git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / prf2.fasta
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/prf2.fasta b/binaries/src/tcoffee/example/prf2.fasta
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3ee8d1b
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/tcoffee/example/prf2.fasta
@@ -0,0 +1,103 @@
+
+>sp|P52195|MCPT1_PAPHA Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Papio hamadryas (Hamadryas baboon).
+MLLLPLPLLLLFLCSRAEAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIVTSNGPSKSCGGFLIRRNF
+VLTAAHCAGRSITVTLGAHNITEKEDTWQELEVIKQFRHPKYNTSTLHHDIMLLKLKEKA
+SLTLAVGTLPFPSQFNFVPPGRMCRVAGWGRTGVLKPGSDTLQEVKLRLMDPQACSHFRY
+FDHNLQLCVGNPRKTKSAFKGDSGGPLLCAGVAQGIVSYGRLDAKPPAVFTRISHYRPWI
+NKILQAN
+>sp|P56435|MCPT1_MACFA Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Macaca fascicularis (Crab eating macaque) (Cynomolgus monkey).
+MLLLPLPLLLFFLCSRAEAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIVTSNGPSKSCGGFLIRRNF
+VLTAVHCAGRSITVTLGAHNITEKEDTWQKLEVIKQFRHPKYNTSTLHHDIMLLKLKEKA
+SLTLAVGTLPFPSQFNFVPPGRMCRVAGWGRTGVLKPGSDTLQEVKLRLMDPQACSHFRY
+FDHNLQLCVGNPRKTKSAFKGDSGGPLLCAGVAQGIVSYGRLDAKPPAVFTRISHYRPWI
+NKILQAN
+>sp|Q06606|GRZ2_RAT Granzyme-like protein 2 precursor (EC 3.4.21.-) (GLP-2) (Granzyme-like protein II) (GLP II) (Mast cell protease X) (rMCP-X) (rMCP-10) - Rattus norvegicus (Rat).
+MFLFLFFLVAILPVNTEGGEIIWGTESKPHSRPYMAFIKFYDSNSEPHHCGGFLVAKDIV
+MTAAHCNGRNIKVTLGAHNIKKQENTQVISVVKAKPHENYDRDSHFNDIMLLKLERKAQL
+NGVVKTIALPRSQDWVKPGQVCTVAGWGRLANCTSSNTLQEVNLEVQKGQKCQDMSEDYN
+DSIQLCVGNPSEGKATGKGDSGGPFVCDGVAQGIVSYRLCTGTLPRVFTRISSFIPWIQK
+TMKVLQQS
+>sp|P13366|GRAG_MOUSE Granzyme G precursor (EC 3.4.21.-) (CTL serine protease 1) (MCSP-1) - Mus musculus (Mouse).
+MPPILILLTLLLPLRAGAEEIIGGHEVKPHSRPYMAFIKSVDIEGKKKYCGGFLVQDDFV
+LTAAHCRNRSMTVTLGAHNIKAKEETQQIIPVAKAIPHPAFNRKHGTNDIMLLKLESKAK
+RTKAVRPLKLPRPNARVKPGDVCSVAGWGKTSINATKASARLREAQLIIQEDEECKKLWY
+TYSKTTQICAGDPKKVQAPYEGESGGPLVCDNLAYGVVSYGINRTITPGVFTKVVHFLPW
+ISTNMKLL
+>sp|P79204|MCPT2_SHEEP Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) (SMCP-2) - Ovis aries (Sheep).
+MHRPPLPLVLLLLCCRAQAGEIIGGTESKPHSRPYMAYLEIVTSQEKQVACGGFLIRRDF
+VLTAAHCAGRSVTVTLGAHNIQKKEDTWQRLEVIKQFPYPKYEPVGVHDIMLLKLKEKAN
+LTLAVGTLPLPPHVTFIRPGRMCQVAGWGRTGVKEPASSTLQEVKLRLMEPRACRHFRAF
+DHNLQLCVGNPQSTKSAFKGDSGGPLLCAGVAQGIVSYGLSSAKPPAVFTRISPYRPWID
+EVLKEN
+>sp|P11034|MCPT1_MOUSE Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-1) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVEARPHSRPYMAHLKIITDRGSEDRCGGFLIAPQFV
+LTAAHCKGREITVTLGAHDVSKSESTQQRIKVEKQIIHKNYNVSFNLYDIMLLKLEEKAE
+LTPTVDVIPLPGPSDFIDPGKMCWTAGWGKTGEKEPTSETLREVELRIMDKEACKMYKHY
+DYNFQVCVGSSTKLKTAYMGDSGGPLLCAGVAHGIVSYGDSHGKPPAVFTRISAYVPWIK
+TVINGK
+>sp|P21842|MCPT1_CANFA Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Canis familiaris (Dog).
