Add SS prediction for multiple aligment into jpred.pl. Before this was a part of...

[jabaws.git] / binaries / src / jpred / tests / todo.bash

diff --git a/binaries/src/jpred/tests/todo.bash b/binaries/src/jpred/tests/todo.bash
index 030ea8a..47417f2 100755 (executable)
--- a/binaries/src/jpred/tests/todo.bash
+++ b/binaries/src/jpred/tests/todo.bash
@@ -21,9 +21,11 @@ ln -s /data/UNIREFdb databases
 
 
 ####################################################################################################
-../jpred.pl -seq d16vpa_.fas -o res_d16vpa_ -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
-../jpred.pl -seq SCOP175B_nr.seq -o res_SCOP175B_nr -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
-../jpred.pl -seq T-state1.fas    -o res_T-state1.res -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
-../jpred.pl -seq T-state2.fas    -o res_T-state2.res -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -seq -in d16vpa_.fas  -outfile d16vpa_.res.fasta      -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -seq -in d1b3aa_.fas  -outfile d1b3aa_.res.fasta      -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -seq -in T-state1.fas -outfile res_T-state1.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -seq -in T-state2.fas -outfile res_T-state2.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
 
-./webscripts/fasta2concise < d16vpa_.res.align > d16vpa_.res.align.csv
+../jpred.pl -in alignment.msf   -outfile alignment_from_msf.res.fasta   -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -in alignment.blc   -outfile alignment_from_blc.res.fasta   -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug
+../jpred.pl -in alignment.fasta -outfile alignment_from_fasta.res.fasta -dbname ported_db -dbpath /data/UNIREFdb/ -ncpu 4 -debug