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Webservice which implements FoldWS and returns String. Parameters.xml file
[jabaws.git] / conf / settings / RNAalifoldParameters.xml
diff --git a/conf/settings/RNAalifoldParameters.xml b/conf/settings/RNAalifoldParameters.xml
index 2561ec4..5ee3fc2 100644 (file)
--- a/conf/settings/RNAalifoldParameters.xml
+++ b/conf/settings/RNAalifoldParameters.xml
@@ -17,6 +17,13 @@
                <name>Partition Function</name>
                <description>Output partition function and probability matrix</description>
                <optionNames>-p</optionNames>
+               <optionNames>--partfunc</optionNames>
+               <defaultValue>-p</defaultValue>
+       </options>
+       <options isRequired='false'>
+               <name>p0</name>
+               <description>deactivates the calculation of the pair probabilities</description>
+               <optionNames>-p0</optionNames>
        </options>
        <options isRequired='false'>
                <name>color</name>
@@ -34,11 +41,6 @@
                <optionNames>--noPS</optionNames>
        </options>
        <options isRequired='false'>
-               <name>Partition Function</name>
-               <description>Output partition function and probability matrix</description>
-               <optionNames>-p</optionNames>
-       </options>
-       <options isRequired='false'>
                <name>Circular</name>
                <description>Assume circular RNA molecule</description>
                <optionNames>-c</optionNames>
@@ -54,7 +56,7 @@
                <defaultValue>-g</defaultValue>
        </options>
        <options isRequired='false'>
-               <name>Dangling End Preset</name>
+               <name>d2</name>
                <description>dangling energies will be added for the bases adjacent to a helix on both sides</description>
                <optionNames>-d2</optionNames>
        </options>
@@ -85,6 +87,18 @@
                <optionNames>--ribosum_scoring</optionNames>
                <defaultValue>-r</defaultValue>
        </options>
+       <options isRequired='false'>
+               <name>d2</name>
+               <description>
+               Dangling energies are added for the bases adjacent to a helix on both sides
+               </description>
+               <optionNames>-d2</optionNames>
+       </options>
+       <options isRequired='false'>
+               <name>MEA Structure</name>
+               <description>Maximum Expected Accuracy Structure</description>
+               <optionNames>--MEA</optionNames>
+       </options>
 <!-- Constraints are entered on the command line followed by the input .aln file
         Causing problems for a batch RNAalifold execution system -->
 <!--  
@@ -96,36 +110,31 @@
                        <type>String</type>
                </validValue>
        </option> -->
+       
+       <prmSeparator> </prmSeparator>
        <parameters isRequired='false'>
-               <name>MEA structure</name>
-               <description>Maximum Expected Accuracy Structure</description>
-               <optionNames>--MEA</optionNames>
-               <defaultValue>1</defaultValue>
+               <name>Stochastic Backtrack</name>
+               <description>Compute a number of random structures</description>
+               <optionNames>-s</optionNames>
+<!--           Having multiple optionNames requires a default value but -->
+<!--                   in a parameter defaultValue refers to the argument -->
+<!--           <optionNames>-stochBT</optionNames> -->
+               <defaultValue>5</defaultValue>  
                <validValue>
-                       <type>Float</type>
+                       <type>Integer</type>
+                       <min>1</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
-<!--  ?Will Jabaws recognize that arguments for the following params must
-be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
-<!--   <parameters isRequired='false'> -->
-<!--           <name>Stochastic Backtrack</name> -->
-<!--           <description>Compute a number of random structures</description> -->
-<!--           <optionNames>-s</optionNames> -->
-               <!-- Having multiple optionNames requires a default value but
-                       in a parameter defaultValue refers to the argument -->
-<!--           <optionNames>-stochBT</optionNames> -->
-<!--           <defaultValue>5</defaultValue>  arbitrary -->
-<!--           <validValue> -->
-<!--                   <type>Int</type> -->
-<!--           </validValue> -->
-<!--   </parameters> -->
        <parameters isRequired='false'>
                <name>stochBT_en</name>
                <description>Print Backtrack structures</description>
                <optionNames>--stochBT_en</optionNames>
                <defaultValue>5</defaultValue>  <!-- arbitrary -->
                <validValue>
-                       <type>Int</type>
+                       <type>Integer</type>
+                       <min>1</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
@@ -136,13 +145,20 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
                <defaultValue>1.07</defaultValue>
                <validValue>
