JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / 1EXT-4.pdb
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/1EXT-4.pdb b/binaries/src/tcoffee/example/1EXT-4.pdb
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f32b3c7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,229 @@
+ATOM    975  N   THR A 138       4.068   6.572  12.011  1.00 12.82           N  
+ATOM    976  CA  THR A 138       4.727   6.067  13.208  1.00 14.40           C  
+ATOM    977  C   THR A 138       5.566   4.847  12.787  1.00 11.38           C  
+ATOM    978  O   THR A 138       5.020   3.803  12.425  1.00 10.29           O  
+ATOM    979  CB  THR A 138       3.716   5.653  14.303  1.00 16.84           C  
+ATOM    980  OG1 THR A 138       2.783   6.719  14.527  1.00 19.70           O  
+ATOM    981  CG2 THR A 138       4.448   5.356  15.608  1.00 14.78           C  
+ATOM    982  N   CYS A 139       6.887   4.999  12.781  1.00 13.06           N  
+ATOM    983  CA  CYS A 139       7.775   3.908  12.395  1.00 13.12           C  
+ATOM    984  C   CYS A 139       7.700   2.735  13.364  1.00 15.45           C  
+ATOM    985  O   CYS A 139       7.467   2.916  14.571  1.00 14.01           O  
+ATOM    986  CB  CYS A 139       9.226   4.395  12.274  1.00 13.77           C  
+ATOM    987  SG  CYS A 139       9.497   5.663  10.987  1.00 11.73           S  
+ATOM    988  N   HIS A 140       7.850   1.531  12.819  1.00 13.89           N  
+ATOM    989  CA  HIS A 140       7.806   0.308  13.614  1.00 13.37           C  
+ATOM    990  C   HIS A 140       9.027   0.165  14.522  1.00 15.02           C  
+ATOM    991  O   HIS A 140      10.068   0.800  14.294  1.00 14.34           O  
+ATOM    992  CB  HIS A 140       7.689  -0.898  12.682  1.00 13.39           C  
+ATOM    993  CG  HIS A 140       6.438  -0.890  11.855  1.00 12.47           C  
+ATOM    994  ND1 HIS A 140       6.334  -1.546  10.649  1.00 11.65           N  
+ATOM    995  CD2 HIS A 140       5.231  -0.311  12.075  1.00 12.82           C  
+ATOM    996  CE1 HIS A 140       5.118  -1.376  10.162  1.00 10.25           C  
+ATOM    997  NE2 HIS A 140       4.428  -0.631  11.008  1.00 12.29           N  
+ATOM    998  N   ALA A 141       8.894  -0.661  15.557  1.00 14.15           N  
+ATOM    999  CA  ALA A 141       9.993  -0.889  16.497  1.00 14.27           C  
+ATOM   1000  C   ALA A 141      11.256  -1.302  15.716  1.00 12.63           C  
+ATOM   1001  O   ALA A 141      11.181  -2.092  14.781  1.00 12.52           O  
+ATOM   1002  CB  ALA A 141       9.597  -1.962  17.527  1.00 13.98           C  
+ATOM   1003  N   GLY A 142      12.397  -0.720  16.083  1.00 12.15           N  
+ATOM   1004  CA  GLY A 142      13.652  -1.019  15.417  1.00 11.27           C  
+ATOM   1005  C   GLY A 142      14.040   0.042  14.401  1.00 11.89           C  
+ATOM   1006  O   GLY A 142      15.152  -0.003  13.866  1.00 10.29           O  
+ATOM   1007  N   PHE A 143      13.153   1.015  14.168  1.00 11.68           N  
+ATOM   1008  CA  PHE A 143      13.388   2.100  13.208  1.00 10.25           C  
+ATOM   1009  C   PHE A 143      13.042   3.450  13.795  1.00 11.07           C  
