JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / sproteases_small.probcons
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/sproteases_small.probcons b/binaries/src/tcoffee/example/sproteases_small.probcons
new file mode 100644 (file)
index 0000000..cbbf1a3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,152 @@
+>sp|Q06606|GRZ2_RAT     Granzyme-like protein 2 precursor (EC 3.4.21.-) (GLP-2) (Granzyme-like protein II) (GLP II) (Mast cell protease X) (rMCP-X) (rMCP-10) - Rattus norvegicus (Rat).
+MFLF----L---F-F------LV-----A--IL--------PV-----------------
+----N-----------------TEGGEIIWGTESKPHSRPYMAFIKFYDSNS----EPHH
+CGGFLVAKDIVMTAAHCNGR-----NIKVTLGAHNIKKQ-EN-T-QVISVVKAKPHENYD
+RD-----------SH--FNDIMLLKLERKAQLNGVVKTIALPRSQD-WVKPGQVCTVAGW
+GRLAN--CTSSNTLQEVNLEVQKGQKCQDMS----E--DYNDSIQLCVGNPSEGKATGKG
+DSGGPFVCD--G--VAQGIVSYRLC-T-G--TLPRVFTRIS-SFIPWIQKTMKVLQ----
+--------------QS
+>sp|P08884|GRAE_MOUSE   Granzyme E precursor (EC 3.4.21.-) (Cytotoxic cell protease 3) (CCP3) (CTL serine protease 2) (D12) (Cytotoxic serine protease 2) (MCSP2) - Mus musculus (Mouse).
+MPPV----L---I-L------LT-----L--LL--------PL-----------------
+----G-----------------AGAEEIIGGHVVKPHSRPYMAFVKSVDIEG----NRRY
+CGGFLVQDDFVLTAAHCRNR-----TMTVTLGAHNIKAK-EE-TQQIIPVAKAIPHPDYN
+AT-----------AF--FSDIMLLKLESKAKRTKAVRPLKLPRPNA-RVKPGDVCSVAGW
+GSRSINDTKASARLREAQLVIQEDEECKKRF----R--HYTETTEICAGDLKKIKTPFKG
+DSGGPLVCD--N--KAYGLLAYAKN-R-T--ISSGVFTKIV-HFLPWISRNM---K----
+--------------LL
+>sp|P21844|MCPT5_MOUSE  Mast cell protease 5 precursor (EC 3.4.21.-) (MMCP-5) (Mast cell chymase 1) - Mus musculus (Mouse).
+MHLL----T---L-H------LLL----L--LL--------GS-----------------
+----S-----------------TKAGEIIGGTECIPHSRPYMAYLEIVTSEN----YLSA
+CSGFLIRRNFVLTAAHCAGR-----SITVLLGAHNKTSK-ED-TWQKLEVEKQFLHPKYD
+EN-----------LV--VHDIMLLKLKEKAKLTLGVGTLPLSANFN-FIPPGRMCRAVGW
+GRTNVN-EPASDTLQEVKMRLQEPQACKHFT-------SFRHNSQLCVGNPKKMQNVYKG
+DSGGPLLCA--G--IAQGIASYVHR-N-A--KPPAVFTRIS-HYRPWINKIL---R----
+--------------EN
+>sp|O35205|GRAK_MOUSE   Granzyme K precursor (EC 3.4.21.-) - Mus musculus (Mouse).
+MRFS----S---W-A------LVSLVAGV--YM--------SS-----------------
+----E-----------------CFHTEIIGGREVQPHSRPFMASIQY----R----SKHI
+CGGVLIHPQWVLTAAHCYSWFPRGHSPTVVLGAHSLSKN-EP-MKQTFEIKKFIPFSRLQ
+SG-----------SA--SHDIMLIKLRTAAELNKNVQLLHLGSKN--YLRDGTKCQVTGW
+GTTKPDLLTASDTLREVTVTIISRKRCNSQSYYNHK--PVITKDMICAGDARGQKDSCKG
+DSGGPLICK--G--IFHALVSQGYK--CGIAKKPGIYTLLTKKYQTWIKSKL---AP---
+------------SRAH
+>sp|Q9Y5K2|KLK4_HUMAN   Kallikrein-4 precursor (EC 3.4.21.-) (Prostase) (Kallikrein-like protein 1) (KLK-L1) (Enamel matrix serine proteinase 1) - Homo sapiens (Human).
