Delete unneeded directory
[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / clustalw / src / Makefile.in
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/Makefile.in b/website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/Makefile.in
deleted file mode 100644 (file)
index 679917c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1486 +0,0 @@
-# Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
-# @configure_input@
-
-# Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
-# 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
-# This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
-# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
-# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
-
-# This program is distributed in the hope that it will be useful,
-# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
-# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
-# PARTICULAR PURPOSE.
-
-@SET_MAKE@
-
-# Andreas Wilm (UCD): 2007-12-10
-# Generated using the following sites 
-# http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
-# http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
-
-VPATH = @srcdir@
-pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
-pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
-pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
-am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
-install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
-install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
-install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
-INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
-transform = $(program_transform_name)
-NORMAL_INSTALL = :
-PRE_INSTALL = :
-POST_INSTALL = :
-NORMAL_UNINSTALL = :
-PRE_UNINSTALL = :
-POST_UNINSTALL = :
-build_triplet = @build@
-host_triplet = @host@
-target_triplet = @target@
-bin_PROGRAMS = clustalw2$(EXEEXT)
-subdir = src
-DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in \
-       $(srcdir)/clustalw_version.h.in $(srcdir)/config.h.in
-ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
-am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/configure.ac
-am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
-       $(ACLOCAL_M4)
-mkinstalldirs = $(install_sh) -d
-CONFIG_HEADER = config.h
-CONFIG_CLEAN_FILES = clustalw_version.h
-am__installdirs = "$(DESTDIR)$(bindir)"
-binPROGRAMS_INSTALL = $(INSTALL_PROGRAM)
-PROGRAMS = $(bin_PROGRAMS)
-am_clustalw2_OBJECTS = FullPairwiseAlign.$(OBJEXT) \
-       FastPairwiseAlign.$(OBJEXT) MSFFileParser.$(OBJEXT) \
-       FileReader.$(OBJEXT) PIRFileParser.$(OBJEXT) \
-       RSFFileParser.$(OBJEXT) GDEFileParser.$(OBJEXT) \
-       InFileStream.$(OBJEXT) ClustalFileParser.$(OBJEXT) \
-       PearsonFileParser.$(OBJEXT) FileParser.$(OBJEXT) \
-       EMBLFileParser.$(OBJEXT) RootedClusterTree.$(OBJEXT) \
-       UPGMAAlgorithm.$(OBJEXT) Node.$(OBJEXT) \
-       RootedGuideTree.$(OBJEXT) RootedTreeOutput.$(OBJEXT) \
-       Tree.$(OBJEXT) ClusterTree.$(OBJEXT) TreeInterface.$(OBJEXT) \
-       UnRootedClusterTree.$(OBJEXT) ClusterTreeOutput.$(OBJEXT) \
-       RandomGenerator.$(OBJEXT) NJTree.$(OBJEXT) \
-       AlignmentSteps.$(OBJEXT) InteractiveMenu.$(OBJEXT) \
-       CommandLineParser.$(OBJEXT) SubMatrix.$(OBJEXT) \
-       Iteration.$(OBJEXT) MSA.$(OBJEXT) \
-       MyersMillerProfileAlign.$(OBJEXT) ProfileStandard.$(OBJEXT) \
-       ProfileWithSub.$(OBJEXT) ProfileBase.$(OBJEXT) \
-       LowScoreSegProfile.$(OBJEXT) OutputFile.$(OBJEXT) \
-       UserParameters.$(OBJEXT) Utility.$(OBJEXT) \
-       InvalidCombination.$(OBJEXT) DebugLog.$(OBJEXT) \
-       ClustalWResources.$(OBJEXT) VectorOutOfRange.$(OBJEXT) \
-       SymMatrix.$(OBJEXT) Stats.$(OBJEXT) Help.$(OBJEXT) \
-       Alignment.$(OBJEXT) AlignmentOutput.$(OBJEXT) \
-       ObjectiveScore.$(OBJEXT) Sequence.$(OBJEXT) Clustal.$(OBJEXT) \
-       main.$(OBJEXT)
-clustalw2_OBJECTS = $(am_clustalw2_OBJECTS)
-clustalw2_LDADD = $(LDADD)
-DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@
-depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
-am__depfiles_maybe = depfiles
-CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
-       $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
-CXXLD = $(CXX)
-CXXLINK = $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) \
-       -o $@
-COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
-       $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
-CCLD = $(CC)
-LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
-SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
-DIST_SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
-RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
-       html-recursive info-recursive install-data-recursive \
-       install-dvi-recursive install-exec-recursive \
-       install-html-recursive install-info-recursive \
-       install-pdf-recursive install-ps-recursive install-recursive \
-       installcheck-recursive installdirs-recursive pdf-recursive \
-       ps-recursive uninstall-recursive
-RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive        \
-  distclean-recursive maintainer-clean-recursive
-ETAGS = etags
-CTAGS = ctags
-DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
-DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
-ACLOCAL = @ACLOCAL@
-AMTAR = @AMTAR@
-AUTOCONF = @AUTOCONF@
-AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
-AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
