JWS-117 Compiled all tools with ./compilebin.sh and some were missing related files.
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / lib / Makefile
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/lib/Makefile b/binaries/src/ViennaRNA/lib/Makefile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f019bb8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1340 @@
+# Makefile.in generated by automake 1.11.6 from Makefile.am.
+# lib/Makefile.  Generated from Makefile.in by configure.
+
+# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software
+# Foundation, Inc.
+# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+
+
+
+
+am__make_dryrun = \
+  { \
+    am__dry=no; \
+    case $$MAKEFLAGS in \
+      *\\[\ \  ]*) \
+        echo 'am--echo: ; @echo "AM"  OK' | $(MAKE) -f - 2>/dev/null \
+          | grep '^AM OK$$' >/dev/null || am__dry=yes;; \
+      *) \
+        for am__flg in $$MAKEFLAGS; do \
+          case $$am__flg in \
+            *=*|--*) ;; \
+            *n*) am__dry=yes; break;; \
+          esac; \
+        done;; \
+    esac; \
+    test $$am__dry = yes; \
+  }
+pkgdatadir = $(datadir)/ViennaRNA
+pkgincludedir = $(includedir)/ViennaRNA
+pkglibdir = $(libdir)/ViennaRNA
+pkglibexecdir = $(libexecdir)/ViennaRNA
+am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
+install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
+install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
+install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
+INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
+transform = $(program_transform_name)
+NORMAL_INSTALL = :
+PRE_INSTALL = :
+POST_INSTALL = :
+NORMAL_UNINSTALL = :
+PRE_UNINSTALL = :
+POST_UNINSTALL = :
+build_triplet = x86_64-unknown-linux-gnu
+host_triplet = x86_64-unknown-linux-gnu
+subdir = lib
+DIST_COMMON = $(noinst_HEADERS) $(srcdir)/Makefile.am \
+       $(srcdir)/Makefile.in
+ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
+am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/acinclude.m4 \
+       $(top_srcdir)/m4/package.m4 $(top_srcdir)/configure.ac
+am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
+       $(ACLOCAL_M4)
+mkinstalldirs = $(install_sh) -d
+CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/config.h
+CONFIG_CLEAN_FILES =
+CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES =
+am__vpath_adj_setup = srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's|.|.|g'`;
+am__vpath_adj = case $$p in \
+    $(srcdir)/*) f=`echo "$$p" | sed "s|^$$srcdirstrip/||"`;; \
+    *) f=$$p;; \
+  esac;
+am__strip_dir = f=`echo $$p | sed -e 's|^.*/||'`;
+am__install_max = 40
+am__nobase_strip_setup = \
+  srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*|]/\\\\&/g'`
+am__nobase_strip = \
+  for p in $$list; do echo "$$p"; done | sed -e "s|$$srcdirstrip/||"
+am__nobase_list = $(am__nobase_strip_setup); \
+  for p in $$list; do echo "$$p $$p"; done | \
+  sed "s| $$srcdirstrip/| |;"' / .*\//!s/ .*/ ./; s,\( .*\)/[^/]*$$,\1,' | \
+  $(AWK) 'BEGIN { files["."] = "" } { files[$$2] = files[$$2] " " $$1; \
+    if (++n[$$2] == $(am__install_max)) \
+      { print $$2, files[$$2]; n[$$2] = 0; files[$$2] = "" } } \
+    END { for (dir in files) print dir, files[dir] }'
+am__base_list = \
+  sed '$$!N;$$!N;$$!N;$$!N;$$!N;$$!N;$$!N;s/\n/ /g' | \
+  sed '$$!N;$$!N;$$!N;$$!N;s/\n/ /g'
+am__uninstall_files_from_dir = { \
+  test -z "$$files" \
+    || { test ! -d "$$dir" && test ! -f "$$dir" && test ! -r "$$dir"; } \
+    || { echo " ( cd '$$dir' && rm -f" $$files ")"; \
+         $(am__cd) "$$dir" && rm -f $$files; }; \
+  }
+am__installdirs = "$(DESTDIR)$(libdir)"
+LIBRARIES = $(lib_LIBRARIES)
+AR = ar
+ARFLAGS = cru
+AM_V_AR = $(am__v_AR_$(V))
+am__v_AR_ = $(am__v_AR_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_AR_0 = @echo "  AR    " $@;
+AM_V_at = $(am__v_at_$(V))
+am__v_at_ = $(am__v_at_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_at_0 = @
+libRNA_a_AR = $(AR) $(ARFLAGS)
+libRNA_a_LIBADD =
+am__libRNA_a_SOURCES_DIST = dist_vars.c fold_vars.c part_func.c \
+       read_epars.c treedist.c energy_par.c inverse.c ProfileDist.c \
+       RNAstruct.c utils.c fold.c naview.c PS_dot.c stringdist.c \
+       params.c subopt.c list.c Lfold.c cofold.c part_func_co.c \
+       ProfileAln.c duplex.c alifold.c alipfold.c aln_util.c LPfold.c \
+       part_func_up.c ribo.c findpath.c convert_epars.c MEA.c \
+       aliLfold.c mm.c 2Dfold.c 2Dpfold.c plex_functions.c \
+       plot_layouts.c ali_plex.c c_plex.c plex.c snofold.c snoop.c \
+       move_set.c gquad.c ../libsvm-2.91/svm.cpp svm_utils.c
+am__objects_1 = svm.$(OBJEXT)
+am__objects_2 = libRNA_a-svm_utils.$(OBJEXT)
+am_libRNA_a_OBJECTS = libRNA_a-dist_vars.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-fold_vars.$(OBJEXT) libRNA_a-part_func.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-read_epars.$(OBJEXT) libRNA_a-treedist.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-energy_par.$(OBJEXT) libRNA_a-inverse.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-ProfileDist.$(OBJEXT) libRNA_a-RNAstruct.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-utils.$(OBJEXT) libRNA_a-fold.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-naview.$(OBJEXT) libRNA_a-PS_dot.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-stringdist.$(OBJEXT) libRNA_a-params.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-subopt.$(OBJEXT) libRNA_a-list.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-Lfold.$(OBJEXT) libRNA_a-cofold.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-part_func_co.$(OBJEXT) libRNA_a-ProfileAln.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-duplex.$(OBJEXT) libRNA_a-alifold.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-alipfold.$(OBJEXT) libRNA_a-aln_util.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-LPfold.$(OBJEXT) libRNA_a-part_func_up.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-ribo.$(OBJEXT) libRNA_a-findpath.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-convert_epars.$(OBJEXT) libRNA_a-MEA.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-aliLfold.$(OBJEXT) libRNA_a-mm.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-2Dfold.$(OBJEXT) libRNA_a-2Dpfold.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-plex_functions.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-plot_layouts.$(OBJEXT) libRNA_a-ali_plex.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-c_plex.$(OBJEXT) libRNA_a-plex.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-snofold.$(OBJEXT) libRNA_a-snoop.$(OBJEXT) \