                        <type>Float</type>
+                       <min>0</min>
+                       <max>100</max>
                </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
                <name>bppmThreshold</name>
                <description>Threshold for base pair probabilities</description>
                <optionNames>--bppmThreshold</optionNames>
-               <defaultValue>1e-6</defaultValue>
+               <defaultValue>0.000001</defaultValue>
+               <validValue>
+                       <type>Float</type>
+                       <min>0.0000000000001</min>
+                       <max>1.0</max>
+               </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
                <name>Temperature</name>
@@ -151,7 +167,9 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
 <!--           <optionNames>-temp</optionNames> -->
                <defaultValue>37</defaultValue>
                <validValue>
-                       <type>Double</type>
+                       <type>Float</type>
+                       <min>-274</min>
+                       <max>1000000</max>
                </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
@@ -161,7 +179,9 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
 <!--           <optionNames>-dangles</optionNames> -->
                <defaultValue>2</defaultValue>
                <validValue>
-                       <type>Int</type>
+                       <type>Integer</type>
+                       <min>0</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
@@ -170,7 +190,9 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
                <optionNames>--cfactor</optionNames>
                <defaultValue>1.0</defaultValue>
                <validValue>
-                       <type>Double</type>
+                       <type>Float</type>
+                       <min>0</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
        <parameters isRequired='false'>
@@ -179,7 +201,9 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
                <optionNames>--nfactor</optionNames>
                <defaultValue>1.0</defaultValue>
                <validValue>
-                       <type>Double</type>
+                       <type>Float</type>
+                       <min>0</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
        
@@ -188,35 +212,42 @@ be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
 <!--           <name>Ribosum File</name> -->
 <!--           <description>Use Specified Ribosum Matrix</description> -->
 <!--           <optionNames>-R</optionNames> -->
-<!--           <optionNames>-ribosum_file</optionNames> --> <!-- commentx2 -->
+<!--           <optionNames>-ribosum_file</optionNames>  -->
 <!--   </parameters> -->
 <!--   <parameters isRequired='false'> -->
 <!--           <name>Paramfile</name> -->
 <!--           <description>Use Energy parameters from a file</description> -->
 <!--           <optionNames>-P</optionNames> -->
-<!--           <optionNames>-paramFile</optionNames> --> <!-- commentx2 -->
+<!--           <optionNames>-paramFile</optionNames>  -->
 <!--           <validValue> -->
 <!--                   <type>String</type> -->
 <!--           </validValue> -->
 <!--   </parameters> -->
        
+       <!-- The values of this parameter are in the form of a comma separated
+                       list of allowed pairs. This makes a complete parameter list
+                       too large to be represented as a list of possible values
+                       How to deal with this? -->
+                       <!--  just support the most biologically viable pairs? -->
+       
        <parameters isRequired='false'>
                <name>Allow Pairs</name>
-               <descrition>allow pairs in addition to AU, GC and GU</descrition>
+               <description>allow pairs in addition to AU, GC and GU</description>
                <optionNames>--nsp</optionNames>
                <defaultValue>-GA</defaultValue>
+               <possibleValues>-GA</possibleValues>
+               <possibleValues>-AG</possibleValues>
+       </parameters>
+       <!--  Is dependant on -p (partfunc) -->
+       <parameters isRequired='false'>
+               <name>betaScale</name>
+               <description>Set scaling of Boltzmann factors</description>
+               <optionNames>--betaScale</optionNames>
+               <defaultValue>1.0</defaultValue>
                <validValue>
-                       <type>String</type>
+                       <type>Float</type>
+                       <min>0</min>
+                       <max>100000</max>
                </validValue>
        </parameters>
-       <!--  Is dependant on -p (partfunc) -->
-<!--   <parameters isRequired='false'> -->
-<!--           <name>betaScale</name> -->
-<!--           <description>Set scaling of Boltzmann factors</description> -->
-<!--           <optionNames>-betaScale</optionNames> -->
-<!--           <defaultValue>1.0</defaultValue> -->
-<!--           <validValue> -->
-<!--                   <type>Double</type> -->
-<!--           </validValue> -->
-<!--   </parameters> -->
 </runnerConfig>
\ No newline at end of file