+MHCLPLTLLLLLLCSRAEAEEIIGGTESKPHSRPYMAHLEILTLRNHLASCGGFLIRRNF
+VLTAAHCAGRFIMVTLGAHNIQKKEDTWQKLEVIKQFPHPKYDDLTLRHDIMLLKLKEKA
+NLTLAVGTLPLSPQFNFVPPGRMCRVAGWGKRQVNGSGSDTLQEVKLRLMDPQACRHYMA
+FDHNLQLCVGNPRKTKSAFKGDSGGPLLCAGVAQGIVSYGQNDAKPPAVFTRISHYRPWI
+NKVLKQNKA
+>sp|P08882|GRAC_MOUSE Granzyme C precursor (EC 3.4.21.-) (Cytotoxic cell protease 2) (CCP2) (B10) - Mus musculus (Mouse).
+MPPVLILLTLLLPLRAGAEEIIGGNEISPHSRPYMAYYEFLKVGGKKMFCGGFLVRDKFV
+LTAAHCKGSSMTVTLGAHNIKAKEETQQIIPVAKAIPHPDYNPDDRSNDIMLLKLVRNAK
+RTRAVRPLNLPRRNAHVKPGDECYVAGWGKVTPDGEFPKTLHEVKLTVQKDQVCESQFQS
+SYNRANEICVGDSKIKGASFEEDSGGPLVCKRAAAGIVSYGQTDGSAPQVFTRVLSFVSW
+IKKTMKHS
+>sp|P97594|MCPT8_RAT Mast cell protease 8 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease VIII) (rMCP-VIII) (rMCP-8) - Rattus norvegicus (Rat).
+MFLFLFFLVAILPVNTEGGEIIWGTESKPHSRPYMASLMFYYGNSYRHYCGGFLVAKDIV
+MTAAHCNGSNIKVTLGAHNIKKQEKTQVIAVVKAKPHENYDRHSRFNDIMLLKLERKAQL
+NGAVKTIALPRSQDWVKPGQVCTVAGWGCLANCSLSNTLQEVNLEVQEGQKCEDMSRNYN
+DSIQLCVGNPSEGKATGKGDSGGPFVCDGVAQGIVSYRLCTGTLPRVFTRISSFIPWIQK
+TMKLLQQS
+>sp|P09650|MCPT1_RAT Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) (RMCP-I) (RMCP-1) (Chymase) (Chymotrysin-like protease) (CLIP protein) - Rattus norvegicus (Rat).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESRPHSRPYMAHLEITTERGYKATCGGFLVTRQFV
+MTAAHCKGRETTVTLGVHDVSKTESTQQKIKVEKQIVHPNYNFYSNLHDIMLLKLQKKAK
+VTPAVDVIPLPQPSDFLKPGKMCRAAGWGQTGVTKPTSNTLREVKQRIMDKEACKNYFHY
+NYNFQVCVGSPRKIRSAYKGDSGGPLVCAGVAHGIVSYGRGDAKPPAVFTRISPYVPWIN
+KVIKGKDLTSLSLHESESPS
+>sp|P50340|MCPT1_MERUN Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.-) - Meriones unguiculatus (Mongolian jird) (Mongolian gerbil).
+MQALLFLLALLWPPEAGAEEIIGGVESKPHSRPYMAHLTITTKQGFTASCGGFLINPQFV
+MTAAHCKGREITVTLGAHDVSKKESTQQKIKVAKQIAHPSYSFYSNLHDIMLLKLQKKAK
+VTASVDVISLPSPSDFINPGKVCRAAGWGRTGVTEPTSDKLREVKLRIMTKAACKNYEHY
+DYNFQVCVGSPSKIRSAYKGDSGGPLVCAGVAHGIVSYGRIDAKPPAVFTRISPYVPWIN
+LVIRGK
+>sp|P08883|GRAF_MOUSE Granzyme F precursor (EC 3.4.21.-) (Cytotoxic cell protease 4) (CCP4) (CTL serine protease 3) (C134) (Cytotoxic serine protease 3) (MCSP3) - Mus musculus (Mouse).
