<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
<runnerConfig>\r
- <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
- <!--\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.msa.Muscle</runnerClassName>\r
+\r
+<!--\r
This is the only option possible so no point in having it \r
<options isRequired="false">\r
<name>Group sequences</name>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>-group</defaultValue>\r
</options>\r
- -->\r
- <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->\r
+-->\r
+\r
+<!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->\r
+\r
<options isRequired="false">\r
<name>Anchor optimisation</name>\r
- <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
+ <description>\r
+ Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations\r
+ </description>\r
<optionNames>-anchors</optionNames>\r
<optionNames>-noanchors</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
</options>\r
- <!-- Programs failures often with this option \r
+\r
+<!-- Programs failures often with this option \r
<options isRequired="false">\r
<name>Window refine</name>\r
<description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>-refinew</defaultValue>\r
</options>\r
- -->\r
+-->\r
+\r
<options isRequired="false">\r
<name>Root alignment computation method</name>\r
- <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
+ <description>\r
+ Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.\r
+ </description>\r
<optionNames>-brenner</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
</options>\r
- <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
+\r
+<!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
<options isRequired="false">\r
<name>Fast clustering of input sequences</name>\r
<description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
<optionNames>-cluster</optionNames>\r
<furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
</options>\r
- -->\r
- <options isRequired="false">\r
+-->\r
+\r
+ <options isRequired="false">\r
<name>dimer</name>\r
- <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
+ <description>\r
+ Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)\r
+ </description>\r
<optionNames>-dimer</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
- </options>\r
+ </options>\r
+\r
<options isRequired="false">\r
<name>Diagonal</name>\r
- <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
+ <description>\r
+ Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.\r
+ </description>\r
<optionNames>-diags</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
</options>\r
+\r
<options isRequired="false">\r
<name>Diagonal 1</name>\r
- <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
+ <description>\r
+ Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)\r
+ </description>\r
<optionNames>-diags1</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
</options>\r
- <options isRequired="false">\r
+\r
+ <options isRequired="false">\r
<name>Profile scoring method</name>\r
- <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
- sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
- sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
+ <description>\r
+ le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
+ sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
+ sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
<optionNames>-le</optionNames>\r
<optionNames>-sp</optionNames>\r
<optionNames>-sv</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
- <defaultValue>-le</defaultValue>\r
+ <defaultValue>-le</defaultValue>\r
</options>\r
+\r
<prmSeparator> </prmSeparator>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>Sequence type</name>\r
- <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
+ <description>\r
+ Sequence type - Amino acid/Nucleotide\r
+ </description>\r
<optionNames>-seqtype</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>auto</defaultValue>\r
<possibleValues>dna</possibleValues>\r
<possibleValues>rna</possibleValues>\r
</parameters>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>Maxiters</name>\r
- <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
+ <description>\r
+ Maximum number of iterations (integer, default 16)\r
+ </description>\r
<optionNames>-maxiters</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>16</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>1</min>\r
<max>100</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
- <!-- disable as refinew is disabled \r
+\r
+<!-- disable as refinew is disabled \r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Maxiters</name>\r
<description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>200</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>1</min>\r
<max>1000</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
- -->\r
+-->\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Diagonal break</name>\r
- <description>Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal</description>\r
+ <description>\r
+ Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal\r
+ </description>\r
<optionNames>-diagbreak</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>1</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>1</min>\r
<max>100</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Diagonal length</name>\r
<description>Minimum length of diagonal</description>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>24</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>2</min>\r
<max>100</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Diagonal margin</name>\r
- <description>Discard this many positions at ends of diagonal</description>\r
+ <description>\r
+ Discard this many positions at ends of diagonal\r
+ </description>\r
<optionNames>-diagmargin</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>5</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>1</min>\r
<max>100</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Anchor spacing</name>\r
- <description>Minimum spacing between anchor columns</description>\r
+ <description>\r
+ Minimum spacing between anchor columns\r
+ </description>\r
<optionNames>-anchorspacing</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>32</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>2</min>\r
<max>1000</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>Matrix</name>\r
- <description>Substitution Matrix to use</description>\r
+ <description>\r
+ Substitution Matrix to use\r
+ </description>\r
<optionNames>-matrix</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
- <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
- <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