-AWK = @AWK@
-CC = @CC@
-CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
-CFLAGS = @CFLAGS@
-CLUSTALW_NAME = @CLUSTALW_NAME@
-CLUSTALW_VERSION = @CLUSTALW_VERSION@
-CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
-CXX = @CXX@
-CXXCPP = @CXXCPP@
-CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
-CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
-CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
-DEFS = @DEFS@
-DEPDIR = @DEPDIR@
-ECHO_C = @ECHO_C@
-ECHO_N = @ECHO_N@
-ECHO_T = @ECHO_T@
-EGREP = @EGREP@
-EXEEXT = @EXEEXT@
-GREP = @GREP@
-INSTALL = @INSTALL@
-INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
-INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
-INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
-INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
-LDFLAGS = @LDFLAGS@
-LIBOBJS = @LIBOBJS@
-LIBS = @LIBS@
-LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
-MAKEINFO = @MAKEINFO@
-MKDIR_P = @MKDIR_P@
-OBJEXT = @OBJEXT@
-PACKAGE = @PACKAGE@
-PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
-PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
-PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
-PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
-PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
-PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
-RANLIB = @RANLIB@
-SET_MAKE = @SET_MAKE@
-SHELL = @SHELL@
-STRIP = @STRIP@
-VERSION = @VERSION@
-abs_builddir = @abs_builddir@
-abs_srcdir = @abs_srcdir@
-abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
-abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
-ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
-ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
-am__include = @am__include@
-am__leading_dot = @am__leading_dot@
-am__quote = @am__quote@
-am__tar = @am__tar@
-am__untar = @am__untar@
-bindir = @bindir@
-build = @build@
-build_alias = @build_alias@
-build_cpu = @build_cpu@
-build_os = @build_os@
-build_vendor = @build_vendor@
-builddir = @builddir@
-datadir = @datadir@
-datarootdir = @datarootdir@
-docdir = @docdir@
-dvidir = @dvidir@
-exec_prefix = @exec_prefix@
-host = @host@
-host_alias = @host_alias@
-host_cpu = @host_cpu@
-host_os = @host_os@
-host_vendor = @host_vendor@
-htmldir = @htmldir@
-includedir = @includedir@
-infodir = @infodir@
-install_sh = @install_sh@
-libdir = @libdir@
-libexecdir = @libexecdir@
-localedir = @localedir@
-localstatedir = @localstatedir@
-mandir = @mandir@
-mkdir_p = @mkdir_p@
-oldincludedir = @oldincludedir@
-pdfdir = @pdfdir@
-prefix = @prefix@
-program_transform_name = @program_transform_name@
-psdir = @psdir@
-sbindir = @sbindir@
-sharedstatedir = @sharedstatedir@
-srcdir = @srcdir@
-sysconfdir = @sysconfdir@
-target = @target@
-target_alias = @target_alias@
-target_cpu = @target_cpu@
-target_os = @target_os@
-target_vendor = @target_vendor@
-top_build_prefix = @top_build_prefix@
-top_builddir = @top_builddir@
-top_srcdir = @top_srcdir@
-
-# we do not use GNU-style files: NEWS README AUTHORS ChangeLog
-AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
-SUBDIRS = 
-clustalw2_SOURCES = ./pairwise/PairwiseAlignBase.h \
- ./pairwise/FastPairwiseAlign.h \
- ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp \
- ./pairwise/FullPairwiseAlign.h \
- ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp \
- ./fileInput/FileParser.h \
- ./fileInput/EMBLFileParser.h \
- ./fileInput/MSFFileParser.cpp \
- ./fileInput/FileReader.cpp \
- ./fileInput/PIRFileParser.cpp \
- ./fileInput/MSFFileParser.h \
- ./fileInput/FileReader.h \
- ./fileInput/RSFFileParser.cpp \
- ./fileInput/PIRFileParser.h \
- ./fileInput/GDEFileParser.cpp \
- ./fileInput/RSFFileParser.h \
- ./fileInput/GDEFileParser.h \
- ./fileInput/InFileStream.cpp \
- ./fileInput/ClustalFileParser.cpp \
- ./fileInput/PearsonFileParser.cpp \
- ./fileInput/InFileStream.h \
- ./fileInput/ClustalFileParser.h \
- ./fileInput/PearsonFileParser.h \
- ./fileInput/FileParser.cpp \
- ./fileInput/EMBLFileParser.cpp \
- ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp \
- ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.h \
- ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp \
- ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.h \
- ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.h \
- ./tree/UPGMA/Node.cpp \
- ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.h \
- ./tree/UPGMA/upgmadata.h \
- ./tree/UPGMA/Node.h \
- ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp \
- ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp \
- ./tree/Tree.cpp \
- ./tree/ClusterTree.cpp \
- ./tree/AlignmentSteps.h \
- ./tree/Tree.h \
- ./tree/ClusterTree.h \
- ./tree/ClusterTreeAlgorithm.h \
- ./tree/TreeInterface.cpp \
- ./tree/UnRootedClusterTree.cpp \
- ./tree/ClusterTreeOutput.cpp \
- ./tree/TreeInterface.h \
- ./tree/dayhoff.h \
- ./tree/UnRootedClusterTree.h \
- ./tree/RandomGenerator.cpp \
- ./tree/NJTree.cpp \
- ./tree/ClusterTreeOutput.h \
- ./tree/RandomGenerator.h \
- ./tree/NJTree.h \
- ./tree/AlignmentSteps.cpp \
- ./interface/InteractiveMenu.cpp \
- ./interface/CommandLineParser.cpp \
- ./interface/InteractiveMenu.h \
- ./interface/CommandLineParser.h \
- ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp \
- ./substitutionMatrix/SubMatrix.h \
- ./substitutionMatrix/globalmatrix.h \
- ./substitutionMatrix/matrices.h \
- ./multipleAlign/Iteration.cpp \
- ./multipleAlign/MSA.cpp \
- ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp \
- ./multipleAlign/ProfileBase.h \
- ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp \
- ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.h \
- ./multipleAlign/Iteration.h \
- ./multipleAlign/MSA.h \
- ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.h \
- ./multipleAlign/ProfileStandard.h \
- ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp \
- ./multipleAlign/ProfileAlignAlgorithm.h \
- ./multipleAlign/ProfileBase.cpp \
- ./multipleAlign/ProfileWithSub.h \
- ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp \
- ./general/ClustalWResources.h \
- ./general/OutputFile.cpp \
- ./general/VectorOutOfRange.h \
- ./general/UserParameters.cpp \
- ./general/SymMatrix.h \
- ./general/Utility.cpp \
- ./general/clustalw.h \
- ./general/OutputFile.h \
- ./general/param.h \
- ./general/utils.h \
- ./general/UserParameters.h \
- ./general/SquareMat.h \
- ./general/Utility.h \
- ./general/SequenceNotFoundException.h \
- ./general/InvalidCombination.cpp \
- ./general/Array2D.h \
- ./general/RandomAccessLList.h \
- ./general/general.h \
- ./general/debuglogObject.h \
- ./general/statsObject.h \
- ./general/userparams.h \
- ./general/DebugLog.cpp \
- ./general/ClustalWResources.cpp \
- ./general/VectorUtility.h \
- ./general/VectorOutOfRange.cpp \
- ./general/SymMatrix.cpp \
- ./general/DebugLog.h \
- ./general/Stats.cpp \
- ./general/Stats.h \
- ./Help.cpp \
- ./Help.h \
- ./alignment/Alignment.cpp \
- ./alignment/AlignmentOutput.cpp \
- ./alignment/Alignment.h \
- ./alignment/AlignmentOutput.h \
- ./alignment/ObjectiveScore.cpp \
- ./alignment/Sequence.cpp \
- ./alignment/ObjectiveScore.h \
- ./alignment/Sequence.h \
- ./Clustal.cpp \
- ./Clustal.h \
- ./clustalw_version.h \
- ./main.cpp
-
-all: config.h
-       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all-recursive
-
-.SUFFIXES:
-.SUFFIXES: .cpp .o .obj
-$(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
-       @for dep in $?; do \
-         case '$(am__configure_deps)' in \
-           *$$dep*) \
-             ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
-               && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
-             exit 1;; \
-         esac; \
-       done; \
-       echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile'; \
-       cd $(top_srcdir) && \
-         $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile
-.PRECIOUS: Makefile
-Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
-       @case '$?' in \
-         *config.status*) \
-           cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
-         *) \
-           echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
-           cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
-       esac;
-
-$(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
-       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
-
-$(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
-       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
-$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
-       cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
-
-config.h: stamp-h1
-       @if test ! -f $@; then \
-         rm -f stamp-h1; \
-         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) stamp-h1; \
-       else :; fi
-
-stamp-h1: $(srcdir)/config.h.in $(top_builddir)/config.status
-       @rm -f stamp-h1
-       cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status src/config.h
-$(srcdir)/config.h.in:  $(am__configure_deps) 
-       cd $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER)
-       rm -f stamp-h1
-       touch $@
-
-distclean-hdr:
-       -rm -f config.h stamp-h1
-clustalw_version.h: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/clustalw_version.h.in
-       cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@
-install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
-       @$(NORMAL_INSTALL)
-       test -z "$(bindir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(bindir)"
-       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
-         p1=`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'`; \
-         if test -f $$p \
-         ; then \
-           f=`echo "$$p1" | sed 's,^.*/,,;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
-          echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) '$$p' '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
-          $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) "$$p" "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f" || exit 1; \
-         else :; fi; \
-       done
-
-uninstall-binPROGRAMS:
-       @$(NORMAL_UNINSTALL)
-       @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
-         f=`echo "$$p" | sed 's,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
-         echo " rm -f '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
-         rm -f "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f"; \
-       done
-
-clean-binPROGRAMS:
-       -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
-clustalw2$(EXEEXT): $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_DEPENDENCIES) 
-       @rm -f clustalw2$(EXEEXT)
-       $(CXXLINK) $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_LDADD) $(LIBS)
-
-mostlyclean-compile:
-       -rm -f *.$(OBJEXT)
-
-distclean-compile:
-       -rm -f *.tab.c
-
