git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JWS-112 Bumping version of ClustalO (src, binaries and windows) to version 1.2.4.
[jabaws.git] / binaries / src / clustalo / src / squid / msa.c
diff --git a/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c b/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c
index 5427d2a..7c19858 100644 (file)
--- a/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c
+++ b/binaries/src/clustalo/src/squid/msa.c
@@ -13,7 +13,7 @@
  * SQUID's interface for multiple sequence alignment
  * manipulation: access to the MSA object.
  * 
- * RCS $Id: msa.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: msa.c,v 1.18 2002/10/12 04:40:35 eddy Exp)
+ * RCS $Id: msa.c 297 2014-10-31 13:02:37Z fabian $ (Original squid RCS Id: msa.c,v 1.18 2002/10/12 04:40:35 eddy Exp)
  */
 
 #include <stdio.h>
@@ -98,6 +98,8 @@ MSAAlloc(int nseq, int alen)
   msa->sslen   = NULL;
   msa->sa      = NULL;
   msa->salen   = NULL;
+  msa->co      = NULL;
+  msa->colen   = NULL;
   msa->index   = GKIInit();
   msa->lastidx = 0;
 
@@ -253,6 +255,7 @@ MSAFree(MSA *msa)
   Free2DArray((void **) msa->sqdesc, msa->nseq);
   Free2DArray((void **) msa->ss,     msa->nseq);
   Free2DArray((void **) msa->sa,     msa->nseq);
+  Free2DArray((void **) msa->co,     msa->nseq);
 
   if (msa->sqlen   != NULL) free(msa->sqlen);
   if (msa->wgt     != NULL) free(msa->wgt);
@@ -663,7 +666,7 @@ MSAVerifyParse(MSA *msa)
   if (msa->nseq == 0) Die("Parse error: no sequences were found for alignment %s",
                          msa->name != NULL ? msa->name : "");
 
-  msa->alen = msa->sqlen[0];
+  msa->alen = msa->sqlen[0]; 
 
   /* We can rely on msa->sqname[] being valid for any index,
    * because of the way the line parsers always store any name
@@ -681,7 +684,7 @@ MSAVerifyParse(MSA *msa)
            msa->sqname[idx],
            msa->name != NULL ? msa->name : "");
                                /* all aseq must be same length. */
-      if (msa->sqlen[idx] != msa->alen)
+      if (msa->sqlen[idx] != msa->alen) 
        Die("Parse error: sequence %s: length %d, expected %d in alignment %s",
            msa->sqname[idx], msa->sqlen[idx], msa->alen,
            msa->name != NULL ? msa->name : "");
@@ -698,13 +701,13 @@ MSAVerifyParse(MSA *msa)
     }
 
                        /* if cons SS is present, must have length right */
-  if (msa->ss_cons != NULL && strlen(msa->ss_cons) != msa->alen) 
+  if (msa->ss_cons != NULL && strlen(msa->ss_cons) != msa->alen)  /* FIXME */
     Die("Parse error: #=GC SS_cons annotation: length %d, expected %d in alignment %s",
        strlen(msa->ss_cons), msa->alen,
        msa->name != NULL ? msa->name : "");
 
                        /* if cons SA is present, must have length right */
-  if (msa->sa_cons != NULL && strlen(msa->sa_cons) != msa->alen) 
+  if (msa->sa_cons != NULL && strlen(msa->sa_cons) != msa->alen)  /* FIXME */
     Die("Parse error: #=GC SA_cons annotation: length %d, expected %d in alignment %s",
        strlen(msa->sa_cons), msa->alen,
        msa->name != NULL ? msa->name : "");
@@ -728,6 +731,70 @@ MSAVerifyParse(MSA *msa)
 }
 
