sub-encoding to TS1/4 on input line 326.
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/base/alltt.sty
 Package: alltt 1997/06/16 v2.0g defines alltt environment
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
-Package: hyperref 2012/05/13 v6.82q Hypertext links for LaTeX
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-hyperref.sty
-Package: hobsub-hyperref 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset hyperref (HO)
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-generic.sty
-Package: hobsub-generic 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset generic (HO)
-Package: hobsub 2012/05/28 v1.13 Construct package bundles (HO)
-Package hobsub Info: Skipping package `infwarerr' (already loaded).
-Package hobsub Info: Skipping package `ltxcmds' (already loaded).
-Package: ifluatex 2010/03/01 v1.3 Provides the ifluatex switch (HO)
-Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
-Package hobsub Info: Skipping package `ifvtex' (already loaded).
-Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable calculations with integers (HO)
-Package hobsub Info: Skipping package `ifpdf' (already loaded).
-Package: etexcmds 2011/02/16 v1.5 Avoid name clashes with e-TeX commands (HO)
-Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
-(etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
-(etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
-(etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
-Package: kvsetkeys 2012/04/25 v1.16 Key value parser (HO)
-Package: kvdefinekeys 2011/04/07 v1.3 Define keys (HO)
-Package: pdftexcmds 2011/11/29 v0.20 Utility functions of pdfTeX for LuaTeX (HO
-)
-Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
-Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
-Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
-Package pdftexcmds Info: \pdfdraftmode found.
-Package: pdfescape 2011/11/25 v1.13 Implements pdfTeX's escape features (HO)
-Package: bigintcalc 2012/04/08 v1.3 Expandable calculations on big integers (HO
-)
-Package: bitset 2011/01/30 v1.1 Handle bit-vector datatype (HO)
-Package: uniquecounter 2011/01/30 v1.2 Provide unlimited unique counter (HO)
-)
-Package hobsub Info: Skipping package `hobsub' (already loaded).
-Package: letltxmacro 2010/09/02 v1.4 Let assignment for LaTeX macros (HO)
-Package: hopatch 2012/05/28 v1.2 Wrapper for package hooks (HO)
-Package: xcolor-patch 2011/01/30 xcolor patch
-Package: atveryend 2011/06/30 v1.8 Hooks at the very end of document (HO)
-Package atveryend Info: \enddocument detected (standard20110627).
-Package: atbegshi 2011/10/05 v1.16 At begin shipout hook (HO)
-Package: refcount 2011/10/16 v3.4 Data extraction from label references (HO)
-Package: hycolor 2011/01/30 v1.7 Color options for hyperref/bookmark (HO)
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
-Package: kvoptions 2011/06/30 v3.11 Key value format for package options (HO)
-)
-\@linkdim=\dimen127
-\Hy@linkcounter=\count112
-\Hy@pagecounter=\count113
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
-File: pd1enc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
-)
-\Hy@SavedSpaceFactor=\count114
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/hyperref.cfg
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/psnfss/times.sty
+Package: times 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (SPQR) 
+) (/usr/share/texmf/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
+Package: ifpdf 2006/02/20 v1.4 Provides the ifpdf switch (HO)
+Package ifpdf Info: pdfTeX in pdf mode detected.
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
+Package: hyperref 2007/02/07 v6.75r Hypertext links for LaTeX
+\@linkdim=\dimen117
+\Hy@linkcounter=\count107
+\Hy@pagecounter=\count108
+(/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
+File: pd1enc.def 2007/02/07 v6.75r Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/config/hyperref.cfg
 File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
+Package: kvoptions 2006/08/22 v2.4 Connects package keyval with LaTeX options (
+HO)
 )
-Package hyperref Info: Option `colorlinks' set `true' on input line 3941.
-Package hyperref Info: Option `unicode' set `true' on input line 3941.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/puenc.def
-File: puenc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDF Unicode definition (HO)
+Package hyperref Info: Option `colorlinks' set `true' on input line 2238.
+Package hyperref Info: Option `unicode' set `true' on input line 2238.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/puenc.def
+File: puenc.def 2007/02/07 v6.75r Hyperref: PDF Unicode definition (HO)
 )
-Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4062.
-Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4067.
-Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4070.
-Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 4077.
-Package hyperref Info: Backreferencing ON on input line 4080.
-Package hyperref Info: Implicit mode ON; LaTeX internals redefined.
-Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 4300.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/backref.sty
-Package: backref 2010/08/30 v1.36 Bibliographical back referencing
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/rerunfilecheck.sty
-Package: rerunfilecheck 2011/04/15 v1.7 Rerun checks for auxiliary files (HO)
-Package uniquecounter Info: New unique counter `rerunfilecheck' on input line 2
-82.
-))
-\c@Hy@tempcnt=\count115
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/url/url.sty
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 2288.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 2293.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 2296.
+Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 2303.
+Package hyperref Info: Backreferencing ON on input line 2306.
+Implicit mode ON; LaTeX internals redefined
+Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 2444.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/backref.sty
+Package: backref 2006/10/06 v1.27 Bibliographical back referencing
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/ltxmisc/url.sty
 \Urlmuskip=\muskip10
-Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
+Package: url 2005/06/27  ver 3.2  Verb mode for urls, etc.
 )
-LaTeX Info: Redefining \url on input line 4653.
-\Fld@menulength=\count116
-\Field@Width=\dimen128
-\Fld@charsize=\dimen129
-Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 5773.
-Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 5778.
-Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 5781.
-Package hyperref Info: backreferencing ON on input line 5786.
-Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 5791.
-Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 5798.
-Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 5803.
-LaTeX Info: Redefining \ref on input line 5843.
-LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 5847.
-\Hy@abspage=\count117
-\c@Item=\count118
-\c@Hfootnote=\count119
+LaTeX Info: Redefining \url on input line 2599.
+\Fld@menulength=\count109
+\Field@Width=\dimen118
+\Fld@charsize=\dimen119
+\Choice@toks=\toks18
+\Field@toks=\toks19
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 3102.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 3107.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 3110.
+Package hyperref Info: backreferencing ON on input line 3115.
+Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 3120.
+\Hy@abspage=\count110
+\c@Item=\count111
+\c@Hfootnote=\count112
 )
-
-Package hyperref Message: Driver: hpdftex.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
-File: hpdftex.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref driver for pdfTeX
-\Fld@listcount=\count120
-\c@bookmark@seq@number=\count121
-\Hy@SectionHShift=\skip50
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/inputenc.sty
-Package: inputenc 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
-\inpenc@prehook=\toks21
-\inpenc@posthook=\toks22
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/utf8.def
-File: utf8.def 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+*hyperref using driver hpdftex*
+(/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
+File: hpdftex.def 2007/02/07 v6.75r Hyperref driver for pdfTeX
+\Fld@listcount=\count113
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/base/inputenc.sty
+Package: inputenc 2006/05/05 v1.1b Input encoding file
+\inpenc@prehook=\toks20
+\inpenc@posthook=\toks21
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/utf8.def
+File: utf8.def 2006/03/30 v1.1i UTF-8 support for inputenc
 Now handling font encoding OML ...
 ... no UTF-8 mapping file for font encoding OML
 Now handling font encoding T1 ...
-... processing UTF-8 mapping file for font encoding T1
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.dfu
-File: t1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+... processing UTF-8 mapping file for font encodingT1
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/t1enc.dfu
+File: t1enc.dfu 2006/03/30 v1.1i UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
    defining Unicode char U+00AB (decimal 171)
@@ -538,9 +414,9 @@ File: t1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
 )
 Now handling font encoding OT1 ...
-... processing UTF-8 mapping file for font encoding OT1
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ot1enc.dfu
-File: ot1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+... processing UTF-8 mapping file for font encodingOT1
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/ot1enc.dfu
+File: ot1enc.dfu 2006/03/30 v1.1i UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
    defining Unicode char U+00B8 (decimal 184)
@@ -568,9 +444,9 @@ File: ot1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
 )
 Now handling font encoding OMS ...
-... processing UTF-8 mapping file for font encoding OMS
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/omsenc.dfu
-File: omsenc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+... processing UTF-8 mapping file for font encodingOMS
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/omsenc.dfu
+File: omsenc.dfu 2006/03/30 v1.1i UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
    defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
    defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
@@ -583,9 +459,9 @@ Now handling font encoding OMX ...
 Now handling font encoding U ...
 ... no UTF-8 mapping file for font encoding U
 Now handling font encoding TS1 ...
-... processing UTF-8 mapping file for font encoding TS1
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.dfu
-File: ts1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
+... processing UTF-8 mapping file for font encodingTS1
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/ts1enc.dfu
+File: ts1enc.dfu 2006/03/30 v1.1i UTF-8 support for inputenc
    defining Unicode char U+00A2 (decimal 162)
    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
    defining Unicode char U+00A4 (decimal 164)
@@ -670,205 +546,85 @@ Now handling font encoding PU ...
    defining Unicode char U+2026 (decimal 8230)
    defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
-)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/mathptmx.sty
-Package: mathptmx 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a Times w/ Math, improved (SPQR, WaS) 
-LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `operators' on input line 28.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `normal'
-(Font)                  OT1/cmr/m/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `bold'
-(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
-LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `letters' on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `normal'
-(Font)                  OML/cmm/m/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `bold'
-(Font)                  OML/cmm/b/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `symbols' on input line 30.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `normal'
-(Font)                  OMS/cmsy/m/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `bold'
-(Font)                  OMS/cmsy/b/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
-LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `largesymbols' on input line 31.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `normal'
-(Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
-LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `bold'
-(Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
-\symbold=\mathgroup4
-\symitalic=\mathgroup5
-LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathbf on input line 34.
-LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `normal'
-(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
-LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `bold'
-(Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
-LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathit on input line 35.
-LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `normal'
-(Font)                  OT1/cmr/m/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
-LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `bold'
-(Font)                  OT1/cmr/bx/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
-LaTeX Info: Redefining \hbar on input line 50.
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/helvet.sty
-Package: helvet 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS) 
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/courier.sty
-Package: courier 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS) 
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/sectsty/sectsty.sty
-Package: sectsty 2002/02/25 v2.0.2 Commands to change all sectional heading sty
-les
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
-Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
-Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
-\@emptytoks=\toks23
-\symAMSa=\mathgroup6
-\symAMSb=\mathgroup7
-LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
-(Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
-)) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tocloft/tocloft.sty
-Package: tocloft 2010/10/13 v2.3e parameterised ToC, etc., typesetting
-Package tocloft Info: The document has chapter divisions on input line 43.
-\cftparskip=\skip51
-\cftbeforetoctitleskip=\skip52
-\cftaftertoctitleskip=\skip53
-\cftbeforepartskip=\skip54
-\cftpartnumwidth=\skip55
-\cftpartindent=\skip56
-\cftbeforechapskip=\skip57
-\cftchapindent=\skip58
-\cftchapnumwidth=\skip59
-\cftbeforesecskip=\skip60
-\cftsecindent=\skip61
-\cftsecnumwidth=\skip62
-\cftbeforesubsecskip=\skip63
-\cftsubsecindent=\skip64
-\cftsubsecnumwidth=\skip65
-\cftbeforesubsubsecskip=\skip66
-\cftsubsubsecindent=\skip67
-\cftsubsubsecnumwidth=\skip68
-\cftbeforeparaskip=\skip69
-\cftparaindent=\skip70
-\cftparanumwidth=\skip71
-\cftbeforesubparaskip=\skip72
-\cftsubparaindent=\skip73
-\cftsubparanumwidth=\skip74
-\cftbeforeloftitleskip=\skip75
-\cftafterloftitleskip=\skip76
-\cftbeforefigskip=\skip77
-\cftfigindent=\skip78
-\cftfignumwidth=\skip79
-\c@lofdepth=\count122
-\c@lotdepth=\count123
-\cftbeforelottitleskip=\skip80
-\cftafterlottitleskip=\skip81
-\cftbeforetabskip=\skip82
-\cfttabindent=\skip83
-\cfttabnumwidth=\skip84
-) (./doxygen.sty
+)) (./doxygen.sty
 Package: doxygen 
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/calc.sty
-Package: calc 2007/08/22 v4.3 Infix arithmetic (KKT,FJ)
-\calc@Acount=\count124
-\calc@Bcount=\count125
-\calc@Adimen=\dimen130
-\calc@Bdimen=\dimen131
-\calc@Askip=\skip85
-\calc@Bskip=\skip86
-LaTeX Info: Redefining \setlength on input line 76.
-LaTeX Info: Redefining \addtolength on input line 77.
-\calc@Ccount=\count126
-\calc@Cskip=\skip87
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
-\fancy@headwidth=\skip88
-\f@ncyO@elh=\skip89
-\f@ncyO@erh=\skip90
-\f@ncyO@olh=\skip91
-\f@ncyO@orh=\skip92
-\f@ncyO@elf=\skip93
-\f@ncyO@erf=\skip94
-\f@ncyO@olf=\skip95
-\f@ncyO@orf=\skip96
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/longtable.sty
-Package: longtable 2004/02/01 v4.11 Multi-page Table package (DPC)
-\LTleft=\skip97
-\LTright=\skip98
-\LTpre=\skip99
-\LTpost=\skip100
-\LTchunksize=\count127
-\LTcapwidth=\dimen132
-\LT@head=\box56
-\LT@firsthead=\box57
-\LT@foot=\box58
-\LT@lastfoot=\box59
-\LT@cols=\count128
-\LT@rows=\count129
-\c@LT@tables=\count130
-\c@LT@chunks=\count131
-\LT@p@ftn=\toks24
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/verbatim.sty
+(/usr/share/texmf/tex/latex/tools/array.sty
+Package: array 2005/08/23 v2.4b Tabular extension package (FMi)
+\col@sep=\dimen120
+\extrarowheight=\dimen121
+\NC@list=\toks22
+\extratabsurround=\skip45
+\backup@length=\skip46
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/tools/calc.sty
+Package: calc 2005/08/06 v4.2 Infix arithmetic (KKT,FJ)
+\calc@Acount=\count114
+\calc@Bcount=\count115
+\calc@Adimen=\dimen122
+\calc@Bdimen=\dimen123
+\calc@Askip=\skip47
+\calc@Bskip=\skip48
+LaTeX Info: Redefining \setlength on input line 75.
+LaTeX Info: Redefining \addtolength on input line 76.
+\calc@Ccount=\count116
+\calc@Cskip=\skip49
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
+\fancy@headwidth=\skip50
+\f@ncyO@elh=\skip51
+\f@ncyO@erh=\skip52
+\f@ncyO@olh=\skip53
+\f@ncyO@orh=\skip54
+\f@ncyO@elf=\skip55
+\f@ncyO@erf=\skip56
+\f@ncyO@olf=\skip57
+\f@ncyO@orf=\skip58
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/tools/verbatim.sty
 Package: verbatim 2003/08/22 v1.5q LaTeX2e package for verbatim enhancements
-\every@verbatim=\toks25
-\verbatim@line=\toks26
+\every@verbatim=\toks23
+\verbatim@line=\toks24
 \verbatim@in@stream=\read1
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xtab/xtab.sty
-Package: xtab 2011/07/31 v2.3f Extended supertabular package
-\c@tracingst=\count132
-\PWSTcapht=\dimen133
-\ST@wd=\dimen134
-\ST@rightskip=\skip101
-\ST@leftskip=\skip102
-\ST@parfillskip=\skip103
-\c@PWSTtable=\count133
-\PWSTlastpage=\count134
-\PWSTpenultimate=\count135
-\PWSTcurpage=\count136
-\PWSTtempc=\count137
-\PWSTlines=\count138
-\PWST@lastht=\dimen135
-\PWST@generalht=\dimen136
-\PWST@ht=\dimen137
-\ST@pageleft=\dimen138
-\ST@headht=\dimen139
-\ST@tailht=\dimen140
-\ST@pagesofar=\dimen141
-\ST@pboxht=\dimen142
-\ST@lineht=\dimen143
-\ST@stretchht=\dimen144
-\ST@prevht=\dimen145
-\ST@toadd=\dimen146
-\ST@dimen=\dimen147
-\ST@pbox=\box60
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/multirow/multirow.sty
-\bigstrutjot=\dimen148
 )
-\tmplength=\skip104
-\xrefbox=\box61
-\xreflength=\skip105
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/fontenc.sty
+\tmplength=\skip59
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/fontenc.sty
 Package: fontenc 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.def
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/t1enc.def
 File: t1enc.def 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX file
 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding T1 on input line 43.
-))) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
+))) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/lstlang1.sty
 File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/lstlang1.sty
 File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
-File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
+) (/usr/share/texmf/tex/latex/listings/lstmisc.sty
+File: lstmisc.sty 2004/09/07 1.3 (Carsten Heinz)
 )
 \@indexfile=\write3
 \openout3 = `refman.idx'.
 
 Writing index file refman.idx
-(./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
-old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
-bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
-./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
-oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
-old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
-./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
-fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
-x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
-aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
-) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
-__kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
-dos.aux) (./group__parse.aux)
+(./refman.aux (./mp_parse.aux) (./mp_utils.aux) (./mp_example.aux) (./deprecate
+d.aux) (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__fold.aux
+) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__subopt__z
+uker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (./group
+__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./group__up
+__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__fold.aux
+) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (./group
+__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__fold.au
+x) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.aux) (./g
+roup__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.aux) (.
+/group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux) (./gr
+oup__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group__kl__n
+eighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__dos.aux
+) (./group__parse.aux) (./structbondTEn.aux) (./structcofoldF.aux) (./structCon
+cEnt.aux) (./structconstrain.aux) (./structCOORDINATE.aux) (./structcpair.aux) 
+(./structduplexT.aux) (./structdupVar.aux) (./structfolden.aux) (./structintera
+ct.aux) (./structintermediate__t.aux) (./structINTERVAL.aux) (./structLIST.aux)
+(./structLST__BUCKET.aux) (./structmodel__detailsT.aux) (./structmove__t.aux) (
+./structPAIR.aux) (./structpair__info.aux) (./structpairpro.aux) (./structparam
+T.aux) (./structpath__t.aux) (./structpf__paramT.aux) (./structplist.aux) (./st
+ructPostorder__list.aux) (./structpu__contrib.aux) (./structpu__out.aux) (./str
+uctsect.aux) (./structsnoopT.aux) (./structSOLUTION.aux) (./structstruct__en.au
+x) (./structsvm__model.aux) (./structswString.aux) (./structTree.aux) (./struct
+TwoDfold__solution.aux) (./structTwoDfold__vars.aux) (./structTwoDpfold__soluti
+on.aux) (./structTwoDpfold__vars.aux) (./2Dpfold_8h.aux) (./alifold_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__consensus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42a
 cc49e' multiply defined.
@@ -877,6 +633,7 @@ cc49e' multiply defined.
 LaTeX Warning: Label `group__consensus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc
 ' multiply defined.
 
+) (./cofold_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f' mu
 ltiply defined.
@@ -893,6 +650,9 @@ ltiply defined.
 LaTeX Warning: Label `group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c' 
 multiply defined.
 
+) (./convert__epars_8h.aux) (./data__structures_8h.aux) (./dist__vars_8h.aux) (
+./duplex_8h.aux) (./edit__cost_8h.aux) (./energy__const_8h.aux) (./findpath_8h.
+aux) (./fold_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__mfe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7' mult
 iply defined.
@@ -905,26 +665,31 @@ iply defined.
 LaTeX Warning: Label `group__eval_ga567530678f6260a1a649a5beca5da4c5' multiply 
 defined.
 
+) (./fold__vars_8h.aux) (./gquad_8h.aux) (./inverse_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__inverse__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9' 
 multiply defined.
 
+) (./Lfold_8h.aux) (./loop__energies_8h.aux) (./LPfold_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__local__pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8
 ' multiply defined.
 
+) (./MEA_8h.aux) (./mm_8h.aux) (./naview_8h.aux) (./params_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca186
 2a0' multiply defined.
 
 
-LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65
-a66' multiply defined.
+LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaf0c74574b40f2778556535bf9d382
+828' multiply defined.
 
+) (./part__func_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc' multi
 ply defined.
 
+) (./part__func__co_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247' mul
 tiply defined.
@@ -937,6 +702,7 @@ tiply defined.
 LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe' mul
 tiply defined.
 
+) (./part__func__up_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f' mul
 tiply defined.
@@ -945,6 +711,8 @@ tiply defined.
 LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8' mul
 tiply defined.
 
+) (./plot__layouts_8h.aux) (./profiledist_8h.aux) (./PS__dot_8h.aux) (./read__e
+pars_8h.aux) (./RNAstruct_8h.aux) (./stringdist_8h.aux) (./subopt_8h.aux
 
 LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d'
  multiply defined.
@@ -957,3062 +725,3721 @@ LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e'
 LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe'
  multiply defined.
 
-)
+) (./treedist_8h.aux) (./utils_8h.aux) (./1_88_84__epars_8h.aux) (./1_88_84__in
+tloops_8h.aux))
 \openout1 = `refman.aux'.
 
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for TS1/cmr/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+cmr on input line 49.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1cmr.fd
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for TS1/cmr/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+cmr on input line 35.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/base/ts1cmr.fd
 File: ts1cmr.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
 )
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Checking defaults for PU/pdf/m/n on input line 49.
-LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+phv on input line 49.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1phv.fd
-File: t1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for T1/phv.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for PU/pdf/m/n on input line 35.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 35.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+ptm on input line 35.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/psnfss/t1ptm.fd
+File: t1ptm.fd 2001/06/04 font definitions for T1/ptm.
 )
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 49.
-*geometry* driver: auto-detecting
-*geometry* detected driver: pdftex
-*geometry* verbose mode - [ preamble ] result:
-* driver: pdftex
-* paper: a4paper
-* layout: <same size as paper>
-* layoutoffset:(h,v)=(0.0pt,0.0pt)
-* modes: twoside 
-* h-part:(L,W,R)=(71.13188pt, 455.24411pt, 71.13188pt)
-* v-part:(T,H,B)=(71.13188pt, 702.78308pt, 71.13188pt)
-* \paperwidth=597.50787pt
-* \paperheight=845.04684pt
-* \textwidth=455.24411pt
-* \textheight=702.78308pt
-* \oddsidemargin=-1.1381pt
-* \evensidemargin=-1.1381pt
-* \topmargin=-31.2056pt
-* \headheight=12.0pt
-* \headsep=18.06749pt
-* \topskip=10.0pt
-* \footskip=25.29494pt
-* \marginparwidth=125.0pt
-* \marginparsep=7.0pt
-* \columnsep=10.0pt
-* \skip\footins=9.0pt plus 4.0pt minus 2.0pt
-* \hoffset=0.0pt
-* \voffset=0.0pt
-* \mag=1000
-* \@twocolumnfalse
-* \@twosidetrue
-* \@mparswitchtrue
-* \@reversemarginfalse
-* (1in=72.27pt=25.4mm, 1cm=28.453pt)
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/context/base/supp-pdf.mkii
-[Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
-\scratchcounter=\count139
-\scratchdimen=\dimen149
-\scratchbox=\box62
-\nofMPsegments=\count140
-\nofMParguments=\count141
-\everyMPshowfont=\toks27
-\MPscratchCnt=\count142
-\MPscratchDim=\dimen150
-\MPnumerator=\count143
-\makeMPintoPDFobject=\count144
-\everyMPtoPDFconversion=\toks28
-) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/epstopdf-base.sty
-Package: epstopdf-base 2010/02/09 v2.5 Base part for package epstopdf
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/grfext.sty
-Package: grfext 2010/08/19 v1.1 Manage graphics extensions (HO)
-)
-Package grfext Info: Graphics extension search list:
-(grfext)             [.png,.pdf,.jpg,.mps,.jpeg,.jbig2,.jb2,.PNG,.PDF,.JPG,.JPE
-G,.JBIG2,.JB2,.eps]
-(grfext)             \AppendGraphicsExtensions on input line 452.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/epstopdf-sys.cfg
-File: epstopdf-sys.cfg 2010/07/13 v1.3 Configuration of (r)epstopdf for TeX Liv
-e
-))
-\c@lstlisting=\count145
-\AtBeginShipoutBox=\box63
-Package backref Info: ** backref set up for natbib ** on input line 49.
-Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 49.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/nameref.sty
-Package: nameref 2010/04/30 v2.40 Cross-referencing by name of section
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/gettitlestring.sty
-Package: gettitlestring 2010/12/03 v1.4 Cleanup title references (HO)
+Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 35.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/hyperref/nameref.sty
+Package: nameref 2006/12/27 v2.28 Cross-referencing by name of section
+(/usr/share/texmf/tex/latex/oberdiek/refcount.sty
+Package: refcount 2006/02/20 v3.0 Data extraction from references (HO)
 )
-\c@section@level=\count146
+\c@section@level=\count117
 )
-LaTeX Info: Redefining \ref on input line 49.
-LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 49.
-LaTeX Info: Redefining \nameref on input line 49.
+LaTeX Info: Redefining \ref on input line 35.
+LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 35.
 (./refman.out) (./refman.out)
 \@outlinefile=\write4
 \openout4 = `refman.out'.
 
-\big@size=\dimen151
-Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `false' on input line 50.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 54.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 56.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 58.
+Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `false' on input line 36.
 [1
 
 
-{/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2
+{/usr/share/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2
 
 ]
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <24.88> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 63.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+phv on input line 63.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1phv.fd
-File: ot1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for OT1/phv.
-)
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
-(Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <24.88> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 49.
 (./refman.toc
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <10> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 1.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 1.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ztmcm on input line 1.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ztmcm.fd
-File: ot1ztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OT1/ztmcm.
-)
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OML+ztmcm on input line 1.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omlztmcm.fd
-File: omlztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OML/ztmcm.
-)
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMS+ztmcm on input line 1.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omsztmcm.fd
-File: omsztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMS/ztmcm.
-)
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMX+ztmcm on input line 1.
-
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omxztmcm.fd
-File: omxztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMX/ztmcm.
-)
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ptm on input line 1.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ptm.fd
-File: ot1ptm.fd 2001/06/04 font definitions for OT1/ptm.
-)
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <10> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7.4> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <6> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    External font `cmex10' loaded for size
+(Font)              <7> on input line 2.
+LaTeX Font Info:    External font `cmex10' loaded for size
+(Font)              <5> on input line 2.
 [1
 
 ]
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <7> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 68.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 68.
-[2] [3] [4] [5] [6] [7]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 279--279
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2- 
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <7> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 57.
+[2] [3]
+Underfull \hbox (badness 1590) in paragraph at lines 104--104
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Con-sen-sus Struc-tures
+ from Se-quence 
  []
 
-
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 280--280
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2- 
+[4] [5] [6] [7] [8]
+Overfull \hbox (42.07576pt too wide) in paragraph at lines 270--270
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/2Dfold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 281--281
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (47.07576pt too wide) in paragraph at lines 272--272
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/2Dpfold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 285--285
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (39.85551pt too wide) in paragraph at lines 274--274
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/alifold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 290--290
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (39.29573pt too wide) in paragraph at lines 278--278
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/cofold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 292--292
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (44.01581pt too wide) in paragraph at lines 283--283
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/convert_- 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 294--294
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist- 
+Overfull \hbox (31.23567pt too wide) in paragraph at lines 285--285
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/data_- 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 299--299
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (29.02557pt too wide) in paragraph at lines 287--287
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/dist_- 
  []
 
-[8]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 301--301
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit- 
+[9]
+Overfull \hbox (40.81587pt too wide) in paragraph at lines 292--292
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/duplex.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 303--303
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (29.57562pt too wide) in paragraph at lines 294--294
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/edit_- 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 314--314
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (41.6058pt too wide) in paragraph at lines 296--296
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/energy_- 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 320--320
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (46.52571pt too wide) in paragraph at lines 307--307
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/findpath.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 335--335
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold- 
+Overfull \hbox (29.85579pt too wide) in paragraph at lines 313--313
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/fold.h 
  []
 
-[9]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 358--358
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+[10]
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 325
+\T1/ptm/m/n/10 11.12.2.10 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 365--365
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 326
+\T1/ptm/m/n/10 11.12.2.11 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 367--367
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 327
+\T1/ptm/m/n/10 11.12.2.12 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 369--369
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (30.68575pt too wide) in paragraph at lines 328--328
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/fold_- 
  []
 
-[10]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 378--378
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L- 
+
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 342
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.10 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 382--382
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 343
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.11 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 386--386
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 344
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.12 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 388--388
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 345
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.13 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 389--389
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 346
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.14 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 390--390
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 347
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.15 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 398--398
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 348
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.16 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 403--403
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 349
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.17 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 405--405
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 350
+\T1/ptm/m/n/10 11.13.3.18 
  []
 
 [11]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 416--416
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (38.18588pt too wide) in paragraph at lines 351--351
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/gquad.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 422--422
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S- 
+Overfull \hbox (42.07574pt too wide) in paragraph at lines 358--358
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/inverse.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 434--434
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (35.96577pt too wide) in paragraph at lines 360--360
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/Lfold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 435--435
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N- 
+Overfull \hbox (32.35579pt too wide) in paragraph at lines 362--362
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/loop_- 
  []
 
-[12]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 448--448
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+
+Overfull \hbox (41.52571pt too wide) in paragraph at lines 371--371
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/LPfold.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 453--453
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (35.96579pt too wide) in paragraph at lines 375--375
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/MEA.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 455--455
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Overfull \hbox (29.30573pt too wide) in paragraph at lines 379--379
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/mm.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 461--461
- [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
-ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/- 
+Underfull \vbox (badness 5022) has occurred while \output is active []
+
+[12]
+Overfull \hbox (41.52583pt too wide) in paragraph at lines 381--381
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/naview.h 
  []
 
-[13] [14]
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <12> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 530.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 530.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <12> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <9> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
-)
-\tf@toc=\write5
-\openout5 = `refman.toc'.
 
-[15] [16
+Overfull \hbox (42.62556pt too wide) in paragraph at lines 383--383
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/params.h 
+ []
 
-]
-Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `true' on input line 66.
-Chapter 1.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <20.74> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 67.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
-(Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
-(./index.tex
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
-(Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 6.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 13.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+phv on input line 26.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ts1phv.fd
-File: ts1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for TS1/phv.
-)
-LaTeX Font Info:    Font shape `TS1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 26.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <14.4> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
-(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
-(Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+pcr on input line 34.
-(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1pcr.fd
-File: t1pcr.fd 2001/06/04 font definitions for T1/pcr.
-)) [1
 
-] [2
+Overfull \hbox (30.12569pt too wide) in paragraph at lines 385--385
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/part_- 
+ []
 
-]
-Chapter 2.
-(./mp_parse.tex
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <10> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 3.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 3.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 7.19995pt on input line 9.
-[3]) [4]
-Chapter 3.
-(./mp_utils.tex) [5
 
-] [6
+Overfull \hbox (30.12569pt too wide) in paragraph at lines 393--393
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/part_- 
+ []
 
-]
-Chapter 4.
-(./mp_example.tex
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
-(Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 4.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <5> not available
-(Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 56.
-[7]) [8]
-Chapter 5.
-(./deprecated.tex [9
 
-]) [10]
-Chapter 6.
-(./modules.tex [11
+Overfull \hbox (30.12569pt too wide) in paragraph at lines 398--398
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/part_- 
+ []
 
-]) [12]
-Chapter 7.
-(./annotated.tex [13
 
-]) [14]
-Chapter 8.
-(./files.tex
+Overfull \hbox (30.13568pt too wide) in paragraph at lines 400--400
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/plot_- 
+ []
+
+[13]
+Overfull \hbox (54.30534pt too wide) in paragraph at lines 411--411
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/profiledist.h 
+ []
 
-LaTeX Warning: Reference `mainpage_8h' on page 15 undefined on input line 3.
 
+Overfull \hbox (25.69577pt too wide) in paragraph at lines 418--418
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/PS_- 
+ []
 
-LaTeX Warning: Reference `ali__plex_8h' on page 15 undefined on input line 6.
 
+Overfull \hbox (31.78574pt too wide) in paragraph at lines 430--430
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/read_- 
+ []
 
-LaTeX Warning: Reference `aln__util_8h' on page 15 undefined on input line 8.
 