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Alignment.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Clustal.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClustalWResources.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClusterTree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/CommandLineParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/DebugLog.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FileReader.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/GDEFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Help.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InFileStream.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InvalidCombination.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Iteration.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MSA.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MSFFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/NJTree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Node.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/OutputFile.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/PIRFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileBase.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileStandard.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RSFFileParser.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RandomGenerator.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Sequence.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Stats.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/SubMatrix.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/SymMatrix.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Tree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/TreeInterface.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UserParameters.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Utility.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po@am__quote@
-@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/main.Po@am__quote@
-
-.cpp.o:
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
-
-.cpp.obj:
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
-
-FullPairwiseAlign.o: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
-
-FullPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
-
-FastPairwiseAlign.o: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
-
-FastPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
-
-MSFFileParser.o: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
-
-MSFFileParser.obj: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
-
-FileReader.o: ./fileInput/FileReader.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
-
-FileReader.obj: ./fileInput/FileReader.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
-
-PIRFileParser.o: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
-
-PIRFileParser.obj: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
-
-RSFFileParser.o: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
-
-RSFFileParser.obj: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
-
-GDEFileParser.o: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
-
-GDEFileParser.obj: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
-
-InFileStream.o: ./fileInput/InFileStream.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
-
-InFileStream.obj: ./fileInput/InFileStream.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
-
-ClustalFileParser.o: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
-
-ClustalFileParser.obj: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
-
-PearsonFileParser.o: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
-
-PearsonFileParser.obj: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
-
-FileParser.o: ./fileInput/FileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
-
-FileParser.obj: ./fileInput/FileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
-
-EMBLFileParser.o: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
-
-EMBLFileParser.obj: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
-
-RootedClusterTree.o: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
-
-RootedClusterTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
-
-UPGMAAlgorithm.o: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
-
-UPGMAAlgorithm.obj: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
-
-Node.o: ./tree/UPGMA/Node.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
-
-Node.obj: ./tree/UPGMA/Node.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
-
-RootedGuideTree.o: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
-
-RootedGuideTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
-
-RootedTreeOutput.o: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
-
-RootedTreeOutput.obj: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
-
-Tree.o: ./tree/Tree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
-
-Tree.obj: ./tree/Tree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
-
-ClusterTree.o: ./tree/ClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
-
-ClusterTree.obj: ./tree/ClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
-
-TreeInterface.o: ./tree/TreeInterface.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
-
-TreeInterface.obj: ./tree/TreeInterface.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
-
-UnRootedClusterTree.o: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
-
-UnRootedClusterTree.obj: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
-
-ClusterTreeOutput.o: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
-
