git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / sproteases_chain.fasta
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/sproteases_chain.fasta b/binaries/src/tcoffee/example/sproteases_chain.fasta
new file mode 100644 (file)
index 0000000..667eacd
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/tcoffee/example/sproteases_chain.fasta
@@ -0,0 +1,128 @@
+>sp|P80931|MCT1A_SHEEP  Mast cell protease 1A precursor (EC 3.4.21.-) (SMCP-1A) - Ovis aries (Sheep).
+MVLFLLLVALLSPAGEAGKIIGGHEAKPHSRPYMAFLQIKISGKSYRCGG
+FLVHEDFVLTAAHCLGSSISVTLGAHNIVDRERTQQVIQVRRAIPHPHYN
+DKTLANDIMLLQLTRKAEMSDAVSPINLPRSLEKVKPGMMCSVAGWGQLG
+VNMPSADKLQEVNLEVQSEEECIARFKNYIPITQICAGDSTKRKNSFSGD
+SGGPLVCNGVAQGIVSYGKDDGTTPDVYTRISSFLSWIQRTMRRY
+>sp|P21812|MCPT4_MOUSE  Mast cell protease 4 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-4) (Serosal mast cell protease) (MSMCP) (Myonase) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESRPHSRPYMAHLEITTERGFTATC
+GGFLITRQFVMTAAHCSGREITVTLGAHDVSKTESTQQKIKVEKQIVHPK
+YNFYSNLHDIMLLKLQKKAKETPSVNVIPLPRPSDFIKPGKMCRAAGWGR
+TGVTEPTSDTLREVKLRIMDKEACKNYWHYDYNLQVCVGSPRKKRSAYKG
+DSGGPLLCAGVAHGIVSYGRGDAKPPAVFTRISSYVPWINRVIKGE
+>sp|P23946|MCPT1_HUMAN  Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Homo sapiens (Human).
+MLLLPLPLLLFLLCSRAEAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIVTSNGPSKF
+CGGFLIRRNFVLTAAHCAGRSITVTLGAHNITEEEDTWQKLEVIKQFRHP
+KYNTSTLHHDIMLLKLKEKASLTLAVGTLPFPSQFNFVPPGRMCRVAGWG
+RTGVLKPGSDTLQEVKLRLMDPQACSHFRDFDHNLQLCVGNPRKTKSAFK
+GDSGGPLLCAGVAQGIVSYGRSDAKPPAVFTRISHYRPWINQILQAN
+>sp|P52195|MCPT1_PAPHA  Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Papio hamadryas (Hamadryas baboon).
+MLLLPLPLLLLFLCSRAEAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIVTSNGPSKS
+CGGFLIRRNFVLTAAHCAGRSITVTLGAHNITEKEDTWQELEVIKQFRHP
+KYNTSTLHHDIMLLKLKEKASLTLAVGTLPFPSQFNFVPPGRMCRVAGWG
+RTGVLKPGSDTLQEVKLRLMDPQACSHFRYFDHNLQLCVGNPRKTKSAFK
+GDSGGPLLCAGVAQGIVSYGRLDAKPPAVFTRISHYRPWINKILQAN
+>sp|P56435|MCPT1_MACFA  Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Macaca fascicularis (Crab eating macaque) (Cynomolgus monkey).
+MLLLPLPLLLFFLCSRAEAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIVTSNGPSKS
+CGGFLIRRNFVLTAVHCAGRSITVTLGAHNITEKEDTWQKLEVIKQFRHP
+KYNTSTLHHDIMLLKLKEKASLTLAVGTLPFPSQFNFVPPGRMCRVAGWG
+RTGVLKPGSDTLQEVKLRLMDPQACSHFRYFDHNLQLCVGNPRKTKSAFK
+GDSGGPLLCAGVAQGIVSYGRLDAKPPAVFTRISHYRPWINKILQAN
+>sp|Q06606|GRZ2_RAT     Granzyme-like protein 2 precursor (EC 3.4.21.-) (GLP-2) (Granzyme-like protein II) (GLP II) (Mast cell protease X) (rMCP-X) (rMCP-10) - Rattus norvegicus (Rat).
