JWS-112 Bumping version of ClustalW (src, binaries and windows) to version 2.1.
[jabaws.git] / binaries / src / clustalw / configure
index 465e0c8..2cdb992 100644 (file)
@@ -1,20 +1,24 @@
 #! /bin/sh
 # Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
-# Generated by GNU Autoconf 2.63 for clustalw 2.0.12.
+# Generated by GNU Autoconf 2.65 for clustalw 2.1.
 #
 # Report bugs to <clustalw@ucd.ie>.
 #
+#
 # Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001,
-# 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
+# 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009 Free Software Foundation,
+# Inc.
+#
+#
 # This configure script is free software; the Free Software Foundation
 # gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
-## --------------------- ##
-## M4sh Initialization.  ##
-## --------------------- ##
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
 
 # Be more Bourne compatible
 DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
-if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
   emulate sh
   NULLCMD=:
   # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
@@ -22,23 +26,15 @@ if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
   alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
   setopt NO_GLOB_SUBST
 else
-  case `(set -o) 2>/dev/null` in
-  *posix*) set -o posix ;;
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
 esac
-
 fi
 
 
-
-
-# PATH needs CR
-# Avoid depending upon Character Ranges.
-as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
-as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
-as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
-as_cr_digits='0123456789'
-as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
-
 as_nl='
 '
 export as_nl
@@ -46,7 +42,13 @@ export as_nl
 as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
-if (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+    && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='print -r --'
+  as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
   as_echo='printf %s\n'
   as_echo_n='printf %s'
 else
@@ -57,7 +59,7 @@ else
     as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
     as_echo_n_body='eval
       arg=$1;
-      case $arg in
+      case $arg in #(
       *"$as_nl"*)
        expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
        arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
@@ -80,13 +82,6 @@ if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
   }
 fi
 
-# Support unset when possible.
-if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
-  as_unset=unset
-else
-  as_unset=false
-fi
-
 
 # IFS
 # We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
@@ -96,15 +91,15 @@ fi
 IFS=" ""       $as_nl"
 
 # Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
-case $0 in
+case $0 in #((
   *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
   *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
 for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
-done
+    test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
      ;;
@@ -116,12 +111,16 @@ if test "x$as_myself" = x; then
 fi
 if test ! -f "$as_myself"; then
   $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
-  { (exit 1); exit 1; }
+  exit 1
 fi
 
-# Work around bugs in pre-3.0 UWIN ksh.
-for as_var in ENV MAIL MAILPATH
-do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+  && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
 done
 PS1='$ '
 PS2='> '
@@ -133,330 +132,300 @@ export LC_ALL
 LANGUAGE=C
 export LANGUAGE
 
-# Required to use basename.
-if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
-   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
-  as_expr=expr
-else
-  as_expr=false
-fi
-
-if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
-  as_basename=basename
-else
-  as_basename=false
-fi
-
-
-# Name of the executable.
-as_me=`$as_basename -- "$0" ||
-$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
-        X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
-        X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
-$as_echo X/"$0" |
-    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\/\(\/\/\)$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\/\(\/\).*/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         s/.*/./; q'`
-
 # CDPATH.
-$as_unset CDPATH
-
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
 
 if test "x$CONFIG_SHELL" = x; then
-  if (eval ":") 2>/dev/null; then
-  as_have_required=yes
+  as_bourne_compatible="if test -n \"\${ZSH_VERSION+set}\" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on \${1+\"\$@\"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '\${1+\"\$@\"}'='\"\$@\"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
 else
-  as_have_required=no
+  case \`(set -o) 2>/dev/null\` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
+esac
 fi
-
-  if test $as_have_required = yes &&    (eval ":
-(as_func_return () {
-  (exit \$1)
-}
-as_func_success () {
-  as_func_return 0
-}
-as_func_failure () {
-  as_func_return 1
-}
-as_func_ret_success () {
-  return 0
-}
-as_func_ret_failure () {
-  return 1
-}
+"
+  as_required="as_fn_return () { (exit \$1); }
+as_fn_success () { as_fn_return 0; }
+as_fn_failure () { as_fn_return 1; }
+as_fn_ret_success () { return 0; }
+as_fn_ret_failure () { return 1; }
 
 exitcode=0
-if as_func_success; then
-  :
-else
-  exitcode=1
-  echo as_func_success failed.
-fi
-
-if as_func_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_failure succeeded.
-fi
-
-if as_func_ret_success; then
-  :
+as_fn_success || { exitcode=1; echo as_fn_success failed.; }
+as_fn_failure && { exitcode=1; echo as_fn_failure succeeded.; }
+as_fn_ret_success || { exitcode=1; echo as_fn_ret_success failed.; }
+as_fn_ret_failure && { exitcode=1; echo as_fn_ret_failure succeeded.; }
+if ( set x; as_fn_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then :
+
+else
+  exitcode=1; echo positional parameters were not saved.
+fi
+test x\$exitcode = x0 || exit 1"
+  as_suggested="  as_lineno_1=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_1a=\$LINENO
+  as_lineno_2=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_2a=\$LINENO
+  eval 'test \"x\$as_lineno_1'\$as_run'\" != \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\" &&
+  test \"x\`expr \$as_lineno_1'\$as_run' + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\"' || exit 1
+test \$(( 1 + 1 )) = 2 || exit 1"
+  if (eval "$as_required") 2>/dev/null; then :
+  as_have_required=yes
 else
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_success failed.
-fi
-
-if as_func_ret_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_failure succeeded.
+  as_have_required=no
 fi
+  if test x$as_have_required = xyes && (eval "$as_suggested") 2>/dev/null; then :
 
-if ( set x; as_func_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then
-  :
 else
-  exitcode=1
-  echo positional parameters were not saved.
-fi
-
-test \$exitcode = 0) || { (exit 1); exit 1; }
-
-(
-  as_lineno_1=\$LINENO
-  as_lineno_2=\$LINENO
-  test \"x\$as_lineno_1\" != \"x\$as_lineno_2\" &&
-  test \"x\`expr \$as_lineno_1 + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2\") || { (exit 1); exit 1; }
-") 2> /dev/null; then
-  :
-else
-  as_candidate_shells=
-    as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+as_found=false
 for as_dir in /bin$PATH_SEPARATOR/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  case $as_dir in
+  as_found=:
+  case $as_dir in #(
         /*)
           for as_base in sh bash ksh sh5; do
-            as_candidate_shells="$as_candidate_shells $as_dir/$as_base"
+            # Try only shells that exist, to save several forks.
+            as_shell=$as_dir/$as_base
+            if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
+                   { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+  CONFIG_SHELL=$as_shell as_have_required=yes
+                  if { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_suggested" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+  break 2
+fi
+fi
           done;;
        esac
+  as_found=false
 done
+$as_found || { if { test -f "$SHELL" || test -f "$SHELL.exe"; } &&
+             { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$SHELL"; } 2>/dev/null; then :
+  CONFIG_SHELL=$SHELL as_have_required=yes
+fi; }
 IFS=$as_save_IFS
 
 
-      for as_shell in $as_candidate_shells $SHELL; do
-        # Try only shells that exist, to save several forks.
-        if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
-               { ("$as_shell") 2> /dev/null <<\_ASEOF
-if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
-  emulate sh
-  NULLCMD=:
-  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
-  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
-  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
-  setopt NO_GLOB_SUBST
-else
-  case `(set -o) 2>/dev/null` in
-  *posix*) set -o posix ;;
-esac
-
-fi
-
-
-:
-_ASEOF
-}; then
-  CONFIG_SHELL=$as_shell
-              as_have_required=yes
-              if { "$as_shell" 2> /dev/null <<\_ASEOF
-if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
-  emulate sh
-  NULLCMD=:
-  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
-  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
-  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
-  setopt NO_GLOB_SUBST
-else
-  case `(set -o) 2>/dev/null` in
-  *posix*) set -o posix ;;
-esac
-
-fi
-
-
-:
-(as_func_return () {
-  (exit $1)
-}
-as_func_success () {
-  as_func_return 0
-}
-as_func_failure () {
-  as_func_return 1
-}
-as_func_ret_success () {
-  return 0
-}
-as_func_ret_failure () {
-  return 1
-}
-
-exitcode=0
-if as_func_success; then
-  :
-else
-  exitcode=1
-  echo as_func_success failed.
-fi
-
-if as_func_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_failure succeeded.
-fi
-
-if as_func_ret_success; then
-  :
-else
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_success failed.
-fi
-
-if as_func_ret_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_failure succeeded.
-fi
-
-if ( set x; as_func_ret_success y && test x = "$1" ); then
-  :
-else
-  exitcode=1
-  echo positional parameters were not saved.
-fi
-
-test $exitcode = 0) || { (exit 1); exit 1; }
-
-(
-  as_lineno_1=$LINENO
-  as_lineno_2=$LINENO
-  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
-  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2") || { (exit 1); exit 1; }
-
-_ASEOF
-}; then
-  break
-fi
-
-fi
-
-      done
-
-      if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then
-  for as_var in BASH_ENV ENV
-       do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
-       done
+      if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then :
+  # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
+       # neutralization value for shells without unset; and this also
+       # works around shells that cannot unset nonexistent variables.
+       BASH_ENV=/dev/null
+       ENV=/dev/null
+       (unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
        export CONFIG_SHELL
        exec "$CONFIG_SHELL" "$as_myself" ${1+"$@"}
 fi
 
-
-    if test $as_have_required = no; then
-  echo This script requires a shell more modern than all the
-      echo shells that I found on your system.  Please install a
-      echo modern shell, or manually run the script under such a
-      echo shell if you do have one.
-      { (exit 1); exit 1; }
+    if test x$as_have_required = xno; then :
+  $as_echo "$0: This script requires a shell more modern than all"
+  $as_echo "$0: the shells that I found on your system."
+  if test x${ZSH_VERSION+set} = xset ; then
+    $as_echo "$0: In particular, zsh $ZSH_VERSION has bugs and should"
+    $as_echo "$0: be upgraded to zsh 4.3.4 or later."
+  else
+    $as_echo "$0: Please tell bug-autoconf@gnu.org and clustalw@ucd.ie
+$0: about your system, including any error possibly output
+$0: before this message. Then install a modern shell, or
+$0: manually run the script under such a shell if you do
+$0: have one."
+  fi
+  exit 1
 fi
-
-
 fi
-
 fi
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+export SHELL
+# Unset more variables known to interfere with behavior of common tools.
+CLICOLOR_FORCE= GREP_OPTIONS=
+unset CLICOLOR_FORCE GREP_OPTIONS
 
+## --------------------- ##
+## M4sh Shell Functions. ##
+## --------------------- ##
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+  { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
 
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+  return $1
+} # as_fn_set_status
 
-(eval "as_func_return () {
-  (exit \$1)
-}
-as_func_success () {
-  as_func_return 0
-}
-as_func_failure () {
-  as_func_return 1
-}
-as_func_ret_success () {
-  return 0
-}
-as_func_ret_failure () {
-  return 1
-}
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+  set +e
+  as_fn_set_status $1
+  exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
 
-exitcode=0
-if as_func_success; then
-  :
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || as_fn_error "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_append ()
+  {
+    eval $1+=\$2
+  }'
 else
-  exitcode=1
-  echo as_func_success failed.
-fi
+  as_fn_append ()
+  {
+    eval $1=\$$1\$2
+  }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=$(( $* ))
+  }'
+else
+  as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+  }
+fi # as_fn_arith
 
-if as_func_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_failure succeeded.
-fi
 
-if as_func_ret_success; then
-  :
+# as_fn_error ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ---------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with status $?, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+  as_status=$?; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+  if test "$3"; then
+    as_lineno=${as_lineno-"$2"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $1" >&$3
+  fi
+  $as_echo "$as_me: error: $1" >&2
+  as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
 else
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_success failed.
+  as_expr=false
 fi
 
-if as_func_ret_failure; then
-  exitcode=1
-  echo as_func_ret_failure succeeded.
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+  as_basename=basename
+else
+  as_basename=false
 fi
 
-if ( set x; as_func_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then
-  :
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
 else
-  exitcode=1
-  echo positional parameters were not saved.
+  as_dirname=false
 fi
 
-test \$exitcode = 0") || {
-  echo No shell found that supports shell functions.
-  echo Please tell bug-autoconf@gnu.org about your system,
-  echo including any error possibly output before this message.
-  echo This can help us improve future autoconf versions.
-  echo Configuration will now proceed without shell functions.
-}
-
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+        X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\/\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
 
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
 
-  as_lineno_1=$LINENO
-  as_lineno_2=$LINENO
-  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
-  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2" || {
 
-  # Create $as_me.lineno as a copy of $as_myself, but with $LINENO
-  # uniformly replaced by the line number.  The first 'sed' inserts a
-  # line-number line after each line using $LINENO; the second 'sed'
-  # does the real work.  The second script uses 'N' to pair each
-  # line-number line with the line containing $LINENO, and appends
-  # trailing '-' during substitution so that $LINENO is not a special
-  # case at line end.
-  # (Raja R Harinath suggested sed '=', and Paul Eggert wrote the
-  # scripts with optimization help from Paolo Bonzini.  Blame Lee
-  # E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
+  as_lineno_1=$LINENO as_lineno_1a=$LINENO
+  as_lineno_2=$LINENO as_lineno_2a=$LINENO
+  eval 'test "x$as_lineno_1'$as_run'" != "x$as_lineno_2'$as_run'" &&
+  test "x`expr $as_lineno_1'$as_run' + 1`" = "x$as_lineno_2'$as_run'"' || {
+  # Blame Lee E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
   sed -n '
     p
     /[$]LINENO/=
@@ -473,8 +442,7 @@ test \$exitcode = 0") || {
       s/-\n.*//
     ' >$as_me.lineno &&
   chmod +x "$as_me.lineno" ||
-    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2; as_fn_exit 1; }
 
   # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
   # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
@@ -484,29 +452,18 @@ test \$exitcode = 0") || {
   exit
 }
 
-
-if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
-  as_dirname=dirname
-else
-  as_dirname=false
-fi
-
 ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
-case `echo -n x` in
+case `echo -n x` in #(((((
 -n*)
-  case `echo 'x\c'` in
+  case `echo 'xy\c'` in
   *c*) ECHO_T='        ';;     # ECHO_T is single tab character.
-  *)   ECHO_C='\c';;
+  xy)  ECHO_C='\c';;
+  *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+       ECHO_T='        ';;
   esac;;
 *)
   ECHO_N='-n';;
 esac
-if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
-   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
-  as_expr=expr
-else
-  as_expr=false
-fi
 