+ATOM   1010  O   PHE A 143      12.281   3.525  14.752  1.00 11.91           O  
+ATOM   1011  CB  PHE A 143      12.472   1.935  11.979  1.00 10.94           C  
+ATOM   1012  CG  PHE A 143      12.704   0.674  11.191  1.00 11.76           C  
+ATOM   1013  CD1 PHE A 143      12.055  -0.516  11.540  1.00 11.74           C  
+ATOM   1014  CD2 PHE A 143      13.583   0.671  10.107  1.00 13.92           C  
+ATOM   1015  CE1 PHE A 143      12.277  -1.684  10.832  1.00 12.34           C  
+ATOM   1016  CE2 PHE A 143      13.823  -0.496   9.381  1.00 12.26           C  
+ATOM   1017  CZ  PHE A 143      13.167  -1.683   9.746  1.00 12.77           C  
+ATOM   1018  N   PHE A 144      13.572   4.515  13.192  1.00 11.00           N  
+ATOM   1019  CA  PHE A 144      13.306   5.889  13.633  1.00 11.81           C  
+ATOM   1020  C   PHE A 144      13.012   6.754  12.399  1.00 10.99           C  
+ATOM   1021  O   PHE A 144      13.539   6.481  11.319  1.00  8.79           O  
+ATOM   1022  CB  PHE A 144      14.417   6.477  14.545  1.00 12.36           C  
+ATOM   1023  CG  PHE A 144      15.776   6.651  13.888  1.00 12.33           C  
+ATOM   1024  CD1 PHE A 144      16.636   5.560  13.720  1.00 10.34           C  
+ATOM   1025  CD2 PHE A 144      16.217   7.926  13.502  1.00 10.66           C  
+ATOM   1026  CE1 PHE A 144      17.922   5.728  13.176  1.00  9.39           C  
+ATOM   1027  CE2 PHE A 144      17.506   8.111  12.956  1.00 11.23           C  
+ATOM   1028  CZ  PHE A 144      18.361   7.008  12.791  1.00  9.05           C  
+ATOM   1029  N   LEU A 145      12.112   7.727  12.535  1.00 10.36           N  
+ATOM   1030  CA  LEU A 145      11.747   8.609  11.419  1.00 10.52           C  
+ATOM   1031  C   LEU A 145      12.722   9.762  11.187  1.00  9.78           C  
+ATOM   1032  O   LEU A 145      12.928  10.586  12.068  1.00 11.27           O  
+ATOM   1033  CB  LEU A 145      10.327   9.170  11.617  1.00 10.62           C  
+ATOM   1034  CG  LEU A 145       9.657   9.952  10.464  1.00 10.75           C  
+ATOM   1035  CD1 LEU A 145       9.291   9.022   9.299  1.00 11.46           C  
+ATOM   1036  CD2 LEU A 145       8.388  10.629  10.977  1.00 11.15           C  
+ATOM   1037  N   ARG A 146      13.317   9.814   9.999  1.00  8.35           N  
+ATOM   1038  CA  ARG A 146      14.263  10.870   9.651  1.00  8.91           C  
+ATOM   1039  C   ARG A 146      14.352  10.976   8.128  1.00  8.46           C  
+ATOM   1040  O   ARG A 146      14.368   9.967   7.427  1.00  9.12           O  
+ATOM   1041  CB  ARG A 146      15.652  10.618  10.262  1.00  5.77           C  
+ATOM   1042  CG  ARG A 146      16.486  11.892  10.396  1.00  7.12           C  
+ATOM   1043  CD  ARG A 146      15.851  12.913  11.370  1.00  6.24           C  
+ATOM   1044  NE  ARG A 146      15.602  12.310  12.691  1.00  9.12           N  
+ATOM   1045  CZ  ARG A 146      16.530  12.110  13.626  1.00  9.26           C  
+ATOM   1046  NH1 ARG A 146      17.790  12.466  13.415  1.00 11.01           N  
+ATOM   1047  NH2 ARG A 146      16.205  11.507  14.754  1.00  9.62           N  
+ATOM   1048  N   GLU A 147      14.395  12.206   7.625  1.00  8.12           N  
