fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Colour.java
index 7f4a6b1..d7650a0 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,481 +19,465 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Colour implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _name.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _RGB.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _RGB;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _minRGB.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _minRGB;\r
-\r
-  /**\r
-   * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   */\r
-  private java.lang.String _threshType;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _threshold.\r
-   */\r
-  private float _threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _max.\r
-   */\r
-  private float _max;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _max\r
-   */\r
-  private boolean _has_max;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _min.\r
-   */\r
-  private float _min;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _min\r
-   */\r
-  private boolean _has_min;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourByLabel.\r
-   */\r
-  private boolean _colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
-   */\r
-  private boolean _has_colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _autoScale.\r
-   */\r
-  private boolean _autoScale;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _autoScale\r
-   */\r
-  private boolean _has_autoScale;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Colour()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteAutoScale()\r
-  {\r
-    this._has_autoScale = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColourByLabel()\r
-  {\r
-    this._has_colourByLabel = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMax()\r
-  {\r
-    this._has_max = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMin()\r
-  {\r
-    this._has_min = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_threshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean getAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean getColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Max'.\r
-   */\r
-  public float getMax()\r
-  {\r
-    return this._max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Min'.\r
-   */\r
-  public float getMin()\r
-  {\r
-    return this._min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'minRGB'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MinRGB'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getMinRGB()\r
-  {\r
-    return this._minRGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'RGB'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RGB'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getRGB()\r
-  {\r
-    return this._RGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the\r
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ThreshType'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getThreshType()\r
-  {\r
-    return this._threshType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshold'.\r
-   */\r
-  public float getThreshold()\r
-  {\r
-    return this._threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasAutoScale.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one AutoScale has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._has_autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColourByLabel.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._has_colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMax.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Max has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMax()\r
-  {\r
-    return this._has_max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMin.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Min has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMin()\r
-  {\r
-    return this._has_min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean isAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean isColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @param autoScale\r
-   *          the value of field 'autoScale'.\r
-   */\r
-  public void setAutoScale(final boolean autoScale)\r
-  {\r
-    this._autoScale = autoScale;\r
-    this._has_autoScale = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @param colourByLabel\r
-   *          the value of field 'colourByLabel'.\r
-   */\r
-  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)\r
-  {\r
-    this._colourByLabel = colourByLabel;\r
-    this._has_colourByLabel = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @param max\r
-   *          the value of field 'max'.\r
-   */\r
-  public void setMax(final float max)\r
-  {\r
-    this._max = max;\r
-    this._has_max = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @param min\r
-   *          the value of field 'min'.\r
-   */\r
-  public void setMin(final float min)\r
-  {\r
-    this._min = min;\r
-    this._has_min = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'minRGB'.\r
-   * \r
-   * @param minRGB\r
-   *          the value of field 'minRGB'.\r
-   */\r
-  public void setMinRGB(final java.lang.String minRGB)\r
-  {\r
-    this._minRGB = minRGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'RGB'.\r
-   * \r
-   * @param RGB\r
-   *          the value of field 'RGB'.\r
-   */\r
-  public void setRGB(final java.lang.String RGB)\r
-  {\r
-    this._RGB = RGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the\r
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   * \r
-   * @param threshType\r
-   *          the value of field 'threshType'.\r
-   */\r
-  public void setThreshType(final java.lang.String threshType)\r
-  {\r
-    this._threshType = threshType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @param threshold\r
-   *          the value of field 'threshold'.\r
-   */\r
-  public void setThreshold(final float threshold)\r
-  {\r
-    this._threshold = threshold;\r
-    this._has_threshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Colour\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Colour unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Colour) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Colour.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Colour implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _RGB.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _RGB;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _minRGB.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _minRGB;\r
+\r
+    /**\r
+     * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     */\r
+    private java.lang.String _threshType;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _threshold.\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _max.\r
+     */\r
+    private float _max;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _max\r
+     */\r
+    private boolean _has_max;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _min.\r
+     */\r
+    private float _min;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _min\r
+     */\r
+    private boolean _has_min;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourByLabel.\r
+     */\r
+    private boolean _colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
+     */\r
+    private boolean _has_colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _autoScale.\r
+     */\r
+    private boolean _autoScale;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _autoScale\r
+     */\r
+    private boolean _has_autoScale;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Colour() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteAutoScale(\r
+    ) {\r
+        this._has_autoScale= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        this._has_colourByLabel= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMax(\r
+    ) {\r
+        this._has_max= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMin(\r
+    ) {\r
+        this._has_min= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean getAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean getColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Max'.\r
+     */\r
+    public float getMax(\r
+    ) {\r
+        return this._max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Min'.\r
+     */\r
+    public float getMin(\r
+    ) {\r
+        return this._min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MinRGB'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getMinRGB(\r
+    ) {\r
+        return this._minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'RGB'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RGB'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getRGB(\r
+    ) {\r
+        return this._RGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshType'. The field\r
+     * 'threshType' has the following description: loosely\r
+     * specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ThreshType'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getThreshType(\r
+    ) {\r
+        return this._threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAutoScale.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AutoScale has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._has_autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColourByLabel.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMax.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Max has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMax(\r
+    ) {\r
+        return this._has_max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMin.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Min has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMin(\r
+    ) {\r
+        return this._has_min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean isAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.\r
+     */\r
+    public void setAutoScale(\r
+            final boolean autoScale) {\r
+        this._autoScale = autoScale;\r
+        this._has_autoScale = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.\r
+     */\r
+    public void setColourByLabel(\r
+            final boolean colourByLabel) {\r
+        this._colourByLabel = colourByLabel;\r
+        this._has_colourByLabel = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @param max the value of field 'max'.\r
+     */\r
+    public void setMax(\r
+            final float max) {\r
+        this._max = max;\r
+        this._has_max = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @param min the value of field 'min'.\r
+     */\r
+    public void setMin(\r
+            final float min) {\r
+        this._min = min;\r
+        this._has_min = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @param minRGB the value of field 'minRGB'.\r
+     */\r
+    public void setMinRGB(\r
+            final java.lang.String minRGB) {\r
+        this._minRGB = minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'RGB'.\r
+     * \r
+     * @param RGB the value of field 'RGB'.\r
+     */\r
+    public void setRGB(\r
+            final java.lang.String RGB) {\r
+        this._RGB = RGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType'\r
+     * has the following description: loosely specified\r
+     * enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @param threshType the value of field 'threshType'.\r
+     */\r
+    public void setThreshType(\r
+            final java.lang.String threshType) {\r
+        this._threshType = threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Colour\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Colour unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Colour) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Colour.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r