 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
 if test -d conf$$.dir; then
@@ -536,7 +493,7 @@ rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
 rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
 
 if mkdir -p . 2>/dev/null; then
-  as_mkdir_p=:
+  as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
 else
   test -d ./-p && rmdir ./-p
   as_mkdir_p=false
@@ -555,10 +512,10 @@ else
       if test -d "$1"; then
        test -d "$1/.";
       else
-       case $1 in
+       case $1 in #(
        -*)set "./$1";;
        esac;
-       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in
+       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in #((
        ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
     '\'' sh
   '
@@ -572,8 +529,8 @@ as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
 as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
 
 
-
-exec 7<&0 </dev/null 6>&1
+test -n "$DJDIR" || exec 7<&0 </dev/null
+exec 6>&1
 
 # Name of the host.
 # hostname on some systems (SVR3.2, Linux) returns a bogus exit status,
@@ -591,14 +548,14 @@ cross_compiling=no
 subdirs=
 MFLAGS=
 MAKEFLAGS=
-SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
 
 # Identity of this package.
 PACKAGE_NAME='clustalw'
 PACKAGE_TARNAME='clustalw'
-PACKAGE_VERSION='2.0.12'
-PACKAGE_STRING='clustalw 2.0.12'
+PACKAGE_VERSION='2.1'
+PACKAGE_STRING='clustalw 2.1'
 PACKAGE_BUGREPORT='clustalw@ucd.ie'
+PACKAGE_URL=''
 
 # Factoring default headers for most tests.
 ac_includes_default="\
@@ -636,7 +593,9 @@ ac_includes_default="\
 # include <unistd.h>
 #endif"
 
-ac_subst_vars='LTLIBOBJS
+ac_subst_vars='am__EXEEXT_FALSE
+am__EXEEXT_TRUE
+LTLIBOBJS
 LIBOBJS
 EGREP
 GREP
@@ -731,6 +690,7 @@ bindir
 program_transform_name
 prefix
 exec_prefix
+PACKAGE_URL
 PACKAGE_BUGREPORT
 PACKAGE_STRING
 PACKAGE_VERSION
@@ -864,8 +824,7 @@ do
     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
     # Reject names that are not valid shell variable names.
     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
-      { $as_echo "$as_me: error: invalid feature name: $ac_useropt" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      as_fn_error "invalid feature name: $ac_useropt"
     ac_useropt_orig=$ac_useropt
     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
     case $ac_user_opts in
@@ -891,8 +850,7 @@ do
     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
     # Reject names that are not valid shell variable names.
     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
-      { $as_echo "$as_me: error: invalid feature name: $ac_useropt" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      as_fn_error "invalid feature name: $ac_useropt"
     ac_useropt_orig=$ac_useropt
     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
     case $ac_user_opts in
@@ -1096,8 +1054,7 @@ do
     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
     # Reject names that are not valid shell variable names.
     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
-      { $as_echo "$as_me: error: invalid package name: $ac_useropt" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      as_fn_error "invalid package name: $ac_useropt"
     ac_useropt_orig=$ac_useropt
     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
     case $ac_user_opts in
@@ -1113,8 +1070,7 @@ do
     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
     # Reject names that are not valid shell variable names.
     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
-      { $as_echo "$as_me: error: invalid package name: $ac_useropt" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      as_fn_error "invalid package name: $ac_useropt"
     ac_useropt_orig=$ac_useropt
     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
     case $ac_user_opts in
@@ -1144,17 +1100,17 @@ do
   | --x-librar=* | --x-libra=* | --x-libr=* | --x-lib=* | --x-li=* | --x-l=*)
     x_libraries=$ac_optarg ;;
 
-  -*) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized option: $ac_option
-Try \`$0 --help' for more information." >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  -*) as_fn_error "unrecognized option: \`$ac_option'
+Try \`$0 --help' for more information."
     ;;
 
   *=*)
     ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
     # Reject names that are not valid shell variable names.
-    expr "x$ac_envvar" : ".*[^_$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
-      { $as_echo "$as_me: error: invalid variable name: $ac_envvar" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    case $ac_envvar in #(
+      '' | [0-9]* | *[!_$as_cr_alnum]* )
+      as_fn_error "invalid variable name: \`$ac_envvar'" ;;
+    esac
     eval $ac_envvar=\$ac_optarg
     export $ac_envvar ;;
 
@@ -1171,15 +1127,13 @@ done
 
 if test -n "$ac_prev"; then
   ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
-  { $as_echo "$as_me: error: missing argument to $ac_option" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "missing argument to $ac_option"
 fi
 
 if test -n "$ac_unrecognized_opts"; then
   case $enable_option_checking in
     no) ;;
-    fatal) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+    fatal) as_fn_error "unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" ;;
     *)     $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2 ;;
   esac
 fi
@@ -1202,8 +1156,7 @@ do
     [\\/$]* | ?:[\\/]* )  continue;;
     NONE | '' ) case $ac_var in *prefix ) continue;; esac;;
   esac
-  { $as_echo "$as_me: error: expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val"
 done
 
 # There might be people who depend on the old broken behavior: `$host'
@@ -1233,11 +1186,9 @@ test "$silent" = yes && exec 6>/dev/null
 ac_pwd=`pwd` && test -n "$ac_pwd" &&
 ac_ls_di=`ls -di .` &&
 ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
-  { $as_echo "$as_me: error: working directory cannot be determined" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "working directory cannot be determined"
 test "X$ac_ls_di" = "X$ac_pwd_ls_di" ||
-  { $as_echo "$as_me: error: pwd does not report name of working directory" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "pwd does not report name of working directory"
 
 
 # Find the source files, if location was not specified.
@@ -1276,13 +1227,11 @@ else
 fi
 if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
   test "$ac_srcdir_defaulted" = yes && srcdir="$ac_confdir or .."
-  { $as_echo "$as_me: error: cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir"
 fi
 ac_msg="sources are in $srcdir, but \`cd $srcdir' does not work"
 ac_abs_confdir=`(
-       cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || { $as_echo "$as_me: error: $ac_msg" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+       cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || as_fn_error "$ac_msg"
        pwd)`
 # When building in place, set srcdir=.
 if test "$ac_abs_confdir" = "$ac_pwd"; then
@@ -1308,7 +1257,7 @@ if test "$ac_init_help" = "long"; then
   # Omit some internal or obsolete options to make the list less imposing.
   # This message is too long to be a string in the A/UX 3.1 sh.
   cat <<_ACEOF
-\`configure' configures clustalw 2.0.12 to adapt to many kinds of systems.
+\`configure' configures clustalw 2.1 to adapt to many kinds of systems.
 
 Usage: $0 [OPTION]... [VAR=VALUE]...
 
@@ -1379,7 +1328,7 @@ fi
 
 if test -n "$ac_init_help"; then
   case $ac_init_help in
-     short | recursive ) echo "Configuration of clustalw 2.0.12:";;
+     short | recursive ) echo "Configuration of clustalw 2.1:";;
    esac
   cat <<\_ACEOF
 
@@ -1401,7 +1350,7 @@ Some influential environment variables:
   LDFLAGS     linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
               nonstandard directory <lib dir>
   LIBS        libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
-  CPPFLAGS    C/C++/Objective C preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
+  CPPFLAGS    (Objective) C/C++ preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
               you have headers in a nonstandard directory <include dir>
   CXX         C++ compiler command
   CXXFLAGS    C++ compiler flags
@@ -1410,85 +1359,467 @@ Some influential environment variables:
 Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
 it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.
 
-Report bugs to <clustalw@ucd.ie>.
+Report bugs to <clustalw@ucd.ie>.
+_ACEOF
+ac_status=$?
+fi
+
+if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
+  # If there are subdirs, report their specific --help.
+  for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
+    test -d "$ac_dir" ||
+      { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
+      continue
+    ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+  case $ac_top_builddir_sub in
+  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+  esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+  .)  # We are building in place.
+    ac_srcdir=.
+    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
+    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+    ac_top_srcdir=$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+  *) # Relative name.
+    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+    cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
+    # Check for guested configure.
+    if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
+    elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
+    else
+      $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
+    fi || ac_status=$?
+    cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
+  done
+fi
+
+test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
+if $ac_init_version; then
+  cat <<\_ACEOF
+clustalw configure 2.1
+generated by GNU Autoconf 2.65
+
+Copyright (C) 2009 Free Software Foundation, Inc.
+This configure script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+_ACEOF
+  exit
+fi
+
+## ------------------------ ##
+## Autoconf initialization. ##
+## ------------------------ ##
+
+# ac_fn_c_try_compile LINENO
+# --------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext
+  if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_compile
+
+# ac_fn_cxx_try_compile LINENO
+# ----------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_cxx_try_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext
+  if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_cxx_try_compile
+
+# ac_fn_cxx_try_cpp LINENO
+# ------------------------
+# Try to preprocess conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_cxx_try_cpp ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if { { ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } >/dev/null && {
+        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+    ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_cxx_try_cpp
+
+# ac_fn_cxx_try_run LINENO
+# ------------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded. Assumes
+# that executables *can* be run.
+ac_fn_cxx_try_run ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { { case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+       $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_retval=$ac_status
+fi
+  rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_cxx_try_run
+
+# ac_fn_cxx_check_type LINENO TYPE VAR INCLUDES
+# ---------------------------------------------
+# Tests whether TYPE exists after having included INCLUDES, setting cache
+# variable VAR accordingly.
+ac_fn_cxx_check_type ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if { as_var=$3; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$3=no"
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof ($2))
+        return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof (($2)))
+           return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+  eval "$3=yes"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+
+} # ac_fn_cxx_check_type
+
+# ac_fn_cxx_check_header_compile LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# ---------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists and can be compiled using the include files in
+# INCLUDES, setting the cache variable VAR accordingly.
+ac_fn_cxx_check_header_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if { as_var=$3; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  eval "$3=yes"
+else
+  eval "$3=no"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+
+} # ac_fn_cxx_check_header_compile
+
+# ac_fn_cxx_check_header_mongrel LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# ---------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists, giving a warning if it cannot be compiled using
+# the include files in INCLUDES and setting the cache variable VAR
+# accordingly.
+ac_fn_cxx_check_header_mongrel ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if { as_var=$3; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if { as_var=$3; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+eval ac_res=\$$3
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+else
+  # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 usability" >&5
+$as_echo_n "checking $2 usability... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+#include <$2>
 _ACEOF
-ac_status=$?
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_header_compiler=yes
+else
+  ac_header_compiler=no
 fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
 
-if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
-  # If there are subdirs, report their specific --help.
-  for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
-    test -d "$ac_dir" ||
-      { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
-      continue
-    ac_builddir=.
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 presence" >&5
+$as_echo_n "checking $2 presence... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
+  ac_header_preproc=yes
+else
+  ac_header_preproc=no
+fi
+rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
 
-case "$ac_dir" in
-.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
-*)
-  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
-  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
-  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
-  case $ac_top_builddir_sub in
-  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
-  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
-  esac ;;
+# So?  What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_cxx_preproc_warn_flag in #((
+  yes:no: )
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+    ;;
+  no:yes:* )
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+( cat <<\_ASBOX
+## ------------------------------ ##
+## Report this to clustalw@ucd.ie ##
+## ------------------------------ ##
+_ASBOX
+     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
+    ;;
 esac
-ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
-ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
-# for backward compatibility:
-ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if { as_var=$3; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$3=\$ac_header_compiler"
+fi
+eval ac_res=\$$3
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+fi
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
 
-case $srcdir in
-  .)  # We are building in place.
-    ac_srcdir=.
-    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
-    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
-  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
-    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
-    ac_top_srcdir=$srcdir
-    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
-  *) # Relative name.
-    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
-    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
-    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+} # ac_fn_cxx_check_header_mongrel
+
+# ac_fn_cxx_try_link LINENO
+# -------------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_cxx_try_link ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+  if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+        test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+        test "$cross_compiling" = yes ||
+        $as_test_x conftest$ac_exeext
+       }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
 
-    cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
-    # Check for guested configure.
-    if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
-      echo &&
-      $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
-    elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
-      echo &&
-      $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
-    else
-      $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
-    fi || ac_status=$?
-    cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
-  done
+       ac_retval=1
 fi
+  # Delete the IPA/IPO (Inter Procedural Analysis/Optimization) information
+  # created by the PGI compiler (conftest_ipa8_conftest.oo), as it would
+  # interfere with the next link command; also delete a directory that is
+  # left behind by Apple's compiler.  We do this before executing the actions.
+  rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+  eval $as_lineno_stack; test "x$as_lineno_stack" = x && { as_lineno=; unset as_lineno;}
+  as_fn_set_status $ac_retval
 
-test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
-if $ac_init_version; then
-  cat <<\_ACEOF
-clustalw configure 2.0.12
-generated by GNU Autoconf 2.63
-
-Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001,
-2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Free Software Foundation, Inc.
-This configure script is free software; the Free Software Foundation
-gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
-_ACEOF
-  exit
-fi
+} # ac_fn_cxx_try_link
 cat >config.log <<_ACEOF
 This file contains any messages produced by compilers while
 running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
 
-It was created by clustalw $as_me 2.0.12, which was
-generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
+It was created by clustalw $as_me 2.1, which was
+generated by GNU Autoconf 2.65.  Invocation command line was
 
   $ $0 $@
 
@@ -1524,8 +1855,8 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  $as_echo "PATH: $as_dir"
-done
+    $as_echo "PATH: $as_dir"
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 } >&5
@@ -1562,9 +1893,9 @@ do
       ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
     esac
     case $ac_pass in
-    1) ac_configure_args0="$ac_configure_args0 '$ac_arg'" ;;
+    1) as_fn_append ac_configure_args0 " '$ac_arg'" ;;
     2)
-      ac_configure_args1="$ac_configure_args1 '$ac_arg'"
+      as_fn_append ac_configure_args1 " '$ac_arg'"
       if test $ac_must_keep_next = true; then
        ac_must_keep_next=false # Got value, back to normal.
       else
@@ -1580,13 +1911,13 @@ do
          -* ) ac_must_keep_next=true ;;
        esac
       fi
-      ac_configure_args="$ac_configure_args '$ac_arg'"
+      as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'"
       ;;
     esac
   done
 done
-$as_unset ac_configure_args0 || test "${ac_configure_args0+set}" != set || { ac_configure_args0=; export ac_configure_args0; }
-$as_unset ac_configure_args1 || test "${ac_configure_args1+set}" != set || { ac_configure_args1=; export ac_configure_args1; }
+{ ac_configure_args0=; unset ac_configure_args0;}
+{ ac_configure_args1=; unset ac_configure_args1;}
 
 # When interrupted or exit'd, cleanup temporary files, and complete
 # config.log.  We remove comments because anyway the quotes in there
@@ -1611,13 +1942,13 @@ _ASBOX
     case $ac_val in #(
     *${as_nl}*)
       case $ac_var in #(
-      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
       esac
       case $ac_var in #(
       _ | IFS | as_nl) ;; #(
       BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
-      *) $as_unset $ac_var ;;
+      *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
       esac ;;
     esac
   done
@@ -1689,39 +2020,41 @@ _ASBOX
     exit $exit_status
 ' 0
 for ac_signal in 1 2 13 15; do
-  trap 'ac_signal='$ac_signal'; { (exit 1); exit 1; }' $ac_signal
+  trap 'ac_signal='$ac_signal'; as_fn_exit 1' $ac_signal
 done
 ac_signal=0
 
 # confdefs.h avoids OS command line length limits that DEFS can exceed.
 rm -f -r conftest* confdefs.h
 
+$as_echo "/* confdefs.h */" > confdefs.h
+
 # Predefined preprocessor variables.
 