- <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
- <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
- <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
- <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
- <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
- <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
- <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
+ <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
+ <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
+ <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+ <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
+ <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
+ <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
+ <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
+ <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Gap open penalty</name>\r
- <description>Gap opening penalty. Must be negative</description>\r
+ <description>\r
+ Gap opening penalty. Must be negative\r
+ </description>\r
<optionNames>-gapopen</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>-100</min>\r
<max>0</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Gap extension penalty</name>\r
- <description>Gap extension penalty. Must be negative</description>\r
+ <description>\r
+ Gap extension penalty. Must be negative\r
+ </description>\r
<optionNames>-gapextend</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>-100</min>\r
<max>0</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Center</name>\r
- <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
+ <description>\r
+ Center parameter. Should be negative.\r
+ </description>\r
<optionNames>-center</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>0.0</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>-100</min>\r
<max>0</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Hydro</name>\r
- <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
+ <description>\r
+ Window size for determining whether a region is hydrophobic.\r
+ </description>\r
<optionNames>-hydro</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>5</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Integer</type>\r
+ <type>Integer</type>\r
<min>0</min>\r
<max>100</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Hydrofactor</name>\r
- <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
+ <description>\r
+ Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.\r
+ </description>\r
<optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>1.2</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>0</min>\r
<max>10</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
<parameters>\r
<name>Minimum anchor score</name>\r
- <description>Minimum score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
+ <description>\r
+ Minimum score a column must have to be an anchor\r
+ (default depends on the profile scoring function!)\r
+ </description>\r
<optionNames>-minbestcolscore</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>1.2</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>0</min>\r
<max>10</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters>\r
<name>Minimum smoothed anchor score</name>\r
- <description>Minimum smoothed score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
+ <description>\r
+ Minimum smoothed score a column must have to be an anchor\r
+ (default depends on the profile scoring function!)\r
+ </description>\r
<optionNames>-minsmoothscore</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>1.2</defaultValue>\r
<validValue>\r
- <type>Float</type>\r
+ <type>Float</type>\r
<min>0</min>\r
<max>10</max>\r
</validValue>\r
</parameters>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>cluster1</name>\r
- <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
+ <description>\r
+ Clustering method to use on the iteration 1\r
+ </description>\r
<optionNames>-cluster1</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>upgma</defaultValue>\r
<possibleValues>upgma</possibleValues>\r
</parameters>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>cluster2</name>\r
- <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
+ <description>\r
+ Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations\r
+ </description>\r
<optionNames>-cluster2</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
<possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
<possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
- <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
- none=all sequences have equal weight.\r
- henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.\r
- henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
- clustalw=CLUSTALW method.\r
- threeway=Gotoh three-way method</description>\r
+ <description>\r
+ Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
+ none=all sequences have equal weight.\r
+ henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.\r
+ henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
+ clustalw=CLUSTALW method. threeway=Gotoh three-way method\r
+ </description>\r
<optionNames>-weight1</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
<possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
<possibleValues>threeway</possibleValues>\r
</parameters>\r
+\r
<parameters isRequired="false">\r
<name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
- <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
- iterations for tree-dependent refinement.\r
- none=all sequences have equal weight.\r
- henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.\r
- henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
- clustalw=CLUSTALW method.\r
- threeway=Gotoh three-way method</description>\r
+ <description>\r
+ Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
+ iterations for tree-dependent refinement. \r
+ none=all sequences have equal weight.\r
+ henikoff=Henikoff & Henikoff weighting scheme.\r
+ henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
+ clustalw=CLUSTALW method.\r
+ threeway=Gotoh three-way method\r
+ </description>\r
<optionNames>-weight2</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
<possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
<possibleValues>threeway</possibleValues>\r
</parameters>\r
- <parameters isRequired="false">\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
<name>Distance1</name>\r
- <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
+ <description>\r
+ Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)\r
+ </description>\r
<optionNames>-distance1</optionNames>\r
<furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
<defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r