+       libRNA_a-move_set.$(OBJEXT) libRNA_a-gquad.$(OBJEXT) \
+       $(am__objects_1) $(am__objects_2)
+libRNA_a_OBJECTS = $(am_libRNA_a_OBJECTS)
+DEFAULT_INCLUDES = -I. -I$(top_builddir)
+depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/config/depcomp
+am__depfiles_maybe = depfiles
+am__mv = mv -f
+AM_V_lt = $(am__v_lt_$(V))
+am__v_lt_ = $(am__v_lt_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_lt_0 = --silent
+COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
+       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
+AM_V_CC = $(am__v_CC_$(V))
+am__v_CC_ = $(am__v_CC_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_CC_0 = @echo "  CC    " $@;
+CCLD = $(CC)
+LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
+AM_V_CCLD = $(am__v_CCLD_$(V))
+am__v_CCLD_ = $(am__v_CCLD_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_CCLD_0 = @echo "  CCLD  " $@;
+CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
+       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
+AM_V_CXX = $(am__v_CXX_$(V))
+am__v_CXX_ = $(am__v_CXX_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_CXX_0 = @echo "  CXX   " $@;
+CXXLINK = $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) \
+       -o $@
+AM_V_CXXLD = $(am__v_CXXLD_$(V))
+am__v_CXXLD_ = $(am__v_CXXLD_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_CXXLD_0 = @echo "  CXXLD " $@;
+AM_V_GEN = $(am__v_GEN_$(V))
+am__v_GEN_ = $(am__v_GEN_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
+am__v_GEN_0 = @echo "  GEN   " $@;
+SOURCES = $(libRNA_a_SOURCES)
+DIST_SOURCES = $(am__libRNA_a_SOURCES_DIST)
+am__can_run_installinfo = \
+  case $$AM_UPDATE_INFO_DIR in \
+    n|no|NO) false;; \
+    *) (install-info --version) >/dev/null 2>&1;; \
+  esac
+HEADERS = $(noinst_HEADERS)
+ETAGS = etags
+CTAGS = ctags
+DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+ACLOCAL = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/missing --run aclocal-1.11
+AMTAR = $${TAR-tar}
+AM_DEFAULT_VERBOSITY = 0
+AUTOCONF = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/missing --run autoconf
+AUTOHEADER = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/missing --run autoheader
+AUTOMAKE = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/missing --run automake-1.11
+AWK = gawk
+CC = gcc
+CCDEPMODE = depmode=gcc3
+CFLAGS = -g -O2
+CLUSTER_DIR = 
+CPP = gcc -E
+CPPFLAGS = 
+CXX = g++
+CXXCPP = g++ -E
+CXXDEPMODE = depmode=gcc3
+CXXFLAGS = -g -O2
+CXXLD = g++
+CYGPATH_W = echo
+DEFS = -DHAVE_CONFIG_H
+DEPDIR = .deps
+DOXYGEN_CMD_LATEX = /usr/bin/latex
+DOXYGEN_CMD_MAKEINDEX = /usr/bin/makeindex
+DOXYGEN_CONF = doxygen.conf
+DOXYGEN_DOCDIR = doc
+DOXYGEN_GENERATE_HTML = YES
+DOXYGEN_GENERATE_LATEX = YES
+DOXYGEN_HAVE_DOT = YES
+DOXYGEN_PROJECT_NAME = RNAlib-2.1.2
+DOXYGEN_SRCDIR = .
+DOXYGEN_WITH_PDFLATEX = YES
+ECHO_C = 
+ECHO_N = -n
+ECHO_T = 
+EGREP = /bin/grep -E
+EXEEXT = 
+FPIC = -fpic
+GREP = /bin/grep
+INSTALL = /usr/bin/install -c
+INSTALL_DATA = ${INSTALL} -m 644
+INSTALL_PROGRAM = ${INSTALL}
+INSTALL_SCRIPT = ${INSTALL}
+INSTALL_STRIP_PROGRAM = $(install_sh) -c -s
+ISODATE = 2017-04-11
+LDFLAGS = 
+LIBOBJS = 
+LIBS = -lm 
+LIBSVM_DIR = libsvm-2.91
+LTLIBOBJS = 
+MAKEINFO = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/missing --run makeinfo
+MKDIR_P = /bin/mkdir -p
+OBJEXT = o
+OPENMP_CFLAGS = -fopenmp
+PACKAGE = ViennaRNA
+PACKAGE_BUGREPORT = rna@tbi.univie.ac.at
+PACKAGE_NAME = ViennaRNA
+PACKAGE_STRING = ViennaRNA 2.1.2
+PACKAGE_TARNAME = ViennaRNA
+PACKAGE_URL = http://www.tbi.univie.ac.a/~ivo/RNA
+PACKAGE_VERSION = 2.1.2
+PATH_SEPARATOR = :
+PERLPREFIX = 
+PERL_INTERFACE = Perl
+POW_LIB = 
+PYTHON_INTERFACE = 
+PerlCmd = /usr/bin/perl
+PythonCmd = /homes/fmmarquesmadeira/.local/anaconda/envs/python3/bin/python
+RANLIB = ranlib
+REFERENCE_MANUAL_PDF_NAME = RNAlib-2.1.2.pdf
+REFERENCE_MANUAL_TAGFILE = RNAlib-2.1.2.tag
+SET_MAKE = 
+SHELL = /bin/sh
+STRIP = 
+VERSION = 2.1.2
+abs_builddir = /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/lib
+abs_srcdir = /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/lib
+abs_top_builddir = /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+abs_top_srcdir = /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA
+ac_ct_CC = gcc
+ac_ct_CXX = g++
+am__include = include
+am__leading_dot = .
+am__quote = 
+am__tar = $${TAR-tar} chof - "$$tardir"
+am__untar = $${TAR-tar} xf -
+bindir = ${exec_prefix}/bin
+build = x86_64-unknown-linux-gnu
+build_alias = 
+build_cpu = x86_64
+build_os = linux-gnu
+build_vendor = unknown
+builddir = .
+datadir = ${datarootdir}
+datarootdir = ${prefix}/share
+docdir = ${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}
+dot = /usr/bin/dot
+doxygen = /usr/bin/doxygen
+dvidir = ${docdir}
+egrep = /bin/egrep
+exec_prefix = ${prefix}
+host = x86_64-unknown-linux-gnu
+host_alias = 
+host_cpu = x86_64
+host_os = linux-gnu
+host_vendor = unknown
+htmldir = ${docdir}
+includedir = ${prefix}/include
+infodir = ${datarootdir}/info
+install_sh = ${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/config/install-sh
+latex = /usr/bin/latex
+libdir = ${exec_prefix}/lib
+libexecdir = ${exec_prefix}/libexec
+localedir = ${datarootdir}/locale
+localstatedir = ${prefix}/var
+makeindex = /usr/bin/makeindex
+mandir = ${datarootdir}/man
+mkdir_p = /bin/mkdir -p
+oldincludedir = /usr/include
+pdfdir = ${docdir}
+pdflatex = no
+perl = /usr/bin/perl
+prefix = /usr/local
+program_transform_name = s,x,x,
+psdir = ${docdir}
+sbindir = ${exec_prefix}/sbin
+sharedstatedir = ${prefix}/com
+srcdir = .
+subdirs =  Kinfold RNAforester
+sysconfdir = ${prefix}/etc
+target_alias = 
+top_build_prefix = ../
+top_builddir = ..
+top_srcdir = ..
