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[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / clustalo / src / clustal / log.c
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/clustalo/src/clustal/log.c b/website/archive/binaries/mac/src/clustalo/src/clustal/log.c
deleted file mode 100644 (file)
index e503303..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,379 +0,0 @@
-/* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
-
-/*********************************************************************
- * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
- *
- * Copyright (C) 2010 University College Dublin
- *
- * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License as
- * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
- * License, or (at your option) any later version.
- *
- * This file is part of Clustal-Omega.
- *
- ********************************************************************/
-
-/*
- *  RCS $Id$
- */
-
-#ifdef HAVE_CONFIG_H
-#include "config.h"
-#endif
-
-
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <stdarg.h>
-#include <assert.h>
-
-#include "log.h"
-
-/* a default standard logger */
-log_t rLog;
-
-
-
-void
-LogVfprintf(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-void
-LogWarn(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-void
-LogError(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-void
-LogCritical(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-void
-LogFatal(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-void
-LogForcedDebug(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList);
-
-
-
-
-/**
- * @brief Plain, default print function
- *
- * Newline character is automatically appended to message.
- *
- */
-void
-LogVfprintf(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       /* print prefix */
-    vfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-    fprintf(prFP,"\n");
-
-#ifndef NDEBUG
-    fflush(prFP);
-#endif
-}
-/* end of LogVfprintf() */
-
-
-
-/**
- * @brief 
- *
- */
-void
-LogWarn(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       fprintf(prFP, "WARNING: ");
-    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-}
-/* end of LogWarn() */
-
-
-
-/**
- * @brief 
- *
- */
-void
-LogError(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       fprintf(prFP, "ERROR: ");
-    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-}
-/* end of LogError() */
-
-
-
-/**
- * @brief 
- *
- */
-void
-LogCritical(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       fprintf(prFP, "CRITICAL ERROR: ");
-    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-}
-/* end of LogCritical() */
-
-
-
-/**
- * @brief Will also exit!
- */
-void
-LogFatal(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       fprintf(prFP, "FATAL: ");
-    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-    
-    exit(EXIT_FAILURE);
-}
-/* end of LogFatal() */
-
-
-
-/**
- * @brief 
- *
- */
-void
-LogForcedDebug(FILE *prFP, char *pcFmt, va_list rVArgList)
-{
-       fprintf(prFP, "FORCED DEBUG: ");
-    LogVfprintf(prFP, pcFmt, rVArgList);
-}
-/* end of LogForcedDebug() */
-
-
-
-/**
- *
- * @brief Sets up default function pointers
- *
- */
-void
-LogDefaultSetup(log_t *log)
-{
-    log->iLogLevelEnabled = LOG_WARN;
-
-       log->prFP[LOG_DEBUG] = stdout;
-       log->prFP[LOG_INFO] = stdout;
-       log->prFP[LOG_WARN] = stderr;
-       log->prFP[LOG_ERROR] = stderr;
-       log->prFP[LOG_CRITICAL] = stderr;
-       log->prFP[LOG_FATAL] = stderr;
-       log->prFP[LOG_FORCED_DEBUG] = stderr;
-
-       log->prFunc[LOG_DEBUG] = &LogVfprintf;
-       log->prFunc[LOG_INFO] = &LogVfprintf;
-       log->prFunc[LOG_WARN] = &LogWarn;
-       log->prFunc[LOG_ERROR] = &LogError;
-       log->prFunc[LOG_CRITICAL] = &LogCritical;
-       log->prFunc[LOG_FATAL] = &LogFatal;
-       log->prFunc[LOG_FORCED_DEBUG] = &LogForcedDebug;
-}
-/* end of LogDefaultSetup() */
-
-
-
-/**
- * @brief Log to certain level
- *
- * See also comp.lang.c FAQ list ยท Question 15.12
- * http://c-faq.com/varargs/handoff.html How can I write a function which
- * takes a variable number of arguments and passes them to some other function
- * (which takes a variable number of arguments)?
- *
- */
-void
-Log(log_t *prLog, int iLevel, char *pcFmt, ...) 