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define PACKAGE_NAME "$PACKAGE_NAME"
 _ACEOF
 
-
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define PACKAGE_TARNAME "$PACKAGE_TARNAME"
 _ACEOF
 
-
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define PACKAGE_VERSION "$PACKAGE_VERSION"
 _ACEOF
 
-
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define PACKAGE_STRING "$PACKAGE_STRING"
 _ACEOF
 
-
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define PACKAGE_BUGREPORT "$PACKAGE_BUGREPORT"
 _ACEOF
 
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_URL "$PACKAGE_URL"
+_ACEOF
+
 
 # Let the site file select an alternate cache file if it wants to.
 # Prefer an explicitly selected file to automatically selected ones.
@@ -1739,8 +2072,8 @@ fi
 for ac_site_file in "$ac_site_file1" "$ac_site_file2"
 do
   test "x$ac_site_file" = xNONE && continue
-  if test -r "$ac_site_file"; then
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: loading site script $ac_site_file" >&5
+  if test /dev/null != "$ac_site_file" && test -r "$ac_site_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading site script $ac_site_file" >&5
 $as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
     sed 's/^/| /' "$ac_site_file" >&5
     . "$ac_site_file"
@@ -1748,10 +2081,10 @@ $as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
 done
 
 if test -r "$cache_file"; then
-  # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special
-  # files actually), so we avoid doing that.
-  if test -f "$cache_file"; then
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: loading cache $cache_file" >&5
+  # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special files
+  # actually), so we avoid doing that.  DJGPP emulates it as a regular file.
+  if test /dev/null != "$cache_file" && test -f "$cache_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading cache $cache_file" >&5
 $as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
     case $cache_file in
       [\\/]* | ?:[\\/]* ) . "$cache_file";;
@@ -1759,7 +2092,7 @@ $as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
     esac
   fi
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: creating cache $cache_file" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating cache $cache_file" >&5
 $as_echo "$as_me: creating cache $cache_file" >&6;}
   >$cache_file
 fi
@@ -1774,11 +2107,11 @@ for ac_var in $ac_precious_vars; do
   eval ac_new_val=\$ac_env_${ac_var}_value
   case $ac_old_set,$ac_new_set in
     set,)
-      { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
       ac_cache_corrupted=: ;;
     ,set)
-      { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
       ac_cache_corrupted=: ;;
     ,);;
@@ -1788,17 +2121,17 @@ $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
        ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
        ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
        if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
-         { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
+         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&2;}
          ac_cache_corrupted=:
        else
-         { $as_echo "$as_me:$LINENO: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
+         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
 $as_echo "$as_me: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&2;}
          eval $ac_var=\$ac_old_val
        fi
-       { $as_echo "$as_me:$LINENO:   former value:  \`$ac_old_val'" >&5
+       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   former value:  \`$ac_old_val'" >&5
 $as_echo "$as_me:   former value:  \`$ac_old_val'" >&2;}
-       { $as_echo "$as_me:$LINENO:   current value: \`$ac_new_val'" >&5
+       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   current value: \`$ac_new_val'" >&5
 $as_echo "$as_me:   current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
       fi;;
   esac
@@ -1810,43 +2143,20 @@ $as_echo "$as_me:   current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
     esac
     case " $ac_configure_args " in
       *" '$ac_arg' "*) ;; # Avoid dups.  Use of quotes ensures accuracy.
-      *) ac_configure_args="$ac_configure_args '$ac_arg'" ;;
+      *) as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'" ;;
     esac
   fi
 done
 if $ac_cache_corrupted; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
 $as_echo "$as_me: error: changes in the environment can compromise the build" >&2;}
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" >&5
-$as_echo "$as_me: error: run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" "$LINENO" 5
 fi
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+## -------------------- ##
+## Main body of script. ##
+## -------------------- ##
 
 ac_ext=c
 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
@@ -1873,24 +2183,16 @@ ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
 # AC_CANONICAL_SYSTEM will also run AC_CANONICAL_HOST and allows to use --target
 ac_aux_dir=
 for ac_dir in "$srcdir" "$srcdir/.." "$srcdir/../.."; do
-  if test -f "$ac_dir/install-sh"; then
-    ac_aux_dir=$ac_dir
-    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install-sh -c"
-    break
-  elif test -f "$ac_dir/install.sh"; then
-    ac_aux_dir=$ac_dir
-    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install.sh -c"
-    break
-  elif test -f "$ac_dir/shtool"; then
-    ac_aux_dir=$ac_dir
-    ac_install_sh="$ac_aux_dir/shtool install -c"
-    break
-  fi
+  for ac_t in install-sh install.sh shtool; do
+    if test -f "$ac_dir/$ac_t"; then
+      ac_aux_dir=$ac_dir
+      ac_install_sh="$ac_aux_dir/$ac_t -c"
+      break 2
+    fi
+  done
 done
 if test -z "$ac_aux_dir"; then
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot find install-sh or install.sh in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot find install-sh or install.sh in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "cannot find install-sh, install.sh, or shtool in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" "$LINENO" 5
 fi
 
 # These three variables are undocumented and unsupported,
@@ -1904,35 +2206,27 @@ ac_configure="$SHELL $ac_aux_dir/configure"  # Please don't use this var.
 
 # Make sure we can run config.sub.
 $SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" sun4 >/dev/null 2>&1 ||
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" "$LINENO" 5
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking build system type" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking build system type" >&5
 $as_echo_n "checking build system type... " >&6; }
-if test "${ac_cv_build+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_build+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   ac_build_alias=$build_alias
 test "x$ac_build_alias" = x &&
   ac_build_alias=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.guess"`
 test "x$ac_build_alias" = x &&
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot guess build type; you must specify one" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot guess build type; you must specify one" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "cannot guess build type; you must specify one" "$LINENO" 5
 ac_cv_build=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $ac_build_alias` ||
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" >&5
-$as_echo "$as_me: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" "$LINENO" 5
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_build" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_build" >&5
 $as_echo "$ac_cv_build" >&6; }
 case $ac_cv_build in
 *-*-*) ;;
-*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid value of canonical build" >&5
-$as_echo "$as_me: error: invalid value of canonical build" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+*) as_fn_error "invalid value of canonical build" "$LINENO" 5;;
 esac
 build=$ac_cv_build
 ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
@@ -1948,28 +2242,24 @@ IFS=$ac_save_IFS
 case $build_os in *\ *) build_os=`echo "$build_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking host system type" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking host system type" >&5
 $as_echo_n "checking host system type... " >&6; }
-if test "${ac_cv_host+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_host+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test "x$host_alias" = x; then
   ac_cv_host=$ac_cv_build
 else
   ac_cv_host=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $host_alias` ||
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" >&5
-$as_echo "$as_me: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" "$LINENO" 5
 fi
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_host" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_host" >&5
 $as_echo "$ac_cv_host" >&6; }
 case $ac_cv_host in
 *-*-*) ;;
-*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid value of canonical host" >&5
-$as_echo "$as_me: error: invalid value of canonical host" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+*) as_fn_error "invalid value of canonical host" "$LINENO" 5;;
 esac
 host=$ac_cv_host
 ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
@@ -1985,28 +2275,24 @@ IFS=$ac_save_IFS
 case $host_os in *\ *) host_os=`echo "$host_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking target system type" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking target system type" >&5
 $as_echo_n "checking target system type... " >&6; }
-if test "${ac_cv_target+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_target+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test "x$target_alias" = x; then
   ac_cv_target=$ac_cv_host
 else
   ac_cv_target=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $target_alias` ||
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $target_alias failed" >&5
-$as_echo "$as_me: error: $SHELL $ac_aux_dir/config.sub $target_alias failed" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $target_alias failed" "$LINENO" 5
 fi
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_target" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_target" >&5
 $as_echo "$ac_cv_target" >&6; }
 case $ac_cv_target in
 *-*-*) ;;
-*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid value of canonical target" >&5
-$as_echo "$as_me: error: invalid value of canonical target" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+*) as_fn_error "invalid value of canonical target" "$LINENO" 5;;
 esac
 target=$ac_cv_target
 ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
@@ -2028,42 +2314,33 @@ test -n "$target_alias" &&
   test "$program_prefix$program_suffix$program_transform_name" = \
     NONENONEs,x,x, &&
   program_prefix=${target_alias}-
+
 # DEFINES here are going to config.h and have to be the same as in clustalx.pro
 #echo "host_os $host_os"
 case $target_os in
    *linux*|*solaris*|*bsd*)
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define OS_UNIX 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define OS_UNIX 1" >>confdefs.h
 
         ;;
    *darwin*)
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define OS_MAC 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define OS_MAC 1" >>confdefs.h
 
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define OS_UNIX 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define OS_UNIX 1" >>confdefs.h
 
         ;;
    *cygwin*|*mingw*)
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define OS_WINDOWS 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define OS_WINDOWS 1" >>confdefs.h
 
         ;;
    *)
-        { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: \"Couldn't determine target operating system. Using Unix\"" >&5
+        { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: \"Couldn't determine target operating system. Using Unix\"" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: \"Couldn't determine target operating system. Using Unix\"" >&2;};
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define OS_UNIX 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define OS_UNIX 1" >>confdefs.h
 
         ;;
 esac
@@ -2081,7 +2358,7 @@ CLUSTALW_NAME="ClustalW"
 # The AM_INIT_AUTOMAKE line adds several standard checks.
 # This macro is always needed for automake
 # Obsolete: It takes the program name and version number as arguments.
-am__api_version='1.10'
+am__api_version='1.11'
 
 # Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
 # so one script is as good as another.  But avoid the broken or
@@ -2097,10 +2374,10 @@ am__api_version='1.10'
 # OS/2's system install, which has a completely different semantic
 # ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
 # Reject install programs that cannot install multiple files.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a BSD-compatible install" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a BSD-compatible install" >&5
 $as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
 if test -z "$INSTALL"; then
-if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
@@ -2108,11 +2385,11 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
-case $as_dir/ in
-  ./ | .// | /cC/* | \
+    # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
+case $as_dir/ in #((
+  ./ | .// | /[cC]/* | \
   /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
-  ?:\\/os2\\/install\\/* | ?:\\/OS2\\/INSTALL\\/* | \
+  ?:[\\/]os2[\\/]install[\\/]* | ?:[\\/]OS2[\\/]INSTALL[\\/]* | \
   /usr/ucb/* ) ;;
   *)
     # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
@@ -2149,7 +2426,7 @@ case $as_dir/ in
     ;;
 esac
 
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
@@ -2165,7 +2442,7 @@ fi
     INSTALL=$ac_install_sh
   fi
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $INSTALL" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $INSTALL" >&5
 $as_echo "$INSTALL" >&6; }
 
 # Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
@@ -2176,21 +2453,34 @@ test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
 
 test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether build environment is sane" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether build environment is sane" >&5
 $as_echo_n "checking whether build environment is sane... " >&6; }
 # Just in case
 sleep 1
 echo timestamp > conftest.file
+# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
+# name.  Accept space and tab only in the latter.
+am_lf='
+'
+case `pwd` in
+  *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]*)
+    as_fn_error "unsafe absolute working directory name" "$LINENO" 5;;
+esac
+case $srcdir in
+  *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \    ]*)
+    as_fn_error "unsafe srcdir value: \`$srcdir'" "$LINENO" 5;;
+esac
+
 # Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
 # arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
 # symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
 # (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
 # directory).
 if (
-   set X `ls -Lt $srcdir/configure conftest.file 2> /dev/null`
+   set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
    if test "$*" = "X"; then
       # -L didn't work.
-      set X `ls -t $srcdir/configure conftest.file`
+      set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
    fi
    rm -f conftest.file
    if test "$*" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
@@ -2200,11 +2490,8 @@ if (
       # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
       # broken ls alias from the environment.  This has actually
       # happened.  Such a system could not be considered "sane".
-      { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
-alias in your environment" >&5
-$as_echo "$as_me: error: ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
-alias in your environment" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      as_fn_error "ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+alias in your environment" "$LINENO" 5
    fi
 
    test "$2" = conftest.file
@@ -2213,13 +2500,10 @@ then
    # Ok.
    :
 else
-   { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: newly created file is older than distributed files!
-Check your system clock" >&5
-$as_echo "$as_me: error: newly created file is older than distributed files!
-Check your system clock" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+   as_fn_error "newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock" "$LINENO" 5
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
 $as_echo "yes" >&6; }
 test "$program_prefix" != NONE &&
   program_transform_name="s&^&$program_prefix&;$program_transform_name"
@@ -2234,20 +2518,136 @@ program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
 # expand $ac_aux_dir to an absolute path
 am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
 