+MPPILILLTLLLPLRAGAEEIIGGHEVKPHSRPYMARVRFVKDNGKRHSCGGFLVQDYFV
+LTAAHCTGSSMRVILGAHNIRAKEETQQIIPVAKAIPHPAYDDKDNTSDIMLLKLESKAK
+RTKAVRPLKLPRPNARVKPGHVCSVAGWGRTSINATQRSSCLREAQLIIQKDKECKKYFY
+KYFKTMQICAGDPKKIQSTYSGDSGGPLVCNNKAYGVLTYGLNRTIGPGVFTKVVHYLPW
+ISRNMKLL
+>sp|P08884|GRAE_MOUSE Granzyme E precursor (EC 3.4.21.-) (Cytotoxic cell protease 3) (CCP3) (CTL serine protease 2) (D12) (Cytotoxic serine protease 2) (MCSP2) - Mus musculus (Mouse).
+MPPVLILLTLLLPLGAGAEEIIGGHVVKPHSRPYMAFVKSVDIEGNRRYCGGFLVQDDFV
+LTAAHCRNRTMTVTLGAHNIKAKEETQQIIPVAKAIPHPDYNATAFFSDIMLLKLESKAK
+RTKAVRPLKLPRPNARVKPGDVCSVAGWGSRSINDTKASARLREAQLVIQEDEECKKRFR
+HYTETTEICAGDLKKIKTPFKGDSGGPLVCDNKAYGLLAYAKNRTISSGVFTKIVHFLPW
+ISRNMKLL
+>sp|P00770|MCPT2_RAT Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease II) (rMCP-II) (rMCP-2) (Group-specific protease) - Rattus norvegicus (Rat).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESIPHSRPYMAHLDIVTEKGLRVICGGFLISRQFV
+LTAAHCKGREITVILGAHDVRKRESTQQKIKVEKQIIHESYNSVPNLHDIMLLKLEKKVE
+LTPAVNVVPLPSPSDFIHPGAMCWAAGWGKTGVRDPTSYTLREVELRIMDEKACVDYRYY
+EYKFQVCVGSPTTLRAAFMGDSGGPLLCAGVAHGIVSYGHPDAKPPAIFTRVSTYVPWIN
+AVINTSS
+>sp|P11033|GRAD_MOUSE Granzyme D precursor (EC 3.4.21.-) - Mus musculus (Mouse).
+MPPILILLTLLLPLRAGAEEIIGGHVVKPHSRPYMAFVMSVDIKGNRIYCGGFLIQDDFV
+LTAAHCKNSSMTVTLGAHNITAKEETQQIIPVAKDIPHPDYNATIFYSDIMLLKLESKAK
+RTKAVRPLKLPRSNARVKPGDVCSVAGWGSRSINDTKASARLREVQLVIQEDEECKKRFR
+YYTETTEICAGDLKKIKTPFKGDSGGPLVCHNQAYGLFAYAKNGTISSGIFTKVVHFLPW
+ISWNMKLL
+>sp|P97592|MCPT4_RAT Mast cell protease 4 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease IV) (rMCP-IV) (rMCP-4) - Rattus norvegicus (Rat).
+MKALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESIPHSRPYMALLKIVTEEGHVTFCGGFLISLQFV
+LTAAHCHGREITVTLGAHDMSKRESTQQKIKVVKQIFPLKYNLFSNFRDIMLLKLEQKAV
+LTPSVNVIPLPQSSDIIKPGTMCLAAGWGQTGVKEPNSNTLREVMLRIMEMKACKDYRHY
+DNRFQICVGIPQMLKLAYKGDSGGPLVCAGVAHGIVSHGPGRGIPPIIFTRISSYVSWIN
+RVIRGN
+>sp|O35164|MCPT9_MOUSE Mast cell protease 9 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-9) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSRAGAEEIIGGVESEPHSRPYMAYVNTFSKKGYVAICGGFLIAPQFV
+MTAAHCSGRRMTVTLGAHNVRKRECTQQKIKVEKYILPPNYNVSSKFNDIVLLKLKKQAN
+LTSAVDVVPLPGPSDFAKPGTMCWAAGWGRTGVKKSISHTLREVELKIVGEKACKIFRHY
+KDSLQICVGSSTKVASVYMGDSGGPLLCAGVAHGIVSSGRGNAKPPAIFTRISPHVPWIN
+RVIKGE
\ No newline at end of file