IUPred final touches. All test cases pass
[jabaws.git] / testsrc / testdata / output.long
diff --git a/testsrc/testdata/output.long b/testsrc/testdata/output.long
deleted file mode 100644 (file)
index 946d06c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,788 +0,0 @@
-# P50_HUMAN
-    1 M     0.9943
-    2 E     0.9917
-    3 E     0.9879
-    4 P     0.9831
-    5 Q     0.9553
-    6 S     0.9316
-    7 D     0.9208
-    8 P     0.9119
-    9 S     0.8857
-   10 V     0.7951
-   11 E     0.7605
-   12 P     0.8074
-   13 P     0.7342
-   14 L     0.6374
-   15 S     0.6035
-   16 Q     0.5331
-   17 E     0.4781
-   18 T     0.4825
-   19 F     0.4825
-   20 S     0.4879
-   21 D     0.5374
-   22 L     0.4600
-   23 W     0.3668
-   24 K     0.3456
-   25 L     0.4282
-   26 L     0.3578
-   27 P     0.3630
-   28 E     0.3399
-   29 N     0.3578
-   30 N     0.4116
-   31 V     0.3762
-   32 L     0.3668
-   33 S     0.4420
-   34 P     0.4749
-   35 L     0.4556
-   36 P     0.4458
-   37 S     0.5084
-   38 Q     0.5043
-   39 A     0.5043
-   40 M     0.5331
-   41 D     0.4781
-   42 D     0.5623
-   43 L     0.6604
-   44 M     0.5900
-   45 L     0.5084
-   46 S     0.5802
-   47 P     0.5802
-   48 D     0.6174
-   49 D     0.6124
-   50 I     0.6374
-   51 E     0.6827
-   52 Q     0.6906
-   53 W     0.7034
-   54 F     0.7418
-   55 T     0.7817
-   56 E     0.8311
-   57 D     0.8001
-   58 P     0.7912
-   59 G     0.7912
-   60 P     0.7540
-   61 D     0.7951
-   62 E     0.7817
-   63 A     0.7644
-   64 P     0.7912
-   65 R     0.8311
-   66 M     0.8311
-   67 P     0.7912
-   68 E     0.7688
-   69 A     0.7418
-   70 A     0.7232
-   71 P     0.7147
-   72 P     0.6906
-   73 V     0.6715
-   74 A     0.6681
-   75 P     0.6374
-   76 A     0.6516
-   77 P     0.6650
-   78 A     0.6604
-   79 A     0.6124
-   80 P     0.6334
-   81 T     0.6374
-   82 P     0.5514
-   83 A     0.5514
-   84 A     0.5412
-   85 P     0.5514
-   86 A     0.5374
-   87 P     0.5473
-   88 A     0.4825
-   89 P     0.5084
-   90 S     0.5126
-   91 W     0.5229
-   92 P     0.5126
-   93 L     0.5043
-   94 S     0.4379
-   95 S     0.4781
-   96 S     0.4600
-   97 V     0.4781
-   98 P     0.3806
-   99 S     0.4078
-  100 Q     0.3096
-  101 K     0.3263
-  102 T     0.3399
-  103 Y     0.3184
-  104 Q     0.2820
-  105 G     0.2167
-  106 S     0.2122
-  107 Y     0.2080
-  108 G     0.2558
-  109 F     0.2255
-  110 R     0.1921
-  111 L     0.1766
-  112 G     0.1732
-  113 F     0.1205
-  114 L     0.1732
-  115 H     0.0723
-  116 S     0.0701
-  117 G     0.0405
-  118 T     0.0643
-  119 A     0.0771
-  120 K     0.1018
-  121 S     0.0587
-  122 V     0.0884
-  123 T     0.0884
-  124 C     0.1240
-  125 T     0.1088
-  126 Y     0.0554
-  127 S     0.0607
-  128 P     0.0441
-  129 A     0.0387
-  130 L     0.0490
-  131 N     0.0478
-  132 K     0.0231
-  133 M     0.0414
-  134 F     0.0297
-  135 C     0.0701
-  136 Q     0.0502
-  137 L     0.0567
-  138 A     0.0405
-  139 K     0.0363
-  140 T     0.0464
-  141 C     0.0701
-  142 P     0.0832
-  143 V     0.0991
-  144 Q     0.1322
-  145 L     0.1998
-  146 W     0.3146