-ClusterTreeOutput.obj: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
-
-RandomGenerator.o: ./tree/RandomGenerator.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
-
-RandomGenerator.obj: ./tree/RandomGenerator.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
-
-NJTree.o: ./tree/NJTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
-
-NJTree.obj: ./tree/NJTree.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
-
-AlignmentSteps.o: ./tree/AlignmentSteps.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
-
-AlignmentSteps.obj: ./tree/AlignmentSteps.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
-
-InteractiveMenu.o: ./interface/InteractiveMenu.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
-
-InteractiveMenu.obj: ./interface/InteractiveMenu.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
-
-CommandLineParser.o: ./interface/CommandLineParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
-
-CommandLineParser.obj: ./interface/CommandLineParser.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
-
-SubMatrix.o: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
-
-SubMatrix.obj: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
-
-Iteration.o: ./multipleAlign/Iteration.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
-
-Iteration.obj: ./multipleAlign/Iteration.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
-
-MSA.o: ./multipleAlign/MSA.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
-
-MSA.obj: ./multipleAlign/MSA.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
-
-MyersMillerProfileAlign.o: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
-
-MyersMillerProfileAlign.obj: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
-
-ProfileStandard.o: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
-
-ProfileStandard.obj: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
-
-ProfileWithSub.o: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
-
-ProfileWithSub.obj: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
-
-ProfileBase.o: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
-
-ProfileBase.obj: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
-
-LowScoreSegProfile.o: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
-
-LowScoreSegProfile.obj: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
-
-OutputFile.o: ./general/OutputFile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
-
-OutputFile.obj: ./general/OutputFile.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
-
-UserParameters.o: ./general/UserParameters.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
-
-UserParameters.obj: ./general/UserParameters.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
-
-Utility.o: ./general/Utility.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Utility.cpp' object='Utility.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
-
-Utility.obj: ./general/Utility.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Utility.cpp' object='Utility.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
-
-InvalidCombination.o: ./general/InvalidCombination.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
-
-InvalidCombination.obj: ./general/InvalidCombination.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
-
-DebugLog.o: ./general/DebugLog.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
-
-DebugLog.obj: ./general/DebugLog.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
-
-ClustalWResources.o: ./general/ClustalWResources.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
-
-ClustalWResources.obj: ./general/ClustalWResources.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
-
-VectorOutOfRange.o: ./general/VectorOutOfRange.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
-
-VectorOutOfRange.obj: ./general/VectorOutOfRange.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
-
-SymMatrix.o: ./general/SymMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
-
-SymMatrix.obj: ./general/SymMatrix.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
-
-Stats.o: ./general/Stats.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Stats.cpp' object='Stats.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
-
-Stats.obj: ./general/Stats.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./general/Stats.cpp' object='Stats.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
-
-Help.o: ./Help.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Help.cpp' object='Help.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
-
-Help.obj: ./Help.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Help.cpp' object='Help.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
-
-Alignment.o: ./alignment/Alignment.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
-
-Alignment.obj: ./alignment/Alignment.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
-
-AlignmentOutput.o: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
-
-AlignmentOutput.obj: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
-
-ObjectiveScore.o: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
-
-ObjectiveScore.obj: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
-
-Sequence.o: ./alignment/Sequence.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
-
-Sequence.obj: ./alignment/Sequence.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
-
-Clustal.o: ./Clustal.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Clustal.cpp' object='Clustal.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
