git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Re-format the config files in order to get more readable files
[jabaws.git] / conf / settings / MafftParameters.xml
diff --git a/conf/settings/MafftParameters.xml b/conf/settings/MafftParameters.xml
index f1b55c4..25091c8 100644 (file)
--- a/conf/settings/MafftParameters.xml
+++ b/conf/settings/MafftParameters.xml
@@ -1,6 +1,9 @@
 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>\r
 <runnerConfig >\r
  <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>\r
+\r
+<!-- ##################################################################################################### -->\r
+<!-- Mafft options -->\r
     <options isRequired="false">\r
         <name>Shared 6mers distance calculation</name>\r
         <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>\r
@@ -8,37 +11,49 @@
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--6merpair</defaultValue>\r
     </options>\r
+\r
     <options isRequired="true">\r
         <name>Output sequences order</name>\r
-        <description>--inputorder - Output order: same as input. \r
-        --reorder - Output order: aligned. Default: same as input</description>\r
+        <description>\r
+          --inputorder - Output order: same as input. \r
+          --reorder - Output order: aligned. Default: same as input\r
+        </description>\r
         <optionNames>--inputorder</optionNames>\r
         <optionNames>--reorder</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--inputorder</defaultValue>\r
+\r
     </options>\r
-       <options isRequired="false">\r
+        <options isRequired="false">\r
         <name>Sequence type</name>\r
         <description>\r
-        --nuc - Assume the sequences are nucleotide.\r
-        --amino - Assume the sequences are amino acid. </description>\r
+          --nuc - Assume the sequences are nucleotide.\r
+          --amino - Assume the sequences are amino acid.\r
+        </description>\r
         <optionNames>--amino</optionNames>\r
         <optionNames>--nuc</optionNames>\r
         <optionNames>--auto</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--auto</defaultValue>\r
     </options>\r
+\r
     <options isRequired="false">\r
         <name>Pairwise alignment computation method</name>\r
         <description>\r
         --globalpair\r
-               All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
+          All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. \r
+          More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. \r
+          Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). \r
+          Default: off (6mer distance is used)\r
         --genafpair \r
-        All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
+          All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). \r
+          More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. \r
+          Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). \r
+          Default: off (6mer distance is used)\r
         --fastapair\r
-        All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)\r
+          All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)\r
         --localpair\r
-        All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
+          All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
         </description>\r
         <optionNames>--fastapair</optionNames>\r
         <optionNames>--genafpair</optionNames>\r
@@ -47,6 +62,7 @@
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--localpair</defaultValue>\r
     </options>\r
+\r
     <options isRequired="false">\r
         <name>FFT approximation</name>\r
         <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>\r
@@ -55,21 +71,24 @@
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--nofft</defaultValue>\r
     </options>\r
+\r
     <options isRequired="false">\r
         <name>No score</name>\r
         <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>\r
         <optionNames>--noscore</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
     </options>\r
-       <options isRequired="false">\r
+\r
+    <options isRequired="false">\r
         <name>Part tree</name>\r
-               <description>\r
-        --parttree - Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance. \r
-               --dpparttree - the PartTree algorithm is used with distances based on DP. \r
-               Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
-        --fastaparttree - The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. \r
-        Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
-        All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.\r
+        <description>\r
+        --parttree\r
+          Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance. \r
+        --dpparttree\r
+          the PartTree algorithm is used with distances based on DP. Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
+        --fastaparttree\r
+          The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
+          All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.\r
         </description> \r
         <optionNames>--dpparttree</optionNames>\r
         <optionNames>--parttree</optionNames>\r
@@ -77,19 +96,24 @@
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>--fastaparttree</defaultValue>\r
     </options>\r
+\r
+<!-- ##################################################################################################### -->\r
+<!-- Mafft parameters -->\r
     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
-        <parameters isRequired="false">\r
+\r
+    <parameters isRequired="false">\r
         <name>Max iteration number</name>\r
         <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>\r
         <optionNames>--maxiterate</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>0</defaultValue>\r
         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
+            <type>Integer</type>\r
             <min>0</min>\r
             <max>1000</max>\r
         </validValue>\r
     </parameters>\r
+\r
     <parameters isRequired="false">\r
         <name>Partsize</name>\r
         <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>\r
@@ -97,141 +121,156 @@
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>50</defaultValue>\r
         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-               <min>1</min>\r
+            <type>Integer</type>\r
+            <min>1</min>\r
         </validValue>\r
      </parameters>\r
-       <parameters isRequired="false">\r
+\r
+     <parameters isRequired="false">\r
         <name>Group size</name>\r
-        <description>Do not make alignment larger than number sequences. Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences</description>\r
+        <description>\r
+            Do not make alignment larger than number sequences.\r
+            Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences\r
+        </description>\r
         <optionNames>--groupsize</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>20</defaultValue>\r
         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-               <min>0</min>\r
+            <type>Integer</type>\r
+            <min>0</min>\r
         </validValue>\r
-      </parameters>\r
+    </parameters>\r
+\r
     <parameters isRequired="false">\r
         <name>Guide tree rebuild</name>\r
-        <description>Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2</description>\r
+        <description>\r
+          Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2\r
+        </description>\r
         <optionNames>--retree</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
-               <defaultValue>2</defaultValue>\r
+        <defaultValue>2</defaultValue>\r
         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-               <min>1</min>\r
-               <max>100</max>\r
+            <type>Integer</type>\r
+            <min>1</min>\r
+            <max>100</max>\r
         </validValue>\r
-     </parameters>\r
+    </parameters>\r
+\r
     <parameters isRequired="false">\r
         <name>Gap opening penalty</name>\r
-        <description>Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53</description>\r
+        <description>\r
+          Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53\r
+        </description>\r
         <optionNames>--op</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>1.53</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Float</type>\r
-               <min>0</min>\r
+        <validValue>\r
+            <type>Float</type>\r
+            <min>0</min>\r
         </validValue>\r
-     </parameters> \r
+    </parameters>\r
+\r
     <parameters isRequired="false">\r
         <name>Group-to-group gap extension penalty</name>\r
         <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>\r
         <optionNames>--ep</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>0.123</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Float</type>\r
-               <min>0</min>\r
+        <validValue>\r
+            <type>Float</type>\r
+            <min>0</min>\r
         </validValue>\r
-     </parameters> \r
-   <parameters isRequired="false">\r
+    </parameters>\r
+\r
+    <parameters isRequired="false">\r
         <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>\r
-        <description>Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00</description>\r
+        <description>\r
+          Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00\r
+        </description>\r
         <optionNames>--lop</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
-               <defaultValue>-2.00</defaultValue>\r
+        <defaultValue>-2.00</defaultValue>\r
         <validValue>\r
-               <type>Float</type>\r
-               <max>0</max>\r
+            <type>Float</type>\r
+            <max>0</max>\r
         </validValue>\r
-   </parameters>  \r
-   <parameters isRequired="false">\r
+    </parameters>\r
+\r
+    <parameters isRequired="false">\r
         <name>Matrix</name>\r
         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
         <optionNames>--aamatrix</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
-               <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
-               <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
-               <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
+        <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
+        <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
+        <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+        <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
+        <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
+        <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
     </parameters>\r
 </runnerConfig>\r