+lib_LIBRARIES = libRNA.a
+SVM_SRC = ../libsvm-2.91/svm.cpp
+SVM_INC = -I${srcdir}/../libsvm-2.91
+SVM_H = ../libsvm-2.91/svm.h
+SVM_UTILS = svm_utils.c
+libRNA_a_SOURCES = dist_vars.c fold_vars.c part_func.c read_epars.c\
+                    treedist.c energy_par.c inverse.c ProfileDist.c \
+                    RNAstruct.c utils.c fold.c naview.c PS_dot.c \
+                    stringdist.c params.c subopt.c list.c Lfold.c \
+                    cofold.c part_func_co.c ProfileAln.c duplex.c \
+                    alifold.c alipfold.c aln_util.c LPfold.c \
+                    part_func_up.c ribo.c findpath.c convert_epars.c\
+                    MEA.c aliLfold.c mm.c 2Dfold.c 2Dpfold.c plex_functions.c\
+                    plot_layouts.c ali_plex.c c_plex.c plex.c snofold.c\
+                    snoop.c move_set.c gquad.c ${SVM_SRC} ${SVM_UTILS}
+
+libRNA_a_CFLAGS = $(AM_CFLAGS) $(OPENMP_CFLAGS) -fpic
+noinst_HEADERS = intl11.h intl11dH.h intl21.h intl21dH.h \
+                  intl22.h intl22dH.h list.h\
+                  1.8.4_epars.h 1.8.4_intloops.h
+
+EXTRA_DIST = circfold.inc alicircfold.inc model_avg.inc model_sd.inc ${SVM_H}
+AM_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/../H ${SVM_INC} -fpic
+all: all-am
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .c .cpp .o .obj
+$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
+       @for dep in $?; do \
+         case '$(am__configure_deps)' in \
+           *$$dep*) \
+             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
+               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
+             exit 1;; \
+         esac; \
+       done; \
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu lib/Makefile'; \
+       $(am__cd) $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --gnu lib/Makefile
+.PRECIOUS: Makefile
+Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
+       @case '$?' in \
+         *config.status*) \
+           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
+         *) \
+           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
+           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
+       esac;
+
+$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+
+$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
+       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(am__aclocal_m4_deps):
+install-libLIBRARIES: $(lib_LIBRARIES)
+       @$(NORMAL_INSTALL)
+       @list='$(lib_LIBRARIES)'; test -n "$(libdir)" || list=; \
+       list2=; for p in $$list; do \
+         if test -f $$p; then \
+           list2="$$list2 $$p"; \
+         else :; fi; \
+       done; \
+       test -z "$$list2" || { \
+         echo " $(MKDIR_P) '$(DESTDIR)$(libdir)'"; \
+         $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(libdir)" || exit 1; \
+         echo " $(INSTALL_DATA) $$list2 '$(DESTDIR)$(libdir)'"; \
+         $(INSTALL_DATA) $$list2 "$(DESTDIR)$(libdir)" || exit $$?; }
+       @$(POST_INSTALL)
+       @list='$(lib_LIBRARIES)'; test -n "$(libdir)" || list=; \
+       for p in $$list; do \
+         if test -f $$p; then \
+           $(am__strip_dir) \
+           echo " ( cd '$(DESTDIR)$(libdir)' && $(RANLIB) $$f )"; \
+           ( cd "$(DESTDIR)$(libdir)" && $(RANLIB) $$f ) || exit $$?; \
+         else :; fi; \
+       done
+
+uninstall-libLIBRARIES:
+       @$(NORMAL_UNINSTALL)
+       @list='$(lib_LIBRARIES)'; test -n "$(libdir)" || list=; \
+       files=`for p in $$list; do echo $$p; done | sed -e 's|^.*/||'`; \
+       dir='$(DESTDIR)$(libdir)'; $(am__uninstall_files_from_dir)
+
+clean-libLIBRARIES:
+       -test -z "$(lib_LIBRARIES)" || rm -f $(lib_LIBRARIES)
+libRNA.a: $(libRNA_a_OBJECTS) $(libRNA_a_DEPENDENCIES) $(EXTRA_libRNA_a_DEPENDENCIES) 
+       $(AM_V_at)-rm -f libRNA.a
+       $(AM_V_AR)$(libRNA_a_AR) libRNA.a $(libRNA_a_OBJECTS) $(libRNA_a_LIBADD)
+       $(AM_V_at)$(RANLIB) libRNA.a
+
+mostlyclean-compile:
+       -rm -f *.$(OBJEXT)
+
+distclean-compile:
+       -rm -f *.tab.c
+
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-list.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-params.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Po
+include ./$(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Po
+include ./$(DEPDIR)/svm.Po
+
+.c.o:
+       $(AM_V_CC)$(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+#      $(AM_V_CC)source='$<' object='$@' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(COMPILE) -c $<
+
+.c.obj:
+       $(AM_V_CC)$(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+#      $(AM_V_CC)source='$<' object='$@' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+libRNA_a-dist_vars.o: dist_vars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-dist_vars.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Tpo -c -o libRNA_a-dist_vars.o `test -f 'dist_vars.c' || echo '$(srcdir)/'`dist_vars.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='dist_vars.c' object='libRNA_a-dist_vars.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-dist_vars.o `test -f 'dist_vars.c' || echo '$(srcdir)/'`dist_vars.c
+
+libRNA_a-dist_vars.obj: dist_vars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-dist_vars.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Tpo -c -o libRNA_a-dist_vars.obj `if test -f 'dist_vars.c'; then $(CYGPATH_W) 'dist_vars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/dist_vars.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-dist_vars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='dist_vars.c' object='libRNA_a-dist_vars.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-dist_vars.obj `if test -f 'dist_vars.c'; then $(CYGPATH_W) 'dist_vars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/dist_vars.c'; fi`
+
+libRNA_a-fold_vars.o: fold_vars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-fold_vars.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Tpo -c -o libRNA_a-fold_vars.o `test -f 'fold_vars.c' || echo '$(srcdir)/'`fold_vars.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='fold_vars.c' object='libRNA_a-fold_vars.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-fold_vars.o `test -f 'fold_vars.c' || echo '$(srcdir)/'`fold_vars.c
+
+libRNA_a-fold_vars.obj: fold_vars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-fold_vars.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Tpo -c -o libRNA_a-fold_vars.obj `if test -f 'fold_vars.c'; then $(CYGPATH_W) 'fold_vars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/fold_vars.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-fold_vars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='fold_vars.c' object='libRNA_a-fold_vars.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-fold_vars.obj `if test -f 'fold_vars.c'; then $(CYGPATH_W) 'fold_vars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/fold_vars.c'; fi`
+
+libRNA_a-part_func.o: part_func.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Tpo -c -o libRNA_a-part_func.o `test -f 'part_func.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func.c' object='libRNA_a-part_func.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func.o `test -f 'part_func.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func.c
+
+libRNA_a-part_func.obj: part_func.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Tpo -c -o libRNA_a-part_func.obj `if test -f 'part_func.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func.c' object='libRNA_a-part_func.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func.obj `if test -f 'part_func.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func.c'; fi`
+
+libRNA_a-read_epars.o: read_epars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-read_epars.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Tpo -c -o libRNA_a-read_epars.o `test -f 'read_epars.c' || echo '$(srcdir)/'`read_epars.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='read_epars.c' object='libRNA_a-read_epars.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-read_epars.o `test -f 'read_epars.c' || echo '$(srcdir)/'`read_epars.c
+
+libRNA_a-read_epars.obj: read_epars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-read_epars.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Tpo -c -o libRNA_a-read_epars.obj `if test -f 'read_epars.c'; then $(CYGPATH_W) 'read_epars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/read_epars.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-read_epars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='read_epars.c' object='libRNA_a-read_epars.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-read_epars.obj `if test -f 'read_epars.c'; then $(CYGPATH_W) 'read_epars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/read_epars.c'; fi`
+
+libRNA_a-treedist.o: treedist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-treedist.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Tpo -c -o libRNA_a-treedist.o `test -f 'treedist.c' || echo '$(srcdir)/'`treedist.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='treedist.c' object='libRNA_a-treedist.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-treedist.o `test -f 'treedist.c' || echo '$(srcdir)/'`treedist.c
+
+libRNA_a-treedist.obj: treedist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-treedist.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Tpo -c -o libRNA_a-treedist.obj `if test -f 'treedist.c'; then $(CYGPATH_W) 'treedist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/treedist.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-treedist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='treedist.c' object='libRNA_a-treedist.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-treedist.obj `if test -f 'treedist.c'; then $(CYGPATH_W) 'treedist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/treedist.c'; fi`
+
+libRNA_a-energy_par.o: energy_par.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-energy_par.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Tpo -c -o libRNA_a-energy_par.o `test -f 'energy_par.c' || echo '$(srcdir)/'`energy_par.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Po