+MATAGNPWG---W-F------LGYLILGVAGS---------LV-----------------
+----S-----------------GSCSQIINGEDCSPHSQPWQAALVM----E----NELF
+CSGVLVHPQWVLSAAHCFQN-----SYTIGLGLHSLEADQEP-GSQMVEASLSVRHPEYN
+RP-----------LL--ANDLMLIKLDESVSESDTIRSISIASQC---PTAGNSCLVSGW
+GLLAN--GRMPTVLQCVNVSVVSEEVCSKLY----D--PLYHPSMFCAGGGQDQKDSCNG
+DSGGPLICN--G--YLQGLVSFGKA-PCGQVGVPGVYTNLC-KFTEWIEKTV---Q----
+--------------AS
+>sp|Q7YRZ7|GRAA_BOVIN   Granzyme A precursor (EC 3.4.21.78) - Bos taurus (Bovine).
+MNIP----F---P-FSFPPAICLLLIPGV--F----------------------------
+----P-----------------VSCEGIIGGNEVAPHTRRYMALIK----------GLKL
+CAGALIKENWVLTAAHCDLK----GNPQVILGAHSTSHK-EK-LDQVFSIKKAIPYPCFD
+PQ-----------TF--EGDLQLLQLEGKATMTKAVGILQLPRTED-DVKPHTKCHVAGW
+GSTKKDACQMSNALREANVTVIDRKICNDAQHYNFN--PVIDLSMICAGGRKGEDDSCEG
+DSGSPLICD--N--VFRGVTSFGK---CGNPQKPGIYILLTKKHLNWIKKTI---A----
+-------------GAI
+>sp|Q00871|CTRB1_PENVA  Chymotrypsin BI precursor (EC 3.4.21.1) - Penaeus vannamei (Penoeid shrimp) (European white shrimp).
+MIGK----L--SL-L------LVCVAVASGNPA--------AG-----------------
+----KPWHWKSPKPLVDPRIHVNATPRIVGGVEATPHSWPHQAALFI----D----DMYF
+CGGSLISSEWVLTAAHCMDGAG---FVEVVLGAHNIRQN-EA-SQVSITSTDFFTHENWN
+SW-----------LL--TNDIALIRLPSPVSLNSNIKTVKLPSSD---VSVGTTVTPTGW
+GRPSDSASGISDVLRQVNVPVMTNADCDSVY----G---IVGDGVVCIDG-TGGKSTCNG
+DSGGPLNLN--G--MTYGITSFGSS-AGCEKGYPAAFTRVY-YYLDWIQQKT---GV---
+--------------TP
+>sp|P08246|ELNE_HUMAN   Leukocyte elastase precursor (EC 3.4.21.37) (Elastase-2) (Neutrophil elastase) (PMN elastase) (Bone marrow serine protease) (Medullasin) (Human leukocyte elastase) (HLE) - Homo sapiens (Human).
+MTLG----RRLACLF------LACVLPAL--LL--------GG-----------------
+----T-----------------ALASEIVGGRRARPHAWPFMVSLQL----R----GGHF
+CGATLIAPNFVMSAAHCVANVN-VRAVRVVLGAHNLSRR-EP-TRQVFAVQR-IFENGYD
+PV-----------NL--LNDIVILQLNGSATINANVQVAQLPAQGR-RLGNGVQCLAMGW
+GLLGRN-RGIASVLQELNVTVVTS-LCRR--------------SNVCTLVRGRQAGVCFG
+DSGSPLVCN--G--LIHGIASFVRG-GCASGLYPDAFAPVA-QFVNWIDSII---QRSED
+NPCPHPRDPDPASRTH
+>sp|P03953|CFAD_MOUSE   Complement factor D precursor (EC 3.4.21.46) (C3 convertase activator) (Properdin factor D) (Adipsin) (28 kDa protein, adipocyte) - Mus musculus (Mouse).
+MHSS----V---Y-F------VALVILGA--AV--------CA-----------------
+----A-----------------QPRGRILGGQEAAAHARPYMASVQV----N----GTHV
+CGGTLLDEQWVLSAAHCMDGVTDDDSVQVLLGAHSLSAP-EP-YKRWYDVQSVVPHPGSR
+PD-----------SL--EDDLILFKLSQNASLGPHVRPLPLQYEDK-EVEPGTLCDVAGW
+GVVTHA-GRRPDVLHQLRVSIMNRTTCNLRTYH--D--GVVTINMMCAES--NRRDTCRG
+DSGSPLVCG--D--AVEGVVTWGSR-VCGNGKKPGVYTRVS-SYRMWIENIT---NG---
+------------NMTS
+>sp|Q91VE3|KLK7_MOUSE   Kallikrein-7 precursor (EC 3.4.21.-) (Stratum corneum chymotryptic enzyme) (Thymopsin) - Mus musculus (Mouse).
+MGVW----L---L-S------LITVLLSLAL----------ET-----------------
+----A-----------------GQGERIIDGYKCKEGSHPWQVALLK----G----NQLH
+CGGVLVDKYWVLTAAHCKMG-----QYQVQLGSDKIGD--Q--SAQKIKATKSFRHPGYS
+TK-----------TH--VNDIMLVRLDEPVKMSSKVEAVQLPEHC---EPPGTSCTVSGW
+GTTTSPDVTFPSDLMCSDVKLISSRECKKVY----K--DLLGKTMLCAGIPDSKTNTCNG
+DSGGPLVCN--D--TLQGLVSWGTY-PCGQPNDPGVYTQVC-KYKRWVMETM---KT---
+--------------HR
+>sp|Q6H321|KLK2_HORSE   Kallikrein-1E2 precursor (EC 3.4.21.35) (Glandular kallikrein) (HPK) - Equus caballus (Horse).
+MWFL----V-------------LCLDLSLGETG--------AL-----------------
+----P-----------------PIQSRIIGGWECEKHSKPWQVAVYH----Q----GHFQ
+CGGVLVHPQWVLTAAHCMSD-----DYQIWLGRHNLSED-ED-TAQFHQVSDSFLDPQFD
+LSLLKKKYLRPYDDI--SHDLMLLRLAQPARITDAVKILDLPTQE---PKLGSTCYTSGW
+GLISTFTNRGSGTLQCVELRLQSNEKCARAY----P--EKMTEFVLCATHRDDSGSICLG
+DSGGALICD--G--VFQGITSWGYS-ECADFNDNFVFTKVM-PHLKWIKETI---EK---
+--------------NS
+>sp|Q03238|GRAM_RAT     Granzyme M precursor (EC 3.4.21.-) (Met-ase) (Natural killer cell granular protease) (RNK-Met-1) (Fragment) - Rattus norvegicus (Rat).
+LLLL----L---------------ALKTL--WA--------VG-----------------
+----N-----------------RFEAQIIGGREAVPHSRPYMVSLQN----T----KSHM
+CGGVLVHQKWVLTAAHCLSEPL--QQLKLVFGLHSLHDP-QD-PGLTFYIKQAIKHPGYN
+LK------------Y--ENDLALLKLDGRVKPSKNVKPLALPRKPRDKPAEGSRCSTAGW
+GITHQR-GQLAKSLQELDLRLLDTRMCNNSR----FWNGVLTDSMLCLKAGAKGQAPCKG
+DSGGPLVCG-KG--KVDGILSFSSK-NCTDIFKPTVATAVA-PYSSWIRKVI---GRWSP
+------------QPLT
+>sp|P20160|CAP7_HUMAN   Azurocidin precursor (Cationic antimicrobial protein CAP37) (Heparin- binding protein) (HBP) - Homo sapiens (Human).
+MTRL----T---VLA------LLAGLLAS--SR--------AG-----------------
+----S-----------------SPLLDIVGGRKARPRQFPFLASIQN----Q----GRHF
+CGGALIHARFVMTAASCFQSQN-PGVSTVVLGAYDLRRR-ERQSRQTFSISS-MSENGYD
+PQ-----------QN--LNDLMLLQLDREANLTSSVTILPLPLQNA-TVEAGTRCQVAGW
+GSQRSG-GRLSRFPRFVNVTVTPEDQCRP--------------NNVCTGVLTRRGGICNG
+DGGTPLVCE--G--LAHGVASFSLG-PCG--RGPDFFTRVA-LFRDWIDGVL---NNPG-
+------------PGPA
+>sp|P07338|CTRB1_RAT    Chymotrypsinogen B precursor (EC 3.4.21.1) [Contains: Chymotrypsin B chain A; Chymotrypsin B chain B; Chymotrypsin B chain C] - Rattus norvegicus (Rat).
+MAFL----W---L-V------SCFALVGA--TFGCGVPTIQPV-----------------
+----L-----------------TGLSRIVNGEDAIPGSWPWQVSLQD----KT---GFHF
+CGGSLISEDWVVTAAHCGVKT---S-DVVVAGEFDQGSD-EE-NIQVLKIAQVFKNPKFN
+MF-----------TV--RNDITLLKLATPAQFSETVSAVCLPNVDD-DFPPGTVCATTGW
+GKTKYNALKTPEKLQQAALPIVSEADCKKS--W--G--SKITDVMTCAGAS-G-VSSCMG
+DSGGPLVCQKDGVWTLAGIVSWGSG-VCS-TSTPAVYSRVT-ALMPWVQQIL---E----
+--------------AN
+>sp|P00757|KLKB4_MOUSE  Kallikrein 1-related peptidase-like b4 precursor (7S nerve growth factor alpha chain) (Alpha-NGF) - Mus musculus (Mouse).
+MWFL----I-------------LFLALSLGGID--------AA-----------------
+----P-----------------PVQ----SQV-DCENSQPWHVAVYR----F----NKYQ
+CGGVLLDRNWVLTAAHCYND-----KYQVWLGKNNFLED-EP-SDQHRLVSKAIPHPDFN
+MSLLNEHTPQPEDDY--SNDLMLLRLSKPADITDVVKPITLPTEE---PKLGSTCLASGW
+GSTTPIKFKYPDDLQCVNLKLLPNEDCDKAH----E--MKVTDAMLCAGEMDGGSYTCEH
+DSGGPLICD--G--ILQGITSWGPE-PCGEPTEPSVYTKLI-KFSSWIRETM---AN---
+--------------NP
+>sp|P80015|CAP7_PIG     Azurocidin (Cationic antimicrobial protein CAP37) (Heparin-binding protein) (HBP) - Sus scrofa (Pig).
+------------------------------------------------------------
+---------------------------IVGGRRAQPQEFPFLASIQK----Q----GRPF
+CAGALVHPRFVLTAASCFRGKN-SGSASVVLGAYDLRQQ-EQ-SRQTFSIRS-ISQNGYD
+PR-----------QN--LNDVLLLQLDREARLTPSVALVPLPPQNA-TVEAGTNCQVAGW
+GTQRLR-RLFSRFPRVLNVTVTSN-PCLP--------------RDMCIGVFSRRGRISQG
+DRGTPLVCN--G--LAQGVASFLRR-RFR--RSSGFFTRVA-LFRNWIDSVL---NN---
+--------------PP
+>sp|P29786|TRY3_AEDAE   Trypsin 3A1 precursor (EC 3.4.21.4) - Aedes aegypti (Yellowfever mosquito).
+MNQF----L---F-V------SFCALLDSAKVS--------AA-----------------
+----T-----------------LSSGRIVGGFQIDIAEVPHQVSLQR----S----GRHF
+CGGSIISPRWVLTRAHCTTNTD-PAAYTIRAGSTD---R-TN-GGIIVKVKSVIPHPQYN
+GD-----------TY--NYDFSLLELDESIGFSRSIEAIALPDASE-TVADGAMCTVSGW
+GDTKNV-FEMNTLLRAVNVPSYNQAECAAAL----VNVVPVTEQMICAGYAAGGKDSCQG
+DSGGPLVSG--D--KLVGVVSWGKG--CALPNLPGVYARVS-TVRQWIREVS--------
+--------------EV
+>sp|P35037|TRY3_ANOGA   Trypsin-3 precursor (EC 3.4.21.4) - Anopheles gambiae (African malaria mosquito).
+MISN----K---I-A------ILLAVLVVAVAC--------AQARVAQQHRSVQALPRFL
+PRPKY-----------------DVGHRIVGGFEIDVSETPYQVSLQY----F----NSHR
+CGGSVLNSKWILTAAHCTVNLQ-PSSLAVRLGSSR---H-AS-GGTVVRVARVLEHPNYD
+DS-----------TI--DYDFSLMELESELTFSDVVQPVSLPDQDE-AVEDGTMTIVSGW
+GNTQSA-AESNAILRAANVPTVNQKECTIAY----SSSGGITDRMLCAGYKRGGKDACQG
+DSGGPLVVD--G--KLVGVVSWGFG--CAMPGYPGVYARVA-VVRDWVRENS--------
+--------------GA
+>sp|P00773|ELA1_RAT     Elastase-1 precursor (EC 3.4.21.36) - Rattus norvegicus (Rat).
+MLRF----L---V-F------ASLVLYGH--STQ-------DF-----------------
+----P-----------------ETNARVVGGAEARRNSWPSQISLQY----LSGGSWYHT
+CGGTLIRRNWVMTAAHCVSSQ---MTFRVVVGDHNLSQN-DG-TEQYVSVQKIMVHPTWN
+SN-----------NVAAGYDIALLRLAQSVTLNNYVQLAVLPQEGT-ILANNNPCYITGW
+GRTRTN-GQLSQTLQQAYLPSVDYSICSSSSYW--G--STVKTTMVCAGGD-GVRSGCQG
+DSGGPLHCLVNGQYSVHGVTSFVSSMGCNVSKKPTVFTRVS-AYISWMNNVI---A----
+--------------YT