+ATOM   1049  CA  GLU A 147      14.469  12.471   6.183  1.00  9.55           C  
+ATOM   1050  C   GLU A 147      13.275  11.832   5.431  1.00  8.65           C  
+ATOM   1051  O   GLU A 147      13.437  11.283   4.338  1.00  9.12           O  
+ATOM   1052  CB  GLU A 147      15.820  12.032   5.576  1.00  9.59           C  
+ATOM   1053  CG  GLU A 147      17.053  12.170   6.485  1.00 10.25           C  
+ATOM   1054  CD  GLU A 147      17.324  13.590   7.008  1.00 11.72           C  
+ATOM   1055  OE1 GLU A 147      16.660  14.555   6.575  1.00 12.58           O  
+ATOM   1056  OE2 GLU A 147      18.229  13.743   7.856  1.00 10.64           O  
+ATOM   1057  N   ASN A 148      12.095  11.870   6.065  1.00  7.96           N  
+ATOM   1058  CA  ASN A 148      10.836  11.327   5.511  1.00  8.96           C  
+ATOM   1059  C   ASN A 148      10.781   9.805   5.390  1.00  9.18           C  
+ATOM   1060  O   ASN A 148       9.845   9.262   4.789  1.00  9.24           O  
+ATOM   1061  CB  ASN A 148      10.585  11.949   4.121  1.00 10.21           C  
+ATOM   1062  CG  ASN A 148       9.106  12.136   3.807  1.00 10.21           C  
+ATOM   1063  OD1 ASN A 148       8.300  12.443   4.688  1.00 10.76           O  
+ATOM   1064  ND2 ASN A 148       8.751  11.991   2.536  1.00  9.59           N  
+ATOM   1065  N   GLU A 149      11.734   9.123   6.023  1.00  8.97           N  
+ATOM   1066  CA  GLU A 149      11.819   7.664   5.983  1.00  9.14           C  
+ATOM   1067  C   GLU A 149      11.965   7.013   7.351  1.00 10.66           C  
+ATOM   1068  O   GLU A 149      12.368   7.665   8.316  1.00  9.30           O  
+ATOM   1069  CB  GLU A 149      13.096   7.254   5.216  1.00  9.85           C  
+ATOM   1070  CG  GLU A 149      13.313   7.884   3.839  1.00  7.60           C  
+ATOM   1071  CD  GLU A 149      12.398   7.301   2.781  1.00  8.88           C  
+ATOM   1072  OE1 GLU A 149      11.818   6.217   2.995  1.00  9.14           O  
+ATOM   1073  OE2 GLU A 149      12.267   7.934   1.721  1.00  8.74           O  
+ATOM   1074  N   CYS A 150      11.672   5.713   7.413  1.00 10.13           N  
+ATOM   1075  CA  CYS A 150      11.803   4.955   8.655  1.00 10.93           C  
+ATOM   1076  C   CYS A 150      13.190   4.301   8.477  1.00  9.91           C  
+ATOM   1077  O   CYS A 150      13.377   3.438   7.613  1.00 10.72           O  
+ATOM   1078  CB  CYS A 150      10.683   3.918   8.801  1.00 11.29           C  
+ATOM   1079  SG  CYS A 150       9.090   4.684   9.254  1.00 11.39           S  
+ATOM   1080  N   VAL A 151      14.171   4.812   9.221  1.00  7.86           N  
+ATOM   1081  CA  VAL A 151      15.566   4.353   9.198  1.00  8.17           C  
+ATOM   1082  C   VAL A 151      15.908   3.330  10.292  1.00  9.20           C  
+ATOM   1083  O   VAL A 151      15.503   3.471  11.438  1.00 10.11           O  
+ATOM   1084  CB  VAL A 151      16.507   5.588   9.318  1.00  8.46           C  
+ATOM   1085  CG1 VAL A 151      17.984   5.184   9.242  1.00  9.27           C  
+ATOM   1086  CG2 VAL A 151      16.156   6.610   8.232  1.00  8.19           C  
+ATOM   1087  N   SER A 152      16.649   2.291   9.930  1.00  8.56           N  