-  147 V     0.3146
-  148 D     0.3184
-  149 S     0.3578
-  150 T     0.3311
-  151 P     0.3184
-  152 P     0.4203
-  153 P     0.3578
-  154 G     0.3578
-  155 T     0.3578
-  156 R     0.4282
-  157 V     0.5084
-  158 R     0.5802
-  159 A     0.5667
-  160 M     0.5473
-  161 A     0.5514
-  162 I     0.5331
-  163 Y     0.4749
-  164 K     0.4037
-  165 Q     0.4116
-  166 S     0.4203
-  167 Q     0.3184
-  168 H     0.4037
-  169 M     0.4037
-  170 T     0.4282
-  171 E     0.4513
-  172 V     0.4749
-  173 V     0.4116
-  174 R     0.4825
-  175 R     0.4918
-  176 C     0.4879
-  177 P     0.4918
-  178 H     0.4825
-  179 H     0.4245
-  180 E     0.4333
-  181 R     0.4651
-  182 C     0.4879
-  183 S     0.5412
-  184 D     0.5802
-  185 S     0.5126
-  186 D     0.4458
-  187 G     0.5374
-  188 L     0.4600
-  189 A     0.4600
-  190 P     0.4600
-  191 P     0.4600
-  192 Q     0.3992
-  193 H     0.4879
-  194 L     0.4282
-  195 I     0.4333
-  196 R     0.3668
-  197 V     0.3005
-  198 E     0.3096
-  199 G     0.3847
-  200 N     0.3939
-  201 L     0.3630
-  202 R     0.3359
-  203 V     0.2292
-  204 E     0.2292
-  205 Y     0.2748
-  206 L     0.3399
-  207 D     0.2963
-  208 D     0.2963
-  209 R     0.2385
-  210 N     0.2531
-  211 T     0.1805
-  212 F     0.2531
-  213 R     0.2786
-  214 H     0.3456
-  215 S     0.3399
-  216 V     0.3491
-  217 V     0.4037
-  218 V     0.3885
-  219 P     0.3806
-  220 Y     0.2748
-  221 E     0.2700
-  222 P     0.2657
-  223 P     0.2963
-  224 E     0.2865
-  225 V     0.2167
-  226 G     0.2080
-  227 S     0.1844
-  228 D     0.2041
-  229 C     0.1602
-  230 T     0.1416
-  231 T     0.2041
-  232 I     0.1958
-  233 H     0.1018
-  234 Y     0.0744
-  235 N     0.0677
-  236 Y     0.0909
-  237 M     0.0789
-  238 C     0.0723
-  239 N     0.0660
-  240 S     0.1322
-  241 S     0.1532
-  242 C     0.1060
-  243 M     0.1018
-  244 G     0.1060
-  245 G     0.1150
-  246 M     0.0789
-  247 N     0.1266
-  248 R     0.0965
-  249 R     0.1732
-  250 P     0.1766
-  251 I     0.1766
-  252 L     0.1805
-  253 T     0.2820
-  254 I     0.3096
-  255 I     0.2602
-  256 T     0.2080
-  257 L     0.2333
-  258 E     0.2385
-  259 D     0.2385
-  260 S     0.2432
-  261 S     0.1602
-  262 G     0.2122
-  263 N     0.2385
-  264 L     0.2333
-  265 L     0.2558
-  266 G     0.2432
-  267 R     0.2292
-  268 N     0.2209
-  269 S     0.2483
-  270 F     0.2531
-  271 E     0.2432
-  272 V     0.2432
-  273 R     0.2432
-  274 V     0.2432
-  275 C     0.3053
-  276 A     0.3630
-  277 C     0.3578
-  278 P     0.3630
-  279 G     0.3668
-  280 R     0.3263
-  281 D     0.3992
-  282 R     0.4037
-  283 R     0.4556
-  284 T     0.4703
-  285 E     0.5173
-  286 E     0.6219
-  287 E     0.6412
-  288 N     0.7275
-  289 L     0.6984
-  290 R     0.6756
-  291 K     0.7079
-  292 K     0.7192
-  293 G     0.7342
-  294 E     0.7458
-  295 P     0.7501
-  296 H     0.7540
-  297 H     0.7605
-  298 E     0.7605
-  299 L     0.7342
-  300 P     0.7912
-  301 P     0.7951
-  302 G     0.8036
-  303 S     0.8074
-  304 T     0.8074
-  305 K     0.8118
-  306 R     0.7951
