git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / sample_seq1.tc_lib
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/sample_seq1.tc_lib b/binaries/src/tcoffee/example/sample_seq1.tc_lib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1a1f81b
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/tcoffee/example/sample_seq1.tc_lib
@@ -0,0 +1,410 @@
+! TC_LIB_FORMAT_01
+4
+hmgb_chite 74 adkpkrplsaymlwlnsaresikrenpdfkvtevakkggelwrglkdkseweakaatakqnyiralqeyerngg
+hmgl_trybr 67 kkdsnapkramtsfmffssdfrskhsdlsivemskaagaawkelgpeerkvyeemaekdkerykrem
+hmgl_wheat 79 dpnkpkrapsaffvfmgefreefkqknpknksvaavgkaagerwkslsesekapyvakanklkgeynkaiaaynkgesa
+hmgt_mouse 71 kpkrprsayniyvsesfqeakddsaqgklklvneawknlspeekqayiqlakddrirydnemksweeqmae
+#1 2
+    1     4  1000     1     0 
+    2     5  1000     1     0 
+    3     6  1000     1     0 
+    4     7  1000     1     0 
+    5     8  1000     1     0 
+    6     9  1000     1     0 
+    7    10  1000     1     0 
+    8    11  1000     1     0 
+    9    12  1000     1     0 
+   10    13  1000     1     0 
+   11    14  1000     1     0 
+   12    15  1000     1     0 
+   13    16  1000     1     0 
+   14    17  1000     1     0 
+   15    18  1000     1     0 
+   16    19  1000     1     0 
+   17    20  1000     1     0 
+   18    21  1000     1     0 
+   19    22  1000     1     0 
+   20    23  1000     1     0 
+   21    24  1000     1     0 
+   22    25  1000     1     0 
+   23    26  1000     1     0 
+   28    27  1000     1     0 
+   30    28  1000     1     0 
+   31    30  1000     1     0 
+   32    31  1000     1     0 
+   33    32  1000     1     0 
+   34    33  1000     1     0 
+   35    34  1000     1     0 
+   36    35  1000     1     0 
+   37    36  1000     1     0 
+   38    37  1000     1     0 
+   39    38  1000     1     0 
+   40    39  1000     1     0 
+   41    40  1000     1     0 
+   42    41  1000     1     0 
+   43    42  1000     1     0 
+   44    43  1000     1     0 
+   45    44  1000     1     0 
+   46    45  1000     1     0 
+   47    46  1000     1     0 
+   48    49  1000     1     0 
+   49    50  1000     1     0 
+   50    51  1000     1     0 
+   51    52  1000     1     0 
+   52    53  1000     1     0 
+   53    54  1000     1     0 
+   54    55  1000     1     0 
+   55    56  1000     1     0 
+   56    57  1000     1     0 
+   57    58  1000     1     0 
+   58    59  1000     1     0 
+   59    60  1000     1     0 
+   60    61  1000     1     0 
+   61    62  1000     1     0 
+   62    63  1000     1     0 
+   63    64  1000     1     0 
+   64    65  1000     1     0 
+   65    66  1000     1     0 
+   66    67  1000     1     0 
+#1 3
+    1     2  1000     1     0 
+    2     3  1000     1     0 
+    3     4  1000     1     0 
+    4     5  1000     1     0 
+    5     6  1000     1     0 
+    6     7  1000     1     0 
+    7     8  1000     1     0 
+    8     9  1000     1     0 
+    9    10  1000     1     0 
+   10    11  1000     1     0 
+   11    12  1000     1     0 
+   12    13  1000     1     0 
+   13    14  1000     1     0 
+   14    15  1000     1     0 
+   15    16  1000     1     0 
+   16    17  1000     1     0 
+   17    18  1000     1     0 
+   18    19  1000     1     0 
+   19    20  1000     1     0 
+   20    21  1000     1     0 
+   21    22  1000     1     0 
+   22    23  1000     1     0 
+   23    24  1000     1     0 
+   24    25  1000     1     0 
+   25    26  1000     1     0 
+   26    27  1000     1     0 
+   27    28  1000     1     0 
+   28    29  1000     1     0 
+   29    30  1000     1     0 
+   30    31  1000     1     0 
+   31    33  1000     1     0 
+   32    34  1000     1     0 
+   33    35  1000     1     0 
+   34    36  1000     1     0 
+   35    37  1000     1     0 
+   36    38  1000     1     0 
+   37    39  1000     1     0 
+   38    40  1000     1     0 
+   39    41  1000     1     0 
+   40    42  1000     1     0 
+   41    43  1000     1     0 
+   42    44  1000     1     0 
+   43    45  1000     1     0 
+   44    46  1000     1     0 
+   45    47  1000     1     0 
+   46    48  1000     1     0 
+   47    49  1000     1     0 
+   48    52  1000     1     0 
+   49    53  1000     1     0 
+   50    54  1000     1     0 
+   51    55  1000     1     0 
+   52    56  1000     1     0 
+   53    57  1000     1     0 
+   54    58  1000     1     0 
+   55    59  1000     1     0 
+   56    60  1000     1     0 