+MFLFLFFLVAILPVNTEGGEIIWGTESKPHSRPYMAFIKFYDSNSEPHHC
+GGFLVAKDIVMTAAHCNGRNIKVTLGAHNIKKQENTQVISVVKAKPHENY
+DRDSHFNDIMLLKLERKAQLNGVVKTIALPRSQDWVKPGQVCTVAGWGRL
+ANCTSSNTLQEVNLEVQKGQKCQDMSEDYNDSIQLCVGNPSEGKATGKGD
+SGGPFVCDGVAQGIVSYRLCTGTLPRVFTRISSFIPWIQKTMKVLQQS
+>sp|P79204|MCPT2_SHEEP  Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) (SMCP-2) - Ovis aries (Sheep).
+MHRPPLPLVLLLLCCRAQAGEIIGGTESKPHSRPYMAYLEIVTSQEKQVA
+CGGFLIRRDFVLTAAHCAGRSVTVTLGAHNIQKKEDTWQRLEVIKQFPYP
+KYEPVGVHDIMLLKLKEKANLTLAVGTLPLPPHVTFIRPGRMCQVAGWGR
+TGVKEPASSTLQEVKLRLMEPRACRHFRAFDHNLQLCVGNPQSTKSAFKG
+DSGGPLLCAGVAQGIVSYGLSSAKPPAVFTRISPYRPWIDEVLKEN
+>sp|P11034|MCPT1_MOUSE  Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-1) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVEARPHSRPYMAHLKIITDRGSEDRC
+GGFLIAPQFVLTAAHCKGREITVTLGAHDVSKSESTQQRIKVEKQIIHKN
+YNVSFNLYDIMLLKLEEKAELTPTVDVIPLPGPSDFIDPGKMCWTAGWGK
+TGEKEPTSETLREVELRIMDKEACKMYKHYDYNFQVCVGSSTKLKTAYMG
+DSGGPLLCAGVAHGIVSYGDSHGKPPAVFTRISAYVPWIKTVINGK
+>sp|P21842|MCPT1_CANFA  Chymase precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) - Canis familiaris (Dog).
+MHCLPLTLLLLLLCSRAEAEEIIGGTESKPHSRPYMAHLEILTLRNHLAS
+CGGFLIRRNFVLTAAHCAGRFIMVTLGAHNIQKKEDTWQKLEVIKQFPHP
+KYDDLTLRHDIMLLKLKEKANLTLAVGTLPLSPQFNFVPPGRMCRVAGWG
+KRQVNGSGSDTLQEVKLRLMDPQACRHYMAFDHNLQLCVGNPRKTKSAFK
+GDSGGPLLCAGVAQGIVSYGQNDAKPPAVFTRISHYRPWINKVLKQNKA
+>sp|P09650|MCPT1_RAT    Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.39) (Mast cell protease I) (RMCP-I) (RMCP-1) (Chymase) (Chymotrysin-like protease) (CLIP protein) - Rattus norvegicus (Rat).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESRPHSRPYMAHLEITTERGYKATC
+GGFLVTRQFVMTAAHCKGRETTVTLGVHDVSKTESTQQKIKVEKQIVHPN
+YNFYSNLHDIMLLKLQKKAKVTPAVDVIPLPQPSDFLKPGKMCRAAGWGQ
+TGVTKPTSNTLREVKQRIMDKEACKNYFHYNYNFQVCVGSPRKIRSAYKG
+DSGGPLVCAGVAHGIVSYGRGDAKPPAVFTRISPYVPWINKVIKGKDLTS
+LSLHESESPS
+>sp|P50340|MCPT1_MERUN  Mast cell protease 1 precursor (EC 3.4.21.-) - Meriones unguiculatus (Mongolian jird) (Mongolian gerbil).