 
+/* @* MSAVerifyParseDub */
+void
+MSAVerifyParseDub(MSA *msa)
+{
+  int idx;
+
+  if (msa->nseq == 0) Die("Parse error: no sequences were found for alignment %s",
+                         msa->name != NULL ? msa->name : "");
+
+  msa->alen = msa->sqlen[0];  
+
+  /* We can rely on msa->sqname[] being valid for any index,
+   * because of the way the line parsers always store any name
+   * they add to the index.
+   */
+  for (idx = 0; idx < msa->nseq; idx++)
+    {
+                               /* aseq is required. */
+      if (msa->aseq[idx] == NULL) 
+       Die("Parse error: No sequence for %s in alignment %s", msa->sqname[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* either all weights must be set, or none of them */
+      if ((msa->flags & MSA_SET_WGT) && msa->wgt[idx] == -1.0)
+       Die("Parse error: some weights are set, but %s doesn't have one in alignment %s", 
+           msa->sqname[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* this is Dublin format, aseq don't have to be same length. */
+      if (msa->sqlen[idx] > msa->alen)  {
+       msa->alen = msa->sqlen[idx];
+      }
+                               /* if SS is present, must have length right */
+      if (msa->ss != NULL && msa->ss[idx] != NULL && msa->sslen[idx] != msa->sqlen[idx]) 
+       Die("Parse error: #=GR SS annotation for %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->sslen[idx], msa->sqlen[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+                               /* if SA is present, must have length right */
+      if (msa->sa != NULL && msa->sa[idx] != NULL && msa->salen[idx] != msa->sqlen[idx]) 
+       Die("Parse error: #=GR SA annotation for %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->salen[idx], msa->sqlen[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+    
+                               /* if CO is present, must have length right */
+      if (msa->co != NULL && msa->co[idx] != NULL && msa->colen[idx] != msa->sqlen[idx]) 
+       Die("Parse error: #=GR CO annotation for %s: length %d, expected %d in alignment %s",
+           msa->sqname[idx], msa->colen[idx], msa->sqlen[idx],
+           msa->name != NULL ? msa->name : "");
+    }
+
+
+
+
+                               /* Check that all or no weights are set */
+  if (!(msa->flags & MSA_SET_WGT))
+    FSet(msa->wgt, msa->nseq, 1.0); /* default weights */
+
+                               /* Clean up a little from the parser */
+  if (msa->sqlen != NULL) { free(msa->sqlen); msa->sqlen = NULL; }
+  if (msa->sslen != NULL) { free(msa->sslen); msa->sslen = NULL; }
+  if (msa->salen != NULL) { free(msa->salen); msa->salen = NULL; }
+  if (msa->colen != NULL) { free(msa->colen); msa->colen = NULL; }
+
+  return;
+} /* this is the end of MSAVerifyParseDub() */
+
 
 
 /* Function: MSAFileOpen()
@@ -919,6 +986,7 @@ MSAFileRead(MSAFILE *afp)
   case MSAFILE_CLUSTAL:   msa = ReadClustal(afp);   break;
   case MSAFILE_SELEX:     msa = ReadSELEX(afp);     break;
   case MSAFILE_PHYLIP:    msa = ReadPhylip(afp);    break;
+  case MSAFILE_DUBLIN:    msa = ReadDublin(afp);    break; /* -> r296, FS */
   default:
     Die("MSAFILE corrupted: bad format index");
   }
@@ -958,16 +1026,22 @@ MSAFileGetLine(MSAFILE *afp)
 }
 
 void 
-MSAFileWrite(FILE *fp, MSA *msa, int outfmt, int do_oneline)
+MSAFileWrite(FILE *fp, MSA *msa, int outfmt, int do_oneline, int iWrap, int bResno, int iSeqType)
 {
   switch (outfmt) {
 #ifdef CLUSTALO
-  case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa, 0);     break;
-  case MSAFILE_VIENNA:    WriteA2M(stdout, msa, 1);     break;
+    /*case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa, 0);                 break;*/
+    /*case MSAFILE_VIENNA:    WriteA2M(stdout, msa, 1);                 break;*/
+  case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa, iWrap);                 break;
+#ifndef INT_MAX
+#define INT_MAX 2147483647
+#endif
+  case MSAFILE_VIENNA:    WriteA2M(stdout, msa, INT_MAX);               break;
+  case MSAFILE_CLUSTAL:   WriteClustal(stdout, msa, iWrap, bResno, iSeqType); break;
 #else
   case MSAFILE_A2M:       WriteA2M(stdout, msa);     break;
-#endif
   case MSAFILE_CLUSTAL:   WriteClustal(stdout, msa); break;
+#endif
   case MSAFILE_MSF:       WriteMSF(stdout, msa);     break;
   case MSAFILE_PHYLIP:    WritePhylip(stdout, msa);  break;
   case MSAFILE_SELEX:     WriteSELEX(stdout, msa);   break;