+   57    61  1000     1     0 
+   58    62  1000     1     0 
+   59    63  1000     1     0 
+   60    64  1000     1     0 
+   61    65  1000     1     0 
+   62    66  1000     1     0 
+   63    67  1000     1     0 
+   64    68  1000     1     0 
+   65    69  1000     1     0 
+   66    70  1000     1     0 
+   67    71  1000     1     0 
+   68    72  1000     1     0 
+   69    73  1000     1     0 
+   70    74  1000     1     0 
+   71    75  1000     1     0 
+   72    76  1000     1     0 
+   73    77  1000     1     0 
+   74    78  1000     1     0 
+#1 4
+    3     1  1000     1    81 
+    4     2  1000     1     0 
+    5     3  1000     1     0 
+    6     4  1000     1     0 
+    7     5  1000     1     0 
+    8     6  1000     1     0 
+    9     7  1000     1     0 
+   10     8  1000     1     0 
+   11     9  1000     1     0 
+   12    10  1000     1     0 
+   13    11  1000     1     0 
+   14    12  1000     1     0 
+   15    13  1000     1     0 
+   16    14  1000     1     0 
+   17    15  1000     1     0 
+   18    16  1000     1     0 
+   19    17  1000     1     0 
+   20    18  1000     1     0 
+   21    19  1000     1     0 
+   22    20  1000     1     0 
+   23    21  1000     1     0 
+   24    22  1000     1     0 
+   25    23  1000     1     0 
+   26    24  1000     1     0 
+   27    25  1000     1     0 
+   28    26  1000     1     0 
+   29    27  1000     1     0 
+   30    28  1000     1     0 
+   35    29  1000     1     0 
+   36    30  1000     1     0 
+   37    31  1000     1     0 
+   38    32  1000     1     0 
+   39    33  1000     1     0 
+   40    34  1000     1     0 
+   41    35  1000     1     0 
+   42    36  1000     1     0 
+   43    37  1000     1     0 
+   44    38  1000     1     0 
+   45    39  1000     1     0 
+   46    40  1000     1     0 
+   47    41  1000     1     0 
+   48    44  1000     1     0 
+   49    45  1000     1     0 
+   50    46  1000     1     0 
+   51    47  1000     1     0 
+   52    48  1000     1     0 
+   53    49  1000     1     0 
+   54    50  1000     1     0 
+   55    51  1000     1     0 
+   56    52  1000     1     0 
+   57    53  1000     1     0 
+   58    54  1000     1     0 
+   59    55  1000     1     0 
+   60    56  1000     1     0 
+   61    57  1000     1     0 
+   62    58  1000     1     0 
+   63    59  1000     1     0 
+   64    60  1000     1     0 
+   65    61  1000     1     0 
+   66    62  1000     1     0 
+   67    63  1000     1     0 
+   68    64  1000     1     0 
+   69    65  1000     1     0 
+   70    66  1000     1     0 
+   71    67  1000     1     0 
+   72    68  1000     1     0 
+   73    69  1000     1     0 
+   74    70  1000     1     0 
+#2 3
+    3     1  1000     1    81 
+    4     2  1000     1     0 
+    5     3  1000     1     0 
+    6     4  1000     1     0 
+    7     5  1000     1     0 
+    8     6  1000     1     0 
+    9     7  1000     1     0 
+   10     8  1000     1     0 
+   11     9  1000     1     0 
+   12    10  1000     1     0 
+   13    11  1000     1     0 
+   14    12  1000     1     0 
+   15    13  1000     1     0 
+   16    14  1000     1     0 
+   17    15  1000     1     0 
+   18    16  1000     1     0 
+   19    17  1000     1     0 
+   20    18  1000     1     0 
+   21    19  1000     1     0 
+   22    20  1000     1     0 
+   23    21  1000     1     0 
+   24    22  1000     1     0 
+   25    23  1000     1     0 
+   26    24  1000     1     0 
+   27    29  1000     1     0 
+   28    31  1000     1     0 
+   29    32  1000     1     0 
+   30    33  1000     1     0 
+   31    34  1000     1     0 
+   32    35  1000     1     0 
+   33    36  1000     1     0 
+   34    37  1000     1     0 
+   35    38  1000     1     0 
+   36    39  1000     1     0 
+   37    40  1000     1     0 
+   38    41  1000     1     0 
+   39    42  1000     1     0 
+   40    43  1000     1     0 
+   41    44  1000     1     0 
+   42    45  1000     1     0 
+   43    46  1000     1     0 
+   44    47  1000     1     0 
+   45    48  1000     1     0 
+   46    49  1000     1     0 
+   47    50  1000     1     0 
+   48    51  1000     1     0 
+   49    52  1000     1     0 
+   50    53  1000     1     0 
+   51    54  1000     1     0 
+   52    55  1000     1     0 
+   53    56  1000     1     0 
+   54    57  1000     1     0 
+   55    58  1000     1     0 
+   56    59  1000     1     0 
