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[jabaws.git] / website / archive / binaries / linux_x86 / fasta34 / Makefile.nm_fcom
diff --git a/website/archive/binaries/linux_x86/fasta34/Makefile.nm_fcom b/website/archive/binaries/linux_x86/fasta34/Makefile.nm_fcom
deleted file mode 100644 (file)
index 8bc186e..0000000
--- a/website/archive/binaries/linux_x86/fasta34/Makefile.nm_fcom
+++ /dev/null
@@ -1,243 +0,0 @@
-
-#================ common .obj files 
-
-doinit.obj : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
-
-init_sw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH initfa.c /Foinit_sw.obj
-
-init_ssw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH initfa.c /Foinit_ssw.obj
-
-init_rss.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS initfa.c /Foinit_rss.obj
-
-init_rfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -DFASTX initfa.c /Foinit_rfx.obj
-
-init_fa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA initfa.c /Foinit_fa.obj
-
-init_ff.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF initfa.c /Foinit_ff.obj
-
-init_tf.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST initfa.c /Foinit_tf.obj
-
-init_fs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS initfa.c /Foinit_fs.obj
-
-init_fm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM initfa.c /Foinit_fm.obj
-
-init_tfs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST  initfa.c /Foinit_tfs.obj
-
-init_tfm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST  initfa.c /Foinit_tfm.obj
-
-init_tfa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST initfa.c /Foinit_tfa.obj
-
-init_fx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX initfa.c /Foinit_fx.obj
-
-init_tfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST initfa.c /Foinit_tfx.obj
-
-init_fy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY initfa.c /Foinit_fy.obj
-
-init_tfy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST initfa.c /Foinit_tfy.obj
-
-#================ miscellaneous
-
-htime.obj : htime.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c htime.c
-
-compacc.obj : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h $(MWH) defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
-
-pssm_asn_subs.obj : pssm_asn_subs.c defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c pssm_asn_subs.c
-
-#================ display list of best hits / alignments
-
-showbest.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWBESTC) /Foshowbest.obj
-
-showrss.obj : showrss.c $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
-
-showun.obj : mshowbest.c $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWUN mshowbest.c /Foshowun.obj
-
-showrel.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWREL $(SHOWBESTC) /Foshowrel.obj
-
-showsum.obj : showsum.c $(MWH) defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c showsum.c
-
-$(SHOWALIGN).obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWALIGN).c /Fo$(SHOWALIGN).obj
-
-$(SHOWALIGN)_u.obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DSHOWUN -c /Fo$(SHOWALIGN)_u.obj $(SHOWALIGN).c
-re_getlib.obj : re_getlib.c mw.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c re_getlib.c
-
-lib_sel.obj : lib_sel.c defs.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
-
-c_dispn.obj : c_dispn.c defs.h structs.h param.h 
-       $(CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
-
-#================ statistical functions
-
-karlin.obj : karlin.c param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
-
-scaleswn.obj : scaleswn.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
-
-scaleswtf.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c scaleswt.c /Foscaleswtf.obj
-
-scaleswts.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c /Foscaleswts.obj
-
-tatstats_fs.obj : tatstats.c tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS tatstats.c /Fotatstats_fs.obj
-
-tatstats_ff.obj : tatstats.c tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF tatstats.c /Fotatstats_ff.obj
-
-tatstats_fm.obj : tatstats.c tatstats.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM tatstats.c /Fotatstats_fm.obj
-
-last_tat.obj : last_tat.c defs.h mm_file.h structs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c last_tat.c
-
-#================ drop functions - actual scores/alignments
-
-drop_nfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropnfa.c /Fodrop_nfa.obj
-
-# drop_ff, _fs, _fm must define FASTF, FASTS, and FASTM to ensure
-# that tatstats.h is built appropriately
-
-drop_ff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c dropff2.c /Fodrop_ff.obj
-
-drop_tff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -DTFAST -c dropff2.c /Fodrop_tff.obj
-
-drop_ff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF  dropff2.c /Fodrop_ff2.obj
-
-drop_tff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST dropff2.c /Fodrop_tff.obj
-
-drop_fs.obj : dropfs2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS -c dropfs2.c /Fodrop_fs.obj
-
-drop_tfs.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTS dropfs2.c /Fodrop_tfs.obj
-
-drop_fm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_fm.obj
-
-drop_tfm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_tfm.obj
-
-drop_tfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h upam.h param.h defs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFASTA dropnfa.c /Fodrop_tfa.obj
-
-drop_fx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropfx.c /Fodrop_fx.obj
-
-drop_tfx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfx.c /Fodrop_tfx.obj
-
-drop_fz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropfz2.c /Fodrop_fz.obj
-
-drop_tfz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfz2.c /Fodrop_tfz.obj
-
-dropnsw.obj : dropnsw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
-
-dropgsw.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
-
-dropgsw_sse2.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c dropgsw.c /Fodropgsw_sse2.obj
-
-smith_waterman_altivec.obj : smith_waterman_altivec.c smith_waterman_altivec.h dropgsw.h defs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c smith_waterman_altivec.c
-
-smith_waterman_sse2.obj : smith_waterman_sse2.c smith_waterman_sse2.h dropgsw.h defs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c smith_waterman_sse2.c
-
-dropnw.obj : dropnw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
-
-#================ reading query, libraries
-
-getseq.obj : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h 
-       $(CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
-
-llgetaa.obj : llgetaa.c upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c -DNOLIB llgetaa.c
-
-lgetlib.obj : $(NGETLIB).c altlib.h upam.h uascii.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c $(NGETLIB).c /Folgetlib.obj
-
-lgetaa_m.obj : mmgetaa.c altlib.h ncbl2_head.h upam.h uascii.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mmgetaa.c /Folgetaa_m.obj
-
-ncbl_lib.obj : ncbl_lib.c ncbl_head.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
-
-ncbl2_mlib.obj : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
-
-mysql_lib.obj : mysql_lib.c mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mysql_lib.c
-
-pgsql_lib.obj : pgsql_lib.c mm_file.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c pgsql_lib.c
-
-#================ threading functions
-
-pthr_subs2.obj : pthr_subs2.c thr.h pthr_subs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c pthr_subs2.c
-
-uthr_subs.obj : uthr_subs.c thr.h uthr_subs.h 
-       $(CC) $(CFLAGS) -c uthr_subs.c
-
-#================ translation
-
-faatran.obj : faatran.c upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
-
-url_subs.obj : url_subs.c structs.h param.h
-       $(CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
-
-$(NRAND).obj : $(NRAND).c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c $(NRAND).c
-#================ pvm/mpi specific functions
-
-hostacc.obj : hostacc.c upam.h uascii.h
-       $(CC) $(CFLAGS) hostacc.c
-
-workacc.obj : workacc.c upam.h uascii.h param.h
-       $(NCC) $(CFLAGS) workacc.c /Foworkacc.obj
-
-#================ windows getopt()
-
-getopt.obj : getopt.c
-       $(CC) $(CFLAGS) -c getopt.c