new mafft v 6.857 with extensions

[jabaws.git] / binaries / src / mafft / extensions / mxscarna_src / probconsRNA / Makefile

diff --git a/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile b/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d7581ec
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile
@@ -0,0 +1,58 @@
+################################################################################
+# Makefile for probcons
+################################################################################
+
+################################################################################
+# 1) Choose C++ compiler.
+################################################################################
+
+CXX = g++
+
+################################################################################
+# 2) Set C++ flags.
+#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
+#    b) PROFILE mode -- for gprof
+#    c) RELEASE mode
+################################################################################
+
+OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.10"
+
+# debug mode    
+#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
+
+# profile mode
+#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
+
+# release mode
+#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
+CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
+
+################################################################################
+# 3) Dependencies
+################################################################################
+
+TARGETS = probcons 
+#compare project makegnuplot
+
+.PHONY : all
+all : $(TARGETS)
+
+#probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
+probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc 
+
+compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
+
+fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
+
+project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
+
+makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
+       $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
+
+.PHONY : clean
+clean:
+       rm -f $(TARGETS)