-test x"${MISSING+set}" = xset || MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+if test x"${MISSING+set}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\    *)
+    MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
+  *)
+    MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
+  esac
+fi
 # Use eval to expand $SHELL
 if eval "$MISSING --run true"; then
   am_missing_run="$MISSING --run "
 else
   am_missing_run=
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&2;}
 fi
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
+if test x"${install_sh}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\    *)
+    install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
+  *)
+    install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
+  esac
+fi
+
+# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
+# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_STRIP+set}" = set; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$STRIP"; then
+  ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
+if test -n "$STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $STRIP" >&5
+$as_echo "$STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
+  ac_ct_STRIP=$STRIP
+  # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
+set dummy strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+set}" = set; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
+if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_STRIP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
+    STRIP=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    STRIP=$ac_ct_STRIP
+  fi
+else
+  STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
+fi
+
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
 $as_echo_n "checking for a thread-safe mkdir -p... " >&6; }
 if test -z "$MKDIR_P"; then
-  if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
+  if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
@@ -2255,7 +2655,7 @@ for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/opt/sfw/bin
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_prog in mkdir gmkdir; do
+    for ac_prog in mkdir gmkdir; do
         for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
           { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; } || continue
           case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
@@ -2267,11 +2667,12 @@ do
           esac
         done
        done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 
+  test -d ./--version && rmdir ./--version
   if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
     MKDIR_P="$ac_cv_path_mkdir -p"
   else
@@ -2279,11 +2680,10 @@ fi
     # value for MKDIR_P within a source directory, because that will
     # break other packages using the cache if that directory is
     # removed, or if the value is a relative name.
-    test -d ./--version && rmdir ./--version
     MKDIR_P="$ac_install_sh -d"
   fi
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $MKDIR_P" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $MKDIR_P" >&5
 $as_echo "$MKDIR_P" >&6; }
 
 mkdir_p="$MKDIR_P"
@@ -2296,9 +2696,9 @@ for ac_prog in gawk mawk nawk awk
 do
   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_AWK+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_AWK+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$AWK"; then
@@ -2309,24 +2709,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_AWK="$ac_prog"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 AWK=$ac_cv_prog_AWK
 if test -n "$AWK"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $AWK" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $AWK" >&5
 $as_echo "$AWK" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2334,11 +2734,11 @@ fi
   test -n "$AWK" && break
 done
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
 $as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
 set x ${MAKE-make}
 ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
-if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   cat >conftest.make <<\_ACEOF
@@ -2356,11 +2756,11 @@ esac
 rm -f conftest.make
 fi
 if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
 $as_echo "yes" >&6; }
   SET_MAKE=
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
   SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
 fi
@@ -2380,9 +2780,7 @@ if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
   am__isrc=' -I$(srcdir)'
   # test to see if srcdir already configured
   if test -f $srcdir/config.status; then
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: source directory already configured; run \"make distclean\" there first" >&5
-$as_echo "$as_me: error: source directory already configured; run \"make distclean\" there first" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "source directory already configured; run \"make distclean\" there first" "$LINENO" 5
   fi
 fi
 
@@ -2398,7 +2796,7 @@ fi
 
 # Define the identity of the package.
  PACKAGE='clustalw'
- VERSION='2.0.12'
+ VERSION='2.1'
 
 
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
@@ -2426,108 +2824,6 @@ AUTOHEADER=${AUTOHEADER-"${am_missing_run}autoheader"}
 
 MAKEINFO=${MAKEINFO-"${am_missing_run}makeinfo"}
 
-install_sh=${install_sh-"\$(SHELL) $am_aux_dir/install-sh"}
-
-# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
-# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
-# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
-# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
-if test "$cross_compiling" != no; then
-  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
-  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
-set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_STRIP+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  if test -n "$STRIP"; then
-  ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
-else
-as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
-for as_dir in $PATH
-do
-  IFS=$as_save_IFS
-  test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
-  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
-    ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
-    break 2
-  fi
-done
-done
-IFS=$as_save_IFS
-
-fi
-fi
-STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
-if test -n "$STRIP"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $STRIP" >&5
-$as_echo "$STRIP" >&6; }
-else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
-$as_echo "no" >&6; }
-fi
-
-
-fi
-if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
-  ac_ct_STRIP=$STRIP
-  # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
-set dummy strip; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
-  ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
-else
-as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
-for as_dir in $PATH
-do
-  IFS=$as_save_IFS
-  test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
-  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
-    ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
-    break 2
-  fi
-done
-done
-IFS=$as_save_IFS
-
-fi
-fi
-ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
-if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_STRIP" >&5
-$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
-else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
-$as_echo "no" >&6; }
-fi
-
-  if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
-    STRIP=":"
-  else
-    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
-yes:)
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
-ac_tool_warned=yes ;;
-esac
-    STRIP=$ac_ct_STRIP
-  fi
-else
-  STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
-fi
-
-fi
-INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
-
 # We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
 # some platforms.
 # Always define AMTAR for backward compatibility.
@@ -2541,11 +2837,11 @@ am__tar='${AMTAR} chof - "$$tardir"'; am__untar='${AMTAR} xf -'
 
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
 $as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
 set x ${MAKE-make}
 ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
-if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
+if { as_var=ac_cv_prog_make_${ac_make}_set; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   cat >conftest.make <<\_ACEOF
@@ -2563,11 +2859,11 @@ esac
 rm -f conftest.make
 fi
 if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
 $as_echo "yes" >&6; }
   SET_MAKE=
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
   SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
 fi
@@ -2583,9 +2879,9 @@ ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
 if test -n "$ac_tool_prefix"; then
   # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
 set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$CC"; then
@@ -2596,24 +2892,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 CC=$ac_cv_prog_CC
 if test -n "$CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
 $as_echo "$CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2623,9 +2919,9 @@ if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
   ac_ct_CC=$CC
   # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
 set dummy gcc; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$ac_ct_CC"; then
@@ -2636,24 +2932,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
 if test -n "$ac_ct_CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
 $as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2662,7 +2958,7 @@ fi
   else
     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
 yes:)
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
 ac_tool_warned=yes ;;
 esac
@@ -2676,9 +2972,9 @@ if test -z "$CC"; then
           if test -n "$ac_tool_prefix"; then
     # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
 set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$CC"; then
@@ -2689,24 +2985,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 CC=$ac_cv_prog_CC
 if test -n "$CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
 $as_echo "$CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2716,9 +3012,9 @@ fi
 if test -z "$CC"; then
   # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
 set dummy cc; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$CC"; then
@@ -2730,18 +3026,18 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
        ac_prog_rejected=yes
        continue
      fi
     ac_cv_prog_CC="cc"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 if test $ac_prog_rejected = yes; then
@@ -2760,10 +3056,10 @@ fi
 fi
 CC=$ac_cv_prog_CC
 if test -n "$CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
 $as_echo "$CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2775,9 +3071,9 @@ if test -z "$CC"; then
   do
     # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
 set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$CC"; then
@@ -2788,24 +3084,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 CC=$ac_cv_prog_CC
 if test -n "$CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
 $as_echo "$CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2819,9 +3115,9 @@ if test -z "$CC"; then
 do
   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CC+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$ac_ct_CC"; then
@@ -2832,24 +3128,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
 if test -n "$ac_ct_CC"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CC" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
 $as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -2862,7 +3158,7 @@ done
   else
     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
 yes:)
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
 ac_tool_warned=yes ;;
 esac
@@ -2873,57 +3169,37 @@ fi
 fi
 
 
-test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: no acceptable C compiler found in \$PATH
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+as_fn_error "no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }
 
 # Provide some information about the compiler.
-$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C compiler version" >&5
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C compiler version" >&5
 set X $ac_compile
 ac_compiler=$2
-{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
-{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+  { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
 case "(($ac_try" in
   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
   *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
   ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
-{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
+  if test -s conftest.err; then
+    sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+         10q' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+  fi
+  rm -f conftest.er1 conftest.err
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+done
 
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -2939,8 +3215,8 @@ ac_clean_files="$ac_clean_files a.out a.out.dSYM a.exe b.out"
 # Try to create an executable without -o first, disregard a.out.
 # It will help us diagnose broken compilers, and finding out an intuition
 # of exeext.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C compiler default output file name" >&5
-$as_echo_n "checking for C compiler default output file name... " >&6; }
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether the C compiler works" >&5
+$as_echo_n "checking whether the C compiler works... " >&6; }
 ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
 
 # The possible output files:
@@ -2956,17 +3232,17 @@ do
 done
 rm -f $ac_rmfiles
 
-if { (ac_try="$ac_link_default"
+if { { ac_try="$ac_link_default"
 case "(($ac_try" in
   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
   *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
   (eval "$ac_link_default") 2>&5
   ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; then
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
   # Autoconf-2.13 could set the ac_cv_exeext variable to `no'.
 # So ignore a value of `no', otherwise this would lead to `EXEEXT = no'
 # in a Makefile.  We should not override ac_cv_exeext if it was cached,
@@ -2983,7 +3259,7 @@ do
        # certainly right.
        break;;
     *.* )
-        if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
+       if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
        then :; else
           ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
        fi
@@ -3002,84 +3278,42 @@ test "$ac_cv_exeext" = no && ac_cv_exeext=
 else
   ac_file=''
 fi
-
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_file" >&5
-$as_echo "$ac_file" >&6; }
-if test -z "$ac_file"; then
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+if test -z "$ac_file"; then :
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
 
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C compiler cannot create executables
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: C compiler cannot create executables
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 77); exit 77; }; }; }
+{ as_fn_set_status 77
+as_fn_error "C compiler cannot create executables
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
 fi
-
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C compiler default output file name" >&5
+$as_echo_n "checking for C compiler default output file name... " >&6; }
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_file" >&5
+$as_echo "$ac_file" >&6; }
 ac_exeext=$ac_cv_exeext
 
-# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
-# the compiler is broken, or we cross compile.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether the C compiler works" >&5
-$as_echo_n "checking whether the C compiler works... " >&6; }
-# FIXME: These cross compiler hacks should be removed for Autoconf 3.0
-# If not cross compiling, check that we can run a simple program.
-if test "$cross_compiling" != yes; then
-  if { ac_try='./$ac_file'
-  { (case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_try") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; }; then
-    cross_compiling=no
-  else
-    if test "$cross_compiling" = maybe; then
-       cross_compiling=yes
-    else
-       { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
-$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot run C compiled programs.
-If you meant to cross compile, use \`--host'.
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot run C compiled programs.
-If you meant to cross compile, use \`--host'.
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
-    fi
-  fi
-fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: yes" >&5
-$as_echo "yes" >&6; }
-
 rm -f -r a.out a.out.dSYM a.exe conftest$ac_cv_exeext b.out
 ac_clean_files=$ac_clean_files_save
-# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
-# the compiler is broken, or we cross compile.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are cross compiling" >&5
-$as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $cross_compiling" >&5
-$as_echo "$cross_compiling" >&6; }
-
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for suffix of executables" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of executables" >&5
 $as_echo_n "checking for suffix of executables... " >&6; }
-if { (ac_try="$ac_link"
+if { { ac_try="$ac_link"
 case "(($ac_try" in
   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
   *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
   (eval "$ac_link") 2>&5
   ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; then
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
   # If both `conftest.exe' and `conftest' are `present' (well, observable)
 # catch `conftest.exe'.  For instance with Cygwin, `ls conftest' will
 # work properly (i.e., refer to `conftest.exe'), while it won't with
@@ -3094,32 +3328,83 @@ for ac_file in conftest.exe conftest conftest.*; do
   esac
 done
 else
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+as_fn_error "cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }
 fi
-
-rm -f conftest$ac_cv_exeext
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_exeext" >&5
+rm -f conftest conftest$ac_cv_exeext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_exeext" >&5
 $as_echo "$ac_cv_exeext" >&6; }
 
 rm -f conftest.$ac_ext
 EXEEXT=$ac_cv_exeext
 ac_exeext=$EXEEXT
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for suffix of object files" >&5
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdio.h>
+int
+main ()
+{
+FILE *f = fopen ("conftest.out", "w");
+ return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files="$ac_clean_files conftest.out"
+# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
+# the compiler is broken, or we cross compile.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are cross compiling" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
+if test "$cross_compiling" != yes; then
+  { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+  if { ac_try='./conftest$ac_cv_exeext'
+  { { case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; }; then
+    cross_compiling=no
+  else
+    if test "$cross_compiling" = maybe; then
+       cross_compiling=yes
+    else
+       { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error "cannot run C compiled programs.
+If you meant to cross compile, use \`--host'.
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }
+    fi
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $cross_compiling" >&5
+$as_echo "$cross_compiling" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext conftest$ac_cv_exeext conftest.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of object files" >&5
 $as_echo_n "checking for suffix of object files... " >&6; }
-if test "${ac_cv_objext+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_objext+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3131,17 +3416,17 @@ main ()
 }
 _ACEOF
 rm -f conftest.o conftest.obj
-if { (ac_try="$ac_compile"
+if { { ac_try="$ac_compile"
 case "(($ac_try" in
   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
   *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
   (eval "$ac_compile") 2>&5
   ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; then
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
   for ac_file in conftest.o conftest.obj conftest.*; do
   test -f "$ac_file" || continue;
   case $ac_file in
@@ -3154,31 +3439,23 @@ else
   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
 
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot compute suffix of object files: cannot compile
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot compute suffix of object files: cannot compile
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+as_fn_error "cannot compute suffix of object files: cannot compile
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }
 fi
-
 rm -f conftest.$ac_cv_objext conftest.$ac_ext
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_objext" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_objext" >&5
 $as_echo "$ac_cv_objext" >&6; }
 OBJEXT=$ac_cv_objext
 ac_objext=$OBJEXT
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
 $as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
-if test "${ac_cv_c_compiler_gnu+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_c_compiler_gnu+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3192,37 +3469,16 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_compiler_gnu=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_compiler_gnu=no
+  ac_compiler_gnu=no
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
 $as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
 if test $ac_compiler_gnu = yes; then
   GCC=yes
@@ -3231,20 +3487,16 @@ else
 fi
 ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
 ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CC accepts -g" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC accepts -g" >&5
 $as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_cc_g+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_cc_g+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
    ac_c_werror_flag=yes
    ac_cv_prog_cc_g=no
    CFLAGS="-g"
-   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3255,75 +3507,11 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_prog_cc_g=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       CFLAGS=""
-      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-
-int
-main ()
-{
-
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
-        CFLAGS="-g"
-        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  CFLAGS=""
+      cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3334,42 +3522,33 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  ac_cv_prog_cc_g=yes
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+  ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+        CFLAGS="-g"
+        cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
 
+int
+main ()
+{
 
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
    ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
 $as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
 if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
   CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
@@ -3386,18 +3565,14 @@ else
     CFLAGS=
   fi
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
 $as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_cc_c89+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_cc_c89+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   ac_cv_prog_cc_c89=no
 ac_save_CC=$CC
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <stdarg.h>
 #include <stdio.h>
@@ -3454,32 +3629,9 @@ for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
        -Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
 do
   CC="$ac_save_CC $ac_arg"
-  rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_c_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+  if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
   test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
 done
@@ -3490,17 +3642,19 @@ fi
 # AC_CACHE_VAL
 case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
   x)
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: none needed" >&5
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: none needed" >&5
 $as_echo "none needed" >&6; } ;;
   xno)
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: unsupported" >&5
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: unsupported" >&5
 $as_echo "unsupported" >&6; } ;;
   *)
     CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
 $as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
 esac
+if test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != xno; then :
 
