git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Get rid of unnecessary duplication of config files.
[jabaws.git] / dundee-conf / settings / ProbconsParameters.xml
diff --git a/dundee-conf/settings/ProbconsParameters.xml b/dundee-conf/settings/ProbconsParameters.xml
deleted file mode 100644 (file)
index aa8ef07..0000000
--- a/dundee-conf/settings/ProbconsParameters.xml
+++ /dev/null
@@ -1,147 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
-<runnerConfig>\r
- <runnerClassName>compbio.runner.probcons.Probcons</runnerClassName>\r
-    <!-- This is requires training -t, but training output probabil file instead of the alignment   \r
-    <options>\r
-        <name>Reestimate EP</name>\r
-        <description>Reestimate emission probabilities.</description>\r
-        <optionNames>-e</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-    </options>\r
-    -->\r
-    <options>\r
-        <name>Output aligned</name>\r
-        <description>Output sequences in alignment order rather than input order</description>\r
-        <optionNames>-a</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-    </options>\r
-    <prmSeparator> </prmSeparator>\r
-       <!-- unsupported in practice \r
-       <parameters>\r
-        <name>MATRIX</name>\r
-        <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>\r
-        <optionNames>-m</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-        <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
-               <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
-               <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
-               <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
-               <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
-               <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
-               <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
-               <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
-               <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
-       </parameters>\r
-        -->\r
-    <parameters>\r
-        <name>Rounds of pre-training before aligning the sequences</name>\r
-        <description>This specifies the number of rounds of EM to be applied on the set of sequences being\r
-aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the\r
-particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may\r
-lead to unstable alignment parameters.</description>\r
-        <optionNames>-pre</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-        <defaultValue>0</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-            <min>0</min>\r
-            <max>20</max>\r
-        </validValue>\r
-    </parameters>\r
-    <parameters>\r
-        <name>Passes of iterative refinement</name>\r
-        <description>This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed. In each\r
-stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is randomly\r
-partitioned into two groups. After projecting the alignments to these groups, the two\r
-groups are realigned, resulting in an alignment whose objective score is guaranteed to be\r
-at least that of the original alignment</description>\r
-        <optionNames>-ir</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-         <defaultValue>100</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-            <min>0</min>\r
-            <max>1000</max>\r
-        </validValue>\r
-    </parameters>\r
-    <parameters>\r
-        <name>Passes of consistency transformation</name>\r
-        <description>Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
-       The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
-       round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
-       using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
-       the pairwise alignments.</description>\r
-        <optionNames>-c</optionNames>\r
-        <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
-        <defaultValue>2</defaultValue>\r
-         <validValue>\r
-               <type>Integer</type>\r
-            <min>0</min>\r
-            <max>5</max>\r
-        </validValue>\r
-    </parameters>\r
-</runnerConfig>\r