Removing old version of mafft to replace with the new

[jabaws.git] / binaries / src / mafft / extensions / mxscarna_src / Makefile

diff --git a/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/Makefile b/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/Makefile
deleted file mode 100644 (file)
index 359e15b..0000000
--- a/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,76 +0,0 @@
-################################################################################
-# Makefile for probcons
-################################################################################
-
-################################################################################
-# 1) Choose C++ compiler.
-################################################################################
-
-CXX = g++
-
-################################################################################
-# 2) Set C++ flags.
-#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
-#    b) PROFILE mode -- for gprof
-#    c) RELEASE mode
-################################################################################
-BIG_INLINE_LIMIT = 20000
-
-PROBCONS = ./probconsRNA
-VIENNA   = ./vienna
-
-# no -Wall option for warning
-CXXFLAGS = -O3 -funroll-loops -finline-limit=$(BIG_INLINE_LIMIT)
-OFLAGS = -DNDEBUG -DNumInsertStates=1 -DVERSION="2.0" $(CXXFLAGS) $(CFLAGS1)
-LIBS = -L$(PROBCONS)  -L./
-INCL = -I$(PROBCONS) -I$(VIENNA) -I./
-
-################################################################################
-# 3) Dependencies
-################################################################################
-
-TARGETS = mxscarna 
-
-OBJS = Main.o McCaskill.o vienna/energy_param.o seq2scs.o Globaldp.o postProcessings.o AlifoldMEA.o
-
-.PHONY : all
-all : $(TARGETS) 
-
-mxscarna : $(OBJS)
-       $(CXX) $(LIBS) $(OFLAGS) -lm -o $@ $(OBJS)
-
-rfold:  
-       cd $(RFOLD); \
-       make; \
-       cd .. \
-       cd ..
-probcons:
-       cd $(PROBCONS); \
-       make; \
-       cd .. 
-
-#probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
-#      $(CXX) -lm -o probcons $(OBJS)
-#Main.cc 
-
-Main.o :  $(PROBCONS)/SafeVector.h $(PROBCONS)/FileBuffer.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/EvolutionaryTree.h scarna.hpp BPPMatrix.hpp StemCandidate.hpp Globaldp.hpp AlifoldMEA.h Main.cc
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Main.cc -o Main.o
-McCaskill.o: McCaskill.hpp $(VIENNA)/energy_param.hpp Util.hpp Beta.hpp ScoreType.hpp McCaskill.cpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c McCaskill.cpp -o McCaskill.o
-$(VIENNA)/energy_param.o: $(VIENNA)/energy_param.hpp $(VIENNA)/energy_param.cpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c $(VIENNA)/energy_param.cpp -o $(VIENNA)/energy_param.o
-seq2scs.o: $(PROBCONS)/SafeVector.h StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h BPPMatrix.hpp nrutil.h seq2scs.cpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c seq2scs.cpp -o seq2scs.o
-Globaldp.o: Globaldp.hpp nrutil.h Util.hpp Beta.hpp scarna.hpp StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h BPPMatrix.hpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Globaldp.cpp -o Globaldp.o
-GlobalParameters.o: scarna.hpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c GlobalParameters.cpp -o GlobalParameters.o
-postProcessings.o: StemCandidate.hpp scarna.hpp
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c postProcessings.cpp -o postProcessings.o
-AlifoldMEA.o: nrutil.h Util.hpp Beta.hpp BPPMatrix.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/SafeVector.h
-       $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c AlifoldMEA.cpp -o AlifoldMEA.o
-
-.PHONY : clean
-clean:
-       rm -f $(TARGETS) *.o *.h~ *.hpp~ *.cpp~ *.cc~ $(VIENNA)/*.o 
-       $(MAKE) -C $(PROBCONS) clean