+fi
 
 ac_ext=c
 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
@@ -3515,44 +3669,44 @@ ac_config_commands="$ac_config_commands depfiles"
 am_make=${MAKE-make}
 cat > confinc << 'END'
 am__doit:
-       @echo done
+       @echo this is the am__doit target
 .PHONY: am__doit
 END
 # If we don't find an include directive, just comment out the code.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for style of include used by $am_make" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for style of include used by $am_make" >&5
 $as_echo_n "checking for style of include used by $am_make... " >&6; }
 am__include="#"
 am__quote=
 _am_result=none
 # First try GNU make style include.
 echo "include confinc" > confmf
-# We grep out `Entering directory' and `Leaving directory'
-# messages which can occur if `w' ends up in MAKEFLAGS.
-# In particular we don't look at `^make:' because GNU make might
-# be invoked under some other name (usually "gmake"), in which
-# case it prints its new name instead of `make'.
-if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null | grep -v 'ing directory'`" = "done"; then
-   am__include=include
-   am__quote=
-   _am_result=GNU
-fi
+# Ignore all kinds of additional output from `make'.
+case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+*the\ am__doit\ target*)
+  am__include=include
+  am__quote=
+  _am_result=GNU
+  ;;
+esac
 # Now try BSD make style include.
 if test "$am__include" = "#"; then
    echo '.include "confinc"' > confmf
-   if test "`$am_make -s -f confmf 2> /dev/null`" = "done"; then
-      am__include=.include
-      am__quote="\""
-      _am_result=BSD
-   fi
+   case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+   *the\ am__doit\ target*)
+     am__include=.include
+     am__quote="\""
+     _am_result=BSD
+     ;;
+   esac
 fi
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $_am_result" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $_am_result" >&5
 $as_echo "$_am_result" >&6; }
 rm -f confinc confmf
 
 # Check whether --enable-dependency-tracking was given.
-if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then
+if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then :
   enableval=$enable_dependency_tracking;
 fi
 
@@ -3572,9 +3726,9 @@ fi
 
 depcc="$CC"   am_compiler_list=
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
 $as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
-if test "${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+if test "${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
@@ -3600,6 +3754,11 @@ else
   if test "$am_compiler_list" = ""; then
      am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
   fi
+  am__universal=false
+  case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac
+
   for depmode in $am_compiler_list; do
     # Setup a source with many dependencies, because some compilers
     # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
@@ -3617,7 +3776,17 @@ else
     done
     echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
 
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
+    # versions had trouble with output in subdirs
+    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+    am__minus_obj="-o $am__obj"
     case $depmode in
+    gcc)
+      # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+      test "$am__universal" = false || continue
+      ;;
     nosideeffect)
       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
       # only be used when explicitly requested
@@ -3627,19 +3796,23 @@ else
        break
       fi
       ;;
+    msvisualcpp | msvcmsys)
+      # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
+      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
+      # so weak that their functioning should not be impacted.
+      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+      am__minus_obj=
+      ;;
     none) break ;;
     esac
-    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
-    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
-    # handle `-M -o', and we need to detect this.
     if depmode=$depmode \
-       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       source=sub/conftest.c object=$am__obj \
        depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
-       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
          >/dev/null 2>conftest.err &&
        grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
        grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
-       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
        ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
       # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
       # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
@@ -3663,7 +3836,7 @@ else
 fi
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
 $as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
 CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
 
@@ -3692,9 +3865,9 @@ if test -z "$CXX"; then
   do
     # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
 set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_CXX+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_CXX+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$CXX"; then
@@ -3705,24 +3878,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 CXX=$ac_cv_prog_CXX
 if test -n "$CXX"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXX" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXX" >&5
 $as_echo "$CXX" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -3736,9 +3909,9 @@ if test -z "$CXX"; then
 do
   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$ac_ct_CXX"; then
@@ -3749,24 +3922,24 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
     ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
     break 2
   fi
 done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
 fi
 fi
 ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
 if test -n "$ac_ct_CXX"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_CXX" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CXX" >&5
 $as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
 else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
 $as_echo "no" >&6; }
 fi
 
@@ -3779,7 +3952,7 @@ done
   else
     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
 yes:)
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
 ac_tool_warned=yes ;;
 esac
@@ -3790,53 +3963,36 @@ fi
   fi
 fi
 # Provide some information about the compiler.
-$as_echo "$as_me:$LINENO: checking for C++ compiler version" >&5
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler version" >&5
 set X $ac_compile
 ac_compiler=$2
-{ (ac_try="$ac_compiler --version >&5"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler --version >&5") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
-{ (ac_try="$ac_compiler -v >&5"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler -v >&5") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
-{ (ac_try="$ac_compiler -V >&5"
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+  { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
 case "(($ac_try" in
   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
   *) ac_try_echo=$ac_try;;
 esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compiler -V >&5") 2>&5
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
   ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }
+  if test -s conftest.err; then
+    sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+         10q' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+  fi
+  rm -f conftest.er1 conftest.err
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+done
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
 $as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
-if test "${ac_cv_cxx_compiler_gnu+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_cxx_compiler_gnu+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3850,37 +4006,16 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_compiler_gnu=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_compiler_gnu=no
+  ac_compiler_gnu=no
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
 $as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
 if test $ac_compiler_gnu = yes; then
   GXX=yes
@@ -3889,20 +4024,16 @@ else
 fi
 ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
 ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking whether $CXX accepts -g" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CXX accepts -g" >&5
 $as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_cxx_g+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_cxx_g+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
    ac_cxx_werror_flag=yes
    ac_cv_prog_cxx_g=no
    CXXFLAGS="-g"
-   cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3913,35 +4044,11 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_prog_cxx_g=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       CXXFLAGS=""
-      cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  CXXFLAGS=""
+      cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3952,36 +4059,12 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
 
-       ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+else
+  ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
         CXXFLAGS="-g"
-        cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+        cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -3992,42 +4075,17 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_prog_cxx_g=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
    ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
 $as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
 if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
   CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
@@ -4052,9 +4110,9 @@ ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
 
 depcc="$CXX"  am_compiler_list=
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking dependency style of $depcc" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
 $as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
-if test "${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+set}" = set; then
+if test "${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
@@ -4080,6 +4138,11 @@ else
   if test "$am_compiler_list" = ""; then
      am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
   fi
+  am__universal=false
+  case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac
+
   for depmode in $am_compiler_list; do
     # Setup a source with many dependencies, because some compilers
     # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
@@ -4097,7 +4160,17 @@ else
     done
     echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
 
+    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
+    # versions had trouble with output in subdirs
+    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+    am__minus_obj="-o $am__obj"
     case $depmode in
+    gcc)
+      # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+      test "$am__universal" = false || continue
+      ;;
     nosideeffect)
       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
       # only be used when explicitly requested
@@ -4107,19 +4180,23 @@ else
        break
       fi
       ;;
+    msvisualcpp | msvcmsys)
+      # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
+      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
+      # so weak that their functioning should not be impacted.
+      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+      am__minus_obj=
+      ;;
     none) break ;;
     esac
-    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
-    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
-    # handle `-M -o', and we need to detect this.
     if depmode=$depmode \
-       source=sub/conftest.c object=sub/conftest.${OBJEXT-o} \
+       source=sub/conftest.c object=$am__obj \
        depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
-       $SHELL ./depcomp $depcc -c -o sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.c \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
          >/dev/null 2>conftest.err &&
        grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
        grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
-       grep sub/conftest.${OBJEXT-o} sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
        ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
       # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
       # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
@@ -4143,7 +4220,7 @@ else
 fi
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
 $as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
 CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
 
@@ -4164,9 +4241,9 @@ fi
 if test -n "$ac_tool_prefix"; then
   # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}ranlib", so it can be a program name with args.
 set dummy ${ac_tool_prefix}ranlib; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_RANLIB+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_prog_RANLIB+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -n "$RANLIB"; then
@@ -4177,176 +4254,84 @@ for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
-  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
-    ac_cv_prog_RANLIB="${ac_tool_prefix}ranlib"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
-    break 2
-  fi
-done
-done
-IFS=$as_save_IFS
-
-fi
-fi
-RANLIB=$ac_cv_prog_RANLIB
-if test -n "$RANLIB"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $RANLIB" >&5
-$as_echo "$RANLIB" >&6; }
-else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
-$as_echo "no" >&6; }
-fi
-
-
-fi
-if test -z "$ac_cv_prog_RANLIB"; then
-  ac_ct_RANLIB=$RANLIB
-  # Extract the first word of "ranlib", so it can be a program name with args.
-set dummy ranlib; ac_word=$2
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_word" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
-if test "${ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
-  ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="$ac_ct_RANLIB" # Let the user override the test.
-else
-as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
-for as_dir in $PATH
-do
-  IFS=$as_save_IFS
-  test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
-  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
-    ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="ranlib"
-    $as_echo "$as_me:$LINENO: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
-    break 2
-  fi
-done
-done
-IFS=$as_save_IFS
-
-fi
-fi
-ac_ct_RANLIB=$ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB
-if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_ct_RANLIB" >&5
-$as_echo "$ac_ct_RANLIB" >&6; }
-else
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: no" >&5
-$as_echo "no" >&6; }
-fi
-
-  if test "x$ac_ct_RANLIB" = x; then
-    RANLIB=":"
-  else
-    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
-yes:)
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
-ac_tool_warned=yes ;;
-esac
-    RANLIB=$ac_ct_RANLIB
-  fi
-else
-  RANLIB="$ac_cv_prog_RANLIB"
-fi
-
-# AC_PROG_INSTALL will generate an install target so that users may
-# just type 'make install' to install the software.
-# Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
-# so one script is as good as another.  But avoid the broken or
-# incompatible versions:
-# SysV /etc/install, /usr/sbin/install
-# SunOS /usr/etc/install
-# IRIX /sbin/install
-# AIX /bin/install
-# AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
-# AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
-# AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
-# SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
-# OS/2's system install, which has a completely different semantic
-# ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
-# Reject install programs that cannot install multiple files.
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for a BSD-compatible install" >&5
-$as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
-if test -z "$INSTALL"; then
-if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
-for as_dir in $PATH
-do
-  IFS=$as_save_IFS
-  test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
-case $as_dir/ in
-  ./ | .// | /cC/* | \
-  /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
-  ?:\\/os2\\/install\\/* | ?:\\/OS2\\/INSTALL\\/* | \
-  /usr/ucb/* ) ;;
-  *)
-    # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
-    # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
-    # by default.
-    for ac_prog in ginstall scoinst install; do
-      for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
-       if { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; }; then
-         if test $ac_prog = install &&
-           grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
-           # AIX install.  It has an incompatible calling convention.
-           :
-         elif test $ac_prog = install &&
-           grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
-           # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
-           :
-         else
-           rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
-           echo one > conftest.one
-           echo two > conftest.two
-           mkdir conftest.dir
-           if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
-             test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
-             test -s conftest.dir/conftest.one &&
-             test -s conftest.dir/conftest.two
-           then
-             ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
-             break 3
-           fi
-         fi
-       fi
-      done
-    done
-    ;;
-esac
-
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_RANLIB="${ac_tool_prefix}ranlib"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
 done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
-rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+fi
+fi
+RANLIB=$ac_cv_prog_RANLIB
+if test -n "$RANLIB"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $RANLIB" >&5
+$as_echo "$RANLIB" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
 
 fi
-  if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
-    INSTALL=$ac_cv_path_install
-  else
-    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
-    # value for INSTALL within a source directory, because that will
-    # break other packages using the cache if that directory is
-    # removed, or if the value is a relative name.
-    INSTALL=$ac_install_sh
+if test -z "$ac_cv_prog_RANLIB"; then
+  ac_ct_RANLIB=$RANLIB
+  # Extract the first word of "ranlib", so it can be a program name with args.
+set dummy ranlib; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if test "${ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB+set}" = set; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="$ac_ct_RANLIB" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="ranlib"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
   fi
-fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $INSTALL" >&5
-$as_echo "$INSTALL" >&6; }
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
 
-# Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
-# It thinks the first close brace ends the variable substitution.
-test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
+fi
+fi
+ac_ct_RANLIB=$ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB
+if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_RANLIB" >&5
+$as_echo "$ac_ct_RANLIB" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
 
-test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
+  if test "x$ac_ct_RANLIB" = x; then
+    RANLIB=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    RANLIB=$ac_ct_RANLIB
+  fi
+else
+  RANLIB="$ac_cv_prog_RANLIB"
+fi
 
-test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
+# AC_PROG_INSTALL will generate an install target so that users may
+# just type 'make install' to install the software.
 
