git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Add all needed infrastructure for MSAprobs and GLprobs
[jabaws.git] / conf / settings / ProbconsParameters.xml
diff --git a/conf/settings/ProbconsParameters.xml b/conf/settings/ProbconsParameters.xml
index c66cdcb..10caac1 100644 (file)
--- a/conf/settings/ProbconsParameters.xml
+++ b/conf/settings/ProbconsParameters.xml
@@ -23,85 +23,85 @@
     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
 \r
 <!-- unsupported in practice \r
-       <parameters>\r
+        <parameters>\r
         <name>MATRIX</name>\r
         <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>\r
         <optionNames>-m</optionNames>\r
         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
-               <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
-               <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
-               <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
+                <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
+                <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
+                <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
+                <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
+                <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
+                <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
+                <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
+                <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
+                <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
+        </parameters>\r
 -->\r
 \r
     <parameters>\r
@@ -111,44 +111,50 @@
             aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the\r
             particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may\r
             lead to unstable alignment parameters.\r
-       </description>\r
+        </description>\r
         <optionNames>-pre</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
         <defaultValue>0</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
+        <validValue>\r
+            <type>Integer</type>\r
             <min>0</min>\r
             <max>20</max>\r
         </validValue>\r
     </parameters>\r
+\r
     <parameters>\r
         <name>Passes of iterative refinement</name>\r
-        <description>This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed. In each\r
-stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is randomly\r
-partitioned into two groups. After projecting the alignments to these groups, the two\r
-groups are realigned, resulting in an alignment whose objective score is guaranteed to be\r
-at least that of the original alignment</description>\r
+        <description>\r
+            This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed.\r
+            In each stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is \r
+            randomly partitioned into two groups. After projecting the alignments to these \r
+            groups, the two groups are realigned, resulting in an alignment whose objective \r
+            score is guaranteed to be at least that of the original alignment\r
+        </description>\r
         <optionNames>-ir</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
-         <defaultValue>100</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
+        <defaultValue>100</defaultValue>\r
+        <validValue>\r
+            <type>Integer</type>\r
             <min>0</min>\r
             <max>1000</max>\r
         </validValue>\r
     </parameters>\r
+\r
     <parameters>\r
         <name>Passes of consistency transformation</name>\r
-        <description>Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
-       The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
-       round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
-       using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
-       the pairwise alignments.</description>\r
+        <description>\r
+            Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
+            The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
+            round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
+            using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
+            the pairwise alignments.\r
+        </description>\r
         <optionNames>-c</optionNames>\r
         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
         <defaultValue>2</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
+        <validValue>\r
+            <type>Integer</type>\r
             <min>0</min>\r
             <max>5</max>\r
         </validValue>\r