+#      $(AM_V_CC)source='energy_par.c' object='libRNA_a-energy_par.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-energy_par.o `test -f 'energy_par.c' || echo '$(srcdir)/'`energy_par.c
+
+libRNA_a-energy_par.obj: energy_par.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-energy_par.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Tpo -c -o libRNA_a-energy_par.obj `if test -f 'energy_par.c'; then $(CYGPATH_W) 'energy_par.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/energy_par.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-energy_par.Po
+#      $(AM_V_CC)source='energy_par.c' object='libRNA_a-energy_par.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-energy_par.obj `if test -f 'energy_par.c'; then $(CYGPATH_W) 'energy_par.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/energy_par.c'; fi`
+
+libRNA_a-inverse.o: inverse.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-inverse.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Tpo -c -o libRNA_a-inverse.o `test -f 'inverse.c' || echo '$(srcdir)/'`inverse.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Po
+#      $(AM_V_CC)source='inverse.c' object='libRNA_a-inverse.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-inverse.o `test -f 'inverse.c' || echo '$(srcdir)/'`inverse.c
+
+libRNA_a-inverse.obj: inverse.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-inverse.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Tpo -c -o libRNA_a-inverse.obj `if test -f 'inverse.c'; then $(CYGPATH_W) 'inverse.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/inverse.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-inverse.Po
+#      $(AM_V_CC)source='inverse.c' object='libRNA_a-inverse.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-inverse.obj `if test -f 'inverse.c'; then $(CYGPATH_W) 'inverse.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/inverse.c'; fi`
+
+libRNA_a-ProfileDist.o: ProfileDist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ProfileDist.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Tpo -c -o libRNA_a-ProfileDist.o `test -f 'ProfileDist.c' || echo '$(srcdir)/'`ProfileDist.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ProfileDist.c' object='libRNA_a-ProfileDist.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ProfileDist.o `test -f 'ProfileDist.c' || echo '$(srcdir)/'`ProfileDist.c
+
+libRNA_a-ProfileDist.obj: ProfileDist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ProfileDist.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Tpo -c -o libRNA_a-ProfileDist.obj `if test -f 'ProfileDist.c'; then $(CYGPATH_W) 'ProfileDist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ProfileDist.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileDist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ProfileDist.c' object='libRNA_a-ProfileDist.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ProfileDist.obj `if test -f 'ProfileDist.c'; then $(CYGPATH_W) 'ProfileDist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ProfileDist.c'; fi`
+
+libRNA_a-RNAstruct.o: RNAstruct.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-RNAstruct.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Tpo -c -o libRNA_a-RNAstruct.o `test -f 'RNAstruct.c' || echo '$(srcdir)/'`RNAstruct.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Po
+#      $(AM_V_CC)source='RNAstruct.c' object='libRNA_a-RNAstruct.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-RNAstruct.o `test -f 'RNAstruct.c' || echo '$(srcdir)/'`RNAstruct.c
+
+libRNA_a-RNAstruct.obj: RNAstruct.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-RNAstruct.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Tpo -c -o libRNA_a-RNAstruct.obj `if test -f 'RNAstruct.c'; then $(CYGPATH_W) 'RNAstruct.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/RNAstruct.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-RNAstruct.Po
+#      $(AM_V_CC)source='RNAstruct.c' object='libRNA_a-RNAstruct.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-RNAstruct.obj `if test -f 'RNAstruct.c'; then $(CYGPATH_W) 'RNAstruct.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/RNAstruct.c'; fi`
+
+libRNA_a-utils.o: utils.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-utils.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Tpo -c -o libRNA_a-utils.o `test -f 'utils.c' || echo '$(srcdir)/'`utils.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Po
+#      $(AM_V_CC)source='utils.c' object='libRNA_a-utils.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-utils.o `test -f 'utils.c' || echo '$(srcdir)/'`utils.c
+
+libRNA_a-utils.obj: utils.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-utils.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Tpo -c -o libRNA_a-utils.obj `if test -f 'utils.c'; then $(CYGPATH_W) 'utils.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/utils.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-utils.Po
+#      $(AM_V_CC)source='utils.c' object='libRNA_a-utils.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-utils.obj `if test -f 'utils.c'; then $(CYGPATH_W) 'utils.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/utils.c'; fi`
+
+libRNA_a-fold.o: fold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-fold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Tpo -c -o libRNA_a-fold.o `test -f 'fold.c' || echo '$(srcdir)/'`fold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='fold.c' object='libRNA_a-fold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-fold.o `test -f 'fold.c' || echo '$(srcdir)/'`fold.c
+
+libRNA_a-fold.obj: fold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-fold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Tpo -c -o libRNA_a-fold.obj `if test -f 'fold.c'; then $(CYGPATH_W) 'fold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/fold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-fold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='fold.c' object='libRNA_a-fold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-fold.obj `if test -f 'fold.c'; then $(CYGPATH_W) 'fold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/fold.c'; fi`
+
+libRNA_a-naview.o: naview.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-naview.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Tpo -c -o libRNA_a-naview.o `test -f 'naview.c' || echo '$(srcdir)/'`naview.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Po
+#      $(AM_V_CC)source='naview.c' object='libRNA_a-naview.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-naview.o `test -f 'naview.c' || echo '$(srcdir)/'`naview.c
+
+libRNA_a-naview.obj: naview.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-naview.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Tpo -c -o libRNA_a-naview.obj `if test -f 'naview.c'; then $(CYGPATH_W) 'naview.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/naview.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-naview.Po
+#      $(AM_V_CC)source='naview.c' object='libRNA_a-naview.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-naview.obj `if test -f 'naview.c'; then $(CYGPATH_W) 'naview.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/naview.c'; fi`
+
+libRNA_a-PS_dot.o: PS_dot.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-PS_dot.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Tpo -c -o libRNA_a-PS_dot.o `test -f 'PS_dot.c' || echo '$(srcdir)/'`PS_dot.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Po
+#      $(AM_V_CC)source='PS_dot.c' object='libRNA_a-PS_dot.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-PS_dot.o `test -f 'PS_dot.c' || echo '$(srcdir)/'`PS_dot.c
+
+libRNA_a-PS_dot.obj: PS_dot.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-PS_dot.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Tpo -c -o libRNA_a-PS_dot.obj `if test -f 'PS_dot.c'; then $(CYGPATH_W) 'PS_dot.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/PS_dot.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-PS_dot.Po
+#      $(AM_V_CC)source='PS_dot.c' object='libRNA_a-PS_dot.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-PS_dot.obj `if test -f 'PS_dot.c'; then $(CYGPATH_W) 'PS_dot.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/PS_dot.c'; fi`
+
+libRNA_a-stringdist.o: stringdist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-stringdist.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Tpo -c -o libRNA_a-stringdist.o `test -f 'stringdist.c' || echo '$(srcdir)/'`stringdist.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='stringdist.c' object='libRNA_a-stringdist.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-stringdist.o `test -f 'stringdist.c' || echo '$(srcdir)/'`stringdist.c
+
+libRNA_a-stringdist.obj: stringdist.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-stringdist.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Tpo -c -o libRNA_a-stringdist.obj `if test -f 'stringdist.c'; then $(CYGPATH_W) 'stringdist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/stringdist.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-stringdist.Po
+#      $(AM_V_CC)source='stringdist.c' object='libRNA_a-stringdist.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-stringdist.obj `if test -f 'stringdist.c'; then $(CYGPATH_W) 'stringdist.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/stringdist.c'; fi`
+
+libRNA_a-params.o: params.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-params.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Tpo -c -o libRNA_a-params.o `test -f 'params.c' || echo '$(srcdir)/'`params.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Po
+#      $(AM_V_CC)source='params.c' object='libRNA_a-params.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-params.o `test -f 'params.c' || echo '$(srcdir)/'`params.c
+
+libRNA_a-params.obj: params.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-params.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Tpo -c -o libRNA_a-params.obj `if test -f 'params.c'; then $(CYGPATH_W) 'params.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/params.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-params.Po