 
 # use C++ compiler and linker
@@ -4365,10 +4350,10 @@ ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
 $as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
 if test -z "$CXXCPP"; then
-  if test "${ac_cv_prog_CXXCPP+set}" = set; then
+  if test "${ac_cv_prog_CXXCPP+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
       # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
@@ -4383,11 +4368,7 @@ do
   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #ifdef __STDC__
 # include <limits.h>
@@ -4396,78 +4377,34 @@ cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
 #endif
                     Syntax error
 _ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 
+else
   # Broken: fails on valid input.
 continue
 fi
-
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
 
   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
   # can be detected and how.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <ac_nonexistent.h>
 _ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
+if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
   # Broken: success on invalid input.
 continue
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
   # Passes both tests.
 ac_preproc_ok=:
 break
 fi
-
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
 
 done
 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
-if $ac_preproc_ok; then
+if $ac_preproc_ok; then :
   break
 fi
 
@@ -4479,7 +4416,7 @@ fi
 else
   ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $CXXCPP" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXXCPP" >&5
 $as_echo "$CXXCPP" >&6; }
 ac_preproc_ok=false
 for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
@@ -4490,11 +4427,7 @@ do
   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #ifdef __STDC__
 # include <limits.h>
@@ -4503,87 +4436,40 @@ cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
 #endif
                     Syntax error
 _ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 
+else
   # Broken: fails on valid input.
 continue
 fi
-
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
 
   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
   # can be detected and how.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <ac_nonexistent.h>
 _ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
+if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
   # Broken: success on invalid input.
 continue
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
   # Passes both tests.
 ac_preproc_ok=:
 break
 fi
-
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
 
 done
 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
-if $ac_preproc_ok; then
-  :
+if $ac_preproc_ok; then :
+
 else
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
-{ { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
-See \`config.log' for more details." >&5
-$as_echo "$as_me: error: C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
-See \`config.log' for more details." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+as_fn_error "C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details." "$LINENO" 5; }
 fi
 
 ac_ext=cpp
@@ -4593,9 +4479,9 @@ ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ex
 ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
 $as_echo_n "checking for grep that handles long lines and -e... " >&6; }
-if test "${ac_cv_path_GREP+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_path_GREP+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if test -z "$GREP"; then
@@ -4606,7 +4492,7 @@ for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_prog in grep ggrep; do
+    for ac_prog in grep ggrep; do
     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
       ac_path_GREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
       { test -f "$ac_path_GREP" && $as_test_x "$ac_path_GREP"; } || continue
@@ -4626,7 +4512,7 @@ case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
     $as_echo 'GREP' >> "conftest.nl"
     "$ac_path_GREP" -e 'GREP$' -e '-(cannot match)-' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
     diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
-    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
     if test $ac_count -gt ${ac_path_GREP_max-0}; then
       # Best one so far, save it but keep looking for a better one
       ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP"
@@ -4641,26 +4527,24 @@ esac
       $ac_path_GREP_found && break 3
     done
   done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
   if test -z "$ac_cv_path_GREP"; then
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&5
-$as_echo "$as_me: error: no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
   fi
 else
   ac_cv_path_GREP=$GREP
 fi
 
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
 $as_echo "$ac_cv_path_GREP" >&6; }
  GREP="$ac_cv_path_GREP"
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for egrep" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for egrep" >&5
 $as_echo_n "checking for egrep... " >&6; }
-if test "${ac_cv_path_EGREP+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_path_EGREP+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   if echo a | $GREP -E '(a|b)' >/dev/null 2>&1
@@ -4674,7 +4558,7 @@ for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  for ac_prog in egrep; do
+    for ac_prog in egrep; do
     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
       ac_path_EGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
       { test -f "$ac_path_EGREP" && $as_test_x "$ac_path_EGREP"; } || continue
@@ -4694,7 +4578,7 @@ case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
     $as_echo 'EGREP' >> "conftest.nl"
     "$ac_path_EGREP" 'EGREP$' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
     diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
-    ac_count=`expr $ac_count + 1`
+    as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
     if test $ac_count -gt ${ac_path_EGREP_max-0}; then
       # Best one so far, save it but keep looking for a better one
       ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP"
@@ -4709,12 +4593,10 @@ esac
       $ac_path_EGREP_found && break 3
     done
   done
-done
+  done
 IFS=$as_save_IFS
   if test -z "$ac_cv_path_EGREP"; then
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&5
-$as_echo "$as_me: error: no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
   fi
 else
   ac_cv_path_EGREP=$EGREP
@@ -4722,21 +4604,17 @@ fi
 
    fi
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
 $as_echo "$ac_cv_path_EGREP" >&6; }
  EGREP="$ac_cv_path_EGREP"
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for ANSI C header files" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for ANSI C header files" >&5
 $as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
-if test "${ac_cv_header_stdc+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_header_stdc+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <stdlib.h>
 #include <stdarg.h>
@@ -4751,48 +4629,23 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_header_stdc=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_cv_header_stdc=no
+  ac_cv_header_stdc=no
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 
 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
   # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <string.h>
 
 _ACEOF
 if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
-  $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then
-  :
+  $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then :
+
 else
   ac_cv_header_stdc=no
 fi
@@ -4802,18 +4655,14 @@ fi
 
 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
   # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <stdlib.h>
 
 _ACEOF
 if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
-  $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then
-  :
+  $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then :
+
 else
   ac_cv_header_stdc=no
 fi
@@ -4823,14 +4672,10 @@ fi
 
 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
   # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
-  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  if test "$cross_compiling" = yes; then :
   :
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #include <ctype.h>
 #include <stdlib.h>
@@ -4857,51 +4702,22 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest$ac_exeext
-if { (ac_try="$ac_link"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_link") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
-  { (case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_try") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; }; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
-$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+if ac_fn_cxx_try_run "$LINENO"; then :
 
-( exit $ac_status )
-ac_cv_header_stdc=no
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
 fi
-rm -rf conftest.dSYM
-rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
+  conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
 fi
 
-
 fi
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
 $as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define STDC_HEADERS 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define STDC_HEADERS 1" >>confdefs.h
 
 fi
 
@@ -4909,69 +4725,14 @@ fi
 
 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 # On IRIX 5.3, sys/types and inttypes.h are conflicting.
-
-
-
-
-
-
-
-
-
 for ac_header in sys/types.h sys/stat.h stdlib.h string.h memory.h strings.h \
                  inttypes.h stdint.h unistd.h
-do
-as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-
-#include <$ac_header>
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  eval "$as_ac_Header=yes"
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       eval "$as_ac_Header=no"
-fi
-
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-fi
-ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
-$as_echo "$ac_res" >&6; }
-as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-   if test "x$as_val" = x""yes; then
+do :
+  as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+ac_fn_cxx_check_header_compile "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default
+"
+eval as_val=\$$as_ac_Header
+   if test "x$as_val" = x""yes; then :
   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
 _ACEOF
@@ -4981,16 +4742,12 @@ fi
 done
 
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for stdbool.h that conforms to C99" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for stdbool.h that conforms to C99" >&5
 $as_echo_n "checking for stdbool.h that conforms to C99... " >&6; }
-if test "${ac_cv_header_stdbool_h+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_header_stdbool_h+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 #include <stdbool.h>
@@ -5062,139 +4819,25 @@ main ()
 
        *pq |= q;
        *pq |= ! q;
-       /* Refer to every declared value, to avoid compiler optimizations.  */
-       return (!a + !b + !c + !d + !e + !f + !g + !h + !i + !!j + !k + !!l
-               + !m + !n + !o + !p + !q + !pq);
-
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  ac_cv_header_stdbool_h=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_cv_header_stdbool_h=no
-fi
-
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_header_stdbool_h" >&5
-$as_echo "$ac_cv_header_stdbool_h" >&6; }
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for _Bool" >&5
-$as_echo_n "checking for _Bool... " >&6; }
-if test "${ac_cv_type__Bool+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  ac_cv_type__Bool=no
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-int
-main ()
-{
-if (sizeof (_Bool))
-       return 0;
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-int
-main ()
-{
-if (sizeof ((_Bool)))
-         return 0;
+       /* Refer to every declared value, to avoid compiler optimizations.  */
+       return (!a + !b + !c + !d + !e + !f + !g + !h + !i + !!j + !k + !!l
+               + !m + !n + !o + !p + !q + !pq);
+
   ;
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_cv_type__Bool=yes
-fi
-
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_header_stdbool_h=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-
+  ac_cv_header_stdbool_h=no
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_type__Bool" >&5
-$as_echo "$ac_cv_type__Bool" >&6; }
-if test "x$ac_cv_type__Bool" = x""yes; then
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdbool_h" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdbool_h" >&6; }
+ac_fn_cxx_check_type "$LINENO" "_Bool" "ac_cv_type__Bool" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type__Bool" = x""yes; then :
 
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 #define HAVE__BOOL 1
@@ -5205,22 +4848,16 @@ fi
 
 if test $ac_cv_header_stdbool_h = yes; then
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define HAVE_STDBOOL_H 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define HAVE_STDBOOL_H 1" >>confdefs.h
 
 fi
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for an ANSI C-conforming const" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for an ANSI C-conforming const" >&5
 $as_echo_n "checking for an ANSI C-conforming const... " >&6; }
-if test "${ac_cv_c_const+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_c_const+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 int
@@ -5280,140 +4917,24 @@ main ()
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
   ac_cv_c_const=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_cv_c_const=no
+  ac_cv_c_const=no
 fi
-
 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_c_const" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_const" >&5
 $as_echo "$ac_cv_c_const" >&6; }
 if test $ac_cv_c_const = no; then
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define const /**/
-_ACEOF
-
-fi
-
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for size_t" >&5
-$as_echo_n "checking for size_t... " >&6; }
-if test "${ac_cv_type_size_t+set}" = set; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  ac_cv_type_size_t=no
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-int
-main ()
-{
-if (sizeof (size_t))
-       return 0;
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-int
-main ()
-{
-if (sizeof ((size_t)))
-         return 0;
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  :
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+$as_echo "#define const /**/" >>confdefs.h
 
-       ac_cv_type_size_t=yes
 fi
 
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-
-fi
+ac_fn_cxx_check_type "$LINENO" "size_t" "ac_cv_type_size_t" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type_size_t" = x""yes; then :
 
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_type_size_t" >&5
-$as_echo "$ac_cv_type_size_t" >&6; }
-if test "x$ac_cv_type_size_t" = x""yes; then
-  :
 else
 
 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
 ac_config_headers="$ac_config_headers src/config.h"
 
 
-
 for ac_header in stdlib.h
-do
-as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-fi
-ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
-$as_echo "$ac_res" >&6; }
-else
-  # Is the header compilable?
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header usability" >&5
-$as_echo_n "checking $ac_header usability... " >&6; }
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-#include <$ac_header>
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  ac_header_compiler=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_header_compiler=no
-fi
-
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_compiler" >&5
-$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
-
-# Is the header present?
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header presence" >&5
-$as_echo_n "checking $ac_header presence... " >&6; }
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-#include <$ac_header>
-_ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
-  ac_header_preproc=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-  ac_header_preproc=no
-fi
-
-rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_preproc" >&5
-$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
-
-# So?  What about this header?
-case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_cxx_preproc_warn_flag in
-  yes:no: )
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&2;}
-    ac_header_preproc=yes
-    ;;
-  no:yes:* )
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&2;}
-    ( cat <<\_ASBOX
-## ------------------------------ ##
-## Report this to clustalw@ucd.ie ##
-## ------------------------------ ##
-_ASBOX
-     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
-    ;;
-esac
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-else
-  eval "$as_ac_Header=\$ac_header_preproc"
-fi
-ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
-$as_echo "$ac_res" >&6; }
-
-fi
-as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-   if test "x$as_val" = x""yes; then
+do :
+  ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "stdlib.h" "ac_cv_header_stdlib_h" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_header_stdlib_h" = x""yes; then :
   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
-#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+#define HAVE_STDLIB_H 1
 _ACEOF
 
 fi
 
 done
 
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for GNU libc compatible malloc" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for GNU libc compatible malloc" >&5
 $as_echo_n "checking for GNU libc compatible malloc... " >&6; }
-if test "${ac_cv_func_malloc_0_nonnull+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_func_malloc_0_nonnull+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  if test "$cross_compiling" = yes; then
+  if test "$cross_compiling" = yes; then :
   ac_cv_func_malloc_0_nonnull=no
 else
-  cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 #if defined STDC_HEADERS || defined HAVE_STDLIB_H
 # include <stdlib.h>
@@ -5614,55 +4992,24 @@ return ! malloc (0);
   return 0;
 }
 _ACEOF
-rm -f conftest$ac_exeext
-if { (ac_try="$ac_link"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_link") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
-  { (case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_try") 2>&5
-  ac_status=$?
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); }; }; then
+if ac_fn_cxx_try_run "$LINENO"; then :
   ac_cv_func_malloc_0_nonnull=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
-$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-( exit $ac_status )
-ac_cv_func_malloc_0_nonnull=no
+  ac_cv_func_malloc_0_nonnull=no
 fi
-rm -rf conftest.dSYM
-rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
+  conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
 fi
 
-
 fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_func_malloc_0_nonnull" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_func_malloc_0_nonnull" >&5
 $as_echo "$ac_cv_func_malloc_0_nonnull" >&6; }
-if test $ac_cv_func_malloc_0_nonnull = yes; then
+if test $ac_cv_func_malloc_0_nonnull = yes; then :
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define HAVE_MALLOC 1
-_ACEOF
+$as_echo "#define HAVE_MALLOC 1" >>confdefs.h
 
 else
-  cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define HAVE_MALLOC 0
-_ACEOF
+  $as_echo "#define HAVE_MALLOC 0" >>confdefs.h
 
    case " $LIBOBJS " in
   *" malloc.$ac_objext "* ) ;;
@@ -5671,39 +5018,31 @@ _ACEOF
 esac
 
 
-cat >>confdefs.h <<\_ACEOF
-#define malloc rpl_malloc
-_ACEOF
+$as_echo "#define malloc rpl_malloc" >>confdefs.h
 
 fi
 
 
 
-
 # enable hashing if requested (--with-mhash)
 # will set HAVE_MHASH_H only
 
 # Check whether --with-mhash was given.
-if test "${with_mhash+set}" = set; then
+if test "${with_mhash+set}" = set; then :
   withval=$with_mhash; with_mhash=$withval
 else
   with_mhash=no
 fi
 
 if test "$with_mhash" = "yes"; then
-
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for mhash_init in -lmhash" >&5
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for mhash_init in -lmhash" >&5
 $as_echo_n "checking for mhash_init in -lmhash... " >&6; }
-if test "${ac_cv_lib_mhash_mhash_init+set}" = set; then
+if test "${ac_cv_lib_mhash_mhash_init+set}" = set; then :
   $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
   ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
 LIBS="-lmhash  $LIBS"
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 /* end confdefs.h.  */
 
