Adding DisEMBL dependency Tisean executable
[jabaws.git] / binaries / src / disembl / Tisean_3.0.1 / source_c / rescale.c
diff --git a/binaries/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/rescale.c b/binaries/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/rescale.c
new file mode 100644 (file)
index 0000000..86911e6
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,185 @@
+/*
+ *   This file is part of TISEAN
+ *
+ *   Copyright (c) 1998-2007 Rainer Hegger, Holger Kantz, Thomas Schreiber
+ *
+ *   TISEAN is free software; you can redistribute it and/or modify
+ *   it under the terms of the GNU General Public License as published by
+ *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+ *   (at your option) any later version.
+ *
+ *   TISEAN is distributed in the hope that it will be useful,
+ *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ *   GNU General Public License for more details.
+ *
+ *   You should have received a copy of the GNU General Public License
+ *   along with TISEAN; if not, write to the Free Software
+ *   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
+ */
+/*Author: Rainer Hegger. Last modified: Nov 23, 2000 */
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <limits.h>
+#include <math.h>
+#include "routines/tsa.h"
+
+#define WID_STR "Rescales the data"
+
+unsigned long length=ULONG_MAX,exclude=0;
+unsigned int dim=1;
+unsigned int verbosity=0xff;
+char *column=NULL;
+char *outfile=NULL,stdo=1,set_av=0,set_var=0,dimset=0;
+char *infile=NULL;
+double **series;
+double xmin=0.0,xmax=1.0;
+
+void show_options(char *progname)
+{
+  what_i_do(progname,WID_STR);
+  fprintf(stderr," Usage: %s [options]\n",progname);
+  fprintf(stderr," Options:\n");
+  fprintf(stderr,"Everything not being a valid option will be interpreted"
+          " as a possible"
+          " datafile.\nIf no datafile is given stdin is read. Just - also"
+          " means stdin\n");
+  fprintf(stderr,"\t-l # of data to use [default: whole file]\n");
+  fprintf(stderr,"\t-x # of lines to ignore [default: 0]\n");
+  fprintf(stderr,"\t-m # of components to be read [default: %u]\n",dim);
+  fprintf(stderr,"\t-c columns to read [default: 1,...,# of components]\n");
+  fprintf(stderr,"\t-z minimum of the new series [default: 0.0]\n");
+  fprintf(stderr,"\t-Z maximum of the new series [default: 1.0]\n");
+  fprintf(stderr,"\t-a create a series with average value equals 0\n");
+  fprintf(stderr,"\t-v create a series with variance 1\n");
+  fprintf(stderr,"\t-o output file name [default: 'datafile'.res']\n");
+  fprintf(stderr,"\t-V verbosity level [default: 1]\n\t\t"
+          "0='only panic messages'\n\t\t"
+          "1='+ input/output messages'\n");
+  fprintf(stderr,"\t-h show these options\n");
+  exit(0);
+}
+
+void scan_options(int n,char **in)
+{
+  char *out;
+
+  if ((out=check_option(in,n,'l','u')) != NULL)
+    sscanf(out,"%lu",&length);
+  if ((out=check_option(in,n,'x','u')) != NULL)
+    sscanf(out,"%lu",&exclude);
+  if ((out=check_option(in,n,'m','u')) != NULL) {
+    sscanf(out,"%u",&dim);
+    dimset=1;
+  }
+  if ((out=check_option(in,n,'c','s')) != NULL)
+    column=out;
+  if ((out=check_option(in,n,'V','u')) != NULL)
+    sscanf(out,"%u",&verbosity);
+  if ((out=check_option(in,n,'z','f')) != NULL)
+    sscanf(out,"%lf",&xmin);
+  if ((out=check_option(in,n,'Z','f')) != NULL)
+    sscanf(out,"%lf",&xmax);
+  if ((out=check_option(in,n,'a','n')) != NULL)
+    set_av=1;
+  if ((out=check_option(in,n,'v','n')) != NULL)
+    set_var=1;
+  if ((out=check_option(in,n,'o','o')) != NULL) {
+    stdo=0;
+    if (strlen(out) > 0)
+      outfile=out;
+  }
+}
+
+int main(int argc,char **argv)
+{
+  char stdi=0;
+  FILE *file;
+  double min,max;
+  double av,varianz;
+  long i,n;
+    
+  if (scan_help(argc,argv))
+    show_options(argv[0]);
+
+  scan_options(argc,argv);
+#ifndef OMIT_WHAT_I_DO
+  if (verbosity&VER_INPUT)
+    what_i_do(argv[0],WID_STR);
+#endif
+
+  infile=search_datafile(argc,argv,NULL,verbosity);
+  if (infile == NULL)
+    stdi=1;
+
+  if (outfile == NULL) {
+    if (!stdi) {
+      check_alloc(outfile=(char*)calloc(strlen(infile)+5,(size_t)1));
+      strcpy(outfile,infile);
+      strcat(outfile,".res");
+    }
+    else {
+      check_alloc(outfile=(char*)calloc((size_t)10,(size_t)1));
+      strcpy(outfile,"stdin.res");
+    }
+  }
+  if (!stdo)
+    test_outfile(outfile);
+
+  if (xmin >= xmax) {
+    fprintf(stderr,"Choosing the minimum larger or equal the maximum\n"
+           "makes no sense. Exiting!\n");
+    exit(RESCALE__WRONG_INTERVAL);
+  }
+
+  if (column == NULL)
+    series=(double**)get_multi_series(infile,&length,exclude,&dim,"",dimset,
+                                     verbosity);
+  else
+    series=(double**)get_multi_series(infile,&length,exclude,&dim,column,
+                                     dimset,verbosity);
+
+  for (n=0;n<dim;n++) {
+    variance(series[n],length,&av,&varianz);
+    
+    if (set_av)
+      for (i=0;i<length;i++)
+       series[n][i] -= av;
+
+    if (set_var)
+      for (i=0;i<length;i++)
+       series[n][i] /= varianz;
+  
+    if (!set_var && !set_av) {
+      rescale_data(series[n],length,&min,&max);
+      for (i=0;i<length;i++)
+       series[n][i]=series[n][i]*(xmax-xmin)+xmin;
+    }
+  }
+
+  if (stdo) {
+    if (verbosity&VER_INPUT)
+      fprintf(stderr,"Writing to stdout\n");
+    for (i=0;i<length;i++) {
+      fprintf(stdout,"%e",series[0][i]);
+      for (n=1;n<dim;n++)
+       fprintf(stdout," %e",series[n][i]);
+      fprintf(stdout,"\n");
+    }
+  }
+  else {
+    file=fopen(outfile,"w");
+    if (verbosity&VER_INPUT)
+      fprintf(stderr,"Opened %s for writing\n",outfile);
+    for (i=0;i<length;i++) {
+      fprintf(file,"%e",series[0][i]);
+      for (n=1;n<dim;n++)
+       fprintf(file," %e",series[n][i]);
+      fprintf(file,"\n");
+    }
+    fclose(file);
+  }
+
+  return 0;
+}