+ATOM   1088  CA  SER A 152      17.013   1.278  10.900  1.00  8.59           C  
+ATOM   1089  C   SER A 152      17.954   1.795  11.971  1.00  9.79           C  
+ATOM   1090  O   SER A 152      18.899   2.540  11.691  1.00  8.27           O  
+ATOM   1091  CB  SER A 152      17.668   0.083  10.221  1.00  9.37           C  
+ATOM   1092  OG  SER A 152      18.226  -0.784  11.203  1.00 11.21           O  
+ATOM   1093  N   CYS A 153      17.710   1.339  13.195  1.00 10.55           N  
+ATOM   1094  CA  CYS A 153      18.512   1.712  14.354  1.00 10.52           C  
+ATOM   1095  C   CYS A 153      19.979   1.279  14.255  1.00 11.78           C  
+ATOM   1096  O   CYS A 153      20.812   1.715  15.050  1.00 10.75           O  
+ATOM   1097  CB  CYS A 153      17.871   1.152  15.623  1.00  9.84           C  
+ATOM   1098  SG  CYS A 153      16.476   2.182  16.178  1.00 10.97           S  
+ATOM   1099  N   SER A 154      20.309   0.440  13.272  1.00 12.63           N  
+ATOM   1100  CA  SER A 154      21.692  -0.020  13.099  1.00 14.61           C  
+ATOM   1101  C   SER A 154      22.570   1.116  12.547  1.00 12.62           C  
+ATOM   1102  O   SER A 154      23.793   0.981  12.451  1.00 13.41           O  
+ATOM   1103  CB  SER A 154      21.758  -1.247  12.174  1.00 16.13           C  
+ATOM   1104  OG  SER A 154      21.208  -0.955  10.910  1.00 21.19           O  
+ATOM   1105  N   ASN A 155      21.937   2.234  12.199  1.00  9.85           N  
+ATOM   1106  CA  ASN A 155      22.645   3.390  11.666  1.00 10.63           C  
+ATOM   1107  C   ASN A 155      22.734   4.508  12.692  1.00 10.84           C  
+ATOM   1108  O   ASN A 155      23.297   5.565  12.426  1.00 11.09           O  
+ATOM   1109  CB  ASN A 155      21.920   3.896  10.439  1.00 11.64           C  
+ATOM   1110  CG  ASN A 155      21.815   2.848   9.384  1.00 12.45           C  
+ATOM   1111  OD1 ASN A 155      22.833   2.379   8.881  1.00 12.81           O  
+ATOM   1112  ND2 ASN A 155      20.590   2.437   9.066  1.00 11.94           N  
+ATOM   1113  N   CYS A 156      22.150   4.275  13.856  1.00 10.03           N  
+ATOM   1114  CA  CYS A 156      22.159   5.263  14.926  1.00 10.31           C  
+ATOM   1115  C   CYS A 156      23.536   5.390  15.602  1.00 11.41           C  
+ATOM   1116  O   CYS A 156      24.209   4.390  15.872  1.00  8.71           O  
+ATOM   1117  CB  CYS A 156      21.101   4.905  15.968  1.00 11.13           C  
+ATOM   1118  SG  CYS A 156      21.014   6.116  17.326  1.00 11.61           S  
+ATOM   1119  N   LYS A 157      23.967   6.625  15.835  1.00 10.07           N  
+ATOM   1120  CA  LYS A 157      25.254   6.888  16.481  1.00 10.28           C  
+ATOM   1121  C   LYS A 157      25.114   8.212  17.221  1.00 11.44           C  
+ATOM   1122  O   LYS A 157      24.119   8.936  17.054  1.00  9.95           O  
+ATOM   1123  CB  LYS A 157      26.403   6.996  15.464  1.00 10.58           C  
+ATOM   1124  CG  LYS A 157      26.216   8.171  14.508  1.00 15.71           C  
+ATOM   1125  CD  LYS A 157      27.359   8.393  13.514  1.00 19.25           C  
+ATOM   1126  CE  LYS A 157      26.954   9.513  12.535  1.00 19.62           C  
