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JWS-112 Bumping version of Mafft to version 7.310.
[jabaws.git] / binaries / src / mafft / core / mltaln.h
diff --git a/binaries/src/mafft/core/mltaln.h b/binaries/src/mafft/core/mltaln.h
index 459b917..962cea3 100644 (file)
--- a/binaries/src/mafft/core/mltaln.h
+++ b/binaries/src/mafft/core/mltaln.h
@@ -6,6 +6,7 @@
 #else
 #endif
 
+#include "mafft.h"
 #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>
 #include <stddef.h>
@@ -15,13 +16,17 @@
 #include <math.h>
 #include <ctype.h>
 #include "mtxutl.h"
-#include <float.h>
+//#include <double.h>
+#include <stdarg.h>
 #ifdef enablemultithread
 #include <pthread.h>
 #endif
+#ifndef mingw
+#include <sys/resource.h> // for setstacksize, 2016/Jun
+#endif
 
-#define VERSION "6.857b"
-#define SHOWVERSION fprintf( stderr, "%s (%s) Version " VERSION " alg=%c, model=%s\n%d thread(s)\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":"aa", alg, modelname, nthread )
+#define VERSION "7.310"
+#define SHOWVERSION reporterr( "%s (%s) Version " VERSION " alg=%c, model=%s, amax=%3.1f\n%d thread(s)\n\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":((nblosum==-2)?"text":"aa"), alg, modelname, specificityconsideration, nthread )
 
 #define FFT_THRESHOLD  80
 #define FFT_WINSIZE_P   20
@@ -29,12 +34,13 @@
 #define DISPSEQF  60
 #define DISPSITEI    0
 #define MAXITERATION 500
-#define M   50000       /* njob no saidaiti */
+#define M  500000       /* njob no saidaiti */
 #define N 5000000       /* nlen no saidaiti */
 #define MAXSEG 100000
 #define B     256
 #define C     60       /*  1 gyou no mojisuu */
 #define D      6
+#define DFORMAT      "%#6.3f"
 #define rnd() ( ( 1.0 / ( RAND_MAX + 1.0 ) ) * rand() )
 #define MAX(X,Y)    ( ((X)>(Y))?(X):(Y) )
 #define MIN(X,Y)    ( ((X)<(Y))?(X):(Y) )
@@ -51,19 +57,21 @@
 #define JTT 201
 #define TM  202
 
-extern char modelname[100];
+extern char modelname[500];
 extern int njob, nlenmax;
-extern int amino_n[0x80];
-extern char amino_grp[0x80];
-extern int amino_dis[0x80][0x80];
-extern int amino_disLN[0x80][0x80];
-extern double amino_dis_consweight_multi[0x80][0x80];
-extern int n_dis[26][26];
-extern int n_disFFT[26][26];
-extern float n_dis_consweight_multi[26][26];
-extern char amino[26];
-extern double polarity[20];
-extern double volume[20];
+extern int amino_n[0x100];
+extern char amino_grp[0x100];
+//extern int amino_dis[0x100][0x100];
+extern int **amino_dis;
+extern double **n_disLN;
+//extern double amino_dis_consweight_multi[0x100][0x100];
+extern double **amino_dis_consweight_multi;
+extern int **n_dis;
+extern int **n_disFFT;
+extern double **n_dis_consweight_multi;
+extern unsigned char amino[0x100];
+extern double polarity[0x100];
+extern double volume[0x100];
 extern int ribosumdis[37][37];
 
 extern int ppid;
@@ -89,12 +97,16 @@ extern int refine;
 extern int check;
 extern double cut;
 extern int cooling;
+extern int trywarp;
 extern int penalty, ppenalty, penaltyLN;
+extern int penalty_dist, ppenalty_dist;
 extern int RNApenalty, RNAppenalty;
 extern int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
 extern int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
 extern int penalty_EX, ppenalty_EX;
 extern int penalty_OP, ppenalty_OP;
+extern int penalty_shift;
+extern double penalty_shift_factor;
 extern int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
 extern int RNAthr, RNApthr;
 extern int scoremtx;
@@ -120,7 +132,7 @@ extern int tbrweight;
 extern int disopt;
 extern int pamN;
 extern int checkC;
-extern float geta2;
+extern double geta2;
 extern int treemethod;
 extern int kimuraR;
 extern char *swopt;
@@ -129,8 +141,8 @@ extern int score_check;
 extern char *inputfile;
 extern char *addfile;
 extern int addprofile;
-extern float consweight_multi;
-extern float consweight_rna;
+extern double consweight_multi;
+extern double consweight_rna;
 extern char RNAscoremtx;
 