+Overfull \hbox (56.72539pt too wide) in paragraph at lines 432--432
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/RNAstruct.h 
+ []
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 10--10
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]convert-_- 
+[14]
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 444
+\T1/ptm/m/n/10 11.30.2.10 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--11
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_- 
+Overfull \hbox (50.97525pt too wide) in paragraph at lines 445--445
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/stringdist.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 12--12
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]dist-_-vars.- 
+Overfull \hbox (40.41573pt too wide) in paragraph at lines 450--450
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/subopt.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 14--14
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]edit-_- 
+Overfull \hbox (43.18535pt too wide) in paragraph at lines 452--452
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/treedist.h 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]energy-_- 
+Overfull \hbox (30.97551pt too wide) in paragraph at lines 458--458
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/H/utils.h 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `energy__par_8h' on page 15 undefined on input line 16
-.
-
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 470
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.10 
+ []
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 energy-_- 
+[15]
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 471
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.11 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--19
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]fold-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 472
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.12 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 3250) has occurred while \output is active []
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 473
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.13 
+ []
 
-[15
 
-]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--23
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]loop-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 474
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.14 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `move__set_8h' on page 16 undefined on input line 27.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 475
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.15 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 27--27
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 move-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 476
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.16 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `pair__mat_8h' on page 16 undefined on input line 29.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 477
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.17 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--29
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 pair-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 478
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.18 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 31--31
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 479
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.19 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 32--32
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 480
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.20 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 481
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.21 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `PKplex_8h' on page 16 undefined on input line 34.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 482
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.22 
+ []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `plex_8h' on page 16 undefined on input line 35.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 483
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.23 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 36--36
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]plot-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 484
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.24 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `ProfileAln_8h' on page 16 undefined on input line 37.
-
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 485
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.25 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 Profile- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 486
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.26 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]read-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 487
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.27 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `ribo_8h' on page 16 undefined on input line 41.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 488
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.28 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 42--42
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]R-N- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 489
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.29 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `snofold_8h' on page 16 undefined on input line 43.
-
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 490
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.30 
+ []
 
-LaTeX Warning: Reference `snoop_8h' on page 16 undefined on input line 44.
 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 491
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.2.31 
+ []
 
-LaTeX Warning: Reference `svm__utils_8h' on page 16 undefined on input line 47.
 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 502
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.10 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 47--47
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 svm-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 503
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.11 
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 504
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.12 
  []
 
 [16]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--51
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 505
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.13 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl11_8h' on page 17 undefined on input line 52.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 506
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.14 
+ []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl11dH_8h' on page 17 undefined on input line 53.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 507
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.15 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--53
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl11d- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 508
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.16 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl21_8h' on page 17 undefined on input line 54.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 509
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.17 
+ []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl21dH_8h' on page 17 undefined on input line 55.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 510
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.18 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl21d- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 511
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.19 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl22_8h' on page 17 undefined on input line 56.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 512
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.20 
+ []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `intl22dH_8h' on page 17 undefined on input line 57.
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 513
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.21 
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--57
- [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
-it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl22d- 
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 514
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.22 
  []
 
 
-LaTeX Warning: Reference `list_8h' on page 17 undefined on input line 58.
-
-) [17] [18
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 515
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.23 
+ []
 
-]
-Chapter 9.
-(./group__folding__routines.tex <group__folding__routines.pdf, id=3335, 399.492
-5pt x 588.1975pt>
-File: group__folding__routines.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__folding__routines.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__folding__routines.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 515.35365pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 516
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.24 
+ []
 
-[19]
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <9> not available
-(Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 21.
-LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
-(Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 21.
-[20 <./group__folding__routines.pdf>]) [21]
-\openout2 = `group__mfe__fold.aux'.
 
-(./group__mfe__fold.tex <group__mfe__fold.pdf, id=3386, 584.1825pt x 262.9825pt
->
-File: group__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__mfe__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__mfe__fold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 157.566pt.
-[22
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 517
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.25 
+ []
 
- <./group__mfe__fold.pdf>]
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/it' in size <10> not available
-(Font)              Font shape `OT1/phv/bc/sl' tried instead on input line 67.
-LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/sl' will be
-(Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 67.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 518
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.26 
  []
 
-[23]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 133
+
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 519
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.27 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 162
+Overfull \hbox (1.49994pt too wide) detected at line 520
+\T1/ptm/m/n/10 11.34.3.28 
  []
 
-) [24]
-\openout2 = `group__pf__fold.aux'.
 
-(./group__pf__fold.tex <group__pf__fold.pdf, id=3473, 570.13pt x 497.86pt>
-File: group__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__pf__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__pf__fold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 305.63132pt.
-[25
+Overfull \hbox (37.91571pt too wide) in paragraph at lines 523--523
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/lib/1.8.4_- 
+ []
 
 
- <./group__pf__fold.pdf>] [26]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 114
+Overfull \hbox (37.91571pt too wide) in paragraph at lines 525--525
+ [][] [][][]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src
+/ViennaRNA/lib/1.8.4_- 
  []
 
-[27]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
- []
+)
+\tf@toc=\write5
+\openout5 = `refman.toc'.
 
+[17] [18
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 188
- []
+]
+Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `true' on input line 52.
+Chapter 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <20.74> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 53.
+(./main.tex
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 6.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+ptm on input line 26.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/psnfss/ts1ptm.fd
+File: ts1ptm.fd 2001/06/04 font definitions for TS1/ptm.
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/n' in size <14.4> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/n' tried instead on input line 29.
+[1
 
+]
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+pcr on input line 34.
+(/usr/share/texmf/tex/latex/psnfss/t1pcr.fd
+File: t1pcr.fd 2001/06/04 font definitions for T1/pcr.
+)) [2]
+Chapter 2.
+[3
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+]
+\openout2 = `mp_parse.aux'.
 
-[28] [29]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 286
- []
+(./mp_parse.tex [4
 
+] [5] [6] [7]) [8]
+Chapter 3.
+[9
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 326
- []
 
-[30]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 351
- []
+]
+\openout2 = `mp_utils.aux'.
 
+(./mp_utils.tex [10
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 382
- []
+] [11] [12] [13]) [14]
+Chapter 4.
+[15
 
-) [31]
-\openout2 = `group__mea__fold.aux'.
 
-(./group__mea__fold.tex <group__mea__fold.pdf, id=3624, 393.47pt x 124.465pt>
-File: group__mea__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__mea__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__mea__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 110.71272pt.
-) [32
+]
+\openout2 = `mp_example.aux'.
 
+(./mp_example.tex
+LaTeX Font Info:    External font `cmex10' loaded for size
+(Font)              <8> on input line 58.
+LaTeX Font Info:    External font `cmex10' loaded for size
+(Font)              <6> on input line 58.
 
- <./group__mea__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__centroid__fold.aux'.
+Overfull \hbox (9.10034pt too wide) in paragraph at lines 58--58
+[]   \T1/pcr/m/n/8 printf([]"%s$\OMS/cmsy/m/n/8 n$\T1/pcr/m/n/8 n%s  %3.2f$\OMS
+/cmsy/m/n/8 n$\T1/pcr/m/n/8 n"[], aligned_line[0], aligned_line[1], tree_dist);
+[] 
+ []
 
-(./group__centroid__fold.tex <group__centroid__fold.pdf, id=3637, 379.4175pt x 
-112.42pt>
-File: group__centroid__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__centroid__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__centroid__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 103.70554pt.
+[16
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 52
+]
+Overfull \hbox (34.20024pt too wide) in paragraph at lines 73--73
+[]   []\T1/pcr/m/n/8 /* get the base pair probability matrix for the previous r
+un of pf_fold() */[][] 
  []
 
-[33
-
 
- <./group__centroid__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+Overfull \hbox (34.20024pt too wide) in paragraph at lines 78--78
+[]   []\T1/pcr/m/n/8 /* get the base pair probability matrix for the previous r
+un of pf_fold() */[][] 
  []
 
-) [34]
-\openout2 = `group__subopt__fold.aux'.
+) [17] [18
 
-(./group__subopt__fold.tex <group__subopt__fold.pdf, id=3666, 523.9575pt x 236.
-885pt>
-File: group__subopt__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__subopt__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__subopt__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 158.24222pt.
-) [35
 
+]
+Chapter 5.
+[19]
+\openout2 = `deprecated.aux'.
 
- <./group__subopt__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__subopt__zuker.aux'.
+(./deprecated.tex [20
 
-(./group__subopt__zuker.tex <group__subopt__zuker.pdf, id=3688, 349.305pt x 124
-.465pt>
-File: group__subopt__zuker.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__subopt__zuker.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__subopt__zuker.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
+]) [21] [22
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 43
- []
 
-) [36
+]
+Chapter 6.
+(./modules.tex [23]) [24]
+Chapter 7.
+(./annotated.tex [25
 
+]) [26]
+Chapter 8.
+(./files.tex
 
- <./group__subopt__zuker.pdf>]
-\openout2 = `group__subopt__wuchty.aux'.
+LaTeX Warning: Reference `mainpage_8h' on page 27 undefined on input line 3.
 
-(./group__subopt__wuchty.tex <group__subopt__wuchty.pdf, id=3710, 349.305pt x 1
-24.465pt>
-File: group__subopt__wuchty.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__subopt__wuchty.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__subopt__wuchty.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 4--4
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[37
-
 
- <./group__subopt__wuchty.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 93
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 5--5
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [38]
-\openout2 = `group__subopt__stochbt.aux'.
 
-(./group__subopt__stochbt.tex <group__subopt__stochbt.pdf, id=3749, 536.0025pt 
-x 186.6975pt>
-File: group__subopt__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__subopt__stochbt.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__subopt__stochbt.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 121.91028pt.
+LaTeX Warning: Reference `ali__plex_8h' on page 27 undefined on input line 6.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
- []
 
-[39
+Overfull \hbox (1.36201pt too wide) in paragraph at lines 6--6
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 ali_- 
+ []
 
 
- <./group__subopt__stochbt.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 81
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 7--7
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [40]
-\openout2 = `group__cofold.aux'.
 
-(./group__cofold.tex <group__cofold.pdf, id=3788, 525.965pt x 248.93pt>
-File: group__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__cofold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__cofold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.65411pt.
-) [41
+Underfull \hbox (badness 2088) in paragraph at lines 7--7
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]alifold.h[][] (Com-pute var-i-ous prop-er-ties (con-se
+n-sus MFE 
+ []
 
 
- <./group__cofold.pdf>]
-\openout2 = `group__mfe__cofold.aux'.
+LaTeX Warning: Reference `aln__util_8h' on page 27 undefined on input line 8.
 
-(./group__mfe__cofold.tex <group__mfe__cofold.pdf, id=3816, 375.4025pt x 174.65
-25pt>
-File: group__mfe__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__mfe__cofold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__mfe__cofold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 162.84354pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 61
+Overfull \hbox (4.14206pt too wide) in paragraph at lines 8--8
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 aln_- 
  []
 
 
-Overfull \vbox (18.034pt too high) has occurred while \output is active []
-
-[42
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
 
- <./group__mfe__cofold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 10--10
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
+Underfull \hbox (badness 4518) in paragraph at lines 10--10
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]convert_-epars.h[][] (Func-tions and def-i-ni-tions fo
+r en-ergy 
  []
 
-) [43]
-\openout2 = `group__pf__cofold.aux'.
 
-(./group__pf__cofold.tex <group__pf__cofold.pdf, id=3857, 363.3575pt x 174.6525
-pt>
-File: group__pf__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__pf__cofold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__pf__cofold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 168.23746pt.
-[44
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--11
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
 
- <./group__pf__cofold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 12--12
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 119
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 13--13
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[45]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 166
- []
 
-[46]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 190
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 14--14
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 226
+Underfull \hbox (badness 3849) in paragraph at lines 14--14
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]edit_-cost.h[][] (Global vari-ables for Edit Costs in-
+cluded 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 259
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [47]
-\openout2 = `group__up__cofold.aux'.
 
-(./group__up__cofold.tex <group__up__cofold.pdf, id=3951, 397.485pt x 174.6525p
-t>
-File: group__up__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__up__cofold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__up__cofold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 153.79327pt.
-[48
+Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+
+[27
+
+]
+
+LaTeX Warning: Reference `energy__par_8h' on page 28 undefined on input line 16
+.
 
 
- <./group__up__cofold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
+Overfull \hbox (19.582pt too wide) in paragraph at lines 16--16
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 energy_- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 109
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--17
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [49]
-\openout2 = `group__consensus__fold.aux'.
 
-(./group__consensus__fold.tex <group__consensus__fold.pdf, id=4005, 564.1075pt 
-x 299.1175pt>
-File: group__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__consensus__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__consensus__fold.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.58784pt.
-[50
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--17
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]findpath.h[][] (Com-pute di-rect re-fold-ing paths be-
+tween 
+ []
 
 
- <./group__consensus__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 18--18
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 116
+Underfull \hbox (badness 4467) in paragraph at lines 18--18
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]fold.h[][] (MFE cal-cu-la-tions and en-ergy eval-u-a-t
+ions for 
  []
 
-[51]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--19
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 194
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--20
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 230
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--20
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]gquad.h[][] (Var-i-ous func-tions re-lated to G-quadru
+plex 
  []
 
 
-Overfull \vbox (15.12947pt too high) has occurred while \output is active []
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 21--21
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
+
 
-[52]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 277
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 22--22
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [53]
-\openout2 = `group__consensus__mfe__fold.aux'.
 
-(./group__consensus__mfe__fold.tex <group__consensus__mfe__fold.pdf, id=4078, 3
-95.4775pt x 162.6075pt>
-File: group__consensus__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__consensus__mfe__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__consensus__mfe__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 143.91135pt.
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--23
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 24--24
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[54
+
+Underfull \hbox (badness 6300) in paragraph at lines 24--24
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]LPfold.h[][] (Func-tion dec-la-ra-tions of par-ti-tion
+ func-tion 
+ []
 
 
- <./group__consensus__mfe__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--25
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [55]
-\openout2 = `group__consensus__pf__fold.aux'.
 
-(./group__consensus__pf__fold.tex <group__consensus__pf__fold.pdf, id=4106, 405
-.515pt x 162.6075pt>
-File: group__consensus__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__consensus__pf__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__consensus__pf__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 140.35085pt.
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 26--26
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 58
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 26--26
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/H/[][]mm.h[][] (Sev-eral Max-i-mum Match-ing im-ple-men-ta-t
+ions 
  []
 
-[56
 
+LaTeX Warning: Reference `move__set_8h' on page 28 undefined on input line 27.
 
- <./group__consensus__pf__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
+
+Overfull \hbox (13.37215pt too wide) in paragraph at lines 27--27
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 move_- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 28--28
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [57]
-\openout2 = `group__consensus__stochbt.aux'.
 
-(./group__consensus__stochbt.tex <group__consensus__stochbt.pdf, id=4146, 399.4
-925pt x 162.6075pt>
-File: group__consensus__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__consensus__stochbt.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__consensus__stochbt.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 142.46977pt.
+LaTeX Warning: Reference `pair__mat_8h' on page 28 undefined on input line 29.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
+
+Overfull \hbox (8.582pt too wide) in paragraph at lines 29--29
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 pair_- 
  []
 
-) [58
 
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 30--30
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
- <./group__consensus__stochbt.pdf>]
-\openout2 = `group__local__fold.aux'.
 
-(./group__local__fold.tex <group__local__fold.pdf, id=4163, 501.875pt x 236.885
-pt>
-File: group__local__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__local__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__local__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.2075pt.
-) [59
-
-
- <./group__local__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__local__mfe__fold.aux'.
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 31--31
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
-(./group__local__mfe__fold.tex <group__local__mfe__fold.pdf, id=4183, 383.4325p
-t x 174.6525pt>
-File: group__local__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__local__mfe__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__local__mfe__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 159.43237pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 32--32
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [60
 
+LaTeX Warning: Reference `PKplex_8h' on page 28 undefined on input line 34.
 
- <./group__local__mfe__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__local__pf__fold.aux'.
-
-(./group__local__pf__fold.tex <group__local__pf__fold.pdf, id=4205, 379.4175pt 
-x 174.6525pt>
-File: group__local__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__local__pf__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__local__pf__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 34--34
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[61
+[28]
+
+LaTeX Warning: Reference `plex_8h' on page 29 undefined on input line 35.
 