+ATOM   1127  NZ  LYS A 157      27.956   9.867  11.492  1.00 19.51           N  
+ATOM   1128  N   LYS A 158      26.112   8.523  18.042  1.00 12.19           N  
+ATOM   1129  CA  LYS A 158      26.112   9.763  18.809  1.00 13.58           C  
+ATOM   1130  C   LYS A 158      25.871  10.980  17.904  1.00 14.51           C  
+ATOM   1131  O   LYS A 158      26.392  11.051  16.780  1.00 12.94           O  
+ATOM   1132  CB  LYS A 158      27.444   9.941  19.547  1.00 13.53           C  
+ATOM   1133  CG  LYS A 158      27.467  11.169  20.444  1.00 13.32           C  
+ATOM   1134  CD  LYS A 158      28.712  11.242  21.296  1.00 18.20           C  
+ATOM   1135  CE  LYS A 158      28.521  12.324  22.349  1.00 21.25           C  
+ATOM   1136  NZ  LYS A 158      29.603  12.383  23.361  1.00 27.37           N  
+ATOM   1137  N   SER A 159      25.039  11.895  18.396  1.00 15.86           N  
+ATOM   1138  CA  SER A 159      24.681  13.127  17.705  1.00 18.49           C  
+ATOM   1139  C   SER A 159      23.631  13.045  16.603  1.00 18.04           C  
+ATOM   1140  O   SER A 159      23.336  14.053  15.973  1.00 18.55           O  
+ATOM   1141  CB  SER A 159      25.935  13.847  17.183  1.00 21.89           C  
+ATOM   1142  OG  SER A 159      26.858  14.092  18.242  1.00 28.93           O  
+ATOM   1143  N   LEU A 160      23.063  11.869  16.369  1.00 17.55           N  
+ATOM   1144  CA  LEU A 160      22.043  11.738  15.326  1.00 15.84           C  
+ATOM   1145  C   LEU A 160      20.635  11.825  15.919  1.00 14.96           C  
+ATOM   1146  O   LEU A 160      19.643  11.582  15.232  1.00 13.13           O  
+ATOM   1147  CB  LEU A 160      22.214  10.437  14.534  1.00 16.66           C  
+ATOM   1148  CG  LEU A 160      23.478  10.272  13.682  1.00 18.73           C  
+ATOM   1149  CD1 LEU A 160      23.259   9.090  12.755  1.00 19.22           C  
+ATOM   1150  CD2 LEU A 160      23.777  11.527  12.865  1.00 20.04           C  
+ATOM   1151  N   GLU A 161      20.555  12.144  17.211  1.00 14.72           N  
+ATOM   1152  CA  GLU A 161      19.270  12.272  17.919  1.00 15.21           C  
+ATOM   1153  C   GLU A 161      18.376  11.034  17.747  1.00 14.83           C  
+ATOM   1154  O   GLU A 161      17.160  11.147  17.537  1.00 14.39           O  
+ATOM   1155  CB  GLU A 161      18.526  13.537  17.433  1.00 17.34           C  
+ATOM   1156  CG  GLU A 161      19.369  14.820  17.464  1.00 16.71           C  
+ATOM   1157  CD  GLU A 161      18.695  16.015  16.773  1.00 19.98           C  
+ATOM   1158  OE1 GLU A 161      17.849  15.821  15.860  1.00 18.55           O  
+ATOM   1159  OE2 GLU A 161      19.035  17.158  17.136  1.00 21.61           O  
+ATOM   1160  N   CYS A 162      18.976   9.861  17.929  1.00 11.91           N  
+ATOM   1161  CA  CYS A 162      18.261   8.596  17.790  1.00 12.65           C  
+ATOM   1162  C   CYS A 162      18.483   7.613  18.940  1.00 12.15           C  
+ATOM   1163  O   CYS A 162      17.743   6.627  19.062  1.00 12.35           O  
+ATOM   1164  CB  CYS A 162      18.707   7.925  16.492  1.00 10.66           C  
+ATOM   1165  SG  CYS A 162      20.522   7.835  16.371  1.00 13.60           S  