-
-Clustal.obj: ./Clustal.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./Clustal.cpp' object='Clustal.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
-
-main.o: ./main.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./main.cpp' object='main.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
-
-main.obj: ./main.cpp
-@am__fastdepCXX_TRUE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
-@am__fastdepCXX_TRUE@  mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     source='./main.cpp' object='main.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
-@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@     DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
-@am__fastdepCXX_FALSE@ $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
-
-# This directory's subdirectories are mostly independent; you can cd
-# into them and run `make' without going through this Makefile.
-# To change the values of `make' variables: instead of editing Makefiles,
-# (1) if the variable is set in `config.status', edit `config.status'
-#     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
-# (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
-$(RECURSIVE_TARGETS):
-       @failcom='exit 1'; \
-       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
-         case $$f in \
-           *=* | --[!k]*);; \
-           *k*) failcom='fail=yes';; \
-         esac; \
-       done; \
-       dot_seen=no; \
-       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
-       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         echo "Making $$target in $$subdir"; \
-         if test "$$subdir" = "."; then \
-           dot_seen=yes; \
-           local_target="$$target-am"; \
-         else \
-           local_target="$$target"; \
-         fi; \
-         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
-         || eval $$failcom; \
-       done; \
-       if test "$$dot_seen" = "no"; then \
-         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) "$$target-am" || exit 1; \
-       fi; test -z "$$fail"
-
-$(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
-       @failcom='exit 1'; \
-       for f in x $$MAKEFLAGS; do \
-         case $$f in \
-           *=* | --[!k]*);; \
-           *k*) failcom='fail=yes';; \
-         esac; \
-       done; \
-       dot_seen=no; \
-       case "$@" in \
-         distclean-* | maintainer-clean-*) list='$(DIST_SUBDIRS)' ;; \
-         *) list='$(SUBDIRS)' ;; \
-       esac; \
-       rev=''; for subdir in $$list; do \
-         if test "$$subdir" = "."; then :; else \
-           rev="$$subdir $$rev"; \
-         fi; \
-       done; \
-       rev="$$rev ."; \
-       target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
-       for subdir in $$rev; do \
-         echo "Making $$target in $$subdir"; \
-         if test "$$subdir" = "."; then \
-           local_target="$$target-am"; \
-         else \
-           local_target="$$target"; \
-         fi; \
-         (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
-         || eval $$failcom; \
-       done && test -z "$$fail"
-tags-recursive:
-       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
-       done
-ctags-recursive:
-       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
-       done
-
-ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
-       list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
-       unique=`for i in $$list; do \
-           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
-         done | \
-         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
-             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
-       mkid -fID $$unique
-tags: TAGS
-
-TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
-               $(TAGS_FILES) $(LISP)
-       tags=; \
-       here=`pwd`; \
-       if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
-         include_option=--etags-include; \
-         empty_fix=.; \
-       else \
-         include_option=--include; \
-         empty_fix=; \
-       fi; \
-       list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         if test "$$subdir" = .; then :; else \
-           test ! -f $$subdir/TAGS || \
-             tags="$$tags $$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
-         fi; \
-       done; \
-       list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
-       unique=`for i in $$list; do \
-           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
-         done | \
-         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
-             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
-       if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
-         test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
-         $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
-           $$tags $$unique; \
-       fi
-ctags: CTAGS
-CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
-               $(TAGS_FILES) $(LISP)
-       tags=; \
-       list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
-       unique=`for i in $$list; do \
-           if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
-         done | \
-         $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
-             END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
-       test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