 
- <./group__local__pf__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--35
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 36--36
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 154
- []
+LaTeX Warning: Reference `ProfileAln_8h' on page 29 undefined on input line 37.
 
-) [62]
-\openout2 = `group__local__consensus__fold.aux'.
 
-(./group__local__consensus__fold.tex <group__local__consensus__fold.pdf, id=424
-8, 379.4175pt x 174.6525pt>
-File: group__local__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__local__consensus__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__local__consensus__fold.pdf used on input line 9
-.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [63
 
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 38--38
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
- <./group__local__consensus__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__energy__parameters.aux'.
 
-(./group__energy__parameters.tex <group__energy__parameters.pdf, id=4265, 540.0
-175pt x 124.465pt>
-File: group__energy__parameters.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__energy__parameters.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__energy__parameters.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 80.67148pt.
-[64
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 39--39
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
 
- <./group__energy__parameters.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 92
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[65]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 136
- []
 
+LaTeX Warning: Reference `ribo_8h' on page 29 undefined on input line 41.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 158
- []
 
-) [66]
-\openout2 = `group__energy__parameters__rw.aux'.
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 41--41
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
-(./group__energy__parameters__rw.tex <group__energy__parameters__rw.pdf, id=433
-5, 552.0625pt x 124.465pt>
-File: group__energy__parameters__rw.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__energy__parameters__rw.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__rw.pdf used on input line 1
-4.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 78.91284pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 55
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 42--42
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[67
 
+LaTeX Warning: Reference `snofold_8h' on page 29 undefined on input line 43.
 
- <./group__energy__parameters__rw.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--43
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [68]
-\openout2 = `group__energy__parameters__convert.aux'.
 
-(./group__energy__parameters__convert.tex <group__energy__parameters__convert.p
-df, id=4376, 391.4625pt x 112.42pt>
-File: group__energy__parameters__convert.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__energy__parameters__convert.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__convert.pdf used on input l
-ine 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 100.51834pt.
-[69
+LaTeX Warning: Reference `snoop_8h' on page 29 undefined on input line 44.
 
 
- <./group__energy__parameters__convert.pdf>] [70] [71]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 44--44
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [72]
-\openout2 = `group__eval.aux'.
 
-(./group__eval.tex <group__eval.pdf, id=4488, 337.26pt x 112.42pt>
-File: group__eval.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__eval.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__eval.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 336.0pt x 112.00288pt.
-[73
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 45--45
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
 
- <./group__eval.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 73
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 46--46
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 106
- []
+LaTeX Warning: Reference `svm__utils_8h' on page 29 undefined on input line 47.
+
 
-[74]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
+
+Overfull \hbox (8.02208pt too wide) in paragraph at lines 47--47
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/Vienn
+aRNA/H/\T1/ptm/b/n/10 svm_- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 172
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 48--48
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 211
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 49--49
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[75]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 250
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [76]
-\openout2 = `group__inverse__fold.aux'.
 
-(./group__inverse__fold.tex <group__inverse__fold.pdf, id=4555, 371.3875pt x 11
-2.42pt>
-File: group__inverse__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__inverse__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__inverse__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 105.94756pt.
-[77
+Underfull \hbox (badness 4832) in paragraph at lines 50--50
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/lib/[][]1.8.4_-epars.h[][] (Free en-ergy pa-ram-e-ters for p
+a-ram-e-ter 
+ []
 
 
- <./group__inverse__fold.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 62
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--51
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 86
+Underfull \hbox (badness 4518) in paragraph at lines 51--51
+ \T1/ptm/m/n/10 NA/lib/[][]1.8.4_-intloops.h[][] (Free en-ergy pa-ram-e-ters fo
+r in-te-rior 
  []
 
-) [78]
-\openout2 = `group__class__fold.aux'.
 
-(./group__class__fold.tex <group__class__fold.pdf, id=4602, 544.0325pt x 162.60
-75pt>
-File: group__class__fold.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__class__fold.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__class__fold.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 104.61678pt.
-) [79
+Underfull \hbox (badness 3039) in paragraph at lines 51--51
+ \T1/ptm/m/n/10 loop con-tri-bu-tions needed by the pa-ram-e-ter file con-ver-s
+ion 
+ []
 
 
- <./group__class__fold.pdf>]
-\openout2 = `group__kl__neighborhood.aux'.
+LaTeX Warning: Reference `intl11_8h' on page 29 undefined on input line 52.
 
-(./group__kl__neighborhood.tex <group__kl__neighborhood.pdf, id=4628, 572.1375p
-t x 236.885pt>
-File: group__kl__neighborhood.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__kl__neighborhood.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 144.9117pt.
-) [80
 
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 52--52
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
+ []
 
- <./group__kl__neighborhood.pdf>]
-\openout2 = `group__kl__neighborhood__mfe.aux'.
 
-(./group__kl__neighborhood__mfe.tex <group__kl__neighborhood__mfe.pdf, id=4654,
- 437.635pt x 162.6075pt>
-File: group__kl__neighborhood__mfe.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__kl__neighborhood__mfe.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__mfe.pdf used on input line 14
-.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 130.04648pt.
-[81
+LaTeX Warning: Reference `intl11dH_8h' on page 29 undefined on input line 53.
 
 
- <./group__kl__neighborhood__mfe.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--53
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 95
- []
+LaTeX Warning: Reference `intl21_8h' on page 29 undefined on input line 54.
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 54--54
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Overfull \vbox (6.97314pt too high) has occurred while \output is active []
+LaTeX Warning: Reference `intl21dH_8h' on page 29 undefined on input line 55.
+
 
-[82]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-) [83]
-\openout2 = `group__kl__neighborhood__pf.aux'.
+[29]
 
-(./group__kl__neighborhood__pf.tex <group__kl__neighborhood__pf.pdf, id=4716, 4
-01.5pt x 162.6075pt>
-File: group__kl__neighborhood__pf.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__kl__neighborhood__pf.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__pf.pdf used on input line 14.
+LaTeX Warning: Reference `intl22_8h' on page 30 undefined on input line 56.
 
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 141.76016pt.
 
-Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 28--28
-[]\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
-es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 56--56
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[84
 
+LaTeX Warning: Reference `intl22dH_8h' on page 30 undefined on input line 57.
 
- <./group__kl__neighborhood__pf.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 65
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--57
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 89
- []
+LaTeX Warning: Reference `list_8h' on page 30 undefined on input line 58.
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 58--58
+ [][] \T1/ptm/m/n/10 /home-s/fm-mar-ques-madeira/Pro-ject-s/-jabaws/bi-na-ries/
+s-r-c/Vi-en-naR- 
  []
 
-[85]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 140
+) [30]
+Chapter 9.
+(./group__folding__routines.tex <group__folding__routines.pdf, id=3343, 560.092
+5pt x 391.4625pt>
+File: group__folding__routines.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__folding__routines.pdf> [31
+
+ <./group__folding__routines.pdf>]) [32]
+\openout2 = `group__mfe__fold.aux'.
+
+(./group__mfe__fold.tex <group__mfe__fold.pdf, id=3379, 805.0075pt x 150.5625pt
+>
+File: group__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mfe__fold.pdf>
+Overfull \hbox (74.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
  []
 
-) [86]
-\openout2 = `group__kl__neighborhood__stochbt.aux'.
+[33
 
-(./group__kl__neighborhood__stochbt.tex <group__kl__neighborhood__stochbt.pdf, 
-id=4774, 417.56pt x 162.6075pt>
-File: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf used on input lin
-e 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 136.3065pt.
+ <./group__mfe__fold.pdf>]
+LaTeX Font Info:    Font shape `T1/ptm/bx/it' in size <10> not available
+(Font)              Font shape `T1/ptm/b/it' tried instead on input line 66.
+[34] [35]) [36]
+\openout2 = `group__pf__fold.aux'.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 59
+(./group__pf__fold.tex <group__pf__fold.pdf, id=3459, 839.135pt x 271.0125pt>
+File: group__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__pf__fold.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
  []
 
-[87
 
-
- <./group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 98
+Underfull \hbox (badness 7558) in paragraph at lines 43--44
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]pf_-fold_-par[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$
+\T1/ptm/m/n/10 sequence, char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 structure, [
+][]pf_-paramT[][]
  []
 
-) [88]
-\openout2 = `group__dos.aux'.
+LaTeX Font Info:    External font `cmex10' loaded for size
+(Font)              <9> on input line 44.
+[37
 
-(./group__dos.tex <group__dos.pdf, id=4806, 321.2pt x 112.42pt>
-File: group__dos.pdf Graphic file (type pdf)
-<use group__dos.pdf>
-Package pdftex.def Info: group__dos.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 320.0pt x 112.00288pt.
-) [89
 
+ <./group__pf__fold.pdf>] [38] [39] [40] [41] [42] [43]) [44]
+\openout2 = `group__mea__fold.aux'.
 
- <./group__dos.pdf>]
-\openout2 = `group__parse.aux'.
+(./group__mea__fold.tex <group__mea__fold.pdf, id=3612, 594.22pt x 30.1125pt>
+File: group__mea__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mea__fold.pdf>) [45
 
-(./group__parse.tex) [90
 
+ <./group__mea__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__centroid__fold.aux'.
 
-]
-Chapter 10.
-(./structbondT.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+(./group__centroid__fold.tex <group__centroid__fold.pdf, id=3623, 447.6725pt x 
+30.1125pt>
+File: group__centroid__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__centroid__fold.pdf> [46
 
-) (./structbondTEn.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+
+ <./group__centroid__fold.pdf>]) [47]
+\openout2 = `group__subopt__fold.aux'.
+
+(./group__subopt__fold.tex <group__subopt__fold.pdf, id=3651, 714.67pt x 110.41
+25pt>
+File: group__subopt__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__fold.pdf>
+Overfull \hbox (29.0pt too wide) in paragraph at lines 10--12
+ [] 
  []
 
-) (./structcofoldF.tex [91
+) [48
 
 
-]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 26--26
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__subopt__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__subopt__zuker.aux'.
 
-) (./structConcEnt.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--20
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+(./group__subopt__zuker.tex <group__subopt__zuker.pdf, id=3669, 469.755pt x 30.
+1125pt>
+File: group__subopt__zuker.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__zuker.pdf>) [49
 
-) (./structconstrain.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
 
-) (./structCOORDINATE.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__subopt__zuker.pdf>]
+\openout2 = `group__subopt__wuchty.aux'.
 
-) (./structcpair.tex [92]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+(./group__subopt__wuchty.tex <group__subopt__wuchty.pdf, id=3688, 509.905pt x 3
+0.1125pt>
+File: group__subopt__wuchty.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__wuchty.pdf> [50
 
-) (./structduplexT.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
 
-) (./structdupVar.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__subopt__wuchty.pdf>]) [51]
+\openout2 = `group__subopt__stochbt.aux'.
 
-) (./structfolden.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+(./group__subopt__stochbt.tex <group__subopt__stochbt.pdf, id=3721, 821.0675pt 
+x 70.2625pt>
+File: group__subopt__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__subopt__stochbt.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 10--12
+ [] 
  []
 
-) (./structinteract.tex [93]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 38--38
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+[52
 
-) (./structintermediate__t.tex <structintermediate__t__coll__graph.pdf, id=4916
-, 158.5925pt x 172.645pt>
-File: structintermediate__t__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structintermediate__t__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structintermediate__t__coll__graph.pdf used on input l
-ine 11.
-(pdftex.def)             Requested size: 158.0pt x 172.01494pt.
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__subopt__stochbt.pdf>]) [53]
+\openout2 = `group__cofold.aux'.
 
-) (./structINTERVAL.tex [94 <./structintermediate__t__coll__graph.pdf>]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+(./group__cofold.tex
+Underfull \hbox (badness 1917) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 Calculate Sec-ondary Struc-tures of two RNAs
  []
 
-) (./structLIST.tex <structLIST__coll__graph.pdf, id=4946, 197.73875pt x 196.73
-5pt>
-File: structLIST__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structLIST__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structLIST__coll__graph.pdf used on input line 11.
-(pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 196.00201pt.
-) (./structLST__BUCKET.tex <structLST__BUCKET__coll__graph.pdf, id=4947, 197.73
-875pt x 102.3825pt>
-File: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structLST__BUCKET__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf used on input line 
-11.
-(pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 102.00105pt.
-) (./structmodel__detailsT.tex [95 <./structLIST__coll__graph.pdf> <./structLST
-__BUCKET__coll__graph.pdf
-
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./structLST__BUCKET__coll__graph.pdf): PDF inclu
-sion: multiple pdfs with page group included in a single page
->]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+<group__cofold.pdf, id=3757, 889.3225pt x 110.4125pt>
+File: group__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__cofold.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
  []
 
-) (./structmove__t.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+) [54
 
-) (./structPAIR.tex [96]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
 
-) (./structpair__info.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 48--48
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__cofold.pdf>]
+\openout2 = `group__mfe__cofold.aux'.
 
-) (./structpairpro.tex <structpairpro__coll__graph.pdf, id=5002, 126.4725pt x 2
-20.825pt>
-File: structpairpro__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structpairpro__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structpairpro__coll__graph.pdf used on input line 11.
-(pdftex.def)             Requested size: 126.0pt x 220.00565pt.
-[97]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 18--18
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+(./group__mfe__cofold.tex <group__mfe__cofold.pdf, id=3783, 566.115pt x 70.2625
+pt>
+File: group__mfe__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__mfe__cofold.pdf> [55
 
-) (./structparamT.tex <structparamT__coll__graph.pdf, id=5018, 183.68625pt x 17
-2.645pt>
-File: structparamT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structparamT__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structparamT__coll__graph.pdf used on input line 16.
-(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
-[98 <./structpairpro__coll__graph.pdf> <./structparamT__coll__graph.pdf
 
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./structparamT__coll__graph.pdf): PDF inclusion:
- multiple pdfs with page group included in a single page
->]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--35
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__mfe__cofold.pdf>] [56]) [57]
+\openout2 = `group__pf__cofold.aux'.
 
-) (./structpath__t.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+(./group__pf__cofold.tex <group__pf__cofold.pdf, id=3821, 578.16pt x 70.2625pt>
+File: group__pf__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__pf__cofold.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--30
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 cofoldF[][] [][]co_-pf_-fold_-par[][] (char $\OMS/cmsy/m/n
+/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 sequence, char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 stru
+cture, [][]pf_-paramT[][]
  []
 
-) (./structpf__paramT.tex <structpf__paramT__coll__graph.pdf, id=5046, 183.6862
-5pt x 172.645pt>
-File: structpf__paramT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structpf__paramT__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structpf__paramT__coll__graph.pdf used on input line 1
-6.
-(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
-[99 <./structpf__paramT__coll__graph.pdf>]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+[58
 
-) (./structplist.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
 
-) (./structPostorder__list.tex) (./structpu__contrib.tex [100]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__pf__cofold.pdf>] [59] [60] [61]) [62]
+\openout2 = `group__up__cofold.aux'.
 
-) (./structpu__out.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 34--34
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+(./group__up__cofold.tex <group__up__cofold.pdf, id=3910, 684.5575pt x 70.2625p
+t>
+File: group__up__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__up__cofold.pdf>
+Overfull \hbox (14.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
  []
 
-) (./structsect.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+[63
 
-) (./structsnoopT.tex [101]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
 
-) (./structSOLUTION.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--25
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+ <./group__up__cofold.pdf>] [64]) [65]
+\openout2 = `group__consensus__fold.aux'.
 
