fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / SequenceType.java
index d413e2d..0d07812 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
@@ -11,15 +11,8 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class SequenceType.\r
@@ -34,22 +27,22 @@ public class SequenceType implements java.io.Serializable {
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
-     * Field _id\r
+     * Field _id.\r
      */\r
     private java.lang.String _id;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _description\r
+     * Field _description.\r
      */\r
     private java.lang.String _description;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _sequence\r
+     * Field _sequence.\r
      */\r
     private java.lang.String _sequence;\r
 \r
     /**\r
-     * Field _name\r
+     * Field _name.\r
      */\r
     private java.lang.String _name;\r
 \r
@@ -60,7 +53,7 @@ public class SequenceType implements java.io.Serializable {
 \r
     public SequenceType() {\r
         super();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceType()\r
+    }\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -70,156 +63,158 @@ public class SequenceType implements java.io.Serializable {
     /**\r
      * Returns the value of field 'description'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'description'.\r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getDescription()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
         return this._description;\r
-    } //-- java.lang.String getDescription() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'id'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'id'.\r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getId()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
         return this._id;\r
-    } //-- java.lang.String getId() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'name'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'name'.\r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getName()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
         return this._name;\r
-    } //-- java.lang.String getName() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'sequence'.\r
      * \r
-     * @return String\r
-     * @return the value of field 'sequence'.\r
+     * @return the value of field 'Sequence'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getSequence()\r
-    {\r
+    public java.lang.String getSequence(\r
+    ) {\r
         return this._sequence;\r
-    } //-- java.lang.String getSequence() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method isValid\r
+     * Method isValid.\r
      * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param out\r
-     */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
      * \r
      * \r
      * @param handler\r
-     */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'description'.\r
      * \r
      * @param description the value of field 'description'.\r
      */\r
-    public void setDescription(java.lang.String description)\r
-    {\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
         this._description = description;\r
-    } //-- void setDescription(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'id'.\r
      * \r
      * @param id the value of field 'id'.\r
      */\r
-    public void setId(java.lang.String id)\r
-    {\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
         this._id = id;\r
-    } //-- void setId(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'name'.\r
      * \r
      * @param name the value of field 'name'.\r
      */\r
-    public void setName(java.lang.String name)\r
-    {\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
         this._name = name;\r
-    } //-- void setName(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'sequence'.\r
      * \r
      * @param sequence the value of field 'sequence'.\r
      */\r
-    public void setSequence(java.lang.String sequence)\r
-    {\r
+    public void setSequence(\r
+            final java.lang.String sequence) {\r
         this._sequence = sequence;\r
-    } //-- void setSequence(java.lang.String) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
+     * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r
-     * @return Object\r
-     */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.SequenceType unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+    }\r
 \r
     /**\r
-     * Method validate\r
      * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
 }\r