Removing old version of mafft to replace with the new

[jabaws.git] / binaries / src / mafft / extensions / mxscarna_src / probconsRNA / Makefile

diff --git a/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile b/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile
deleted file mode 100644 (file)
index d7581ec..0000000
--- a/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,58 +0,0 @@
-################################################################################
-# Makefile for probcons
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-
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-# 1) Choose C++ compiler.
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-
-CXX = g++
-
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-# 2) Set C++ flags.
-#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
-#    b) PROFILE mode -- for gprof
-#    c) RELEASE mode
-################################################################################
-
-OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.10"
-
-# debug mode    
-#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
-
-# profile mode
-#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
-
-# release mode
-#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
-CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
-
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-# 3) Dependencies
-################################################################################
-
-TARGETS = probcons 
-#compare project makegnuplot
-
-.PHONY : all
-all : $(TARGETS)
-
-#probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
-probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h
-       $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc 
-
-compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
-       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
-
-fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
-       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
-
-project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
-       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
-
-makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
-       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
-
-.PHONY : clean
-clean:
-       rm -f $(TARGETS)