Adding AAConWS

[jabaws.git] / conf / settings / AAConParameters.xml

diff --git a/conf/settings/AAConParameters.xml b/conf/settings/AAConParameters.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9f5da9f
--- /dev/null
+++ b/conf/settings/AAConParameters.xml
@@ -0,0 +1,36 @@
+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<runnerConfig>\r
+       <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>\r
+       <options>\r
+               <name>Normalize</name>\r
+               <description>Normalize the results. The results of the calculation by different methods will all be scaled to the range between 0 and 1, so that they are comparable</description>\r
+               <optionNames>-n</optionNames>\r
+               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
+       </options>\r
+       <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
+       <parameters>\r
+               <name>Calculation method</name>\r
+               <description>The method of the calculation to use</description>\r
+               <optionNames>-m</optionNames>\r
+               <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
+               <defaultValue>SHENKIN</defaultValue>\r
+        <possibleValues>KABAT</possibleValues>\r
+        <possibleValues>JORES</possibleValues>\r
+               <possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>\r
+               <possibleValues>SHENKIN</possibleValues>\r
+               <possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>\r
+               <possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>\r
+               <possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues> \r
+        <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>\r
+        <possibleValues>KARLIN</possibleValues>\r
+               <possibleValues>ARMON</possibleValues>\r
+               <possibleValues>THOMPSON</possibleValues>\r
+               <possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>\r
+               <possibleValues>MIRNY</possibleValues>\r
+               <possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues> \r
+        <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>\r
+        <possibleValues>SANDER</possibleValues>\r
+        <possibleValues>VALDAR</possibleValues>\r
+        <possibleValues>SMERFS</possibleValues>\r
+       </parameters>\r
+</runnerConfig>\r