-  307 A     0.8118
-  308 L     0.8242
-  309 P     0.8488
-  310 N     0.8650
-  311 N     0.8488
-  312 T     0.8311
-  313 S     0.8424
-  314 S     0.7912
-  315 S     0.7951
-  316 P     0.8001
-  317 Q     0.8001
-  318 P     0.7458
-  319 K     0.7192
-  320 K     0.6984
-  321 K     0.6412
-  322 P     0.6516
-  323 L     0.5900
-  324 D     0.5802
-  325 G     0.5802
-  326 E     0.5762
-  327 Y     0.5623
-  328 F     0.5374
-  329 T     0.4556
-  330 L     0.4556
-  331 Q     0.4333
-  332 I     0.3762
-  333 R     0.3456
-  334 G     0.4037
-  335 R     0.3311
-  336 E     0.3263
-  337 R     0.3311
-  338 F     0.3717
-  339 E     0.3762
-  340 M     0.3717
-  341 F     0.3668
-  342 R     0.3491
-  343 E     0.4203
-  344 L     0.4037
-  345 N     0.4149
-  346 E     0.4037
-  347 A     0.3992
-  348 L     0.4078
-  349 E     0.4651
-  350 L     0.4967
-  351 K     0.5229
-  352 D     0.5802
-  353 A     0.5802
-  354 Q     0.5846
-  355 A     0.6293
-  356 G     0.6412
-  357 K     0.6374
-  358 E     0.6604
-  359 P     0.7317
-  360 G     0.7034
-  361 G     0.7573
-  362 S     0.7573
-  363 R     0.7573
-  364 A     0.7772
-  365 H     0.7605
-  366 S     0.8036
-  367 S     0.7951
-  368 H     0.7817
-  369 L     0.7869
-  370 K     0.7724
-  371 S     0.7869
-  372 K     0.7869
-  373 K     0.7951
-  374 G     0.7644
-  375 Q     0.7912
-  376 S     0.7275
-  377 T     0.7342
-  378 S     0.7275
-  379 R     0.6984
-  380 H     0.7342
-  381 K     0.7605
-  382 K     0.7418
-  383 L     0.7418
-  384 M     0.7275
-  385 F     0.7573
-  386 K     0.7724
-  387 T     0.8118
-  388 E     0.8521
-  389 G     0.8823
-  390 P     0.8984
-  391 D     0.9119
-  392 S     0.9316
-  393 D     0.9512
-# P53_HUMAN
-    1 M     0.9854
-    2 E     0.9883
-    3 E     0.9711
-    4 P     0.9677
-    5 Q     0.9725
-    6 S     0.9777
-    7 D     0.9777
-    8 P     0.9396
-    9 S     0.9362
-   10 V     0.9503
-   11 E     0.9211
-   12 P     0.8741
-   13 P     0.8421
-   14 L     0.7547
-   15 S     0.6620
-   16 Q     0.6576
-   17 E     0.6906
-   18 T     0.6620
-   19 F     0.6427
-   20 S     0.5807
-   21 D     0.5707
-   22 L     0.5382
-   23 W     0.5342
-   24 K     0.4476
-   25 L     0.5296
-   26 L     0.5254
-   27 P     0.5211
-   28 E     0.4725
-   29 N     0.4330
-   30 N     0.5533
-   31 V     0.5854
-   32 L     0.4864
-   33 S     0.5139
-   34 P     0.5533
-   35 L     0.5577
-   36 P     0.6576
-   37 S     0.7547
-   38 Q     0.7595
-   39 A     0.6322
-   40 M     0.6531
-   41 D     0.6576
-   42 D     0.6043
-   43 L     0.5533
-   44 M     0.5665
-   45 L     0.5620
-   46 S     0.6755
-   47 P     0.6712
-   48 D     0.6906
-   49 D     0.6906
-   50 I     0.7459
-   51 E     0.8013
-   52 Q     0.7505
-   53 W     0.7459
-   54 F     0.8050
-   55 T     0.8013
-   56 E     0.8792
-   57 D     0.8966
-   58 P     0.8655
-   59 G     0.8198
-   60 P     0.8198
-   61 D     0.9013
-   62 E     0.8421
-   63 A     0.8013
-   64 P     0.9013
-   65 R     0.9415
-   66 M     0.9488
-   67 P     0.9269
-   68 E     0.9013
-   69 A     0.9013
-   70 A     0.8991
-   71 P     0.8991
-   72 P     0.8681
-   73 V     0.8313