-) (./structstruct__en.tex) (./structsvm__model.tex) (./structswString.tex) (./s
-tructTree.tex <structTree__coll__graph.pdf, id=5124, 177.66376pt x 172.645pt>
-File: structTree__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structTree__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structTree__coll__graph.pdf used on input line 11.
-(pdftex.def)             Requested size: 177.0pt x 172.00441pt.
-[102]) (./structTwoDfold__solution.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+(./group__consensus__fold.tex
+Underfull \hbox (badness 3930) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 Predicting Con-sen-sus Struc-tures from Align-
  []
 
-[103 <./structTree__coll__graph.pdf>]) (./structTwoDfold__vars.tex <structTwoDf
-old__vars__coll__graph.pdf, id=5161, 183.68625pt x 242.9075pt>
-File: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf used on input li
-ne 16.
-(pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 242.01733pt.
-[104 <./structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
+<group__consensus__fold.pdf, id=3967, 863.225pt x 150.5625pt>
+File: group__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__fold.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
  []
 
-) (./structTwoDpfold__solution.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+[66
 
-) (./structTwoDpfold__vars.tex [105] <structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf, i
-d=5223, 184.69pt x 242.9075pt>
-File: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
-<use structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>
-Package pdftex.def Info: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf used on input l
-ine 16.
-(pdftex.def)             Requested size: 184.0pt x 242.0025pt.
-[106 <./structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>]
-Underfull \hbox (badness 6641) in paragraph at lines 64--65
-[][][]\T1/phv/m/n/10 get-_--Two-Dpfold-_-variables()[][], [][]get-_--Two-Dpfold
--_-variables-_-from-_--M-F-E()[][], [][]destroy-_--Two-Dpfold-_-variables()[][]
-, [][]Two-
- []
 
+ <./group__consensus__fold.pdf>] [67] [68] [69]) [70]
+\openout2 = `group__consensus__mfe__fold.aux'.
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 70--70
-[]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
-evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
- []
+(./group__consensus__mfe__fold.tex <group__consensus__mfe__fold.pdf, id=4029, 5
+50.055pt x 70.2625pt>
+File: group__consensus__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__mfe__fold.pdf> [71
 
-) [107] [108
 
-]
-Chapter 11.
-(./2Dfold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+ <./group__consensus__mfe__fold.pdf>]) [72]
+\openout2 = `group__consensus__pf__fold.aux'.
 
-<2Dfold_8h__incl.pdf, id=5277, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: 2Dfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use 2Dfold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: 2Dfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-[109 <./2Dfold_8h__incl.pdf>]) (./2Dpfold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+(./group__consensus__pf__fold.tex <group__consensus__pf__fold.pdf, id=4053, 634
+.37pt x 70.2625pt>
+File: group__consensus__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__pf__fold.pdf> [73
 
-<2Dpfold_8h__incl.pdf, id=5304, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: 2Dpfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use 2Dpfold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: 2Dpfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
 
-Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 18--18
-[]\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
-es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
- []
+ <./group__consensus__pf__fold.pdf>]) [74]
+\openout2 = `group__consensus__stochbt.aux'.
 
-[110 <./2Dpfold_8h__incl.pdf>]) (./alifold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+(./group__consensus__stochbt.tex <group__consensus__stochbt.pdf, id=4088, 658.4
+6pt x 70.2625pt>
+File: group__consensus__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__consensus__stochbt.pdf>
+Overfull \hbox (1.0pt too wide) in paragraph at lines 10--12
+ [] 
  []
 
-<alifold_8h__incl.pdf, id=5334, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: alifold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use alifold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: alifold_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
-sus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42acc49e}) has been already used, dupl
-icate ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.26 ...9e}{free\-\_\-alifold\-\_\-arrays} (void)}
-                                                  \label{group__consensus__m...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
-sus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc}) has been already used, duplicate
- ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.31 ...76f7289cc}{readribosum} (char $\ast$name)}
-                                                  \label{group__consensus__f...
+)
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 22.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[111 <./alifold_8h__incl.pdf>]) (./cofold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+[75
 
-<cofold_8h__incl.pdf, id=5377, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: cofold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use cofold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: cofold_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-[112]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
-fe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f}) has been already used, duplicat
-e ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.22 ...\ast$parameters, int is\-\_\-constrained)}
-                                                  \label{group__mfe__cofold_...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
-ofold_gaafb33d7473eb9af9d1b168ca8761c41a}) has been already used, duplicate ign
-ored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.25 ...761c41a}{free\-\_\-co\-\_\-arrays} (void)}
-                                                  \label{group__mfe__cofold_...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
-ofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333d2ab0c41a57}) has been already used, duplicate ign
-ored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.28 ...7}{update\-\_\-cofold\-\_\-params} (void)}
-                                                  \label{group__mfe__cofold_...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
-__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}) has been already used, duplicate i
-gnored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.37 ...structparamT}{param\-T} $\ast$parameters)}
-                                                  \label{group__subopt__zuke...
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+ <./group__consensus__stochbt.pdf>]
+\openout2 = `group__local__fold.aux'.
 
-[113 <./cofold_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 70
+(./group__local__fold.tex <group__local__fold.pdf, id=4102, 792.9625pt x 110.41
+25pt>
+File: group__local__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__fold.pdf>
+Overfull \hbox (68.0pt too wide) in paragraph at lines 10--12
+ [] 
  []
 
-) (./convert__epars_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+) [76
 
-[114]) (./data__structures_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
-<data__structures_8h__incl.pdf, id=5443, 250.9375pt x 254.9525pt>
-File: data__structures_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use data__structures_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: data__structures_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 254.0143pt.
-<data__structures_8h__dep__incl.pdf, id=5444, 4442.5975pt x 327.2225pt>
-File: data__structures_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use data__structures_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: data__structures_8h__dep__incl.pdf used on input line 
-22.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 25.77888pt.
+ <./group__local__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__local__mfe__fold.aux'.
+
+(./group__local__mfe__fold.tex <group__local__mfe__fold.pdf, id=4118, 525.965pt
+ x 70.2625pt>
+File: group__local__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__mfe__fold.pdf>) [77
+
+
+ <./group__local__mfe__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__local__pf__fold.aux'.
+
+(./group__local__pf__fold.tex <group__local__pf__fold.pdf, id=4137, 578.16pt x 
+70.2625pt>
+File: group__local__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__pf__fold.pdf> [78
+
+
+ <./group__local__pf__fold.pdf>] [79]) [80]
+\openout2 = `group__local__consensus__fold.aux'.
+
+(./group__local__consensus__fold.tex <group__local__consensus__fold.pdf, id=417
+4, 588.1975pt x 70.2625pt>
+File: group__local__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__local__consensus__fold.pdf>) [81
+
+
+ <./group__local__consensus__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__energy__parameters.aux'.
+
+(./group__energy__parameters.tex <group__energy__parameters.pdf, id=4188, 843.1
+5pt x 30.1125pt>
+File: group__energy__parameters.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
+ []
+
+[82
+
+
+ <./group__energy__parameters.pdf>] [83] [84]) [85]
+\openout2 = `group__energy__parameters__rw.aux'.
+
+(./group__energy__parameters__rw.tex <group__energy__parameters__rw.pdf, id=425
+7, 845.1575pt x 30.1125pt>
+File: group__energy__parameters__rw.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters__rw.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
+ []
+
+[86
+
+
+ <./group__energy__parameters__rw.pdf>]) [87]
+\openout2 = `group__energy__parameters__convert.aux'.
+
+(./group__energy__parameters__convert.tex <group__energy__parameters__convert.p
+df, id=4282, 461.725pt x 30.1125pt>
+File: group__energy__parameters__convert.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__energy__parameters__convert.pdf> [88
+
+
+ <./group__energy__parameters__convert.pdf>] [89] [90]
+Underfull \hbox (badness 2181) in paragraph at lines 208--208
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-ALL[][], [][]VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_
+-HP[][], [][]VRNA_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 2556) in paragraph at lines 209--209
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-HP[][], [][]VRNA_-CONVERT_-OUTP
+UT_-MM_-INT[][],
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 211--211
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-DANGLE5[][], [][]VRNA_-CONVERT_-OUT
+PUT_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 212--212
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-INT_-21[][], [][]VRNA_-CONVERT_-OUT
+PUT_-INT_-22[][],
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 2653) in paragraph at lines 213--213
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-INT[][], [][]VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_
+-ML[][], [][]VRNA_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 214--214
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-SPECIAL_-HP[][], [][]VRNA_-CONVERT_
+-OUTPUT_-
+ []
+
+[91]) [92]
+\openout2 = `group__eval.aux'.
+
+(./group__eval.tex <group__eval.pdf, id=4389, 311.1625pt x 30.1125pt>
+File: group__eval.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__eval.pdf>
+Underfull \hbox (badness 2762) in paragraph at lines 20--21
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]energy_-of_-structure[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n
+/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 string, const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 
+structure, int
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1466) in paragraph at lines 26--27
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]energy_-of_-circ_-struct_-par[][] (const char $\OMS/
+cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 string, const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm
+/m/n/10 structure,
+ []
+
+[93
+
+
+ <./group__eval.pdf>] [94] [95]) [96]
+\openout2 = `group__inverse__fold.aux'.
+
+(./group__inverse__fold.tex <group__inverse__fold.pdf, id=4447, 445.665pt x 30.
+1125pt>
+File: group__inverse__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__inverse__fold.pdf> [97
+
+
+ <./group__inverse__fold.pdf>]) [98]
+\openout2 = `group__class__fold.aux'.
+
+(./group__class__fold.tex <group__class__fold.pdf, id=4482, 712.6625pt x 70.262
+5pt>
+File: group__class__fold.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__class__fold.pdf>
+Overfull \hbox (28.0pt too wide) in paragraph at lines 10--12
+ [] 
+ []
+
+) [99
+
+
+ <./group__class__fold.pdf>]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood.tex
+Underfull \hbox (badness 2096) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 Distance based par-ti-tion-ing of the Sec-ondary
+ []
+
+<group__kl__neighborhood.pdf, id=4498, 879.285pt x 110.4125pt>
+File: group__kl__neighborhood.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
+ []
+
+) [100
+
+
+ <./group__kl__neighborhood.pdf>]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__mfe.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__mfe.tex <group__kl__neighborhood__mfe.pdf, id=4513,
+ 650.43pt x 70.2625pt>
+File: group__kl__neighborhood__mfe.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__mfe.pdf>
+Underfull \hbox (badness 3536) in paragraph at lines 25--26
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n/
+10 get_-TwoDfold_-variables[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/1
+0 seq, const char
+ []
+
+[101
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__mfe.pdf>] [102]) [103]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__pf.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__pf.tex <group__kl__neighborhood__pf.pdf, id=4568, 6
+30.355pt x 70.2625pt>
+File: group__kl__neighborhood__pf.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__pf.pdf>
+Underfull \hbox (badness 1314) in paragraph at lines 25--26
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDpfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n
+/10 get_-TwoDpfold_-variables[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n
+/10 seq, const char
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 27--28
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDpfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n
+/10 get_-TwoDpfold_-variables_-from_-MFE[][] ([][]TwoDfold_-vars[][]
+ []
+
+[104
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__pf.pdf>] [105]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 97--98
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 get_-TwoDpfold_-variables()[][], [][]destroy_-TwoDpfold_-v
+ariables()[][], [][]TwoDpfold_-
+ []
+
+) [106]
+\openout2 = `group__kl__neighborhood__stochbt.aux'.
+
+(./group__kl__neighborhood__stochbt.tex <group__kl__neighborhood__stochbt.pdf, 
+id=4619, 674.52pt x 70.2625pt>
+File: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>
+Overfull \hbox (9.0pt too wide) in paragraph at lines 13--15
+ [] 
+ []
+
+[107
+
+
+ <./group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>]) [108]
+\openout2 = `group__dos.aux'.
+
+(./group__dos.tex <group__dos.pdf, id=4647, 367.3725pt x 30.1125pt>
+File: group__dos.pdf Graphic file (type pdf)
+<use group__dos.pdf>) [109
+
+
+ <./group__dos.pdf>]
+\openout2 = `group__parse.aux'.
+
+(./group__parse.tex) [110
+
+
+]
+Chapter 10.
+(./structbondT.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [111
+
+
+]
+\openout2 = `structbondTEn.aux'.
+
+(./structbondTEn.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [112
+
+]
+\openout2 = `structcofoldF.aux'.
+
+(./structcofoldF.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [113
+
+
+]
+\openout2 = `structConcEnt.aux'.
+
+(./structConcEnt.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 27--27
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [114
+
+
+]
+\openout2 = `structconstrain.aux'.
+
+(./structconstrain.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [115
+
+
+]
+\openout2 = `structCOORDINATE.aux'.
+
+(./structCOORDINATE.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [116
+
+
+]
+\openout2 = `structcpair.aux'.
+
+(./structcpair.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [117
+
+
+]
+\openout2 = `structduplexT.aux'.
+
+(./structduplexT.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [118
+
+
+]
+\openout2 = `structdupVar.aux'.
+
+(./structdupVar.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [119
+
+
+]
+\openout2 = `structfolden.aux'.
+
+(./structfolden.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [120
+
+
+]
+\openout2 = `structinteract.aux'.
+
+(./structinteract.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--57
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [121
+
+
+]
+\openout2 = `structintermediate__t.aux'.
+
+(./structintermediate__t.tex <structintermediate__t__coll__graph.pdf, id=4782, 
+88.33pt x 106.3975pt>
+File: structintermediate__t__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structintermediate__t__coll__graph.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 39--39
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [122
+
+
+ <./structintermediate__t__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structINTERVAL.aux'.
+
+(./structINTERVAL.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [123
+
+
+]
+\openout2 = `structLIST.aux'.
+
+(./structLIST.tex <structLIST__coll__graph.pdf, id=4811, 125.46875pt x 134.5025
+pt>
+File: structLIST__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structLIST__coll__graph.pdf>) [124
+
+
+ <./structLIST__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structLST__BUCKET.aux'.
+
+(./structLST__BUCKET.tex <structLST__BUCKET__coll__graph.pdf, id=4822, 125.4687
+5pt x 32.12pt>
+File: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structLST__BUCKET__coll__graph.pdf>) [125
+
+
+ <./structLST__BUCKET__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structmodel__detailsT.aux'.
+
+(./structmodel__detailsT.tex [126
+
+
+]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 68--68
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [127]
+\openout2 = `structmove__t.aux'.
+
+(./structmove__t.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [128
+
+
+]
+\openout2 = `structPAIR.aux'.
+
+(./structPAIR.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [129
+
+
+]
+\openout2 = `structpair__info.aux'.
+
+(./structpair__info.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--53
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [130
+
+
+]
+\openout2 = `structpairpro.aux'.
+
+(./structpairpro.tex <structpairpro__coll__graph.pdf, id=4895, 54.2025pt x 162.
+6075pt>
+File: structpairpro__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structpairpro__coll__graph.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [131
+
+
+ <./structpairpro__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structparamT.aux'.
+
+(./structparamT.tex <structparamT__coll__graph.pdf, id=4909, 116.435pt x 106.39
+75pt>
+File: structparamT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structparamT__coll__graph.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--35
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [132
+
+
+ <./structparamT__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structpath__t.aux'.
+
+(./structpath__t.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [133
+
+
+]
+\openout2 = `structpf__paramT.aux'.
+
+(./structpf__paramT.tex <structpf__paramT__coll__graph.pdf, id=4934, 116.435pt 
+x 106.3975pt>
+File: structpf__paramT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structpf__paramT__coll__graph.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 52--52
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+[134
+
+
+ <./structpf__paramT__coll__graph.pdf>]) [135]
+\openout2 = `structplist.aux'.
+
+(./structplist.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [136
+
+
+]
+\openout2 = `structPostorder__list.aux'.
+
+(./structPostorder__list.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]dist_-
+ []
+
+) [137
+
+
+]
+\openout2 = `structpu__contrib.aux'.
+
+(./structpu__contrib.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 48--48
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [138
+
+
+]
+\openout2 = `structpu__out.aux'.
+
+(./structpu__out.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--43
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [139
+
+
+]
+\openout2 = `structsect.aux'.
+
+(./structsect.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [140
+
+
+]
+\openout2 = `structsnoopT.aux'.
+
+(./structsnoopT.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [141
+
+
+]
+\openout2 = `structSOLUTION.aux'.
+
+(./structSOLUTION.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 28--28
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [142
+
+
+]
+\openout2 = `structstruct__en.aux'.
+
+(./structstruct__en.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/move_-
+ []
+
+) [143
+
+
+]
+\openout2 = `structsvm__model.aux'.
+
+(./structsvm__model.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/svm_-
+ []
+
+) [144
+
+
+]
+\openout2 = `structswString.aux'.
+
+(./structswString.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]dist_-
+ []
+
+) [145
+
+
+]
+\openout2 = `structTree.aux'.
+
+(./structTree.tex <structTree__coll__graph.pdf, id=5050, 107.40125pt x 106.3975
+pt>
+File: structTree__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTree__coll__graph.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]dist_-
+ []
+
+) [146
+
+
+ <./structTree__coll__graph.pdf>]
+\openout2 = `structTwoDfold__solution.aux'.
+
+(./structTwoDfold__solution.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 45--45
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [147
+
+
+]
+\openout2 = `structTwoDfold__vars.aux'.
+
+(./structTwoDfold__vars.tex <structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf, id=5080, 11
+6.435pt x 180.675pt>
+File: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf> [148
+
+
+ <./structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 93--93
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [149]
+\openout2 = `structTwoDpfold__solution.aux'.
+
+(./structTwoDpfold__solution.tex
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [150
+
+
+]
+\openout2 = `structTwoDpfold__vars.aux'.
+
+(./structTwoDpfold__vars.tex <structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf, id=5144, 
+118.4425pt x 180.675pt>
+File: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
+<use structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf> [151
+
+
+ <./structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>]
+Underfull \hbox (badness 1189) in paragraph at lines 82--83
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 get_-TwoDpfold_-variables()[][], [][]get_-TwoDpfold_-varia
+bles_-from_-MFE()[][], [][]destroy_-
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 88--88
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/[][]data_-
+ []
+
+) [152]
+Chapter 11.
+(./2Dfold_8h.tex
+Overfull \hbox (190.61635pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/2Dfold.h
+ []
+
+<2Dfold_8h__incl.pdf, id=5191, 385.44pt x 212.795pt>
+File: 2Dfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use 2Dfold_8h__incl.pdf>
+Underfull \hbox (badness 3536) in paragraph at lines 15--16
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n/
+10 get_-TwoDfold_-variables[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/1
+0 seq, const char
+ []
+
+[153
+
+
+ <./2Dfold_8h__incl.pdf>]) [154]
+\openout2 = `2Dpfold_8h.aux'.
+
+(./2Dpfold_8h.tex
+Overfull \hbox (198.62265pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/2Dpfold.h
+ []
+
+<2Dpfold_8h__incl.pdf, id=5219, 389.455pt x 212.795pt>
+File: 2Dpfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use 2Dpfold_8h__incl.pdf>
+Underfull \hbox (badness 1314) in paragraph at lines 15--16
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDpfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n
+/10 get_-TwoDpfold_-variables[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n
+/10 seq, const char
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--18
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 TwoDpfold_-vars[][] $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$ [][]\T1/ptm/m/n
+/10 get_-TwoDpfold_-variables_-from_-MFE[][] ([][]TwoDfold_-vars[][]
+ []
+
+)
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[155
+
+ <./2Dpfold_8h__incl.pdf>]
+\openout2 = `alifold_8h.aux'.
+
+(./alifold_8h.tex
+Overfull \hbox (188.22571pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/alifold.h
+ []
+
+<alifold_8h__incl.pdf, id=5248, 381.425pt x 212.795pt>
+File: alifold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use alifold_8h__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the same iden
+tifier (name{group__consensus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42acc49e}) h
+as been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.25 ...acc49e}{free\_\-alifold\_\-arrays} (void)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__consensus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e
+1559fe76f7289cc}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.32 ...76f7289cc}{readribosum} (char $\ast$name)}
+                                                   [156
+
+
+ <./alifold_8h__incl.pdf>])
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[157] [158]
+\openout2 = `cofold_8h.aux'.
+
+(./cofold_8h.tex
+Overfull \hbox (186.61311pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/cofold.h
+ []
+
+<cofold_8h__incl.pdf, id=5299, 383.4325pt x 212.795pt>
+File: cofold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use cofold_8h__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the same ident
+ifier (name{group__mfe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f}) has been al
+ready used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.21 ... $\ast$parameters, int is\_\-constrained)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__mfe__cofold_gaafb33d7473eb9af9d1b16
+8ca8761c41a}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.26 ...8ca8761c41a}{free\_\-co\_\-arrays} (void)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__mfe__cofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333
+d2ab0c41a57}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.31 ...41a57}{update\_\-cofold\_\-params} (void)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf14
+4ac79f543da8c}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.42 ...k{structparamT}{paramT} $\ast$parameters)}
+                                                  
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[115 <./data__structures_8h__incl.pdf> <./data__structures_8h__dep__incl.pdf
+[159
 