 /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
@@ -5715,212 +5054,44 @@ extern "C"
 char mhash_init ();
 int
 main ()
-{
-return mhash_init ();
-  ;
-  return 0;
-}
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
-if { (ac_try="$ac_link"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_link") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest$ac_exeext && {
-        test "$cross_compiling" = yes ||
-        $as_test_x conftest$ac_exeext
-       }; then
-  ac_cv_lib_mhash_mhash_init=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_cv_lib_mhash_mhash_init=no
-fi
-
-rm -rf conftest.dSYM
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest_ipa8_conftest.oo \
-      conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
-LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
-fi
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_cv_lib_mhash_mhash_init" >&5
-$as_echo "$ac_cv_lib_mhash_mhash_init" >&6; }
-if test "x$ac_cv_lib_mhash_mhash_init" = x""yes; then
-  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
-#define HAVE_LIBMHASH 1
-_ACEOF
-
-  LIBS="-lmhash $LIBS"
-
-else
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: mhash lib not found" >&5
-$as_echo "$as_me: error: mhash lib not found" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
-fi
-
-
-for ac_header in mhash.h
-do
-as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
-fi
-ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
-$as_echo "$ac_res" >&6; }
-else
-  # Is the header compilable?
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header usability" >&5
-$as_echo_n "checking $ac_header usability... " >&6; }
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-$ac_includes_default
-#include <$ac_header>
-_ACEOF
-rm -f conftest.$ac_objext
-if { (ac_try="$ac_compile"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_compile") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } && {
-        test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       } && test -s conftest.$ac_objext; then
-  ac_header_compiler=yes
-else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-       ac_header_compiler=no
-fi
-
-rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_compiler" >&5
-$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
-
-# Is the header present?
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking $ac_header presence" >&5
-$as_echo_n "checking $ac_header presence... " >&6; }
-cat >conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* confdefs.h.  */
-_ACEOF
-cat confdefs.h >>conftest.$ac_ext
-cat >>conftest.$ac_ext <<_ACEOF
-/* end confdefs.h.  */
-#include <$ac_header>
-_ACEOF
-if { (ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
-case "(($ac_try" in
-  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
-  *) ac_try_echo=$ac_try;;
-esac
-eval ac_try_echo="\"\$as_me:$LINENO: $ac_try_echo\""
-$as_echo "$ac_try_echo") >&5
-  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.er1
-  ac_status=$?
-  grep -v '^ *+' conftest.er1 >conftest.err
-  rm -f conftest.er1
-  cat conftest.err >&5
-  $as_echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
-  (exit $ac_status); } >/dev/null && {
-        test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
-        test ! -s conftest.err
-       }; then
-  ac_header_preproc=yes
+{
+return mhash_init ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_link "$LINENO"; then :
+  ac_cv_lib_mhash_mhash_init=yes
 else
-  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
-sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
-
-  ac_header_preproc=no
+  ac_cv_lib_mhash_mhash_init=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+    conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
 fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_mhash_mhash_init" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_mhash_mhash_init" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_mhash_mhash_init" = x""yes; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBMHASH 1
+_ACEOF
 
-rm -f conftest.err conftest.$ac_ext
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_header_preproc" >&5
-$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+  LIBS="-lmhash $LIBS"
 
-# So?  What about this header?
-case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_cxx_preproc_warn_flag in
-  yes:no: )
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the compiler's result" >&2;}
-    ac_header_preproc=yes
-    ;;
-  no:yes:* )
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: present but cannot be compiled" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: see the Autoconf documentation" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: proceeding with the preprocessor's result" >&2;}
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&5
-$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_header: in the future, the compiler will take precedence" >&2;}
-    ( cat <<\_ASBOX
-## ------------------------------ ##
-## Report this to clustalw@ucd.ie ##
-## ------------------------------ ##
-_ASBOX
-     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
-    ;;
-esac
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: checking for $ac_header" >&5
-$as_echo_n "checking for $ac_header... " >&6; }
-if { as_var=$as_ac_Header; eval "test \"\${$as_var+set}\" = set"; }; then
-  $as_echo_n "(cached) " >&6
 else
-  eval "$as_ac_Header=\$ac_header_preproc"
+  as_fn_error "mhash lib not found" "$LINENO" 5
 fi
-ac_res=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-              { $as_echo "$as_me:$LINENO: result: $ac_res" >&5
-$as_echo "$ac_res" >&6; }
 
-fi
-as_val=`eval 'as_val=${'$as_ac_Header'}
-                $as_echo "$as_val"'`
-   if test "x$as_val" = x""yes; then
+    for ac_header in mhash.h
+do :
+  ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "mhash.h" "ac_cv_header_mhash_h" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_header_mhash_h" = x""yes; then :
   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
-#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+#define HAVE_MHASH_H 1
 _ACEOF
 
 else
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: mhash header not found" >&5
-$as_echo "$as_me: error: mhash header not found" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "mhash header not found" "$LINENO" 5
 fi
 
 done
@@ -5960,13 +5131,13 @@ _ACEOF
     case $ac_val in #(
     *${as_nl}*)
       case $ac_var in #(
-      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
       esac
       case $ac_var in #(
       _ | IFS | as_nl) ;; #(
       BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
-      *) $as_unset $ac_var ;;
+      *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
       esac ;;
     esac
   done
@@ -5974,8 +5145,8 @@ $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
   (set) 2>&1 |
     case $as_nl`(ac_space=' '; set) 2>&1` in #(
     *${as_nl}ac_space=\ *)
-      # `set' does not quote correctly, so add quotes (double-quote
-      # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \).
+      # `set' does not quote correctly, so add quotes: double-quote
+      # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \.
       sed -n \
        "s/'/'\\\\''/g;
          s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\\2'/p"
@@ -5998,11 +5169,11 @@ $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
 if diff "$cache_file" confcache >/dev/null 2>&1; then :; else
   if test -w "$cache_file"; then
     test "x$cache_file" != "x/dev/null" &&
-      { $as_echo "$as_me:$LINENO: updating cache $cache_file" >&5
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: updating cache $cache_file" >&5
 $as_echo "$as_me: updating cache $cache_file" >&6;}
     cat confcache >$cache_file
   else
-    { $as_echo "$as_me:$LINENO: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
 $as_echo "$as_me: not updating unwritable cache $cache_file" >&6;}
   fi
 fi
@@ -6022,43 +5193,43 @@ for ac_i in : $LIBOBJS; do test "x$ac_i" = x: && continue
   ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
   # 2. Prepend LIBOBJDIR.  When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
   #    will be set to the directory where LIBOBJS objects are built.
-  ac_libobjs="$ac_libobjs \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
-  ac_ltlibobjs="$ac_ltlibobjs \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
+  as_fn_append ac_libobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
+  as_fn_append ac_ltlibobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
 done
 LIBOBJS=$ac_libobjs
 
 LTLIBOBJS=$ac_ltlibobjs
 
 
+ if test -n "$EXEEXT"; then
+  am__EXEEXT_TRUE=
+  am__EXEEXT_FALSE='#'
+else
+  am__EXEEXT_TRUE='#'
+  am__EXEEXT_FALSE=
+fi
+
 if test -z "${AMDEP_TRUE}" && test -z "${AMDEP_FALSE}"; then
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"AMDEP\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
-$as_echo "$as_me: error: conditional \"AMDEP\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "conditional \"AMDEP\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
 fi
 if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
-$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
 fi
 if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&5
-$as_echo "$as_me: error: conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
-Usually this means the macro was only invoked conditionally." >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
 fi
 
 : ${CONFIG_STATUS=./config.status}
 ac_write_fail=0
 ac_clean_files_save=$ac_clean_files
 ac_clean_files="$ac_clean_files $CONFIG_STATUS"
-{ $as_echo "$as_me:$LINENO: creating $CONFIG_STATUS" >&5
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $CONFIG_STATUS" >&5
 $as_echo "$as_me: creating $CONFIG_STATUS" >&6;}
-cat >$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+as_write_fail=0
+cat >$CONFIG_STATUS <<_ASEOF || as_write_fail=1
 #! $SHELL
 # Generated by $as_me.
 # Run this file to recreate the current configuration.
@@ -6068,17 +5239,18 @@ cat >$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
 debug=false
 ac_cs_recheck=false
 ac_cs_silent=false
-SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
-_ACEOF
 
-cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
-## --------------------- ##
-## M4sh Initialization.  ##
-## --------------------- ##
+SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
+export SHELL
+_ASEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ASEOF || as_write_fail=1
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
 
 # Be more Bourne compatible
 DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
-if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
   emulate sh
   NULLCMD=:
   # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
@@ -6086,23 +5258,15 @@ if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then
   alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
   setopt NO_GLOB_SUBST
 else
-  case `(set -o) 2>/dev/null` in
-  *posix*) set -o posix ;;
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
 esac
-
 fi
 
 
-
-
-# PATH needs CR
-# Avoid depending upon Character Ranges.
-as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
-as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
-as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
-as_cr_digits='0123456789'
-as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
-
 as_nl='
 '
 export as_nl
@@ -6110,7 +5274,13 @@ export as_nl
 as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
-if (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+    && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='print -r --'
+  as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
   as_echo='printf %s\n'
   as_echo_n='printf %s'
 else
@@ -6121,7 +5291,7 @@ else
     as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
     as_echo_n_body='eval
       arg=$1;
-      case $arg in
+      case $arg in #(
       *"$as_nl"*)
        expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
        arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
@@ -6144,13 +5314,6 @@ if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
   }
 fi
 
-# Support unset when possible.
-if ( (MAIL=60; unset MAIL) || exit) >/dev/null 2>&1; then
-  as_unset=unset
-else
-  as_unset=false
-fi
-
 
 # IFS
 # We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
@@ -6160,15 +5323,15 @@ fi
 IFS=" ""       $as_nl"
 
 # Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
-case $0 in
+case $0 in #((
   *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
   *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
 for as_dir in $PATH
 do
   IFS=$as_save_IFS
   test -z "$as_dir" && as_dir=.
-  test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
-done
+    test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+  done
 IFS=$as_save_IFS
 
      ;;
@@ -6180,12 +5343,16 @@ if test "x$as_myself" = x; then
 fi
 if test ! -f "$as_myself"; then
   $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
-  { (exit 1); exit 1; }
+  exit 1
 fi
 
-# Work around bugs in pre-3.0 UWIN ksh.
-for as_var in ENV MAIL MAILPATH
-do ($as_unset $as_var) >/dev/null 2>&1 && $as_unset $as_var
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+  && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
 done
 PS1='$ '
 PS2='> '
@@ -6197,7 +5364,89 @@ export LC_ALL
 LANGUAGE=C
 export LANGUAGE
 
-# Required to use basename.
+# CDPATH.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+
+# as_fn_error ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ---------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with status $?, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+  as_status=$?; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+  if test "$3"; then
+    as_lineno=${as_lineno-"$2"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $1" >&$3
+  fi
+  $as_echo "$as_me: error: $1" >&2
+  as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+  return $1
+} # as_fn_set_status
+
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+  set +e
+  as_fn_set_status $1
+  exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+  { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_append ()
+  {
+    eval $1+=\$2
+  }'
+else
+  as_fn_append ()
+  {
+    eval $1=\$$1\$2
+  }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=$(( $* ))
+  }'
+else
+  as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+  }
+fi # as_fn_arith
+
+
 if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
    test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
   as_expr=expr
@@ -6211,8 +5460,12 @@ else
   as_basename=false
 fi
 
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
+else
+  as_dirname=false
+fi
 
-# Name of the executable.
 as_me=`$as_basename -- "$0" ||
 $as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
         X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
@@ -6232,76 +5485,25 @@ $as_echo X/"$0" |
          }
          s/.*/./; q'`
 
-# CDPATH.
-$as_unset CDPATH
-
-
-
-  as_lineno_1=$LINENO
-  as_lineno_2=$LINENO
-  test "x$as_lineno_1" != "x$as_lineno_2" &&
-  test "x`expr $as_lineno_1 + 1`" = "x$as_lineno_2" || {
-
-  # Create $as_me.lineno as a copy of $as_myself, but with $LINENO
-  # uniformly replaced by the line number.  The first 'sed' inserts a
-  # line-number line after each line using $LINENO; the second 'sed'
-  # does the real work.  The second script uses 'N' to pair each
-  # line-number line with the line containing $LINENO, and appends
-  # trailing '-' during substitution so that $LINENO is not a special
-  # case at line end.
-  # (Raja R Harinath suggested sed '=', and Paul Eggert wrote the
-  # scripts with optimization help from Paolo Bonzini.  Blame Lee
-  # E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
-  sed -n '
-    p
-    /[$]LINENO/=
-  ' <$as_myself |
-    sed '
-      s/[$]LINENO.*/&-/
-      t lineno
-      b
-      :lineno
-      N
-      :loop
-      s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
-      t loop
-      s/-\n.*//
-    ' >$as_me.lineno &&
-  chmod +x "$as_me.lineno" ||
-    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; }
-
-  # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
-  # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
-  # original and so on.  Autoconf is especially sensitive to this).
-  . "./$as_me.lineno"
-  # Exit status is that of the last command.
-  exit
-}
-
-
-if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
-  as_dirname=dirname
-else
-  as_dirname=false
-fi
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
 
 ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
-case `echo -n x` in
+case `echo -n x` in #(((((
 -n*)
-  case `echo 'x\c'` in
+  case `echo 'xy\c'` in
   *c*) ECHO_T='        ';;     # ECHO_T is single tab character.
-  *)   ECHO_C='\c';;
+  xy)  ECHO_C='\c';;
+  *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+       ECHO_T='        ';;
   esac;;
 *)
   ECHO_N='-n';;
 esac
-if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
-   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
-  as_expr=expr
-else
-  as_expr=false
-fi
 
 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
 if test -d conf$$.dir; then
@@ -6330,8 +5532,56 @@ fi
 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
 rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
 
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
+
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\/\)$/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         /^X\(\/\).*/{
+           s//\1/
+           q
+         }
+         s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || as_fn_error "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
 if mkdir -p . 2>/dev/null; then
-  as_mkdir_p=:
+  as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
 else
   test -d ./-p && rmdir ./-p
   as_mkdir_p=false
@@ -6350,10 +5600,10 @@ else
       if test -d "$1"; then
        test -d "$1/.";
       else
-       case $1 in
+       case $1 in #(
        -*)set "./$1";;
        esac;
-       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in
+       case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in #((
        ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
     '\'' sh
   '
@@ -6368,13 +5618,19 @@ as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
 
 
 exec 6>&1
+## ----------------------------------- ##
+## Main body of $CONFIG_STATUS script. ##
+## ----------------------------------- ##
+_ASEOF
+test $as_write_fail = 0 && chmod +x $CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
 
-# Save the log message, to keep $[0] and so on meaningful, and to
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Save the log message, to keep $0 and so on meaningful, and to
 # report actual input values of CONFIG_FILES etc. instead of their
 # values after options handling.
 ac_log="
-This file was extended by clustalw $as_me 2.0.12, which was
-generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
+This file was extended by clustalw $as_me 2.1, which was
+generated by GNU Autoconf 2.65.  Invocation command line was
 
   CONFIG_FILES    = $CONFIG_FILES
   CONFIG_HEADERS  = $CONFIG_HEADERS
@@ -6406,13 +5662,15 @@ _ACEOF
 
 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
 ac_cs_usage="\
-\`$as_me' instantiates files from templates according to the
-current configuration.
+\`$as_me' instantiates files and other configuration actions
+from templates according to the current configuration.  Unless the files
+and actions are specified as TAGs, all are instantiated by default.
 
-Usage: $0 [OPTION]... [FILE]...
+Usage: $0 [OPTION]... [TAG]...
 