-   74 A     0.8713
-   75 P     0.8313
-   76 A     0.8565
-   77 P     0.8655
-   78 A     0.8655
-   79 A     0.8462
-   80 P     0.7718
-   81 T     0.8162
-   82 P     0.7250
-   83 A     0.6948
-   84 A     0.7547
-   85 P     0.7718
-   86 A     0.6851
-   87 P     0.7369
-   88 A     0.7080
-   89 P     0.7505
-   90 S     0.7672
-   91 W     0.7459
-   92 P     0.6269
-   93 L     0.6183
-   94 S     0.6531
-   95 S     0.6712
-   96 S     0.5296
-   97 V     0.5577
-   98 P     0.4292
-   99 S     0.4476
-  100 Q     0.3667
-  101 K     0.3740
-  102 T     0.3704
-  103 Y     0.2884
-  104 Q     0.3392
-  105 G     0.3392
-  106 S     0.3460
-  107 Y     0.3529
-  108 G     0.3807
-  109 F     0.3566
-  110 R     0.3566
-  111 L     0.2884
-  112 G     0.2988
-  113 F     0.2064
-  114 L     0.2988
-  115 H     0.2002
-  116 S     0.1942
-  117 G     0.2129
-  118 T     0.2817
-  119 A     0.2164
-  120 K     0.3182
-  121 S     0.3149
-  122 V     0.3460
-  123 T     0.2503
-  124 C     0.2470
-  125 T     0.3215
-  126 Y     0.2645
-  127 S     0.2470
-  128 P     0.2364
-  129 A     0.2364
-  130 L     0.1643
-  131 N     0.1823
-  132 K     0.1449
-  133 M     0.2002
-  134 F     0.1476
-  135 C     0.1476
-  136 Q     0.1115
-  137 L     0.1881
-  138 A     0.1881
-  139 K     0.1731
-  140 T     0.2034
-  141 C     0.2817
-  142 P     0.2884
-  143 V     0.2951
-  144 Q     0.3286
-  145 L     0.4220
-  146 W     0.4685
-  147 V     0.4582
-  148 D     0.4979
-  149 S     0.4864
-  150 T     0.4685
-  151 P     0.3948
-  152 P     0.4119
-  153 P     0.3910
-  154 G     0.4507
-  155 T     0.4292
-  156 R     0.5017
-  157 V     0.6089
-  158 R     0.6269
-  159 A     0.6089
-  160 M     0.6322
-  161 A     0.5620
-  162 I     0.4831
-  163 Y     0.4685
-  164 K     0.4541
-  165 Q     0.3356
-  166 S     0.3494
-  167 Q     0.3426
-  168 H     0.3840
-  169 M     0.3910
-  170 T     0.4186
-  171 E     0.3286
-  172 V     0.3460
-  173 V     0.4220
-  174 R     0.5098
-  175 R     0.5176
-  176 C     0.5017
-  177 P     0.4409
-  178 H     0.4051
-  179 H     0.4256
-  180 E     0.4801
-  181 R     0.4831
-  182 C     0.4652
-  183 S     0.4541
-  184 D     0.4409
-  185 S     0.4369
-  186 D     0.3840
-  187 G     0.5139
-  188 L     0.4901
-  189 A     0.5017
-  190 P     0.4409
-  191 P     0.4292
-  192 Q     0.3774
-  193 H     0.5139
-  194 L     0.4369
-  195 I     0.3667
-  196 R     0.3774
-  197 V     0.3740
-  198 E     0.3774
-  199 G     0.4476
-  200 N     0.4766
-  201 L     0.3667
-  202 R     0.3460
-  203 V     0.3426
-  204 E     0.3426
-  205 Y     0.3599
-  206 L     0.3840
-  207 D     0.3392
-  208 D     0.4051
-  209 R     0.3249
-  210 N     0.3356
-  211 T     0.3494
-  212 F     0.4292
-  213 R     0.4369
-  214 H     0.4409
-  215 S     0.4330
-  216 V     0.5139
-  217 V     0.5992
-  218 V     0.4619
-  219 P     0.4582
-  220 Y     0.4619
-  221 E     0.3910
-  222 P     0.3910
-  223 P     0.4087
-  224 E     0.4119
-  225 V     0.3426
-  226 G     0.3286
-  227 S     0.2680
-  228 D     0.3149
-  229 C     0.3566
-  230 T     0.3392
-  231 T     0.3117
-  232 I     0.2849
-  233 H     0.2680