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./data__structures_8h__dep__incl.pdf): PDF inclu
-sion: multiple pdfs with page group included in a single page
->] [116]) (./dist__vars_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+
+ <./cofold_8h__incl.pdf>]) [160]
+\openout2 = `convert__epars_8h.aux'.
+
+(./convert__epars_8h.tex
+Overfull \hbox (195.42607pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/convert_-
+ []
+
+)
+Overfull \hbox (2.796pt too wide) has occurred while \output is active
+\T1/ptm/b/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/H
+/convert_- 
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[161
+
+
+]
+\openout2 = `data__structures_8h.aux'.
+
+(./data__structures_8h.tex
+Overfull \hbox (176.9654pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/data_-
  []
 
-<dist__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5514, 439.6425pt x 232.87pt>
+<data__structures_8h__incl.pdf, id=5362, 423.5825pt x 152.57pt>
+File: data__structures_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use data__structures_8h__incl.pdf> <data__structures_8h__dep__incl.pdf, id=536
+3, 9198.365pt x 152.57pt>
+File: data__structures_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use data__structures_8h__dep__incl.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 18--20
+ [] 
+ []
+
+[162
+
+
+ <./data__structures_8h__incl.pdf> <./data__structures_8h__dep__incl.pdf>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[163]) [164]
+\openout2 = `dist__vars_8h.aux'.
+
+(./dist__vars_8h.tex
+Overfull \hbox (172.1699pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/dist_-
+ []
+
+<dist__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5427, 792.9625pt x 92.345pt>
 File: dist__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
 <use dist__vars_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: dist__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
+Overfull \hbox (68.0pt too wide) in paragraph at lines 11--13
+ [] 
+ []
+
+)
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[117 <./dist__vars_8h__dep__incl.pdf>]) (./duplex_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+[165
+
+
+ <./dist__vars_8h__dep__incl.pdf>] [166]
+\openout2 = `duplex_8h.aux'.
+
+(./duplex_8h.tex
+Overfull \hbox (190.99059pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/duplex.h
  []
 
-<duplex_8h__incl.pdf, id=5540, 250.9375pt x 313.17pt>
+<duplex_8h__incl.pdf, id=5453, 385.44pt x 212.795pt>
 File: duplex_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use duplex_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: duplex_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-) (./edit__cost_8h.tex [118 <./duplex_8h__incl.pdf>]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+<use duplex_8h__incl.pdf>)
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[167
+
+
+ <./duplex_8h__incl.pdf>]
+\openout2 = `edit__cost_8h.aux'.
+
+(./edit__cost_8h.tex
+Overfull \hbox (172.96196pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/edit_-
  []
 
-) (./energy__const_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+) [168
+
+
+]
+\openout2 = `energy__const_8h.aux'.
+
+(./energy__const_8h.tex
+Overfull \hbox (198.4068pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/energy_-
  []
 
-<energy__const_8h__incl.pdf, id=5553, 250.9375pt x 196.735pt>
+<energy__const_8h__incl.pdf, id=5469, 415.5525pt x 92.345pt>
 File: energy__const_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use energy__const_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: energy__const_8h__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
-<energy__const_8h__dep__incl.pdf, id=5554, 4556.02126pt x 421.575pt>
+<use energy__const_8h__incl.pdf> <energy__const_8h__dep__incl.pdf, id=5470, 942
+5.2125pt x 212.795pt>
 File: energy__const_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
 <use energy__const_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: energy__const_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 15--17
+ [] 
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[169
+
+
+ <./energy__const_8h__incl.pdf> <./energy__const_8h__dep__incl.pdf>]) [170]
+\openout2 = `findpath_8h.aux'.
+
+(./findpath_8h.tex
+Overfull \hbox (208.60176pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/findpath.h
+ []
+
+<findpath_8h__incl.pdf, id=5507, 389.455pt x 212.795pt>
+File: findpath_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use findpath_8h__incl.pdf>
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[171
+
+
+ <./findpath_8h__incl.pdf>]) [172]
+\openout2 = `fold_8h.aux'.
+
+(./fold_8h.tex
+Overfull \hbox (180.2196pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/fold.h
+ []
+
+<fold_8h__incl.pdf, id=5533, 371.3875pt x 212.795pt>
+File: fold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold_8h__incl.pdf>
+Underfull \hbox (badness 2762) in paragraph at lines 24--25
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]energy_-of_-structure[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n
+/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 string, const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 
+structure, int
+ []
+
+
+Underfull \hbox (badness 1466) in paragraph at lines 30--31
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]energy_-of_-circ_-struct_-par[][] (const char $\OMS/
+cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 string, const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm
+/m/n/10 structure,
+ []
+
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[173
+
+
+ <./fold_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identif
+ier (name{group__mfe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7}) has been alread
+y used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.37 ...8156bfd849f6866c7}{free\_\-arrays} (void)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095c
+ad9f0ccf3}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.46 ...9f0ccf3}{update\_\-fold\_\-params} (void)}
+                                                   [174]pdfTeX warning (ext4): 
+destination with the same identifier (name{group__eval_ga567530678f6260a1a649a5
+beca5da4c5}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.89 ...678f6260a1a649a5beca5da4c5}{eos\_\-debug}}
+                                                  
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[175] [176]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[177] [178])
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[179]
+\openout2 = `fold__vars_8h.aux'.
+
+(./fold__vars_8h.tex
+Overfull \hbox (180.60844pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/fold_-
+ []
+
+<fold__vars_8h__incl.pdf, id=5647, 395.4775pt x 212.795pt>
+File: fold__vars_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold__vars_8h__incl.pdf> <fold__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5648, 823.075pt
+ x 92.345pt>
+File: fold__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use fold__vars_8h__dep__incl.pdf>
+Overfull \hbox (75.0pt too wide) in paragraph at lines 18--20
+ [] 
+ []
+
+[180
+
+
+ <./fold__vars_8h__incl.pdf> <./fold__vars_8h__dep__incl.pdf>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[181] [182]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 32.38225pt.
+[183] [184])
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[185]
+\openout2 = `gquad_8h.aux'.
+
+(./gquad_8h.tex
+Overfull \hbox (194.99402pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/gquad.h
+ []
+
+<gquad_8h__incl.pdf, id=5747, 383.4325pt x 212.795pt>
+File: gquad_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use gquad_8h__incl.pdf> [186
+
+
+ <./gquad_8h__incl.pdf>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[187]) [188]
+\openout2 = `inverse_8h.aux'.
+
+(./inverse_8h.tex
+Overfull \hbox (199.8466pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/inverse.h
+ []
+
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__invers
+e__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}) has been already used, duplicate i
+gnored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.19 ...91e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}{symbolset}}
+                                                  )
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[189
+
+
+]
+\openout2 = `Lfold_8h.aux'.
+
+(./Lfold_8h.tex
+Overfull \hbox (189.82428pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/Lfold.h
+ []
+
+) [190
+
+
+]
+\openout2 = `loop__energies_8h.aux'.
+
+(./loop__energies_8h.tex
+Overfull \hbox (183.3733pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/loop_-
+ []
+
+<loop__energies_8h__incl.pdf, id=5799, 566.115pt x 273.02pt>
+File: loop__energies_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use loop__energies_8h__incl.pdf>
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[191
+
+
+ <./loop__energies_8h__incl.pdf>] [192]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[193] [194]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[195] [196])
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[197]
+\openout2 = `LPfold_8h.aux'.
+
+(./LPfold_8h.tex
+Overfull \hbox (198.62265pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/LPfold.h
+ []
+
+<LPfold_8h__incl.pdf, id=5873, 383.4325pt x 212.795pt>
+File: LPfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use LPfold_8h__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the same ident
+ifier (name{group__local__pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8}) has bee
+n already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.23 ...__paramT}{pf\_\-paramT} $\ast$parameters)}
+                                                  ) [198
+
+
+ <./LPfold_8h__incl.pdf>]
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[199]
+\openout2 = `MEA_8h.aux'.
+
+(./MEA_8h.tex
+Overfull \hbox (190.17004pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/MEA.h
+ []
+
+<MEA_8h__incl.pdf, id=5901, 375.4025pt x 212.795pt>
+File: MEA_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use MEA_8h__incl.pdf>) [200
+
+
+ <./MEA_8h__incl.pdf>]
+\openout2 = `mm_8h.aux'.
+
+(./mm_8h.tex
+Overfull \hbox (180.56538pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/mm.h
+ []
+
+)
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[201
+
+
+]
+\openout2 = `naview_8h.aux'.
+
+(./naview_8h.tex
+Overfull \hbox (198.40678pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/naview.h
+ []
+
+<naview_8h__dep__incl.pdf, id=5920, 407.5225pt x 152.57pt>
+File: naview_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use naview_8h__dep__incl.pdf>) [202
+
+
+ <./naview_8h__dep__incl.pdf>]
+\openout2 = `params_8h.aux'.
+
+(./params_8h.tex
+Overfull \hbox (202.97151pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/params.h
+ []
+
+<params_8h__incl.pdf, id=5931, 389.455pt x 212.795pt>
+File: params_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use params_8h__incl.pdf> <params_8h__dep__incl.pdf, id=5932, 419.5675pt x 92.3
+45pt>
+File: params_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use params_8h__dep__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the same 
+identifier (name{group__energy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca1862a0})
+ has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.33 ...pf\_\-parameters} (unsigned int n\_\-seq)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__energy__parameters_gaf0c74574b40f27
+78556535bf9d382828}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.38 ...44065acc6dee0af68931b52cfd}{pf\_\-scale})}
+                                                  
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[203
+
+
+ <./params_8h__incl.pdf> <./params_8h__dep__incl.pdf>]) [204]
+\openout2 = `part__func_8h.aux'.
+
+(./part__func_8h.tex
+Overfull \hbox (183.3589pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/part_-
+ []
+
+<part__func_8h__incl.pdf, id=5979, 395.4775pt x 212.795pt>
+File: part__func_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func_8h__incl.pdf>
+Underfull \hbox (badness 7558) in paragraph at lines 18--19
+[]\T1/ptm/m/n/10 float [][]pf_-fold_-par[][] (const char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$
+\T1/ptm/m/n/10 sequence, char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 structure, [
+][]pf_-paramT[][]
+ []
+
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__pf__fo
+ld_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc}) has been already used, duplicate ignore
+d
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.34 ...__paramT}{pf\_\-paramT} $\ast$parameters)}
+                                                  
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[119 <./energy__const_8h__incl.pdf> <./energy__const_8h__dep__incl.pdf
-
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./energy__const_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
-n: multiple pdfs with page group included in a single page
->]) (./findpath_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+[205
 
-<findpath_8h__incl.pdf, id=5596, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: findpath_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use findpath_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: findpath_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-[120]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 56
- []
 
+ <./part__func_8h__incl.pdf>] [206])
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[121 <./findpath_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 84
- []
-
+[207]
+\openout2 = `part__func__co_8h.aux'.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
+(./part__func__co_8h.tex
+Overfull \hbox (183.3589pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/part_-
  []
 
-) (./fold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+<part__func__co_8h__incl.pdf, id=6049, 411.5375pt x 212.795pt>
+File: part__func__co_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func__co_8h__incl.pdf>
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--21
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 cofoldF[][] [][]co_-pf_-fold_-par[][] (char $\OMS/cmsy/m/n
+/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 sequence, char $\OMS/cmsy/m/n/10 ^^C$\T1/ptm/m/n/10 stru
+cture, [][]pf_-paramT[][]
  []
 
-<fold_8h__incl.pdf, id=5635, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: fold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use fold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: fold_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__pf__co
+fold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247}) has been already used, duplicate igno
+red
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.25 ...dc247}{free\_\-co\_\-pf\_\-arrays} (void)}
+                                                   [208
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
 