 extern char *signalSM;
@@ -150,24 +162,24 @@ extern double Cscore_m_1( char **, int, int, double ** );
 extern double score_m_1(  char **, int, int, double ** );
 extern double score_calc0( char **, int, double **, int );
 extern char seqcheck( char ** );
-extern float substitution( char *, char * );
-extern float substitution_score( char *, char * );
-extern float substitution_nid( char *, char * );
-extern float substitution_hosei( char *, char * );
+extern double substitution( char *, char * );
+extern double substitution_score( char *, char * );
+extern double substitution_nid( char *, char * );
+extern double substitution_hosei( char *, char * );
 extern double ipower( double, int );
-extern float translate_and_Calign();
-extern float A__align();
-extern float A__align11();
-extern float A__align_gapmap();
-extern float partA__align();
-extern float L__align11();
-extern float G__align11();
-extern float Falign();
-extern float Falign_localhom();
-extern float Conalign();
-extern float Aalign();
-extern float imp_match_out_sc( int, int );
-extern float part_imp_match_out_sc( int, int );
+extern double translate_and_Calign();
+extern double A__align();
+extern double A__align11();
+extern double A__align_gapmap();
+extern double partA__align();
+extern double L__align11( double **scoringmtx, double scoreoffset, char **seq1, char **seq2, int alloclen, int *off1pt, int *off2pt );
+extern double G__align11();
+extern double Falign();
+extern double Falign_localhom();
+extern double Conalign();
+extern double Aalign();
+extern double imp_match_out_sc( int, int );
+extern double part_imp_match_out_sc( int, int );
 extern void ErrorExit();
 extern void cpmx_calc();
 extern void intergroup_score( char **, char **, double *, double *, int, int, int, double * );
@@ -177,7 +189,6 @@ extern char seqcheck( char ** );
 
 typedef struct _LocalHom
 {
-       int nokori;
        struct _LocalHom *next;
        struct _LocalHom *last;
        int start1;
@@ -188,9 +199,11 @@ typedef struct _LocalHom
        int overlapaa;
        int extended;
        double importance;
-       float fimportance;
-       double wimportance;
+       double rimportance;
+//     double fimportance;
+//     double wimportance;
        char korh;
+       int nokori;
 } LocalHom;
 
 typedef struct _NodeInCub
@@ -253,17 +266,17 @@ typedef struct _Fukusosuu
 typedef struct _Gappattern
 {
        int len;
-       float freq;
+       double freq;
 } Gappat;
 
 typedef struct _RNApair
 {
        int uppos;
-       float upscore;
+       double upscore;
        int downpos;
-       float downscore;
+       double downscore;
        int bestpos;
-       float bestscore;
+       double bestscore;
 } RNApair;
 
 typedef struct _Treedep
@@ -271,8 +284,16 @@ typedef struct _Treedep
        int child0;
        int child1;
        int done;
+       double distfromtip;
 } Treedep;
 
+typedef struct _Addtree
+{
+       int nearest;
+       double dist1;
+       char *neighbors;
+       double dist2;
+} Addtree;
 
 #include "fft.h"
 #include "dp.h"
@@ -297,6 +318,22 @@ extern int parallelizationstrategy;
 #define BAATARI2 3
 
 extern int scoreout;
+extern int spscoreout;
 extern int outnumber;
 
-extern char *newgapstr;
+extern int legacygapcost;
+extern double minimumweight;
+extern int nwildcard;
+
+extern TLS char *newgapstr;
+
+extern int nalphabets;
+extern int nscoredalphabets;
+extern double specificityconsideration;
+extern int ndistclass, maxdistclass;
+
+extern int gmsg;
+
+extern double sueff_global;
+extern double lenfaca, lenfacb, lenfacc, lenfacd;
+int maxl, tsize;