+   57    60  1000     1     0 
+   58    61  1000     1     0 
+   59    62  1000     1     0 
+   60    63  1000     1     0 
+   61    64  1000     1     0 
+   62    65  1000     1     0 
+   63    66  1000     1     0 
+   64    67  1000     1     0 
+   65    68  1000     1     0 
+   66    69  1000     1     0 
+   67    70  1000     1     0 
+#2 4
+    6     1  1000     1     0 
+    7     2  1000     1     0 
+    8     3  1000     1     0 
+    9     4  1000     1     0 
+   10     5  1000     1     0 
+   11     6  1000     1     0 
+   12     7  1000     1     0 
+   13     8  1000     1     0 
+   14     9  1000     1     0 
+   15    10  1000     1     0 
+   16    11  1000     1     0 
+   17    12  1000     1     0 
+   18    13  1000     1     0 
+   19    14  1000     1     0 
+   20    15  1000     1     0 
+   21    16  1000     1     0 
+   22    17  1000     1     0 
+   23    18  1000     1     0 
+   24    19  1000     1     0 
+   25    20  1000     1     0 
+   26    21  1000     1     0 
+   27    26  1000     1     0 
+   28    28  1000     1     0 
+   34    29  1000     1     0 
+   35    30  1000     1     0 
+   36    31  1000     1     0 
+   37    32  1000     1     0 
+   38    33  1000     1     0 
+   39    34  1000     1     0 
+   40    35  1000     1     0 
+   41    36  1000     1     0 
+   42    37  1000     1     0 
+   43    38  1000     1     0 
+   44    39  1000     1     0 
+   45    40  1000     1     0 
+   46    41  1000     1     0 
+   47    42  1000     1     0 
+   48    43  1000     1     0 
+   49    44  1000     1     0 
+   50    45  1000     1     0 
+   51    46  1000     1     0 
+   52    47  1000     1     0 
+   53    48  1000     1     0 
+   54    49  1000     1     0 
+   55    50  1000     1     0 
+   56    51  1000     1     0 
+   57    52  1000     1     0 
+   58    53  1000     1     0 
+   59    54  1000     1     0 
+   60    55  1000     1     0 
+   61    56  1000     1     0 
+   62    57  1000     1     0 
+   63    58  1000     1     0 
+   64    59  1000     1     0 
+   65    60  1000     1     0 
+   66    61  1000     1     0 
+   67    62  1000     1     0 
+#3 4
+    4     1  1000     1    81 
+    5     2  1000     1     0 
+    6     3  1000     1     0 
+    7     4  1000     1     0 
+    8     5  1000     1     0 
+    9     6  1000     1     0 
+   10     7  1000     1     0 
+   11     8  1000     1     0 
+   12     9  1000     1     0 
+   13    10  1000     1     0 
+   14    11  1000     1     0 
+   15    12  1000     1     0 
+   16    13  1000     1     0 
+   17    14  1000     1     0 
+   18    15  1000     1     0 
+   19    16  1000     1     0 
+   20    17  1000     1     0 
+   21    18  1000     1     0 
+   22    19  1000     1     0 
+   23    20  1000     1     0 
+   24    21  1000     1     0 
+   25    22  1000     1     0 
+   26    23  1000     1     0 
+   27    24  1000     1     0 
+   28    25  1000     1     0 
+   29    26  1000     1     0 
+   30    27  1000     1     0 
+   31    28  1000     1     0 
+   37    29  1000     1     0 
+   38    30  1000     1     0 
+   39    31  1000     1     0 
+   40    32  1000     1     0 
+   41    33  1000     1     0 
+   42    34  1000     1     0 
+   43    35  1000     1     0 
+   44    36  1000     1     0 
+   45    37  1000     1     0 
+   46    38  1000     1     0 
+   47    39  1000     1     0 
+   48    40  1000     1     0 
+   49    41  1000     1     0 
+   50    42  1000     1     0 
+   51    43  1000     1     0 
+   52    44  1000     1     0 
+   53    45  1000     1     0 
+   54    46  1000     1     0 
+   55    47  1000     1     0 
+   56    48  1000     1     0 
+   57    49  1000     1     0 
+   58    50  1000     1     0 
+   59    51  1000     1     0 
+   60    52  1000     1     0 
+   61    53  1000     1     0 
+   62    54  1000     1     0 
+   63    55  1000     1     0 
+   64    56  1000     1     0 
+   65    57  1000     1     0 
+   66    58  1000     1     0 
+   67    59  1000     1     0 
+   68    60  1000     1     0 
+   69    61  1000     1     0 
+   70    62  1000     1     0 
+   71    63  1000     1     0 
+   72    64  1000     1     0 
+   73    65  1000     1     0 
+   74    66  1000     1     0 
+   75    67  1000     1     0 
+   76    68  1000     1     0 
+   77    69  1000     1     0 
+   78    70  1000     1     0 
+   79    71  1000     1     0 
+! CPU 110
+! SEQ_1_TO_N