+MQALLFLLALLWPPEAGAEEIIGGVESKPHSRPYMAHLTITTKQGFTASC
+GGFLINPQFVMTAAHCKGREITVTLGAHDVSKKESTQQKIKVAKQIAHPS
+YSFYSNLHDIMLLKLQKKAKVTASVDVISLPSPSDFINPGKVCRAAGWGR
+TGVTEPTSDKLREVKLRIMTKAACKNYEHYDYNFQVCVGSPSKIRSAYKG
+DSGGPLVCAGVAHGIVSYGRIDAKPPAVFTRISPYVPWINLVIRGK
+>sp|P00770|MCPT2_RAT    Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease II) (rMCP-II) (rMCP-2) (Group-specific protease) - Rattus norvegicus (Rat).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESIPHSRPYMAHLDIVTEKGLRVIC
+GGFLISRQFVLTAAHCKGREITVILGAHDVRKRESTQQKIKVEKQIIHES
+YNSVPNLHDIMLLKLEKKVELTPAVNVVPLPSPSDFIHPGAMCWAAGWGK
+TGVRDPTSYTLREVELRIMDEKACVDYRYYEYKFQVCVGSPTTLRAAFMG
+DSGGPLLCAGVAHGIVSYGHPDAKPPAIFTRVSTYVPWINAVINTSS
+>sp|P97592|MCPT4_RAT    Mast cell protease 4 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease IV) (rMCP-IV) (rMCP-4) - Rattus norvegicus (Rat).
+MKALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESIPHSRPYMALLKIVTEEGHVTFC
+GGFLISLQFVLTAAHCHGREITVTLGAHDMSKRESTQQKIKVVKQIFPLK
+YNLFSNFRDIMLLKLEQKAVLTPSVNVIPLPQSSDIIKPGTMCLAAGWGQ
+TGVKEPNSNTLREVMLRIMEMKACKDYRHYDNRFQICVGIPQMLKLAYKG
+DSGGPLVCAGVAHGIVSHGPGRGIPPIIFTRISSYVSWINRVIRGN
+>sp|O35164|MCPT9_MOUSE  Mast cell protease 9 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-9) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSRAGAEEIIGGVESEPHSRPYMAYVNTFSKKGYVAIC
+GGFLIAPQFVMTAAHCSGRRMTVTLGAHNVRKRECTQQKIKVEKYILPPN
+YNVSSKFNDIVLLKLKKQANLTSAVDVVPLPGPSDFAKPGTMCWAAGWGR
+TGVKKSISHTLREVELKIVGEKACKIFRHYKDSLQICVGSSTKVASVYMG
+DSGGPLLCAGVAHGIVSSGRGNAKPPAIFTRISPHVPWINRVIKGE
+>sp|Q00356|MCPTX_MOUSE  Mast cell protease-like protein precursor (EC 3.4.21.-) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVESEPHSRPYMAYVNTFRRKGYVAIC
+GGFLITPQFVMTAAHCRGRRMTVTLGAHNVRKRECTQQKIKVEKYILPPN
+YNVSSKFNDIVLLKLKKQANLTSAVDVVPLPGPSDFAKPGTMCWAAGWGR
+TGVKKIISHTLREVELKIVGEKACKIFRHYKDSLQICVGSSTKVASVYMG
+DSGGPLLCAGVAHGIVSSGRGNAKPPAIFTRISPHVPWINRVIKGK
+>sp|P50339|MCPT3_RAT    Mast cell protease 3 precursor (EC 3.4.21.-) (Mast cell protease III) (rMCP-III) (rMCP-3) (Chymase 1) - Rattus norvegicus (Rat).
+MNLHALCLLLLLLGSSTKAGEIIGGTECIPHSRPYMAYLEIVTSDNYLSA
+CSGFLIRRNFVLTAAHCAGRSITVLLGAHNKTYKEDTWQKLEVEKQFIHP
+NYDKRLVLHDIMLLKLKEKAKLTLGVGTLPLSANFNFIPPGRMCRAVGWG
+RTNVNEPASDTLQEVKMRLQEPQSCKHFTSFQHKSQLCVGNPKKMQNVYK
+GDSGGPLLCAGIAQGIASYVHPNAKPPAVFTRISHYRPWINKILREN
+>sp|P21844|MCPT5_MOUSE  Mast cell protease 5 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-5) (Mast cell chymase 1) - Mus musculus (Mouse).
+MHLLTLHLLLLLLGSSTKAGEIIGGTECIPHSRPYMAYLEIVTSENYLSA
+CSGFLIRRNFVLTAAHCAGRSITVLLGAHNKTSKEDTWQKLEVEKQFLHP
+KYDENLVVHDIMLLKLKEKAKLTLGVGTLPLSANFNFIPPGRMCRAVGWG
+RTNVNEPASDTLQEVKMRLQEPQACKHFTSFRHNSQLCVGNPKKMQNVYK
+GDSGGPLLCAGIAQGIASYVHRNAKPPAVFTRISHYRPWINKILREN
+>sp|P50341|MCPT2_MERUN  Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) - Meriones unguiculatus (Mongolian jird) (Mongolian gerbil).
+MHLLALHLLLFLLGSRAKAGEIIGGTECKPHSRPYMAYLEIATSKNYLST
+CSGFLIRRNFVLTAAHCSGRSITVLLGAHNKTAKEDTWQKIEVEKQFPHP
+KYDDYSVLHDIMLLKLKEKAKLTLAVGTLPLPAKFSFIPPGRVCRAVGWG
+KTNVNEPTSDTLQEVKMRLLEAEGCKHFTNFYHSSQLCVGNPKKMQNVYK
+GDSGGPLLCAGIAQGIASYVRRNARPPAVFTRISHYRPWINKILREN
+>sp|P15119|MCPT2_MOUSE  Mast cell protease 2 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-2) - Mus musculus (Mouse).
+MQALLFLMALLLPSGAGAEEIIGGVEAKPHSRPYMAYLKFTTKNGSKERC
+GGFLIAPQFVMTAAHCNGSEISVILGAHNINKNEPTQQIIKTEKTFVHPK
+FQYLSGFYDIMLLKLQKKAELNSDVDVISLPSSSDFIKPGKMCWTAGWGK
+TGKNNPLSVTLREVELRIMDQEACKDHSDYDYQLQVCAGSPTTSKSIGQG
+DSGGPLVCDSVAHGIASSYEAKAPAVFTRISYYLPWIYKVLKSK
+>sp|Q90629|TRY3_CHICK   Trypsin II-P29 precursor (EC 3.4.21.4) - Gallus gallus (Chicken).
+MKFLFLILSCLGAAVAFPGGADDDKIVGGYTCPEHSVPYQVSLNSGYHFC
+GGSLINSQWVLSAAHCYKSRIQVRLGEYNIDVQEDSEVVRSSSVIIRHPK
+YSSITLNNDIMLIKLASAVEYSADIQPIALPSSCAKAGTECLISGWGNTL
+SNGYNYPELLQCLNAPILSDQECQEAYPGDITSNMICVGFLEGGKDSCQG
+DSGGPVVCNGELQGIVSWGIGCALKGYPGVYTKVCNYVDWIQETIAAY
+>sp|P29786|TRY3_AEDAE   Trypsin 3A1 precursor (EC 3.4.21.4) - Aedes aegypti (Yellowfever mosquito).
+MNQFLFVSFCALLDSAKVSAATLSSGRIVGGFQIDIAEVPHQVSLQRSGR
+HFCGGSIISPRWVLTRAHCTTNTDPAAYTIRAGSTDRTNGGIIVKVKSVI
+PHPQYNGDTYNYDFSLLELDESIGFSRSIEAIALPDASETVADGAMCTVS
+GWGDTKNVFEMNTLLRAVNVPSYNQAECAAALVNVVPVTEQMICAGYAAG
+GKDSCQGDSGGPLVSGDKLVGVVSWGKGCALPNLPGVYARVSTVRQWIRE
+VSEV