-{
-       va_list rVArgList;
-    void (*prFunc) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList);
-       FILE *prFP;
-
-       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
-
-    /* fprintf(stderr, "DEBUG: iLevel=%d and iLogLevelEnabled=%d\n", iLevel, prLog->iLogLevelEnabled); */
-
-       /* return if below current loglevel */
-       if (iLevel < prLog->iLogLevelEnabled) {
-               return;
-       }
-
-       prFunc = prLog->prFunc[iLevel];
-       prFP = prLog->prFP[iLevel];
-
-       /* return if muted */
-       if (NULL == prFunc) {
-               return;
-       }
-
-       va_start(rVArgList, pcFmt);
-       prFunc(prFP, pcFmt, rVArgList);
-       va_end(rVArgList);
-}
-/* end of Log() */
-
-
-
-/**
- *
- * @brief Change file pointer for certain level
- *
- */
-void
-LogSetFP(log_t *prLog, int iLevel, FILE *prFP)
-{
-       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
-
-       prLog->prFP[iLevel] = prFP;
-}
-/* end of LogSetFP() */
-
-
-
-/**
- *
- * @brief Return file pointer for certain level
- *
- */
-FILE *
-LogGetFP(log_t *prLog, int iLevel)
-{
-       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
-
-       return prLog->prFP[iLevel];
-}
-/* end of LogGetFP() */
-
-
-
-
-
-/**
- *
- * @brief Change file pointer for all levels
- *
- */
-void
-LogSetFPForAll(log_t *prLog, FILE *prFP)
-{
-       int iAux;
-
-       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
-               prLog->prFP[iAux] = prFP;
-       }
-}
-/* end of LogSetFP() */
-
-
-
-/**
- *
- * @brief Mute certain level (i.e set the corresponding function to NULL)
- *
- */
-void
-LogMute(log_t *prLog, int iLevel)
-{
-       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
-
-       prLog->prFunc[iLevel] = NULL;
-}
-/* end of LogMute() */
-
-
-/**
- *
- * @brief Mute all channels
- *
- */
-void
-LogMuteAll(log_t *prLog)
-{
-       int iAux;
-
-       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
-               LogMute(prLog, iAux);
-       }
-}
-/* end of LogMuteAll() */
-
-
-
-/**
- * @brief
- *
- */
-void
-LogFuncOverwrite(log_t *prLog, int iLevel, 
-                 void (*Func) (FILE *prFP, char *pcFormat, va_list rVArgList))
-{
-       assert(iLevel>=0 && iLevel<=LOG_NUM_LEVELS);
-
-    prLog->prFunc[iLevel] = Func;
-
-}
-/* end of LogFuncOverwrite() */
-
-
-
-#ifdef LOG_TEST
-
-
-#define TEXT "Lorem ipsum dolor sit amet"
-
-void
-PrintSomeTextToAll(log_t *prLog) {
-       int iAux;
-       for (iAux=0; iAux<LOG_NUM_LEVELS; iAux++) {
-               Log(prLog, iAux, TEXT);
-       }
-}
-
-
-int
-main(int argc, char**argv) {
-       log_t prLog;
-       log_t pr2ndLog;
-       FILE *prFP;
-       char *pcTmpFileName = "schmock.txt";
-
-       prFP = fopen(pcTmpFileName, "w");
-
-        
-       LogDefaultSetup(&prLog);
-       LogDefaultSetup(&pr2ndLog);
-
-       printf("Printing to log:\n");
-       PrintSomeTextToAll(&prLog);
-       printf("---\n");
-
-       printf("Printing to pr2ndLog:\n");
-       PrintSomeTextToAll(&prLog);
-       printf("---\n");
-
-
-       
-       printf("Changing second log's FP to write to '%s'\n", pcTmpFileName);
-       LogSetFPForAll(&pr2ndLog, prFP);
-
-       printf("Printing to pr2ndLog:\n");
-       PrintSomeTextToAll(&pr2ndLog);
-       printf("---\n");
-
-
-       printf("Changing Info() to new function (Fatal()) in log:\n");
-    LogFuncOverwrite(&prLog, LOG_INFO, &LogFatal);
-
-       printf("Printing to log:\n");
-       PrintSomeTextToAll(&prLog);
-       printf("---\n");
-
-
-   
-       fclose(prFP);
-
-       return 0;
-}
-
-
-#endif