-[122]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
-fe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7}) has been already used, duplicate 
-ignored
+ <./part__func__co_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the sa
+me identifier (name{group__pf__cofold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}) has 
+been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.45 ...27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}{mirnatog}}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861
+155ca988fe}) has been already used, duplicate ignored
 <to be read again> 
                    \relax 
-l.38 ...56bfd849f6866c7}{free\-\_\-arrays} (void)}
-                                                  \label{group__mfe__fold_ga...
+l.50 ...5ca988fe}{F\_\-monomer} \mbox{[}2\mbox{]}}
+                                                  
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[123 <./fold_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the same ide
-ntifier (name{group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095cad9f0ccf3}) has been al
-ready used, duplicate ignored
+[209]) [210]
+\openout2 = `part__func__up_8h.aux'.
+
+(./part__func__up_8h.tex
+Overfull \hbox (183.3589pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/part_-
+ []
+
+<part__func__up_8h__incl.pdf, id=6099, 409.53pt x 212.795pt>
+File: part__func__up_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use part__func__up_8h__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the sa
+me identifier (name{group__up__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f}) has 
+been already used, duplicate ignored
 <to be read again> 
                    \relax 
-l.45 ...cf3}{update\-\_\-fold\-\_\-params} (void)}
-                                                  \label{group__mfe__fold_ga...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__eval_g
-a567530678f6260a1a649a5beca5da4c5}) has been already used, duplicate ignored
+l.23 ...link{structinteract}{interact} $\ast$pin)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__up__cofold_gac20bd61824981d45ce0dc9
+934aa56df8}) has been already used, duplicate ignored
 <to be read again> 
                    \relax 
-l.80 ...8f6260a1a649a5beca5da4c5}{eos\-\_\-debug}}
-                                                  \label{group__eval_ga56753...
-[124]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 150
- []
+l.28 ...ructpu__contrib}{pu\_\-contrib} $\ast$pu)}
+                                                  )
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
+
+[211
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
+ <./part__func__up_8h__incl.pdf>]
+\openout2 = `plot__layouts_8h.aux'.
+
+(./plot__layouts_8h.tex
+Overfull \hbox (180.96844pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/plot_-
  []
 
+<plot__layouts_8h__incl.pdf, id=6124, 407.5225pt x 212.795pt>
+File: plot__layouts_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use plot__layouts_8h__incl.pdf> <plot__layouts_8h__dep__incl.pdf, id=6125, 407
+.5225pt x 92.345pt>
+File: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use plot__layouts_8h__dep__incl.pdf> [212
+
+
+ <./plot__layouts_8h__incl.pdf> <./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf>]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[125]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 214
+[213]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 117--118
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 make_-pair_-table()[][], [][]rna_-plot_-type[][], [][]simp
+le_-xy_-coordinates()[][], naview_-xy_-
  []
 
-
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 245
+[214]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 141--142
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-PLOT_-TYPE_-SIMPLE[][], [][]VRNA_-PLOT_-TYPE_-NAVIEW
+[][], [][]VRNA_-
  []
 
-[126]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 312
- []
+)
+
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 46.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
+[215]
+\openout2 = `profiledist_8h.aux'.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 349
+(./profiledist_8h.tex
+Overfull \hbox (218.72462pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/profiledist.h
  []
 
+<profiledist_8h__incl.pdf, id=6215, 397.485pt x 212.795pt>
+File: profiledist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use profiledist_8h__incl.pdf> [216
+
+
+ <./profiledist_8h__incl.pdf>])
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[127]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 380
- []
+[217]
+\openout2 = `PS__dot_8h.aux'.
 
-) (./fold__vars_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+(./PS__dot_8h.tex
+Overfull \hbox (173.76863pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/PS_-
  []
 
-<fold__vars_8h__incl.pdf, id=5751, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: fold__vars_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use fold__vars_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-<fold__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5752, 439.6425pt x 232.87pt>
-File: fold__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use fold__vars_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
+<PS__dot_8h__incl.pdf, id=6241, 387.4475pt x 273.02pt>
+File: PS__dot_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use PS__dot_8h__incl.pdf> [218
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
 
-[128 <./fold__vars_8h__incl.pdf>]
+ <./PS__dot_8h__incl.pdf>]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[129 <./fold__vars_8h__dep__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
- []
-
-[130]
+[219] [220]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[131]) (./gquad_8h.tex [132]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+[221]) [222]
+\openout2 = `read__epars_8h.aux'.
+
+(./read__epars_8h.tex
+Overfull \hbox (184.69817pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/read_-
  []
 
-<gquad_8h__incl.pdf, id=5852, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: gquad_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use gquad_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: gquad_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+)
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[133 <./gquad_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
- []
+[223
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
- []
+]
+\openout2 = `RNAstruct_8h.aux'.
 
-[134]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
+(./RNAstruct_8h.tex
+Overfull \hbox (223.46246pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/RNAstruct.h
  []
 
-) (./inverse_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+[224
 
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__invers
-e__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}) has been already used, duplicate i
-gnored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.19 ...91e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}{symbolset}}
-                                                  \label{group__inverse__fol...
-) (./Lfold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
+]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[135]) (./loop__energies_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
-<loop__energies_8h__incl.pdf, id=5901, 625.33624pt x 371.3875pt>
-File: loop__energies_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use loop__energies_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: loop__energies_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 207.8679pt.
-[136 <./loop__energies_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
- []
-
-
-Overfull \vbox (40.56966pt too high) has occurred while \output is active []
-
+[225] [226]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[137]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 165
- []
+[227]) [228]
+\openout2 = `stringdist_8h.aux'.
 
-[138]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 215
+(./stringdist_8h.tex
+Overfull \hbox (214.98051pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/stringdist.h
  []
 
+<stringdist_8h__incl.pdf, id=6365, 395.4775pt x 92.345pt>
+File: stringdist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use stringdist_8h__incl.pdf>
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[139]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 280
- []
+[229
 
-[140]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 331
- []
 
-) (./LPfold_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+ <./stringdist_8h__incl.pdf>]) [230]
+\openout2 = `subopt_8h.aux'.
+
+(./subopt_8h.tex
+Overfull \hbox (198.19061pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/subopt.h
  []
 
-<LPfold_8h__incl.pdf, id=5974, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: LPfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use LPfold_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: LPfold_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__local_
-_pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8}) has been already used, duplicate
- ignored
+<subopt_8h__incl.pdf, id=6388, 383.4325pt x 212.795pt>
+File: subopt_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use subopt_8h__incl.pdf>pdfTeX warning (ext4): destination with the same ident
+ifier (name{group__subopt__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d}) has been
+ already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.21 ...ained, int is\_\-circular, FILE $\ast$fp)}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__subopt__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8e
+fa8b1fec854a0e}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.31 ...e0437f8efa8b1fec854a0e}{subopt\_\-sorted}}
+                                                  pdfTeX warning (ext4): destin
+ation with the same identifier (name{group__subopt__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecd
+f520e25313fcfe}) has been already used, duplicate ignored
 <to be read again> 
                    \relax 
-l.24 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
-                                                  \label{group__local__pf__f...
+l.36 ...cb5feeecdf520e25313fcfe}{print\_\-energy}}
+                                                  )
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[141 <./LPfold_8h__incl.pdf>]) (./MEA_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+[231
 
-<MEA_8h__incl.pdf, id=6000, 252.945pt x 313.17pt>
-File: MEA_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use MEA_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: MEA_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 252.0pt x 312.00801pt.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+ <./subopt_8h__incl.pdf>]
+\openout2 = `treedist_8h.aux'.
 
-[142]) (./mm_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+(./treedist_8h.tex
+Overfull \hbox (202.69762pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/treedist.h
  []
 
+<treedist_8h__incl.pdf, id=6412, 387.4475pt x 92.345pt>
+File: treedist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use treedist_8h__incl.pdf> [232
+
+
+ <./treedist_8h__incl.pdf>])
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[143 <./MEA_8h__incl.pdf>]) (./naview_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
+[233]
+\openout2 = `utils_8h.aux'.
 
-<naview_8h__dep__incl.pdf, id=6023, 250.9375pt x 327.2225pt>
-File: naview_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use naview_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: naview_8h__dep__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 326.01837pt.
-) (./params_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+(./utils_8h.tex
+Overfull \hbox (182.98412pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/H/utils.h
  []
 
-<params_8h__incl.pdf, id=6024, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: params_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use params_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: params_8h__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+<utils_8h__dep__incl.pdf, id=6446, 393.47pt x 92.345pt>
+File: utils_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
+<use utils_8h__dep__incl.pdf> [234
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
 
-[144 <./naview_8h__dep__incl.pdf>] <params_8h__dep__incl.pdf, id=6037, 250.9375
-pt x 232.87pt>
-File: params_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use params_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: params_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
+ <./utils_8h__dep__incl.pdf>]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[145 <./params_8h__incl.pdf> <./params_8h__dep__incl.pdf
-
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./params_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusion: mult
-iple pdfs with page group included in a single page
->]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__ener
-gy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca1862a0}) has been already used, dupl
-icate ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.33 ...\_\-parameters} (unsigned int n\-\_\-seq)}
-                                                  \label{group__energy__para...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__energy
-__parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65a66}) has been already used, duplic
-ate ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.36 ...065acc6dee0af68931b52cfd}{pf\-\_\-scale})}
-                                                  \label{group__energy__para...
-) (./part__func_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
-<part__func_8h__incl.pdf, id=6081, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: part__func_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use part__func_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: part__func_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-[146 <./part__func_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the sa
-me identifier (name{group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc}) has be
-en already used, duplicate ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.35 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
-                                                  \label{group__pf__fold_ga0...
+[235] [236]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[147]) (./part__func__co_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
-<part__func__co_8h__incl.pdf, id=6149, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: part__func__co_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use part__func__co_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: part__func__co_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-[148]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__p
-f__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247}) has been already used, duplicate
- ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.26 ...{free\-\_\-co\-\_\-pf\-\_\-arrays} (void)}
-                                                  \label{group__pf__cofold_g...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__pf__co
-fold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}) has been already used, duplicate igno
-red
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.44 ...27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}{mirnatog}}
-                                                  \label{group__pf__cofold_g...
+[237] [238]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[149 <./part__func__co_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with th
-e same identifier (name{group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe}) 
-has been already used, duplicate ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.47 ...a988fe}{F\-\_\-monomer} \mbox{[}2\mbox{]}}
-                                                  \label{group__pf__cofold_g...
-) (./part__func__up_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
-<part__func__up_8h__incl.pdf, id=6195, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: part__func__up_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use part__func__up_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: part__func__up_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-
-Underfull \vbox (badness 3815) has occurred while \output is active []
-
-[150]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__u
-p__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f}) has been already used, duplicate
- ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.24 ...link{structinteract}{interact} $\ast$pin)}
-                                                  \label{group__up__cofold_g...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__up__co
-fold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8}) has been already used, duplicate igno
-red
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.27 ...ctpu__contrib}{pu\-\_\-contrib} $\ast$pu)}
-                                                  \label{group__up__cofold_g...
-) (./plot__layouts_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
+[239] [240]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[151 <./part__func__up_8h__incl.pdf>] <plot__layouts_8h__incl.pdf, id=6228, 254
-.9525pt x 313.17pt>
-File: plot__layouts_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use plot__layouts_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 254.0pt x 312.0128pt.
-<plot__layouts_8h__dep__incl.pdf, id=6229, 250.9375pt x 232.87pt>
-File: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use plot__layouts_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
-
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
-[152 <./plot__layouts_8h__incl.pdf> <./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf
+[241] [242]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 489--490
+[][][]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-FASTA_-HEADER[][], [][]VRNA_-INPUT_-ERROR[][]
+, [][]VRNA_-INPUT_-
+ []
 
-pdfTeX warning: pdflatex (file ./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
-n: multiple pdfs with page group included in a single page
->]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[153]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 115
+[243]
+Underfull \hbox (badness 1708) in paragraph at lines 506--506
+[]\T1/ptm/m/n/10 Unless the op-tions [][]VRNA_-INPUT_-NOSKIP_-COMMENTS[][] or [
+][]VRNA_-INPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 148
- []
-
-[154]) (./profiledist_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+Overfull \hbox (48.60025pt too wide) in paragraph at lines 517--517
+[]\T1/pcr/m/n/8 while(!(read_record(&id, &seq, &rest, 0) & (VRNA_INPUT_ERROR | 
+VRNA_INPUT_QUIT))){[] 
  []
 
-<profiledist_8h__incl.pdf, id=6317, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: profiledist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use profiledist_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: profiledist_8h__incl.pdf used on input line 9.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
+[244]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[155 <./profiledist_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
- []
-
-) (./PS__dot_8h.tex [156]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
-
-<PS__dot_8h__incl.pdf, id=6352, 250.9375pt x 371.3875pt>
-File: PS__dot_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use PS__dot_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: PS__dot_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 370.02084pt.
+[245] [246]
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 34.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[157 <./PS__dot_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
- []
-
-
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 100
- []
+[247] [248])
 
-[158]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 130
- []
+Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
+ Make it at least 34.48999pt.
+ We now make it that large for the rest of the document.
+ This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
+[249]
+\openout2 = `1_88_84__epars_8h.aux'.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 157
+(./1_88_84__epars_8h.tex
+Overfull \hbox (190.57329pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/lib/1.8.4_-
  []
 
+) [250
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 182
- []
 
+]
+\openout2 = `1_88_84__intloops_8h.aux'.
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 207
+(./1_88_84__intloops_8h.tex
+Overfull \hbox (190.57329pt too wide) in paragraph at lines 4--4
+[]\T1/ptm/b/n/14.4 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaR
+NA/lib/1.8.4_-
  []
 
+)
 
 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
+ Make it at least 46.48999pt.
  We now make it that large for the rest of the document.
  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[159]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 244
- []
+[251
 
-) (./read__epars_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
-) (./RNAstruct_8h.tex [160]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+] (./refman.ind
+Overfull \hbox (158.5757pt too wide) in paragraph at lines 3--4
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/2Dfold.h,
  []
 
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[161]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
+Overfull \hbox (163.5757pt too wide) in paragraph at lines 4--5
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/2Dpfold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 107
+Overfull \hbox (158.02565pt too wide) in paragraph at lines 5--6
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/LPfold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 126
- []
-
-[162]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 145
+Overfull \hbox (152.46571pt too wide) in paragraph at lines 6--7
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/Lfold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 164
+Overfull \hbox (152.46573pt too wide) in paragraph at lines 7--8
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/MEA.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 183
+Overfull \hbox (139.69571pt too wide) in paragraph at lines 8--9
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/PS_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 202
+Overfull \hbox (173.22533pt too wide) in paragraph at lines 9--10
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/RNAstruct.h,
  []
 
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 34.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[163]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 221
+Overfull \hbox (156.35545pt too wide) in paragraph at lines 10--11
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/alifold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 242
+Overfull \hbox (155.79567pt too wide) in paragraph at lines 11--12
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/cofold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 260
+Overfull \hbox (158.01575pt too wide) in paragraph at lines 12--13
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/convert_-
  []
 
-) (./stringdist_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
-<stringdist_8h__incl.pdf, id=6475, 250.9375pt x 196.735pt>
-File: stringdist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use stringdist_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: stringdist_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
+Overfull \hbox (145.23561pt too wide) in paragraph at lines 13--14
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/data_-
+ []
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
 
-[164]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 45
+Overfull \hbox (143.02551pt too wide) in paragraph at lines 14--15
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/dist_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
+Overfull \hbox (157.31581pt too wide) in paragraph at lines 15--16
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/duplex.h,
  []
 
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[165 <./stringdist_8h__incl.pdf>]) (./subopt_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+Overfull \hbox (143.57556pt too wide) in paragraph at lines 16--17
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/edit_-
  []
 
-<subopt_8h__incl.pdf, id=6506, 250.9375pt x 313.17pt>
-File: subopt_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use subopt_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: subopt_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
-__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d}) has been already used, duplicate 
-ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.22 ...nt is\-\_\-circular, F\-I\-L\-E $\ast$fp)}
-                                                  \label{group__subopt__wuch...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
-__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e}) has been already used, duplicate 
-ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.30 ...437f8efa8b1fec854a0e}{subopt\-\_\-sorted}}
-                                                  \label{group__subopt__wuch...
-pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
-__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe}) has been already used, duplicate 
-ignored
-<to be read again> 
-                   \relax 
-l.33 ...5feeecdf520e25313fcfe}{print\-\_\-energy}}
-                                                  \label{group__subopt__wuch...
-[166 <./subopt_8h__incl.pdf>]) (./treedist_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
-<treedist_8h__incl.pdf, id=6533, 250.9375pt x 196.735pt>
-File: treedist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use treedist_8h__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: treedist_8h__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
+Overfull \hbox (155.60574pt too wide) in paragraph at lines 17--18
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/energy_-
+ []
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 33.97194pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[167 <./treedist_8h__incl.pdf>]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
+Overfull \hbox (163.02565pt too wide) in paragraph at lines 18--19
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/findpath.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
+Overfull \hbox (146.35573pt too wide) in paragraph at lines 19--20
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/fold.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
+Overfull \hbox (144.68568pt too wide) in paragraph at lines 20--21
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/fold_-
  []
 
-) (./utils_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
- []
 
-<utils_8h__dep__incl.pdf, id=6564, 250.9375pt x 232.87pt>
-File: utils_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
-<use utils_8h__dep__incl.pdf>
-Package pdftex.def Info: utils_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
-(pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
+Overfull \hbox (154.68582pt too wide) in paragraph at lines 21--22
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/gquad.h,
+ []
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
 
-[168]
+Overfull \hbox (158.57568pt too wide) in paragraph at lines 22--23
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/inverse.h,
+ []
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[169 <./utils_8h__dep__incl.pdf>] [170]
+Overfull \hbox (146.35573pt too wide) in paragraph at lines 23--24
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/loop_-
+ []
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[171] [172]
+Underfull \vbox (badness 1067) has occurred while \output is active []
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[173]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 317
+Overfull \hbox (145.80566pt too wide) in paragraph at lines 24--25
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/mm.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 339
+Overfull \hbox (158.02577pt too wide) in paragraph at lines 25--26
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/naview.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 361
+Overfull \hbox (159.1255pt too wide) in paragraph at lines 26--27
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/params.h,
  []
 
 
-Overfull \vbox (11.92694pt too high) has occurred while \output is active []
-
-[174]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 379
+Overfull \hbox (144.12563pt too wide) in paragraph at lines 27--28
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/part_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 415
+Overfull \hbox (144.12563pt too wide) in paragraph at lines 28--29
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/part_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 454
+Overfull \hbox (144.12563pt too wide) in paragraph at lines 29--30
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/part_-
  []
 
 
-Overfull \vbox (9.90102pt too high) has occurred while \output is active []
-
-
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[175]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 476
+Overfull \hbox (144.13562pt too wide) in paragraph at lines 30--31
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/plot_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 499
+Overfull \hbox (170.80528pt too wide) in paragraph at lines 31--32
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/profiledist.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 520
- []
-
-[176]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 548
+Overfull \hbox (145.78568pt too wide) in paragraph at lines 32--33
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/read_-
  []
 
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[177]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 611
+Overfull \hbox (167.47519pt too wide) in paragraph at lines 33--34
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/stringdist.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 632
+Overfull \hbox (156.91566pt too wide) in paragraph at lines 34--35
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/subopt.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 653
+Overfull \hbox (159.68529pt too wide) in paragraph at lines 35--36
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/treedist.h,
  []
 
-[178]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 674
+
+Overfull \hbox (147.47545pt too wide) in paragraph at lines 36--37
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/H/utils.h,
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 693
+Overfull \hbox (151.91565pt too wide) in paragraph at lines 37--38
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/lib/1.8.4_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 730
+Overfull \hbox (151.91565pt too wide) in paragraph at lines 38--39
+[]\T1/ptm/m/n/10 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+/lib/1.8.4_-
  []
 
+[252
 
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
 
-[179]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 762
+]
+Underfull \hbox (badness 1199) in paragraph at lines 95--96
+[]\T1/ptm/m/n/10 Calculate Sec-ondary Struc-tures of two
  []
 
-
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 789
+[253]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 238--239
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 807
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 239--240
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 823
- []
-
-[180]
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 847
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 240--241
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 874
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 241--242
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 909
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 242--243
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
-
-
-Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt): 
- Make it at least 22.16548pt.
- We now make it that large for the rest of the document.
- This may cause the page layout to be inconsistent, however.
-
-[181]) (./1_88_84__epars_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 243--244
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-HP,
  []
 
-) (./1_88_84__intloops_8h.tex
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
-[]\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
-t/develop/binaries/src/-
+[254]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 244--245
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
-) [182] (./refman.bbl (./refman.brf)
-\tf@brf=\write6
-\openout6 = `refman.brf'.
 
-) (./refman.ind [183
-
-]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--5
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 245--246
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 5--7
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 246--247
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 7--9
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 247--248
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--11
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-Lfold.-h,
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 248--249
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--13
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E-A.-h,
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 249--250
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-ML,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 13--15
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 250--251
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--17
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 251--252
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--19
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/alifold.-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 252--253
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--21
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/cofold.-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 253--254
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--25
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/data-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 254--255
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--27
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 255--256
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--31
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 256--257
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--37
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold.-h,
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 257--258
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 258--259
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
+ []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--39
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 259--260
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
-
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--45
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/loop-_-
+[255] [256]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 478--479
+[]| \T1/ptm/m/n/10 get_-TwoDpfold_-variables_-from_-
  []
 
+[257]
+Underfull \hbox (badness 2005) in paragraph at lines 614--615
+\T1/ptm/m/n/10 a-bil-i-ties for Se-quence Align-
+ []
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 45--47
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/mm.-h,
+[258]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 662--663
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-PLOT_-TYPE_-CIRCULAR,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--53
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 663--664
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-PLOT_-TYPE_-NAVIEW,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--55
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 664--665
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-PLOT_-TYPE_-SIMPLE,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--57
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
+Underfull \hbox (badness 4595) in paragraph at lines 668--669
+[]\T1/ptm/m/n/10 Predicting Con-sen-sus Struc-tures from
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--59
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot-_-
+Underfull \hbox (badness 1655) in paragraph at lines 669--670
+[]\T1/ptm/m/n/10 Predicting Lo-cally sta-ble struc-tures of
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 61--63
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/read-_-
+Underfull \hbox (badness 1365) in paragraph at lines 716--717
+[]\T1/ptm/m/n/10 Reading/Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets
  []
 
+[259]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 740--741
+[]\T1/ptm/m/n/10 Searching Se-quences for Pre-de-fined
+ []
 
-Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
-
-[184
 
-]
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 69--71
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/utils.-h,
+Underfull \hbox (badness 3312) in paragraph at lines 757--758
+[]\T1/ptm/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Con-sen-sus
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 71--73
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 757--758
+\T1/ptm/m/n/10 Struc-tures from Se-quence
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--75
-\T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
+Underfull \hbox (badness 5091) in paragraph at lines 758--759
+[]\T1/ptm/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Struc-tures
  []
 
-
-Underfull \hbox (badness 1014) in paragraph at lines 82--84
-[]| \T1/phv/m/n/10 Lo-cal M-F-E con-sen-sus struc-tures for Se-quence
+[260]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 883--884
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONSTRAINT_-ANG_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 108--110
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 886--887
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONSTRAINT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1231) in paragraph at lines 161--163
-[]\T1/phv/m/n/10 Calculate Sec-ondary Struc-tures of two R-N-As upon
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 887--888
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONSTRAINT_-NO_-
  []
 
-[185]
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 270--272
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 889--890
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONSTRAINT_-RND_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 283--285
-[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 891--892
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-BLANK_-LINE,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 316--318
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 893--894
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-CONSTRAINT,
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 348--350
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 895--896
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-FASTA_-HEADER,
  []
 
-[186]
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 504--506
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 899--900
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-NO_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 515--517
-[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 900--901
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-NOSKIP_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 524--526
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 901--902
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-NOSKIP_-
  []
 
-[187]
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 552--554
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
- []
 
-[188]
-Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 751--753
-[]| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 904--905
+[]| \T1/ptm/m/n/10 VRNA_-OPTION_-MULTILINE,
  []
 
-[189]
-Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 905--907
-[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+[261]
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 934--935
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 962--964
-[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 936--937
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 965--967
-[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 954--955
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 993--995
-[]| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
- []
-
-[190]
-Underfull \hbox (badness 954) in paragraph at lines 1060--1062
-[]\T1/phv/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-tance
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 958--959
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1124--1126
-[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 960--961
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1131--1133
-[]| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 962--963
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1134--1136
-[]| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 964--965
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-MM_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1137--1139
-[]| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 968--969
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
 
-Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 1172--1174
-[]| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
- []
-
-[191]
-Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 1300--1302
-[]| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 972--973
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-CONVERT_-OUTPUT_-
  []
 
-[192])
-Package atveryend Info: Empty hook `BeforeClearDocument' on input line 205.
-Package atveryend Info: Empty hook `AfterLastShipout' on input line 205.
-(./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
-old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
-bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
-./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
-oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
-old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
-./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
-fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
-x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
-aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
-) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
-__kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
-dos.aux) (./group__parse.aux))
-Package atveryend Info: Executing hook `AtVeryEndDocument' on input line 205.
-Package atveryend Info: Executing hook `AtEndAfterFileList' on input line 205.
-Package rerunfilecheck Info: File `refman.out' has not changed.
-(rerunfilecheck)             Checksum: 4FC7D86BF1840749A49B270F992064F3;109726.
 
+Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 992--993
+[]\T1/ptm/m/n/10 VRNA_-INPUT_-NOSKIP_-BLANK_-
+ []
 
-Package rerunfilecheck Warning: File `refman.brf' has changed.
-(rerunfilecheck)                Rerun to get bibliographical references right.
+[262] [263
 
-Package rerunfilecheck Info: Checksums for `refman.brf':
-(rerunfilecheck)             Before: D41D8CD98F00B204E9800998ECF8427E;0
-(rerunfilecheck)             After:  A9C978DDBACF9DACF639239F0A1C99B3;705.
+]) (./refman.aux (./mp_parse.aux) (./mp_utils.aux) (./mp_example.aux) (./deprec
+ated.aux) (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__fold.
+aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__subopt
+__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (./gr
+oup__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./group_
+_up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__fold.
+aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (./gr
+oup__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__fold
+.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.aux) (
+./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.aux)
+(./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux) (./
+group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group__kl_
+_neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__dos.a
+ux) (./group__parse.aux) (./structbondTEn.aux) (./structcofoldF.aux) (./structC
+oncEnt.aux) (./structconstrain.aux) (./structCOORDINATE.aux) (./structcpair.aux
+) (./structduplexT.aux) (./structdupVar.aux) (./structfolden.aux) (./structinte
+ract.aux) (./structintermediate__t.aux) (./structINTERVAL.aux) (./structLIST.au
+x) (./structLST__BUCKET.aux) (./structmodel__detailsT.aux) (./structmove__t.aux
+) (./structPAIR.aux) (./structpair__info.aux) (./structpairpro.aux) (./structpa
+ramT.aux) (./structpath__t.aux) (./structpf__paramT.aux) (./structplist.aux) (.
+/structPostorder__list.aux) (./structpu__contrib.aux) (./structpu__out.aux) (./
+structsect.aux) (./structsnoopT.aux) (./structSOLUTION.aux) (./structstruct__en
+.aux) (./structsvm__model.aux) (./structswString.aux) (./structTree.aux) (./str
+uctTwoDfold__solution.aux) (./structTwoDfold__vars.aux) (./structTwoDpfold__sol
+ution.aux) (./structTwoDpfold__vars.aux) (./2Dpfold_8h.aux) (./alifold_8h.aux) 
+(./cofold_8h.aux) (./convert__epars_8h.aux) (./data__structures_8h.aux) (./dist
+__vars_8h.aux) (./duplex_8h.aux) (./edit__cost_8h.aux) (./energy__const_8h.aux)
+(./findpath_8h.aux) (./fold_8h.aux) (./fold__vars_8h.aux) (./gquad_8h.aux) (./i
+nverse_8h.aux) (./Lfold_8h.aux) (./loop__energies_8h.aux) (./LPfold_8h.aux) (./
+MEA_8h.aux) (./mm_8h.aux) (./naview_8h.aux) (./params_8h.aux) (./part__func_8h.
+aux) (./part__func__co_8h.aux) (./part__func__up_8h.aux) (./plot__layouts_8h.au
+x) (./profiledist_8h.aux) (./PS__dot_8h.aux) (./read__epars_8h.aux) (./RNAstruc
+t_8h.aux) (./stringdist_8h.aux) (./subopt_8h.aux) (./treedist_8h.aux) (./utils_
+8h.aux) (./1_88_84__epars_8h.aux) (./1_88_84__intloops_8h.aux))
 
 LaTeX Warning: There were undefined references.
 
 
 LaTeX Warning: There were multiply-defined labels.
 
-Package atveryend Info: Empty hook `AtVeryVeryEnd' on input line 205.
  ) 
 Here is how much of TeX's memory you used:
- 15087 strings out of 495059
- 251611 string characters out of 3182031
- 353442 words of memory out of 3000000
- 16035 multiletter control sequences out of 15000+200000
- 91895 words of font info for 147 fonts, out of 3000000 for 9000
- 14 hyphenation exceptions out of 8191
- 41i,13n,58p,1533b,579s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
-pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_misc} has been referenced but does
- not exist, replaced by a fixed one
-
-pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_struc} has been referenced but does 
-not exist, replaced by a fixed one
-
-pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_seq} has been referenced but does no
-t exist, replaced by a fixed one
-
-pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_aln} has been referenced but does no
-t exist, replaced by a fixed one
-
-pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_dot} has been referenced but does no
-t exist, replaced by a fixed one
-
-{/usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/enc/dvips/base/8r.enc}</usr/share/texlive/
-texmf-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi10.pfb></usr/share/texlive/texmf-
-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fo
-nts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/ty
-pe1/urw/courier/ucrr8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helve
-tic/uhvb8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvb8ac.
-pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvbo8ac.pfb></usr/
-share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvr8a.pfb></usr/share/texliv
-e/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvro8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dis
-t/fonts/type1/urw/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/ur
-w/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmr8a.p
-fb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmri8a.pfb>
-Output written on refman.pdf (210 pages, 1151473 bytes).
+ 10021 strings out of 256214
+ 179668 string characters out of 1917000
+ 219779 words of memory out of 1500000
+ 10920 multiletter control sequences out of 10000+200000
+ 50417 words of font info for 60 fonts, out of 1200000 for 2000
+ 645 hyphenation exceptions out of 8191
+ 38i,13n,58p,1559b,564s stack positions out of 5000i,500n,6000p,200000b,15000s
+{/usr/share/texmf/fonts/enc/dvips/base/8r.enc}</usr/share/texmf/fonts/type1/b
+luesky/cm/cmex10.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmmi10.pfb></usr/
+share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmmi6.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/blue
+sky/cm/cmmi7.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmmi9.pfb></usr/share
+/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmr10.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/c
+m/cmr7.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmr9.pfb></usr/share/texmf/
+fonts/type1/bluesky/cm/cmsy10.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmsy
+7.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/bluesky/cm/cmsy8.pfb></usr/share/texmf/font
+s/type1/bluesky/cm/cmsy9.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/urw/courier/ucrr8a.p
+fb></usr/share/texmf/fonts/type1/urw/times/utmb8a.pfb></usr/share/texmf/fonts/t
+ype1/urw/times/utmbi8a.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/urw/times/utmr8a.pfb><
+/usr/share/texmf/fonts/type1/urw/times/utmri8a.pfb>
+Output written on refman.pdf (283 pages, 4444391 bytes).
 PDF statistics:
- 7830 PDF objects out of 8907 (max. 8388607)
- 7272 compressed objects within 73 object streams
- 1544 named destinations out of 1728 (max. 500000)
- 4606 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
+ 7753 PDF objects out of 8907 (max. 8388607)
+ 1458 named destinations out of 1728 (max. 131072)
+ 4590 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)