   -h, --help       print this help, then exit
   -V, --version    print version number and configuration settings, then exit
+      --config     print configuration, then exit
   -q, --quiet, --silent
                    do not print progress messages
   -d, --debug      don't remove temporary files
@@ -6431,16 +5689,17 @@ $config_headers
 Configuration commands:
 $config_commands
 
-Report bugs to <bug-autoconf@gnu.org>."
+Report bugs to <clustalw@ucd.ie>."
 
 _ACEOF
 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_config="`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`"
 ac_cs_version="\\
-clustalw config.status 2.0.12
-configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.63,
-  with options \\"`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`\\"
+clustalw config.status 2.1
+configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.65,
+  with options \\"\$ac_cs_config\\"
 
-Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
+Copyright (C) 2009 Free Software Foundation, Inc.
 This config.status script is free software; the Free Software Foundation
 gives unlimited permission to copy, distribute and modify it."
 
@@ -6476,6 +5735,8 @@ do
     ac_cs_recheck=: ;;
   --version | --versio | --versi | --vers | --ver | --ve | --v | -V )
     $as_echo "$ac_cs_version"; exit ;;
+  --config | --confi | --conf | --con | --co | --c )
+    $as_echo "$ac_cs_config"; exit ;;
   --debug | --debu | --deb | --de | --d | -d )
     debug=: ;;
   --file | --fil | --fi | --f )
@@ -6483,20 +5744,19 @@ do
     case $ac_optarg in
     *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
     esac
-    CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES '$ac_optarg'"
+    as_fn_append CONFIG_FILES " '$ac_optarg'"
     ac_need_defaults=false;;
   --header | --heade | --head | --hea )
     $ac_shift
     case $ac_optarg in
     *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
     esac
-    CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS '$ac_optarg'"
+    as_fn_append CONFIG_HEADERS " '$ac_optarg'"
     ac_need_defaults=false;;
   --he | --h)
     # Conflict between --help and --header
-    { $as_echo "$as_me: error: ambiguous option: $1
-Try \`$0 --help' for more information." >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+    as_fn_error "ambiguous option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information.";;
   --help | --hel | -h )
     $as_echo "$ac_cs_usage"; exit ;;
   -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
@@ -6504,11 +5764,10 @@ Try \`$0 --help' for more information." >&2
     ac_cs_silent=: ;;
 
   # This is an error.
-  -*) { $as_echo "$as_me: error: unrecognized option: $1
-Try \`$0 --help' for more information." >&2
-   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+  -*) as_fn_error "unrecognized option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information." ;;
 
-  *) ac_config_targets="$ac_config_targets $1"
+  *) as_fn_append ac_config_targets " $1"
      ac_need_defaults=false ;;
 
   esac
@@ -6566,9 +5825,7 @@ do
     "src/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/Makefile" ;;
     "src/clustalw_version.h") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES src/clustalw_version.h" ;;
 
-  *) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid argument: $ac_config_target" >&5
-$as_echo "$as_me: error: invalid argument: $ac_config_target" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+  *) as_fn_error "invalid argument: \`$ac_config_target'" "$LINENO" 5;;
   esac
 done
 
@@ -6595,7 +5852,7 @@ $debug ||
   trap 'exit_status=$?
   { test -z "$tmp" || test ! -d "$tmp" || rm -fr "$tmp"; } && exit $exit_status
 ' 0
-  trap '{ (exit 1); exit 1; }' 1 2 13 15
+  trap 'as_fn_exit 1' 1 2 13 15
 }
 # Create a (secure) tmp directory for tmp files.
 
@@ -6606,11 +5863,7 @@ $debug ||
 {
   tmp=./conf$$-$RANDOM
   (umask 077 && mkdir "$tmp")
-} ||
-{
-   $as_echo "$as_me: cannot create a temporary directory in ." >&2
-   { (exit 1); exit 1; }
-}
+} || as_fn_error "cannot create a temporary directory in ." "$LINENO" 5
 
 # Set up the scripts for CONFIG_FILES section.
 # No need to generate them if there are no CONFIG_FILES.
@@ -6618,10 +5871,16 @@ $debug ||
 if test -n "$CONFIG_FILES"; then
 
 
-ac_cr='\r'
+ac_cr=`echo X | tr X '\015'`
+# On cygwin, bash can eat \r inside `` if the user requested igncr.
+# But we know of no other shell where ac_cr would be empty at this
+# point, so we can use a bashism as a fallback.
+if test "x$ac_cr" = x; then
+  eval ac_cr=\$\'\\r\'
+fi
 ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
 if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
-  ac_cs_awk_cr='\\r'
+  ac_cs_awk_cr='\r'
 else
   ac_cs_awk_cr=$ac_cr
 fi
@@ -6635,24 +5894,18 @@ _ACEOF
   echo "$ac_subst_vars" | sed 's/.*/&!$&$ac_delim/' &&
   echo "_ACEOF"
 } >conf$$subs.sh ||
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
 ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '$'`
 ac_delim='%!_!# '
 for ac_last_try in false false false false false :; do
   . ./conf$$subs.sh ||
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
 
   ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
   if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
     break
   elif $ac_last_try; then
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_STATUS" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
   else
     ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
   fi
@@ -6674,7 +5927,7 @@ s/'"$ac_delim"'$//
 t delim
 :nl
 h
-s/\(.\{148\}\).*/\1/
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
 t more1
 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\n"\\/
 p
@@ -6688,7 +5941,7 @@ s/.\{148\}//
 t nl
 :delim
 h
-s/\(.\{148\}\).*/\1/
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
 t more2
 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/
 p
@@ -6741,9 +5994,7 @@ if sed "s/$ac_cr//" < /dev/null > /dev/null 2>&1; then
 else
   cat
 fi < "$tmp/subs1.awk" > "$tmp/subs.awk" \
-  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not setup config files machinery" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not setup config files machinery" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  || as_fn_error "could not setup config files machinery" "$LINENO" 5
 _ACEOF
 
 # VPATH may cause trouble with some makes, so we remove $(srcdir),
@@ -6784,9 +6035,7 @@ for ac_last_try in false false :; do
   if test -z "$ac_t"; then
     break
   elif $ac_last_try; then
-    { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not make $CONFIG_HEADERS" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not make $CONFIG_HEADERS" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+    as_fn_error "could not make $CONFIG_HEADERS" "$LINENO" 5
   else
     ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
   fi
@@ -6871,9 +6120,7 @@ cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
 _ACAWK
 _ACEOF
 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not setup config headers machinery" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not setup config headers machinery" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "could not setup config headers machinery" "$LINENO" 5
 fi # test -n "$CONFIG_HEADERS"
 
 
@@ -6886,9 +6133,7 @@ do
   esac
   case $ac_mode$ac_tag in
   :[FHL]*:*);;
-  :L* | :C*:*) { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: invalid tag $ac_tag" >&5
-$as_echo "$as_me: error: invalid tag $ac_tag" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+  :L* | :C*:*) as_fn_error "invalid tag \`$ac_tag'" "$LINENO" 5;;
   :[FH]-) ac_tag=-:-;;
   :[FH]*) ac_tag=$ac_tag:$ac_tag.in;;
   esac
@@ -6916,12 +6161,10 @@ $as_echo "$as_me: error: invalid tag $ac_tag" >&2;}
           [\\/$]*) false;;
           *) test -f "$srcdir/$ac_f" && ac_f="$srcdir/$ac_f";;
           esac ||
-          { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot find input file: $ac_f" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot find input file: $ac_f" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; };;
+          as_fn_error "cannot find input file: \`$ac_f'" "$LINENO" 5;;
       esac
       case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
-      ac_file_inputs="$ac_file_inputs '$ac_f'"
+      as_fn_append ac_file_inputs " '$ac_f'"
     done
 
     # Let's still pretend it is `configure' which instantiates (i.e., don't
@@ -6932,7 +6175,7 @@ $as_echo "$as_me: error: cannot find input file: $ac_f" >&2;}
        `' by configure.'
     if test x"$ac_file" != x-; then
       configure_input="$ac_file.  $configure_input"
-      { $as_echo "$as_me:$LINENO: creating $ac_file" >&5
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $ac_file" >&5
 $as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
     fi
     # Neutralize special characters interpreted by sed in replacement strings.
@@ -6945,9 +6188,7 @@ $as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
 
     case $ac_tag in
     *:-:* | *:-) cat >"$tmp/stdin" \
-      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; } ;;
+      || as_fn_error "could not create $ac_file" "$LINENO" 5 ;;
     esac
     ;;
   esac
@@ -6975,47 +6216,7 @@ $as_echo X"$ac_file" |
            q
          }
          s/.*/./; q'`
-  { as_dir="$ac_dir"
-  case $as_dir in #(
-  -*) as_dir=./$as_dir;;
-  esac
-  test -d "$as_dir" || { $as_mkdir_p && mkdir -p "$as_dir"; } || {
-    as_dirs=
-    while :; do
-      case $as_dir in #(
-      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
-      *) as_qdir=$as_dir;;
-      esac
-      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
-      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
-$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
-$as_echo X"$as_dir" |
-    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\/\)$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\).*/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         s/.*/./; q'`
-      test -d "$as_dir" && break
-    done
-    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
-  } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+  as_dir="$ac_dir"; as_fn_mkdir_p
   ac_builddir=.
 
 case "$ac_dir" in
@@ -7072,7 +6273,6 @@ cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
 # If the template does not know about datarootdir, expand it.
 # FIXME: This hack should be removed a few years after 2.60.
 ac_datarootdir_hack=; ac_datarootdir_seen=
-
 ac_sed_dataroot='
 /datarootdir/ {
   p
@@ -7082,12 +6282,11 @@ ac_sed_dataroot='
 /@docdir@/p
 /@infodir@/p
 /@localedir@/p
-/@mandir@/p
-'
+/@mandir@/p'
 case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
 *datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
 *@datadir@*|*@docdir@*|*@infodir@*|*@localedir@*|*@mandir@*)
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&2;}
 _ACEOF
 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
@@ -7097,7 +6296,7 @@ cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
   s&@infodir@&$infodir&g
   s&@localedir@&$localedir&g
   s&@mandir@&$mandir&g
-    s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
+  s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
 esac
 _ACEOF
 
@@ -7126,14 +6325,12 @@ s&@MKDIR_P@&$ac_MKDIR_P&;t t
 $ac_datarootdir_hack
 "
 eval sed \"\$ac_sed_extra\" "$ac_file_inputs" | $AWK -f "$tmp/subs.awk" >$tmp/out \
-  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  || as_fn_error "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
 
 test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
   { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
   { ac_out=`sed -n '/^[         ]*datarootdir[  ]*:*=/p' "$tmp/out"`; test -z "$ac_out"; } &&
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
 which seems to be undefined.  Please make sure it is defined." >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
 which seems to be undefined.  Please make sure it is defined." >&2;}
@@ -7143,9 +6340,7 @@ which seems to be undefined.  Please make sure it is defined." >&2;}
   -) cat "$tmp/out" && rm -f "$tmp/out";;
   *) rm -f "$ac_file" && mv "$tmp/out" "$ac_file";;
   esac \
-  || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  || as_fn_error "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
  ;;
   :H)
   #
@@ -7156,25 +6351,19 @@ $as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
       $as_echo "/* $configure_input  */" \
       && eval '$AWK -f "$tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs"
     } >"$tmp/config.h" \
-      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      || as_fn_error "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
     if diff "$ac_file" "$tmp/config.h" >/dev/null 2>&1; then
-      { $as_echo "$as_me:$LINENO: $ac_file is unchanged" >&5
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_file is unchanged" >&5
 $as_echo "$as_me: $ac_file is unchanged" >&6;}
     else
       rm -f "$ac_file"
       mv "$tmp/config.h" "$ac_file" \
-       || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create $ac_file" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create $ac_file" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+       || as_fn_error "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
     fi
   else
     $as_echo "/* $configure_input  */" \
       && eval '$AWK -f "$tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs" \
-      || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: could not create -" >&5
-$as_echo "$as_me: error: could not create -" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+      || as_fn_error "could not create -" "$LINENO" 5
   fi
 # Compute "$ac_file"'s index in $config_headers.
 _am_arg="$ac_file"
@@ -7212,7 +6401,7 @@ $as_echo X"$_am_arg" |
          s/.*/./; q'`/stamp-h$_am_stamp_count
  ;;
 
-  :C)  { $as_echo "$as_me:$LINENO: executing $ac_file commands" >&5
+  :C)  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: executing $ac_file commands" >&5
 $as_echo "$as_me: executing $ac_file commands" >&6;}
  ;;
   esac
@@ -7307,47 +6496,7 @@ $as_echo X"$file" |
            q
          }
          s/.*/./; q'`
-      { as_dir=$dirpart/$fdir
-  case $as_dir in #(
-  -*) as_dir=./$as_dir;;
-  esac
-  test -d "$as_dir" || { $as_mkdir_p && mkdir -p "$as_dir"; } || {
-    as_dirs=
-    while :; do
-      case $as_dir in #(
-      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
-      *) as_qdir=$as_dir;;
-      esac
-      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
-      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
-$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
-        X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
-$as_echo X"$as_dir" |
-    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\/\)$/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         /^X\(\/\).*/{
-           s//\1/
-           q
-         }
-         s/.*/./; q'`
-      test -d "$as_dir" && break
-    done
-    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
-  } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
-$as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }; }
+      as_dir=$dirpart/$fdir; as_fn_mkdir_p
       # echo "creating $dirpart/$file"
       echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
     done
@@ -7359,15 +6508,12 @@ $as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
 done # for ac_tag
 
 
-{ (exit 0); exit 0; }
+as_fn_exit 0
 _ACEOF
-chmod +x $CONFIG_STATUS
 ac_clean_files=$ac_clean_files_save
 
 test $ac_write_fail = 0 ||
-  { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: write failure creating $CONFIG_STATUS" >&5
-$as_echo "$as_me: error: write failure creating $CONFIG_STATUS" >&2;}
-   { (exit 1); exit 1; }; }
+  as_fn_error "write failure creating $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
 
 
 # configure is writing to config.log, and then calls config.status.
@@ -7388,10 +6534,10 @@ if test "$no_create" != yes; then
   exec 5>>config.log
   # Use ||, not &&, to avoid exiting from the if with $? = 1, which
   # would make configure fail if this is the last instruction.
-  $ac_cs_success || { (exit 1); exit 1; }
+  $ac_cs_success || as_fn_exit $?
 fi
 if test -n "$ac_unrecognized_opts" && test "$enable_option_checking" != no; then
-  { $as_echo "$as_me:$LINENO: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2;}
 fi