+ATOM   1166  N   THR A 163      19.483   7.882  19.784  1.00 13.19           N  
+ATOM   1167  CA  THR A 163      19.811   7.010  20.935  1.00 14.89           C  
+ATOM   1168  C   THR A 163      18.604   6.482  21.744  1.00 14.58           C  
+ATOM   1169  O   THR A 163      18.430   5.268  21.884  1.00 15.21           O  
+ATOM   1170  CB  THR A 163      20.866   7.688  21.869  1.00 13.57           C  
+ATOM   1171  OG1 THR A 163      22.101   7.843  21.158  1.00 13.49           O  
+ATOM   1172  CG2 THR A 163      21.124   6.846  23.121  1.00 12.26           C  
+ATOM   1173  N   LYS A 164      17.745   7.380  22.225  1.00 15.72           N  
+ATOM   1174  CA  LYS A 164      16.569   6.964  23.004  1.00 19.05           C  
+ATOM   1175  C   LYS A 164      15.514   6.221  22.192  1.00 17.90           C  
+ATOM   1176  O   LYS A 164      14.819   5.348  22.705  1.00 18.21           O  
+ATOM   1177  CB  LYS A 164      15.918   8.166  23.684  1.00 23.35           C  
+ATOM   1178  CG  LYS A 164      16.801   8.806  24.744  1.00 32.41           C  
+ATOM   1179  CD  LYS A 164      16.001   9.711  25.668  1.00 39.04           C  
+ATOM   1180  CE  LYS A 164      16.886  10.302  26.773  1.00 44.00           C  
+ATOM   1181  NZ  LYS A 164      16.072  11.018  27.807  1.00 48.17           N  
+ATOM   1182  N   LEU A 165      15.380   6.594  20.924  1.00 17.08           N  
+ATOM   1183  CA  LEU A 165      14.407   5.967  20.022  1.00 16.35           C  
+ATOM   1184  C   LEU A 165      14.821   4.539  19.705  1.00 15.49           C  
+ATOM   1185  O   LEU A 165      13.987   3.681  19.403  1.00 16.51           O  
+ATOM   1186  CB  LEU A 165      14.330   6.764  18.721  1.00 15.66           C  
+ATOM   1187  CG  LEU A 165      13.801   8.190  18.829  1.00 15.38           C  
+ATOM   1188  CD1 LEU A 165      14.046   8.913  17.539  1.00 17.89           C  
+ATOM   1189  CD2 LEU A 165      12.323   8.160  19.149  1.00 17.31           C  
+ATOM   1190  N   CYS A 166      16.124   4.298  19.796  1.00 14.02           N  
+ATOM   1191  CA  CYS A 166      16.704   2.996  19.524  1.00 12.64           C  
+ATOM   1192  C   CYS A 166      17.001   2.105  20.736  1.00 12.66           C  
+ATOM   1193  O   CYS A 166      17.328   0.920  20.575  1.00 11.19           O  
+ATOM   1194  CB  CYS A 166      17.923   3.174  18.629  1.00 10.56           C  
+ATOM   1195  SG  CYS A 166      17.401   3.791  16.997  1.00 11.01           S  
+ATOM   1196  N   LEU A 167      16.935   2.682  21.937  1.00 13.05           N  
+ATOM   1197  CA  LEU A 167      17.178   1.923  23.168  1.00 14.56           C  
+ATOM   1198  C   LEU A 167      15.948   1.031  23.373  1.00 15.05           C  
+ATOM   1199  O   LEU A 167      14.907   1.245  22.732  1.00 16.28           O  
+ATOM   1200  CB  LEU A 167      17.298   2.867  24.379  1.00 14.38           C  
+ATOM   1201  CG  LEU A 167      18.558   3.698  24.636  1.00 13.72           C  
+ATOM   1202  CD1 LEU A 167      18.347   4.571  25.880  1.00 11.17           C  
+ATOM   1203  CD2 LEU A 167      19.763   2.787  24.806  1.00 11.49           C  
\ No newline at end of file