-  234 Y     0.2503
-  235 N     0.2258
-  236 Y     0.2783
-  237 M     0.2752
-  238 C     0.2752
-  239 N     0.2884
-  240 S     0.3426
-  241 S     0.2849
-  242 C     0.2849
-  243 M     0.2884
-  244 G     0.2258
-  245 G     0.3019
-  246 M     0.2364
-  247 N     0.3149
-  248 R     0.3356
-  249 R     0.4441
-  250 P     0.4369
-  251 I     0.4369
-  252 L     0.4441
-  253 T     0.4940
-  254 I     0.4619
-  255 I     0.4619
-  256 T     0.4582
-  257 L     0.4831
-  258 E     0.4766
-  259 D     0.3948
-  260 S     0.4017
-  261 S     0.3356
-  262 G     0.3948
-  263 N     0.4087
-  264 L     0.2988
-  265 L     0.3426
-  266 G     0.3053
-  267 R     0.3249
-  268 N     0.3840
-  269 S     0.3774
-  270 F     0.3774
-  271 E     0.3774
-  272 V     0.3774
-  273 R     0.3807
-  274 V     0.3807
-  275 C     0.4369
-  276 A     0.4979
-  277 C     0.5055
-  278 P     0.4541
-  279 G     0.4476
-  280 R     0.4441
-  281 D     0.5296
-  282 R     0.5211
-  283 R     0.5807
-  284 T     0.6183
-  285 E     0.6851
-  286 E     0.8162
-  287 E     0.8375
-  288 N     0.8828
-  289 L     0.8828
-  290 R     0.8991
-  291 K     0.8991
-  292 K     0.8942
-  293 G     0.8966
-  294 E     0.8942
-  295 P     0.8920
-  296 H     0.8765
-  297 H     0.8235
-  298 E     0.8421
-  299 L     0.8421
-  300 P     0.8942
-  301 P     0.8942
-  302 G     0.8966
-  303 S     0.8991
-  304 T     0.8966
-  305 K     0.9081
-  306 R     0.9013
-  307 A     0.9126
-  308 L     0.9057
-  309 P     0.8991
-  310 N     0.9287
-  311 N     0.9308
-  312 T     0.8828
-  313 S     0.8853
-  314 S     0.8853
-  315 S     0.8872
-  316 P     0.8313
-  317 Q     0.7459
-  318 P     0.7672
-  319 K     0.7672
-  320 K     0.7547
-  321 K     0.6806
-  322 P     0.6712
-  323 L     0.6661
-  324 D     0.6755
-  325 G     0.6806
-  326 E     0.6906
-  327 Y     0.5577
-  328 F     0.5456
-  329 T     0.5098
-  330 L     0.4369
-  331 Q     0.4441
-  332 I     0.4541
-  333 R     0.3807
-  334 G     0.4409
-  335 R     0.4409
-  336 E     0.4292
-  337 R     0.3740
-  338 F     0.4476
-  339 E     0.4725
-  340 M     0.4685
-  341 F     0.5254
-  342 R     0.4940
-  343 E     0.5758
-  344 L     0.5620
-  345 N     0.5665
-  346 E     0.5620
-  347 A     0.5577
-  348 L     0.5901
-  349 E     0.6991
-  350 L     0.6991
-  351 K     0.7080
-  352 D     0.7951
-  353 A     0.7799
-  354 Q     0.7916
-  355 A     0.8421
-  356 G     0.8313
-  357 K     0.8421
-  358 E     0.8125
-  359 P     0.8596
-  360 G     0.8565
-  361 G     0.8920
-  362 S     0.8920
-  363 R     0.8942
-  364 A     0.9151
-  365 H     0.9057
-  366 S     0.9151
-  367 S     0.9126
-  368 H     0.9151
-  369 L     0.9230
-  370 K     0.9039
-  371 S     0.8991
-  372 K     0.8681
-  373 K     0.8681
-  374 G     0.7982
-  375 Q     0.8085
-  376 S     0.7951
-  377 T     0.7982
-  378 S     0.8050
-  379 R     0.8198
-  380 H     0.8655
-  381 K     0.8681
-  382 K     0.8713
-  383 L     0.8655
-  384 M     0.8655
-  385 F     0.8596
-  386 K     0.8343
-  387 T     0.8313
-  388 E     0.8235
-  389 G     0.8162
-  390 P     0.8085
-  391 D     0.7755
-  392 S     0.7718
-  393 D     0.7629