-         || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
-            $$tags $$unique
-
-GTAGS:
-       here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
-         && cd $(top_srcdir) \
-         && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
-
-distclean-tags:
-       -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
-
-distdir: $(DISTFILES)
-       @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
-       topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
-       list='$(DISTFILES)'; \
-         dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
-         sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
-             -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
-       case $$dist_files in \
-         */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
-                          sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
-                          sort -u` ;; \
-       esac; \
-       for file in $$dist_files; do \
-         if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
-         if test -d $$d/$$file; then \
-           dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
-           if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
-             cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
-           fi; \
-           cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
-         else \
-           test -f $(distdir)/$$file \
-           || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
-           || exit 1; \
-         fi; \
-       done
-       list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
-         if test "$$subdir" = .; then :; else \
-           test -d "$(distdir)/$$subdir" \
-           || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
-           || exit 1; \
-           distdir=`$(am__cd) $(distdir) && pwd`; \
-           top_distdir=`$(am__cd) $(top_distdir) && pwd`; \
-           (cd $$subdir && \
-             $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
-               top_distdir="$$top_distdir" \
-               distdir="$$distdir/$$subdir" \
-               am__remove_distdir=: \
-               am__skip_length_check=: \
-               distdir) \
-             || exit 1; \
-         fi; \
-       done
-check-am: all-am
-check: check-recursive
-all-am: Makefile $(PROGRAMS) config.h
-installdirs: installdirs-recursive
-installdirs-am:
-       for dir in "$(DESTDIR)$(bindir)"; do \
-         test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
-       done
-install: install-recursive
-install-exec: install-exec-recursive
-install-data: install-data-recursive
-uninstall: uninstall-recursive
-
-install-am: all-am
-       @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
-
-installcheck: installcheck-recursive
-install-strip:
-       $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
-         install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
-         `test -z '$(STRIP)' || \
-           echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
-mostlyclean-generic:
-
-clean-generic:
-
-distclean-generic:
-       -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
-
-maintainer-clean-generic:
-       @echo "This command is intended for maintainers to use"
-       @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
-clean: clean-recursive
-
-clean-am: clean-binPROGRAMS clean-generic mostlyclean-am
-
-distclean: distclean-recursive
-       -rm -rf ./$(DEPDIR)
-       -rm -f Makefile
-distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
-       distclean-hdr distclean-tags
-
-dvi: dvi-recursive
-
-dvi-am:
-
-html: html-recursive
-
-info: info-recursive
-
-info-am:
-
-install-data-am:
-
-install-dvi: install-dvi-recursive
-
-install-exec-am: install-binPROGRAMS
-
-install-html: install-html-recursive
-
-install-info: install-info-recursive
-
-install-man:
-
-install-pdf: install-pdf-recursive
-
-install-ps: install-ps-recursive
-
-installcheck-am:
-
-maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
-       -rm -rf ./$(DEPDIR)
-       -rm -f Makefile
-maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
-
-mostlyclean: mostlyclean-recursive
-
-mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic
-
-pdf: pdf-recursive
-
-pdf-am:
-
-ps: ps-recursive
-
-ps-am:
-
-uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
-
-.MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) install-am \
-       install-strip
-
-.PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
-       all all-am check check-am clean clean-binPROGRAMS \
-       clean-generic ctags ctags-recursive distclean \
-       distclean-compile distclean-generic distclean-hdr \
-       distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
-       install install-am install-binPROGRAMS install-data \
-       install-data-am install-dvi install-dvi-am install-exec \
-       install-exec-am install-html install-html-am install-info \
-       install-info-am install-man install-pdf install-pdf-am \
-       install-ps install-ps-am install-strip installcheck \
-       installcheck-am installdirs installdirs-am maintainer-clean \
-       maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
-       mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags tags-recursive \
-       uninstall uninstall-am uninstall-binPROGRAMS
-
-# Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
-# Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
-.NOEXPORT: