JWS-112 Bumping version of ClustalW (src, binaries and windows) to version 2.1.

[jabaws.git] / binaries / src / clustalw / src / Makefile.in
diff --git a/binaries/src/clustalw/src/Makefile.in b/binaries/src/clustalw/src/Makefile.in

index 679917c..acb6d88 100644 (file)
--- a/binaries/src/clustalw/src/Makefile.in
+++ b/binaries/src/clustalw/src/Makefile.in
@@ -1,8 +1,9 @@
-# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
+# Makefile.in generated by automake 1.11.1 from Makefile.am.
  # @configure_input@
  
  # Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
-# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
+# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009  Free Software Foundation,
+# Inc.
  # This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
  # gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
  # with or without modifications, as long as this notice is preserved.
@@ -21,8 +22,9 @@
  
  VPATH = @srcdir@
  pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
-pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
  pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
+pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
+pkglibexecdir = $(libexecdir)/@PACKAGE@
  am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
  install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
  install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
@@ -49,8 +51,8 @@ am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
  mkinstalldirs = $(install_sh) -d
  CONFIG_HEADER = config.h
  CONFIG_CLEAN_FILES = clustalw_version.h
+CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES =
  am__installdirs = "$(DESTDIR)$(bindir)"
-binPROGRAMS_INSTALL = $(INSTALL_PROGRAM)
  PROGRAMS = $(bin_PROGRAMS)
  am_clustalw2_OBJECTS = FullPairwiseAlign.$(OBJEXT) \
         FastPairwiseAlign.$(OBJEXT) MSFFileParser.$(OBJEXT) \
@@ -82,6 +84,7 @@ clustalw2_LDADD = $(LDADD)
  DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@
  depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
  am__depfiles_maybe = depfiles
+am__mv = mv -f
  CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
         $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
  CXXLD = $(CXX)
@@ -102,10 +105,38 @@ RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
         ps-recursive uninstall-recursive
  RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive        \
    distclean-recursive maintainer-clean-recursive
+AM_RECURSIVE_TARGETS = $(RECURSIVE_TARGETS:-recursive=) \
+       $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS:-recursive=) tags TAGS ctags CTAGS \
+       distdir
  ETAGS = etags
  CTAGS = ctags
  DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
  DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
+am__relativize = \
+  dir0=`pwd`; \
+  sed_first='s,^\([^/]*\)/.*$$,\1,'; \
+  sed_rest='s,^[^/]*/*,,'; \
+  sed_last='s,^.*/\([^/]*\)$$,\1,'; \
+  sed_butlast='s,/*[^/]*$$,,'; \
+  while test -n "$$dir1"; do \
+    first=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_first"`; \
+    if test "$$first" != "."; then \
+      if test "$$first" = ".."; then \
+        dir2=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_last"`/"$$dir2"; \
+        dir0=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_butlast"`; \
+      else \
+        first2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_first"`; \
+        if test "$$first2" = "$$first"; then \
+          dir2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_rest"`; \
+        else \
+          dir2="../$$dir2"; \
+        fi; \
+        dir0="$$dir0"/"$$first"; \
+      fi; \
+    fi; \
+    dir1=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_rest"`; \
+  done; \
+  reldir="$$dir2"
  ACLOCAL = @ACLOCAL@
  AMTAR = @AMTAR@
  AUTOCONF = @AUTOCONF@
@@ -148,6 +179,7 @@ PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
  PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
  PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
  PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
+PACKAGE_URL = @PACKAGE_URL@
  PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
  PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
  RANLIB = @RANLIB@
@@ -349,9 +381,9 @@ $(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
               exit 1;; \
           esac; \
         done; \
-       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile'; \
-       cd $(top_srcdir) && \
-         $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile
+       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --foreign src/Makefile'; \
+       $(am__cd) $(top_srcdir) && \
+         $(AUTOMAKE) --foreign src/Makefile
  .PRECIOUS: Makefile
  Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
         @case '$?' in \
@@ -369,6 +401,7 @@ $(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
  $(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
+$(am__aclocal_m4_deps):
  
  config.h: stamp-h1
         @if test ! -f $@; then \
@@ -380,7 +413,7 @@ stamp-h1: $(srcdir)/config.h.in $(top_builddir)/config.status
         @rm -f stamp-h1
         cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status src/config.h
  $(srcdir)/config.h.in:  $(am__configure_deps) 
-       cd $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER)
+       ($(am__cd) $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER))
         rm -f stamp-h1
         touch $@
  
@@ -391,23 +424,37 @@ clustalw_version.h: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/clustalw_version.h.i
  install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
         @$(NORMAL_INSTALL)
         test -z "$(bindir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(bindir)"
-       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
-         p1=`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'`; \
-         if test -f $$p \
-         ; then \
-           f=`echo "$$p1" | sed 's,^.*/,,;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
-          echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) '$$p' '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
-          $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) "$$p" "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f" || exit 1; \
-         else :; fi; \
-       done
+       @list='$(bin_PROGRAMS)'; test -n "$(bindir)" || list=; \
+       for p in $$list; do echo "$$p $$p"; done | \
+       sed 's/$(EXEEXT)$$//' | \
+       while read p p1; do if test -f $$p; \
+         then echo "$$p"; echo "$$p"; else :; fi; \
+       done | \
+       sed -e 'p;s,.*/,,;n;h' -e 's|.*|.|' \
+           -e 'p;x;s,.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/' | \
+       sed 'N;N;N;s,\n, ,g' | \
+       $(AWK) 'BEGIN { files["."] = ""; dirs["."] = 1 } \
+         { d=$$3; if (dirs[d] != 1) { print "d", d; dirs[d] = 1 } \
+           if ($$2 == $$4) files[d] = files[d] " " $$1; \
+           else { print "f", $$3 "/" $$4, $$1; } } \
+         END { for (d in files) print "f", d, files[d] }' | \
+       while read type dir files; do \
+           if test "$$dir" = .; then dir=; else dir=/$$dir; fi; \
+           test -z "$$files" || { \
+             echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files '$(DESTDIR)$(bindir)$$dir'"; \
+             $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files "$(DESTDIR)$(bindir)$$dir" || exit $$?; \
+           } \
+       ; done
  
  uninstall-binPROGRAMS:
         @$(NORMAL_UNINSTALL)
-       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
-         f=`echo "$$p" | sed 's,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
-         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
-         rm -f "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f"; \
-       done
+       @list='$(bin_PROGRAMS)'; test -n "$(bindir)" || list=; \
+       files=`for p in $$list; do echo "$$p"; done | \
+         sed -e 'h;s,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform)' \
+             -e 's/$$/$(EXEEXT)/' `; \
+       test -n "$$list" || exit 0; \
+       echo " ( cd '$(DESTDIR)$(bindir)' && rm -f" $$files ")"; \
+       cd "$(DESTDIR)$(bindir)" && rm -f $$files
  
  clean-binPROGRAMS:
         -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
@@ -475,728 +522,728 @@ distclean-compile:
  
  .cpp.o:
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
  
  .cpp.obj:
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
  
  FullPairwiseAlign.o: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
  
  FullPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
  
  FastPairwiseAlign.o: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
  
  FastPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
  
  MSFFileParser.o: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
  
  MSFFileParser.obj: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
  
  FileReader.o: ./fileInput/FileReader.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
  
  FileReader.obj: ./fileInput/FileReader.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
  
  PIRFileParser.o: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
  
  PIRFileParser.obj: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
  
  RSFFileParser.o: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
  
  RSFFileParser.obj: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
  
  GDEFileParser.o: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
  
  GDEFileParser.obj: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
  
  InFileStream.o: ./fileInput/InFileStream.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
  
  InFileStream.obj: ./fileInput/InFileStream.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
  
  ClustalFileParser.o: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
  
  ClustalFileParser.obj: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
  
  PearsonFileParser.o: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
  
  PearsonFileParser.obj: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
  
  FileParser.o: ./fileInput/FileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
  
  FileParser.obj: ./fileInput/FileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
  
  EMBLFileParser.o: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
  
  EMBLFileParser.obj: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
  
  RootedClusterTree.o: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
  
  RootedClusterTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
  
  UPGMAAlgorithm.o: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
  
  UPGMAAlgorithm.obj: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
  
  Node.o: ./tree/UPGMA/Node.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
  
  Node.obj: ./tree/UPGMA/Node.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
  
  RootedGuideTree.o: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
  
  RootedGuideTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
  
  RootedTreeOutput.o: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
  
  RootedTreeOutput.obj: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
  
  Tree.o: ./tree/Tree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
  
  Tree.obj: ./tree/Tree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
  
  ClusterTree.o: ./tree/ClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
  
  ClusterTree.obj: ./tree/ClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
  
  TreeInterface.o: ./tree/TreeInterface.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
  
  TreeInterface.obj: ./tree/TreeInterface.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
  
  UnRootedClusterTree.o: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
  
  UnRootedClusterTree.obj: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
  
  ClusterTreeOutput.o: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
  
  ClusterTreeOutput.obj: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
  
  RandomGenerator.o: ./tree/RandomGenerator.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
  
  RandomGenerator.obj: ./tree/RandomGenerator.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
  
  NJTree.o: ./tree/NJTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
  
  NJTree.obj: ./tree/NJTree.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
  
  AlignmentSteps.o: ./tree/AlignmentSteps.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
  
  AlignmentSteps.obj: ./tree/AlignmentSteps.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
  
  InteractiveMenu.o: ./interface/InteractiveMenu.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
  
  InteractiveMenu.obj: ./interface/InteractiveMenu.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
  
  CommandLineParser.o: ./interface/CommandLineParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
  
  CommandLineParser.obj: ./interface/CommandLineParser.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
  
  SubMatrix.o: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
  
  SubMatrix.obj: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
  
  Iteration.o: ./multipleAlign/Iteration.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
  
  Iteration.obj: ./multipleAlign/Iteration.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
  
  MSA.o: ./multipleAlign/MSA.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
  
  MSA.obj: ./multipleAlign/MSA.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
  
  MyersMillerProfileAlign.o: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
  
  MyersMillerProfileAlign.obj: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
  
  ProfileStandard.o: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
  
  ProfileStandard.obj: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
  
  ProfileWithSub.o: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
  
  ProfileWithSub.obj: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
  
  ProfileBase.o: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
  
  ProfileBase.obj: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
  
  LowScoreSegProfile.o: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
  
  LowScoreSegProfile.obj: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
  
  OutputFile.o: ./general/OutputFile.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
  
  OutputFile.obj: ./general/OutputFile.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
  
  UserParameters.o: ./general/UserParameters.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
  
  UserParameters.obj: ./general/UserParameters.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
  
  Utility.o: ./general/Utility.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Utility.cpp' object='Utility.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
  
  Utility.obj: ./general/Utility.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Utility.cpp' object='Utility.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
  
  InvalidCombination.o: ./general/InvalidCombination.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
  
  InvalidCombination.obj: ./general/InvalidCombination.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
  
  DebugLog.o: ./general/DebugLog.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
  
  DebugLog.obj: ./general/DebugLog.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
  
  ClustalWResources.o: ./general/ClustalWResources.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
  
  ClustalWResources.obj: ./general/ClustalWResources.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
  
  VectorOutOfRange.o: ./general/VectorOutOfRange.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
  
  VectorOutOfRange.obj: ./general/VectorOutOfRange.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
  
  SymMatrix.o: ./general/SymMatrix.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
  
  SymMatrix.obj: ./general/SymMatrix.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
  
  Stats.o: ./general/Stats.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Stats.cpp' object='Stats.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
  
  Stats.obj: ./general/Stats.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Stats.cpp' object='Stats.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
  
  Help.o: ./Help.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Help.cpp' object='Help.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
  
  Help.obj: ./Help.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Help.cpp' object='Help.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
  
  Alignment.o: ./alignment/Alignment.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
  
  Alignment.obj: ./alignment/Alignment.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
  
  AlignmentOutput.o: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
  
  AlignmentOutput.obj: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
  
  ObjectiveScore.o: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
  
  ObjectiveScore.obj: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
  
  Sequence.o: ./alignment/Sequence.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
  
  Sequence.obj: ./alignment/Sequence.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
  
  Clustal.o: ./Clustal.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Clustal.cpp' object='Clustal.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
  
  Clustal.obj: ./Clustal.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Clustal.cpp' object='Clustal.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
  
  main.o: ./main.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./main.cpp' object='main.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
  
  main.obj: ./main.cpp
  @am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
+@am__fastdepCXX_TRUE@  $(am__mv) $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./main.cpp' object='main.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
  @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
  @am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
@@ -1208,7 +1255,7 @@ main.obj: ./main.cpp
  #     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
  # (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
  $(RECURSIVE_TARGETS):
-       @failcom='exit 1'; \
+       @fail= failcom='exit 1'; \
         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
           case $$f in \
             *=* | --[!k]*);; \
@@ -1225,7 +1272,7 @@ $(RECURSIVE_TARGETS):
           else \
             local_target="$$target"; \
           fi; \
-         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
           || eval $$failcom; \
         done; \
         if test "$$dot_seen" = "no"; then \
@@ -1233,7 +1280,7 @@ $(RECURSIVE_TARGETS):
         fi; test -z "$$fail"
  
  $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
-       @failcom='exit 1'; \
+       @fail= failcom='exit 1'; \
         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
           case $$f in \
             *=* | --[!k]*);; \
@@ -1259,16 +1306,16 @@ $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
           else \
             local_target="$$target"; \
           fi; \
-         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
+         ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
           || eval $$failcom; \
         done && test -z "$$fail"
  tags-recursive:
         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
+         test "$$subdir" = . || ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
         done
  ctags-recursive:
         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
+         test "$$subdir" = . || ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
         done
  
  ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
@@ -1283,7 +1330,7 @@ tags: TAGS
  
  TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
-       tags=; \
+       set x; \
         here=`pwd`; \
         if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
           include_option=--etags-include; \
@@ -1295,7 +1342,7 @@ TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
           if test "$$subdir" = .; then :; else \
             test ! -f $$subdir/TAGS || \
-             tags="$$tags $$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
+             set "$$@" "$$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
           fi; \
         done; \
         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
@@ -1304,29 +1351,34 @@ TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
           done | \
           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
-       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
+       shift; \
+       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$*$$unique"; then :; else \
           test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
-         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
-           $$tags $$unique; \
+         if test $$# -gt 0; then \
+           $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+             "$$@" $$unique; \
+         else \
+           $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
+             $$unique; \
+         fi; \
         fi
  ctags: CTAGS
  CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
-       tags=; \
         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
         unique=`for i in $$list; do \
             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
           done | \
           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
-       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
+       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$unique" \
           || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
-            $$tags $$unique
+            $$unique
  
  GTAGS:
         here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
-         && cd $(top_srcdir) \
-         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
+         && $(am__cd) $(top_srcdir) \
+         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) "$$here"
  
  distclean-tags:
         -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
@@ -1347,29 +1399,44 @@ distdir: $(DISTFILES)
           if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
           if test -d $$d/$$file; then \
             dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
+           if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
+             find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
+           fi; \
             if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
-             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+             cp -fpR $(srcdir)/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
+             find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
             fi; \
-           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
+           cp -fpR $$d/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
           else \
-           test -f $(distdir)/$$file \
-           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
+           test -f "$(distdir)/$$file" \
+           || cp -p $$d/$$file "$(distdir)/$$file" \
             || exit 1; \
           fi; \
         done
-       list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+       @list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
           if test "$$subdir" = .; then :; else \
             test -d "$(distdir)/$$subdir" \
             || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
             || exit 1; \
-           distdir=`$(am__cd) $(distdir) && pwd`; \
-           top_distdir=`$(am__cd) $(top_distdir) && pwd`; \
-           (cd $$subdir && \
+         fi; \
+       done
+       @list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
+         if test "$$subdir" = .; then :; else \
+           dir1=$$subdir; dir2="$(distdir)/$$subdir"; \
+           $(am__relativize); \
+           new_distdir=$$reldir; \
+           dir1=$$subdir; dir2="$(top_distdir)"; \
+           $(am__relativize); \
+           new_top_distdir=$$reldir; \
+           echo " (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) top_distdir="$$new_top_distdir" distdir="$$new_distdir" \\"; \
+           echo "     am__remove_distdir=: am__skip_length_check=: am__skip_mode_fix=: distdir)"; \
+           ($(am__cd) $$subdir && \
               $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
-               top_distdir="$$top_distdir" \
-               distdir="$$distdir/$$subdir" \
+               top_distdir="$$new_top_distdir" \
+               distdir="$$new_distdir" \
                 am__remove_distdir=: \
                 am__skip_length_check=: \
+               am__skip_mode_fix=: \
                 distdir) \
               || exit 1; \
           fi; \
@@ -1402,6 +1469,7 @@ clean-generic:
  
  distclean-generic:
         -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
+       -test . = "$(srcdir)" || test -z "$(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)
  
  maintainer-clean-generic:
         @echo "This command is intended for maintainers to use"
@@ -1422,6 +1490,8 @@ dvi-am:
  
  html: html-recursive
  
+html-am:
+
  info: info-recursive
  
  info-am:
@@ -1430,18 +1500,28 @@ install-data-am:
  
  install-dvi: install-dvi-recursive
  
+install-dvi-am:
+
  install-exec-am: install-binPROGRAMS
  
  install-html: install-html-recursive
  
+install-html-am:
+
  install-info: install-info-recursive
  
+install-info-am:
+
  install-man:
  
  install-pdf: install-pdf-recursive
  
+install-pdf-am:
+
  install-ps: install-ps-recursive
  
+install-ps-am:
+
  installcheck-am:
  
  maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
@@ -1463,8 +1543,8 @@ ps-am:
  
  uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
  
-.MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) install-am \
-       install-strip
+.MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) all \
+       ctags-recursive install-am install-strip tags-recursive
  
  .PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
         all all-am check check-am clean clean-binPROGRAMS \
@@ -1481,6 +1561,7 @@ uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
         mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags tags-recursive \
         uninstall uninstall-am uninstall-binPROGRAMS
  
+
  # Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
  # Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
  .NOEXPORT: