JWS-112 Bumping version of T-Coffee to version 11.00.8cbe486.
[jabaws.git] / binaries / src / tcoffee / example / tlara_tRNA_aln51.output
diff --git a/binaries/src/tcoffee/example/tlara_tRNA_aln51.output b/binaries/src/tcoffee/example/tlara_tRNA_aln51.output
new file mode 100644 (file)
index 0000000..34aadae
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,773 @@
+! T-COFFEE_LIB_FORMAT_01
+5
+
+AY017179.1 74 GGGCCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCGUCGGCUUUGCAAGCCGAAGGCCCCGGGUUCGAAUCCCGGCCGGUCCA
+
+M32222.1 74 GGGCCCAUAGCUCAGCCUGGGAGAGCGCCGCCCUUGCAAGGCGGAGGCCCCGGGUUCAAAUCCCGGUGGGUCCA
+
+AF234285.1 73 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCA
+
+M19493.1 73 GGGGGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCUGCCUUUGCAAGGCAGAUGUCAGCGGUUCGAGUCCGCUUACCUCCA
+
+X03715.1 73 GGGCCCGUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUGCCUUGCACGCAGGGGGUCGACGGUUCGAUCCCGUUCGGGUCCA
+
+# 1 2
+
+74 74 500
+73 73 1000
+72 72 1000
+71 71 1000
+70 70 1000
+69 69 1000
+68 68 1000
+67 67 1000
+66 66 1000
+65 65 1000
+64 64 1000
+63 63 1000
+62 62 1000
+61 61 1000
+60 60 1000
+59 59 1000
+58 58 500
+57 57 1000
+56 56 1000
+55 55 1000
+54 54 1000
+53 53 1000
+52 52 1000
+51 51 1000
+50 50 1000
+49 49 1000
+48 48 1000
+47 47 1000
+46 46 1000
+45 45 1000
+44 44 1000
+43 43 1000
+42 42 1000
+41 41 1000
+40 40 1000
+39 39 500
+38 38 1000
+37 37 1000
+36 36 1000
+35 35 1000
+34 34 1000
+33 33 1000
+32 32 1000
+31 31 1000
+30 30 1000
+29 29 1000
+28 28 1000
+27 27 1000
+26 26 1000
+25 25 1000
+24 24 500
+23 23 1000
+22 22 1000
+21 21 1000
+20 20 1000
+19 19 1000
+18 18 1000
+17 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 1 3
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 1000
+60 59 500
+59 58 1000
+58 57 1000
+57 56 1000
+56 55 1000
+55 54 1000
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 1000
+50 49 1000
+49 48 1000
+48 47 1000
+47 46 1000
+46 45 1000
+45 44 500
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 500
+38 37 1000
+37 36 1000
+36 35 500
+35 34 1000
+34 33 1000
+33 32 1000
+32 31 1000
+31 30 1000
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 1000
+26 25 1000
+25 24 1000
+24 23 1000
+23 22 1000
+22 21 1000
+21 20 1000
+20 19 1000
+19 18 1000
+18 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 1 4
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 1000
+60 59 1000
+59 58 1000
+58 57 1000
+57 56 1000
+56 55 1000
+55 54 1000
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 1000
+50 49 1000
+49 48 500
+48 47 1000
+47 46 1000
+46 45 500
+45 44 500
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 1000
+38 37 1000
+37 36 500
+36 35 500
+35 34 500
+34 33 1000
+33 32 1000
+32 31 1000
+31 30 1000
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 500
+26 25 1000
+25 24 1000
+23 23 1000
+22 22 500
+21 21 1000
+20 20 1000
+19 19 500
+18 18 1000
+17 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+10 11 1000
+9 10 1000
+8 9 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 1 5
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 500
+60 59 500
+59 58 500
+58 57 500
+57 56 500
+56 55 1000
+55 54 500
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 1000
+50 49 1000
+49 48 1000
+48 47 500
+47 46 500
+46 45 1000
+45 44 500
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 500
+38 37 1000
+37 36 1000
+36 35 500
+35 34 1000
+34 33 1000
+33 32 500
+32 31 1000
+31 30 1000
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 500
+26 25 1000
+25 24 1000
+24 23 1000
+23 22 1000
+22 21 1000
+21 20 1000
+20 19 1000
+19 18 1000
+18 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 500
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 2 3
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 1000
+60 59 500
+59 58 500
+58 57 500
+57 56 1000
+56 55 1000
+55 54 1000
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 1000
+50 49 1000
+49 48 1000
+48 47 1000
+47 46 1000
+46 45 1000
+45 44 1000
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 500
+38 37 1000
+37 36 1000
+36 35 1000
+35 34 1000
+34 33 1000
+33 32 1000
+32 31 1000
+31 30 1000
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 1000
+26 25 1000
+25 24 1000
+24 23 1000
+23 22 1000
+22 21 1000
+21 20 1000
+20 19 1000
+19 18 1000
+18 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 2 4
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 1000
+60 59 1000
+59 58 1000
+58 57 500
+57 56 1000
+56 55 1000
+55 54 1000
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 1000
+50 49 1000
+49 48 1000
+48 47 1000
+47 46 1000
+46 45 500
+45 44 1000
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 1000
+38 37 1000
+37 36 1000
+36 35 1000
+35 34 1000
+34 33 1000
+33 32 500
+32 31 1000
+31 30 1000
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 1000
+26 25 1000
+25 24 1000
+24 23 1000
+23 22 1000
+22 21 500
+21 20 1000
+20 19 1000
+19 18 1000
+18 17 1000
+17 16 1000
+16 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 2 5
+
+74 73 500
+73 72 1000
+72 71 1000
+71 70 1000
+70 69 1000
+69 68 1000
+68 67 1000
+67 66 1000
+66 65 1000
+65 64 1000
+64 63 1000
+63 62 1000
+62 61 1000
+61 60 500
+60 59 500
+59 58 500
+58 57 500
+57 56 500
+56 55 1000
+55 54 1000
+54 53 1000
+53 52 1000
+52 51 1000
+51 50 500
+50 49 1000
+49 48 500
+48 47 500
+47 46 1000
+46 45 1000
+45 44 500
+44 43 1000
+43 42 1000
+42 41 1000
+41 40 1000
+40 39 1000
+39 38 500
+38 37 1000
+37 36 1000
+36 35 1000
+35 34 1000
+34 33 1000
+33 32 1000
+32 31 1000
+31 30 500
+30 29 1000
+29 28 1000
+28 27 1000
+27 26 1000
+26 25 1000
+25 24 1000
+24 23 1000
+23 22 1000
+22 21 1000
+21 20 1000
+20 19 1000
+19 18 1000
+18 17 1000
+17 16 1000
+16 15 1000
+15 14 500
+14 13 500
+13 12 1000
+12 11 1000
+11 10 1000
+10 9 500
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 3 4
+
+73 73 500
+72 72 1000
+71 71 1000
+70 70 1000
+69 69 1000
+68 68 1000
+67 67 1000
+66 66 1000
+65 65 1000
+64 64 1000
+63 63 1000
+62 62 1000
+61 61 1000
+60 60 1000
+59 59 1000
+58 58 1000
+57 57 1000
+56 56 1000
+55 55 1000
+54 54 1000
+53 53 1000
+52 52 1000
+51 51 1000
+50 50 1000
+49 49 1000
+48 48 1000
+47 47 1000
+46 46 1000
+45 45 500
+44 44 1000
+43 43 1000
+42 42 1000
+41 41 1000
+40 40 1000
+39 39 1000
+38 38 500
+37 37 1000
+36 36 1000
+35 35 1000
+34 34 500
+33 33 1000
+32 32 1000
+31 31 1000
+30 30 1000
+29 29 1000
+28 28 1000
+27 27 1000
+26 26 1000
+25 25 1000
+24 24 1000
+23 23 1000
+22 22 1000
+21 21 500
+20 20 1000
+19 19 1000
+18 18 1000
+17 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 3 5
+
+73 73 500
+72 72 1000
+71 71 1000
+70 70 1000
+69 69 1000
+68 68 1000
+67 67 1000
+66 66 1000
+65 65 1000
+64 64 1000
+63 63 1000
+62 62 1000
+61 61 1000
+60 60 1000
+59 59 1000
+58 58 1000
+57 57 1000
+56 56 1000
+55 55 1000
+54 54 1000
+53 53 1000
+52 52 1000
+51 51 500
+50 50 1000
+49 49 1000
+48 48 1000
+47 47 1000
+46 46 1000
+45 45 1000
+44 44 500
+43 43 1000
+42 42 1000
+41 41 1000
+40 40 1000
+39 39 1000
+38 38 1000
+37 37 1000
+36 36 1000
+35 35 1000
+34 34 1000
+33 33 1000
+32 32 500
+31 31 1000
+30 30 1000
+29 29 1000
+28 28 1000
+27 27 1000
+26 26 1000
+25 25 1000
+24 24 1000
+23 23 1000
+22 22 1000
+21 21 1000
+20 20 1000
+19 19 1000
+18 18 1000
+17 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 500
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+
+# 4 5
+
+73 73 500
+72 72 1000
+71 71 1000
+70 70 1000
+69 69 1000
+68 68 1000
+67 67 1000
+66 66 1000
+65 65 1000
+64 64 1000
+63 63 1000
+62 62 1000
+61 61 1000
+60 60 500
+59 59 500
+58 58 500
+57 57 500
+56 56 500
+55 55 500
+54 54 1000
+53 53 1000
+52 52 1000
+51 51 1000
+50 50 1000
+49 49 1000
+48 48 1000
+47 47 1000
+46 46 500
+45 45 500
+44 44 500
+43 43 1000
+42 42 1000
+41 41 1000
+40 40 1000
+39 39 1000
+38 38 500
+37 37 1000
+36 36 1000
+35 35 1000
+34 34 1000
+33 33 1000
+32 32 500
+31 31 1000
+30 30 1000
+29 29 1000
+28 28 1000
+27 27 1000
+26 26 1000
+25 25 1000
+24 24 1000
+23 23 1000
+22 22 1000
+21 21 1000
+20 20 500
+19 19 1000
+18 18 1000
+17 17 1000
+16 16 1000
+15 15 1000
+14 14 1000
+13 13 1000
+12 12 1000
+11 11 1000
+10 10 1000
+9 9 1000
+8 8 1000
+7 7 1000
+6 6 1000
+5 5 1000
+4 4 1000
+3 3 1000
+2 2 1000
+1 1 1000
+! SEQ_1_TO_N