+#      $(AM_V_CC)source='params.c' object='libRNA_a-params.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-params.obj `if test -f 'params.c'; then $(CYGPATH_W) 'params.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/params.c'; fi`
+
+libRNA_a-subopt.o: subopt.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-subopt.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Tpo -c -o libRNA_a-subopt.o `test -f 'subopt.c' || echo '$(srcdir)/'`subopt.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Po
+#      $(AM_V_CC)source='subopt.c' object='libRNA_a-subopt.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-subopt.o `test -f 'subopt.c' || echo '$(srcdir)/'`subopt.c
+
+libRNA_a-subopt.obj: subopt.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-subopt.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Tpo -c -o libRNA_a-subopt.obj `if test -f 'subopt.c'; then $(CYGPATH_W) 'subopt.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/subopt.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-subopt.Po
+#      $(AM_V_CC)source='subopt.c' object='libRNA_a-subopt.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-subopt.obj `if test -f 'subopt.c'; then $(CYGPATH_W) 'subopt.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/subopt.c'; fi`
+
+libRNA_a-list.o: list.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-list.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Tpo -c -o libRNA_a-list.o `test -f 'list.c' || echo '$(srcdir)/'`list.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Po
+#      $(AM_V_CC)source='list.c' object='libRNA_a-list.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-list.o `test -f 'list.c' || echo '$(srcdir)/'`list.c
+
+libRNA_a-list.obj: list.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-list.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Tpo -c -o libRNA_a-list.obj `if test -f 'list.c'; then $(CYGPATH_W) 'list.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/list.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-list.Po
+#      $(AM_V_CC)source='list.c' object='libRNA_a-list.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-list.obj `if test -f 'list.c'; then $(CYGPATH_W) 'list.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/list.c'; fi`
+
+libRNA_a-Lfold.o: Lfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-Lfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Tpo -c -o libRNA_a-Lfold.o `test -f 'Lfold.c' || echo '$(srcdir)/'`Lfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='Lfold.c' object='libRNA_a-Lfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-Lfold.o `test -f 'Lfold.c' || echo '$(srcdir)/'`Lfold.c
+
+libRNA_a-Lfold.obj: Lfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-Lfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Tpo -c -o libRNA_a-Lfold.obj `if test -f 'Lfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'Lfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/Lfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-Lfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='Lfold.c' object='libRNA_a-Lfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-Lfold.obj `if test -f 'Lfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'Lfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/Lfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-cofold.o: cofold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-cofold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Tpo -c -o libRNA_a-cofold.o `test -f 'cofold.c' || echo '$(srcdir)/'`cofold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='cofold.c' object='libRNA_a-cofold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-cofold.o `test -f 'cofold.c' || echo '$(srcdir)/'`cofold.c
+
+libRNA_a-cofold.obj: cofold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-cofold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Tpo -c -o libRNA_a-cofold.obj `if test -f 'cofold.c'; then $(CYGPATH_W) 'cofold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/cofold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-cofold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='cofold.c' object='libRNA_a-cofold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-cofold.obj `if test -f 'cofold.c'; then $(CYGPATH_W) 'cofold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/cofold.c'; fi`
+
+libRNA_a-part_func_co.o: part_func_co.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func_co.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Tpo -c -o libRNA_a-part_func_co.o `test -f 'part_func_co.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func_co.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func_co.c' object='libRNA_a-part_func_co.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func_co.o `test -f 'part_func_co.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func_co.c
+
+libRNA_a-part_func_co.obj: part_func_co.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func_co.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Tpo -c -o libRNA_a-part_func_co.obj `if test -f 'part_func_co.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func_co.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func_co.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_co.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func_co.c' object='libRNA_a-part_func_co.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func_co.obj `if test -f 'part_func_co.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func_co.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func_co.c'; fi`
+
+libRNA_a-ProfileAln.o: ProfileAln.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ProfileAln.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Tpo -c -o libRNA_a-ProfileAln.o `test -f 'ProfileAln.c' || echo '$(srcdir)/'`ProfileAln.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ProfileAln.c' object='libRNA_a-ProfileAln.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ProfileAln.o `test -f 'ProfileAln.c' || echo '$(srcdir)/'`ProfileAln.c
+
+libRNA_a-ProfileAln.obj: ProfileAln.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ProfileAln.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Tpo -c -o libRNA_a-ProfileAln.obj `if test -f 'ProfileAln.c'; then $(CYGPATH_W) 'ProfileAln.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ProfileAln.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ProfileAln.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ProfileAln.c' object='libRNA_a-ProfileAln.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ProfileAln.obj `if test -f 'ProfileAln.c'; then $(CYGPATH_W) 'ProfileAln.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ProfileAln.c'; fi`
+
+libRNA_a-duplex.o: duplex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-duplex.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Tpo -c -o libRNA_a-duplex.o `test -f 'duplex.c' || echo '$(srcdir)/'`duplex.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='duplex.c' object='libRNA_a-duplex.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-duplex.o `test -f 'duplex.c' || echo '$(srcdir)/'`duplex.c
+
+libRNA_a-duplex.obj: duplex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-duplex.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Tpo -c -o libRNA_a-duplex.obj `if test -f 'duplex.c'; then $(CYGPATH_W) 'duplex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/duplex.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-duplex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='duplex.c' object='libRNA_a-duplex.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-duplex.obj `if test -f 'duplex.c'; then $(CYGPATH_W) 'duplex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/duplex.c'; fi`
+
+libRNA_a-alifold.o: alifold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-alifold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Tpo -c -o libRNA_a-alifold.o `test -f 'alifold.c' || echo '$(srcdir)/'`alifold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='alifold.c' object='libRNA_a-alifold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-alifold.o `test -f 'alifold.c' || echo '$(srcdir)/'`alifold.c
+
+libRNA_a-alifold.obj: alifold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-alifold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Tpo -c -o libRNA_a-alifold.obj `if test -f 'alifold.c'; then $(CYGPATH_W) 'alifold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/alifold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-alifold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='alifold.c' object='libRNA_a-alifold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-alifold.obj `if test -f 'alifold.c'; then $(CYGPATH_W) 'alifold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/alifold.c'; fi`
+
+libRNA_a-alipfold.o: alipfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-alipfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Tpo -c -o libRNA_a-alipfold.o `test -f 'alipfold.c' || echo '$(srcdir)/'`alipfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='alipfold.c' object='libRNA_a-alipfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-alipfold.o `test -f 'alipfold.c' || echo '$(srcdir)/'`alipfold.c
+
+libRNA_a-alipfold.obj: alipfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-alipfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Tpo -c -o libRNA_a-alipfold.obj `if test -f 'alipfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'alipfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/alipfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-alipfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='alipfold.c' object='libRNA_a-alipfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-alipfold.obj `if test -f 'alipfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'alipfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/alipfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-aln_util.o: aln_util.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-aln_util.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Tpo -c -o libRNA_a-aln_util.o `test -f 'aln_util.c' || echo '$(srcdir)/'`aln_util.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Po
+#      $(AM_V_CC)source='aln_util.c' object='libRNA_a-aln_util.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-aln_util.o `test -f 'aln_util.c' || echo '$(srcdir)/'`aln_util.c
+
+libRNA_a-aln_util.obj: aln_util.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-aln_util.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Tpo -c -o libRNA_a-aln_util.obj `if test -f 'aln_util.c'; then $(CYGPATH_W) 'aln_util.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/aln_util.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-aln_util.Po
+#      $(AM_V_CC)source='aln_util.c' object='libRNA_a-aln_util.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-aln_util.obj `if test -f 'aln_util.c'; then $(CYGPATH_W) 'aln_util.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/aln_util.c'; fi`
+
+libRNA_a-LPfold.o: LPfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-LPfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Tpo -c -o libRNA_a-LPfold.o `test -f 'LPfold.c' || echo '$(srcdir)/'`LPfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='LPfold.c' object='libRNA_a-LPfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-LPfold.o `test -f 'LPfold.c' || echo '$(srcdir)/'`LPfold.c
+
+libRNA_a-LPfold.obj: LPfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-LPfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Tpo -c -o libRNA_a-LPfold.obj `if test -f 'LPfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'LPfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/LPfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-LPfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='LPfold.c' object='libRNA_a-LPfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-LPfold.obj `if test -f 'LPfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'LPfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/LPfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-part_func_up.o: part_func_up.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func_up.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Tpo -c -o libRNA_a-part_func_up.o `test -f 'part_func_up.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func_up.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func_up.c' object='libRNA_a-part_func_up.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func_up.o `test -f 'part_func_up.c' || echo '$(srcdir)/'`part_func_up.c
+
+libRNA_a-part_func_up.obj: part_func_up.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-part_func_up.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Tpo -c -o libRNA_a-part_func_up.obj `if test -f 'part_func_up.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func_up.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func_up.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-part_func_up.Po
+#      $(AM_V_CC)source='part_func_up.c' object='libRNA_a-part_func_up.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-part_func_up.obj `if test -f 'part_func_up.c'; then $(CYGPATH_W) 'part_func_up.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/part_func_up.c'; fi`
+
+libRNA_a-ribo.o: ribo.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ribo.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Tpo -c -o libRNA_a-ribo.o `test -f 'ribo.c' || echo '$(srcdir)/'`ribo.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ribo.c' object='libRNA_a-ribo.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ribo.o `test -f 'ribo.c' || echo '$(srcdir)/'`ribo.c
+
+libRNA_a-ribo.obj: ribo.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ribo.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Tpo -c -o libRNA_a-ribo.obj `if test -f 'ribo.c'; then $(CYGPATH_W) 'ribo.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ribo.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ribo.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ribo.c' object='libRNA_a-ribo.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ribo.obj `if test -f 'ribo.c'; then $(CYGPATH_W) 'ribo.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ribo.c'; fi`
+
+libRNA_a-findpath.o: findpath.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-findpath.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Tpo -c -o libRNA_a-findpath.o `test -f 'findpath.c' || echo '$(srcdir)/'`findpath.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Po
+#      $(AM_V_CC)source='findpath.c' object='libRNA_a-findpath.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-findpath.o `test -f 'findpath.c' || echo '$(srcdir)/'`findpath.c
+
+libRNA_a-findpath.obj: findpath.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-findpath.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Tpo -c -o libRNA_a-findpath.obj `if test -f 'findpath.c'; then $(CYGPATH_W) 'findpath.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/findpath.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-findpath.Po
+#      $(AM_V_CC)source='findpath.c' object='libRNA_a-findpath.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-findpath.obj `if test -f 'findpath.c'; then $(CYGPATH_W) 'findpath.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/findpath.c'; fi`
+
+libRNA_a-convert_epars.o: convert_epars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-convert_epars.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Tpo -c -o libRNA_a-convert_epars.o `test -f 'convert_epars.c' || echo '$(srcdir)/'`convert_epars.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='convert_epars.c' object='libRNA_a-convert_epars.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-convert_epars.o `test -f 'convert_epars.c' || echo '$(srcdir)/'`convert_epars.c
+
+libRNA_a-convert_epars.obj: convert_epars.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-convert_epars.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Tpo -c -o libRNA_a-convert_epars.obj `if test -f 'convert_epars.c'; then $(CYGPATH_W) 'convert_epars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/convert_epars.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-convert_epars.Po
+#      $(AM_V_CC)source='convert_epars.c' object='libRNA_a-convert_epars.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-convert_epars.obj `if test -f 'convert_epars.c'; then $(CYGPATH_W) 'convert_epars.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/convert_epars.c'; fi`
+
+libRNA_a-MEA.o: MEA.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-MEA.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Tpo -c -o libRNA_a-MEA.o `test -f 'MEA.c' || echo '$(srcdir)/'`MEA.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Po
+#      $(AM_V_CC)source='MEA.c' object='libRNA_a-MEA.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-MEA.o `test -f 'MEA.c' || echo '$(srcdir)/'`MEA.c
+
+libRNA_a-MEA.obj: MEA.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-MEA.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Tpo -c -o libRNA_a-MEA.obj `if test -f 'MEA.c'; then $(CYGPATH_W) 'MEA.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/MEA.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-MEA.Po
+#      $(AM_V_CC)source='MEA.c' object='libRNA_a-MEA.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-MEA.obj `if test -f 'MEA.c'; then $(CYGPATH_W) 'MEA.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/MEA.c'; fi`
+
+libRNA_a-aliLfold.o: aliLfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-aliLfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Tpo -c -o libRNA_a-aliLfold.o `test -f 'aliLfold.c' || echo '$(srcdir)/'`aliLfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='aliLfold.c' object='libRNA_a-aliLfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-aliLfold.o `test -f 'aliLfold.c' || echo '$(srcdir)/'`aliLfold.c
+
+libRNA_a-aliLfold.obj: aliLfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-aliLfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Tpo -c -o libRNA_a-aliLfold.obj `if test -f 'aliLfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'aliLfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/aliLfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-aliLfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='aliLfold.c' object='libRNA_a-aliLfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-aliLfold.obj `if test -f 'aliLfold.c'; then $(CYGPATH_W) 'aliLfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/aliLfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-mm.o: mm.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-mm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Tpo -c -o libRNA_a-mm.o `test -f 'mm.c' || echo '$(srcdir)/'`mm.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Po
+#      $(AM_V_CC)source='mm.c' object='libRNA_a-mm.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-mm.o `test -f 'mm.c' || echo '$(srcdir)/'`mm.c
+
+libRNA_a-mm.obj: mm.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-mm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Tpo -c -o libRNA_a-mm.obj `if test -f 'mm.c'; then $(CYGPATH_W) 'mm.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/mm.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-mm.Po
+#      $(AM_V_CC)source='mm.c' object='libRNA_a-mm.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-mm.obj `if test -f 'mm.c'; then $(CYGPATH_W) 'mm.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/mm.c'; fi`
+
+libRNA_a-2Dfold.o: 2Dfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-2Dfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Tpo -c -o libRNA_a-2Dfold.o `test -f '2Dfold.c' || echo '$(srcdir)/'`2Dfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='2Dfold.c' object='libRNA_a-2Dfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-2Dfold.o `test -f '2Dfold.c' || echo '$(srcdir)/'`2Dfold.c
+
+libRNA_a-2Dfold.obj: 2Dfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-2Dfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Tpo -c -o libRNA_a-2Dfold.obj `if test -f '2Dfold.c'; then $(CYGPATH_W) '2Dfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/2Dfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='2Dfold.c' object='libRNA_a-2Dfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-2Dfold.obj `if test -f '2Dfold.c'; then $(CYGPATH_W) '2Dfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/2Dfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-2Dpfold.o: 2Dpfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-2Dpfold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Tpo -c -o libRNA_a-2Dpfold.o `test -f '2Dpfold.c' || echo '$(srcdir)/'`2Dpfold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='2Dpfold.c' object='libRNA_a-2Dpfold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-2Dpfold.o `test -f '2Dpfold.c' || echo '$(srcdir)/'`2Dpfold.c
+
+libRNA_a-2Dpfold.obj: 2Dpfold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-2Dpfold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Tpo -c -o libRNA_a-2Dpfold.obj `if test -f '2Dpfold.c'; then $(CYGPATH_W) '2Dpfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/2Dpfold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-2Dpfold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='2Dpfold.c' object='libRNA_a-2Dpfold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-2Dpfold.obj `if test -f '2Dpfold.c'; then $(CYGPATH_W) '2Dpfold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/2Dpfold.c'; fi`
+
+libRNA_a-plex_functions.o: plex_functions.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plex_functions.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Tpo -c -o libRNA_a-plex_functions.o `test -f 'plex_functions.c' || echo '$(srcdir)/'`plex_functions.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plex_functions.c' object='libRNA_a-plex_functions.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plex_functions.o `test -f 'plex_functions.c' || echo '$(srcdir)/'`plex_functions.c
+
+libRNA_a-plex_functions.obj: plex_functions.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plex_functions.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Tpo -c -o libRNA_a-plex_functions.obj `if test -f 'plex_functions.c'; then $(CYGPATH_W) 'plex_functions.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plex_functions.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plex_functions.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plex_functions.c' object='libRNA_a-plex_functions.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plex_functions.obj `if test -f 'plex_functions.c'; then $(CYGPATH_W) 'plex_functions.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plex_functions.c'; fi`
+
+libRNA_a-plot_layouts.o: plot_layouts.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plot_layouts.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Tpo -c -o libRNA_a-plot_layouts.o `test -f 'plot_layouts.c' || echo '$(srcdir)/'`plot_layouts.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plot_layouts.c' object='libRNA_a-plot_layouts.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plot_layouts.o `test -f 'plot_layouts.c' || echo '$(srcdir)/'`plot_layouts.c
+
+libRNA_a-plot_layouts.obj: plot_layouts.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plot_layouts.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Tpo -c -o libRNA_a-plot_layouts.obj `if test -f 'plot_layouts.c'; then $(CYGPATH_W) 'plot_layouts.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plot_layouts.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plot_layouts.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plot_layouts.c' object='libRNA_a-plot_layouts.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plot_layouts.obj `if test -f 'plot_layouts.c'; then $(CYGPATH_W) 'plot_layouts.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plot_layouts.c'; fi`
+
+libRNA_a-ali_plex.o: ali_plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ali_plex.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Tpo -c -o libRNA_a-ali_plex.o `test -f 'ali_plex.c' || echo '$(srcdir)/'`ali_plex.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ali_plex.c' object='libRNA_a-ali_plex.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ali_plex.o `test -f 'ali_plex.c' || echo '$(srcdir)/'`ali_plex.c
+
+libRNA_a-ali_plex.obj: ali_plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-ali_plex.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Tpo -c -o libRNA_a-ali_plex.obj `if test -f 'ali_plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'ali_plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ali_plex.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-ali_plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='ali_plex.c' object='libRNA_a-ali_plex.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-ali_plex.obj `if test -f 'ali_plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'ali_plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/ali_plex.c'; fi`
+
+libRNA_a-c_plex.o: c_plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-c_plex.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Tpo -c -o libRNA_a-c_plex.o `test -f 'c_plex.c' || echo '$(srcdir)/'`c_plex.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='c_plex.c' object='libRNA_a-c_plex.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-c_plex.o `test -f 'c_plex.c' || echo '$(srcdir)/'`c_plex.c
+
+libRNA_a-c_plex.obj: c_plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-c_plex.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Tpo -c -o libRNA_a-c_plex.obj `if test -f 'c_plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'c_plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/c_plex.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-c_plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='c_plex.c' object='libRNA_a-c_plex.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-c_plex.obj `if test -f 'c_plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'c_plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/c_plex.c'; fi`
+
+libRNA_a-plex.o: plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plex.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Tpo -c -o libRNA_a-plex.o `test -f 'plex.c' || echo '$(srcdir)/'`plex.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plex.c' object='libRNA_a-plex.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plex.o `test -f 'plex.c' || echo '$(srcdir)/'`plex.c
+
+libRNA_a-plex.obj: plex.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-plex.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Tpo -c -o libRNA_a-plex.obj `if test -f 'plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plex.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-plex.Po
+#      $(AM_V_CC)source='plex.c' object='libRNA_a-plex.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-plex.obj `if test -f 'plex.c'; then $(CYGPATH_W) 'plex.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/plex.c'; fi`
+
+libRNA_a-snofold.o: snofold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-snofold.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Tpo -c -o libRNA_a-snofold.o `test -f 'snofold.c' || echo '$(srcdir)/'`snofold.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='snofold.c' object='libRNA_a-snofold.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-snofold.o `test -f 'snofold.c' || echo '$(srcdir)/'`snofold.c
+
+libRNA_a-snofold.obj: snofold.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-snofold.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Tpo -c -o libRNA_a-snofold.obj `if test -f 'snofold.c'; then $(CYGPATH_W) 'snofold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/snofold.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-snofold.Po
+#      $(AM_V_CC)source='snofold.c' object='libRNA_a-snofold.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-snofold.obj `if test -f 'snofold.c'; then $(CYGPATH_W) 'snofold.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/snofold.c'; fi`
+
+libRNA_a-snoop.o: snoop.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-snoop.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Tpo -c -o libRNA_a-snoop.o `test -f 'snoop.c' || echo '$(srcdir)/'`snoop.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Po
+#      $(AM_V_CC)source='snoop.c' object='libRNA_a-snoop.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-snoop.o `test -f 'snoop.c' || echo '$(srcdir)/'`snoop.c
+
+libRNA_a-snoop.obj: snoop.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-snoop.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Tpo -c -o libRNA_a-snoop.obj `if test -f 'snoop.c'; then $(CYGPATH_W) 'snoop.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/snoop.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-snoop.Po
+#      $(AM_V_CC)source='snoop.c' object='libRNA_a-snoop.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-snoop.obj `if test -f 'snoop.c'; then $(CYGPATH_W) 'snoop.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/snoop.c'; fi`
+
+libRNA_a-move_set.o: move_set.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-move_set.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Tpo -c -o libRNA_a-move_set.o `test -f 'move_set.c' || echo '$(srcdir)/'`move_set.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Po
+#      $(AM_V_CC)source='move_set.c' object='libRNA_a-move_set.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-move_set.o `test -f 'move_set.c' || echo '$(srcdir)/'`move_set.c
+
+libRNA_a-move_set.obj: move_set.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-move_set.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Tpo -c -o libRNA_a-move_set.obj `if test -f 'move_set.c'; then $(CYGPATH_W) 'move_set.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/move_set.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-move_set.Po
+#      $(AM_V_CC)source='move_set.c' object='libRNA_a-move_set.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-move_set.obj `if test -f 'move_set.c'; then $(CYGPATH_W) 'move_set.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/move_set.c'; fi`
+
+libRNA_a-gquad.o: gquad.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-gquad.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Tpo -c -o libRNA_a-gquad.o `test -f 'gquad.c' || echo '$(srcdir)/'`gquad.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Po
+#      $(AM_V_CC)source='gquad.c' object='libRNA_a-gquad.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-gquad.o `test -f 'gquad.c' || echo '$(srcdir)/'`gquad.c
+
+libRNA_a-gquad.obj: gquad.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-gquad.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Tpo -c -o libRNA_a-gquad.obj `if test -f 'gquad.c'; then $(CYGPATH_W) 'gquad.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/gquad.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-gquad.Po
+#      $(AM_V_CC)source='gquad.c' object='libRNA_a-gquad.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-gquad.obj `if test -f 'gquad.c'; then $(CYGPATH_W) 'gquad.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/gquad.c'; fi`
+
+libRNA_a-svm_utils.o: svm_utils.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-svm_utils.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Tpo -c -o libRNA_a-svm_utils.o `test -f 'svm_utils.c' || echo '$(srcdir)/'`svm_utils.c
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Po
+#      $(AM_V_CC)source='svm_utils.c' object='libRNA_a-svm_utils.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-svm_utils.o `test -f 'svm_utils.c' || echo '$(srcdir)/'`svm_utils.c
+
+libRNA_a-svm_utils.obj: svm_utils.c
+       $(AM_V_CC)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT libRNA_a-svm_utils.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Tpo -c -o libRNA_a-svm_utils.obj `if test -f 'svm_utils.c'; then $(CYGPATH_W) 'svm_utils.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/svm_utils.c'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Tpo $(DEPDIR)/libRNA_a-svm_utils.Po
+#      $(AM_V_CC)source='svm_utils.c' object='libRNA_a-svm_utils.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CC_no)$(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(libRNA_a_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o libRNA_a-svm_utils.obj `if test -f 'svm_utils.c'; then $(CYGPATH_W) 'svm_utils.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/svm_utils.c'; fi`
+
+.cpp.o:
+       $(AM_V_CXX)$(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+#      $(AM_V_CXX)source='$<' object='$@' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CXX_no)$(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
+
+.cpp.obj:
+       $(AM_V_CXX)$(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+#      $(AM_V_CXX)source='$<' object='$@' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CXX_no)$(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
+
+svm.o: ../libsvm-2.91/svm.cpp
+       $(AM_V_CXX)$(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT svm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/svm.Tpo -c -o svm.o `test -f '../libsvm-2.91/svm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`../libsvm-2.91/svm.cpp
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/svm.Tpo $(DEPDIR)/svm.Po
+#      $(AM_V_CXX)source='../libsvm-2.91/svm.cpp' object='svm.o' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CXX_no)$(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o svm.o `test -f '../libsvm-2.91/svm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`../libsvm-2.91/svm.cpp
+
+svm.obj: ../libsvm-2.91/svm.cpp
+       $(AM_V_CXX)$(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT svm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/svm.Tpo -c -o svm.obj `if test -f '../libsvm-2.91/svm.cpp'; then $(CYGPATH_W) '../libsvm-2.91/svm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../libsvm-2.91/svm.cpp'; fi`
+       $(AM_V_at)$(am__mv) $(DEPDIR)/svm.Tpo $(DEPDIR)/svm.Po
+#      $(AM_V_CXX)source='../libsvm-2.91/svm.cpp' object='svm.obj' libtool=no \
+#      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
+#      $(AM_V_CXX_no)$(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o svm.obj `if test -f '../libsvm-2.91/svm.cpp'; then $(CYGPATH_W) '../libsvm-2.91/svm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../libsvm-2.91/svm.cpp'; fi`
+
+ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       mkid -fID $$unique
+tags: TAGS
+
+TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       set x; \
+       here=`pwd`; \
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       shift; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$*$$unique"; then :; else \
+         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
+         if test $$# -gt 0; then \
+           $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+             "$$@" $$unique; \
+         else \
+           $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+             $$unique; \
+         fi; \
+       fi
+ctags: CTAGS
+CTAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) \
+               $(TAGS_FILES) $(LISP)
+       list='$(SOURCES) $(HEADERS)  $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
+       unique=`for i in $$list; do \
+           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
+         done | \
+         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
+             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$unique" \
+         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
+            $$unique
+
+GTAGS:
+       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
+         && $(am__cd) $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) "$$here"
+
+distclean-tags:
+       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
+
+distdir: $(DISTFILES)
+       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
+       list='$(DISTFILES)'; \
+         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
+         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
+             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
+       case $$dist_files in \
+         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
+                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
+                          sort -u` ;; \
+       esac; \
+       for file in $$dist_files; do \
+         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
+         if test -d $$d/$$file; then \
+           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
+             find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
+           fi; \
+           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
+             cp -fpR $(srcdir)/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
+             find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
+           fi; \
+           cp -fpR $$d/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
+         else \
+           test -f "$(distdir)/$$file" \
+           || cp -p $$d/$$file "$(distdir)/$$file" \
+           || exit 1; \
+         fi; \
+       done
+check-am: all-am
+check: check-am
+all-am: Makefile $(LIBRARIES) $(HEADERS)
+installdirs:
+       for dir in "$(DESTDIR)$(libdir)"; do \
+         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
+       done
+install: install-am
+install-exec: install-exec-am
+install-data: install-data-am
+uninstall: uninstall-am
+
+install-am: all-am
+       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
+
+installcheck: installcheck-am
+install-strip:
+       if test -z '$(STRIP)'; then \
+         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+           install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+             install; \
+       else \
+         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
+           install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
+           "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'" install; \
+       fi
+mostlyclean-generic:
+
+clean-generic:
+
+distclean-generic:
+       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+       -test . = "$(srcdir)" || test -z "$(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)
+
+maintainer-clean-generic:
+       @echo "This command is intended for maintainers to use"
+       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
+clean: clean-am
+
+clean-am: clean-generic clean-libLIBRARIES mostlyclean-am
+
+distclean: distclean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
+       distclean-tags
+
+dvi: dvi-am
+
+dvi-am:
+
+html: html-am
+
+html-am:
+
+info: info-am
+
+info-am:
+
+install-data-am:
+
+install-dvi: install-dvi-am
+
+install-dvi-am:
+
+install-exec-am: install-libLIBRARIES
+
+install-html: install-html-am
+
+install-html-am:
+
+install-info: install-info-am
+
+install-info-am:
+
+install-man:
+
+install-pdf: install-pdf-am
+
+install-pdf-am:
+
+install-ps: install-ps-am
+
+install-ps-am:
+
+installcheck-am:
+
+maintainer-clean: maintainer-clean-am
+       -rm -rf ./$(DEPDIR)
+       -rm -f Makefile
+maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
+
+mostlyclean: mostlyclean-am
+
+mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic
+
+pdf: pdf-am
+
+pdf-am:
+
+ps: ps-am
+
+ps-am:
+
+uninstall-am: uninstall-libLIBRARIES
+
+.MAKE: install-am install-strip
+
+.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-generic \
+       clean-libLIBRARIES ctags distclean distclean-compile \
+       distclean-generic distclean-tags distdir dvi dvi-am html \
+       html-am info info-am install install-am install-data \
+       install-data-am install-dvi install-dvi-am install-exec \
+       install-exec-am install-html install-html-am install-info \
+       install-info-am install-libLIBRARIES install-man install-pdf \
+       install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
+       installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
+       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
+       mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags uninstall \
+       uninstall-am uninstall-libLIBRARIES
+
+
+# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
+# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
+.NOEXPORT: