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[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / disembl / Tisean_3.0.1 / source_c / lyap_r.c
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/lyap_r.c b/website/archive/binaries/mac/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/lyap_r.c
deleted file mode 100644 (file)
index c8d4cb7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,251 +0,0 @@
-/*
- *   This file is part of TISEAN
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- */
-/*Author: Rainer Hegger, last modified: Apr 25, 2002 */
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <math.h>
-#include <limits.h>
-#include <string.h>
-#include "routines/tsa.h"
-
-#define WID_STR "Estimates the maximal Lyapunov exponent; Rosenstein et al."
-
-#define NMAX 256
-
-char *outfile=NULL;
-char *infile=NULL;
-char epsset=0;
-double *series,*lyap;
-long box[NMAX][NMAX],*list;
-unsigned int dim=2,delay=1,steps=10,mindist=0;
-unsigned int column=1;
-unsigned int verbosity=0xff;
-const unsigned int nmax=NMAX-1;
-unsigned long length=ULONG_MAX,exclude=0;
-long *found;
-double eps0=1.e-3,eps,epsinv;
-
-void show_options(char *progname)
-{
-  what_i_do(progname,WID_STR);
-  fprintf(stderr," Usage: %s [options]\n",progname);
-  fprintf(stderr," Options:\n");
-  fprintf(stderr,"Everything not being a valid option will be interpreted"
-          " as a possible"
-          " datafile.\nIf no datafile is given stdin is read. Just - also"
-          " means stdin\n");
-  fprintf(stderr,"\t-l # of datapoints [default is whole file]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-x # of lines to be ignored [default is 0]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-c column to read[default 1]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-m embedding dimension [default 2]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-d delay  [default 1]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-t time window to omit [default 0]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-r epsilon size to start with [default "
-         "(data interval)/1000]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-s # of iterations [default 10]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-o name of output file [default 'datafile'.ros]\n");
-  fprintf(stderr,"\t-V verbosity level [default 3]\n\t\t"
-          "0='only panic messages'\n\t\t"
-          "1='+ input/output messages'\n\t\t"
-          "2='+ give more detailed information about the length scales\n");
-  fprintf(stderr,"\t-h show these options\n");
-  fprintf(stderr,"\n");
-  exit(0);
-}
-
-void scan_options(int n,char **argv)
-{
-  char *out;
-
-  if ((out=check_option(argv,n,'l','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%lu",&length);
-  if ((out=check_option(argv,n,'x','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%lu",&exclude);
-  if ((out=check_option(argv,n,'c','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&column);
-  if ((out=check_option(argv,n,'m','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&dim);
-  if ((out=check_option(argv,n,'d','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&delay);
-  if ((out=check_option(argv,n,'t','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&mindist);
-  if ((out=check_option(argv,n,'r','f')) != NULL) {
-    epsset=1;
-    sscanf(out,"%lf",&eps0);
-  }
-  if ((out=check_option(argv,n,'s','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&steps);
-  if ((out=check_option(argv,n,'V','u')) != NULL)
-    sscanf(out,"%u",&verbosity);
-  if ((out=check_option(argv,n,'o','o')) != NULL)
-    if (strlen(out) > 0)
-      outfile=out;
-}
-      
-void put_in_boxes(void)
-{
-  int i,j,x,y,del;
-  
-  for (i=0;i<NMAX;i++)
-    for (j=0;j<NMAX;j++)
-      box[i][j]= -1;
-
-  del=delay*(dim-1);
-  for (i=0;i<length-del-steps;i++) {
-    x=(int)(series[i]*epsinv)&nmax;
-    y=(int)(series[i+del]*epsinv)&nmax;
-    list[i]=box[x][y];
-    box[x][y]=i;
-  }
-}
-
-char make_iterate(long act)
-{
-  char ok=0;
-  int x,y,i,j,i1,k,del1=dim*delay;
-  long element,minelement= -1;
-  double dx,mindx=1.0;
-
-  x=(int)(series[act]*epsinv)&nmax;
-  y=(int)(series[act+delay*(dim-1)]*epsinv)&nmax;
-  for (i=x-1;i<=x+1;i++) {
-    i1=i&nmax;
-    for (j=y-1;j<=y+1;j++) {
-      element=box[i1][j&nmax];
-      while (element != -1) {
-       if (labs(act-element) > mindist) {
-         dx=0.0;
-         for (k=0;k<del1;k+=delay) {
-           dx += (series[act+k]-series[element+k])*
-             (series[act+k]-series[element+k]);
-           if (dx > eps*eps)
-             break;
-         }
-         if (k==del1) {
-           if (dx < mindx) {
-             ok=1;
-             if (dx > 0.0) {
-               mindx=dx;
-               minelement=element;
-             }
-           }
-         }
-       }
-       element=list[element];
-      }
-    }
-  }
-  if ((minelement != -1) ) {
-    act--;
-    minelement--;
-    for (i=0;i<=steps;i++) {
-      act++;
-      minelement++;
-      dx=0.0;
-      for (j=0;j<del1;j+=delay) {
-       dx += (series[act+j]-series[minelement+j])*
-         (series[act+j]-series[minelement+j]);
-      }
-      if (dx > 0.0) {
-       found[i]++;
-       lyap[i] += log(dx);
-      }
-    }
-  }
-  return ok;
-}
-
-int main(int argc,char **argv)
-{
-  char stdi=0,*done,alldone;
-  int i;
-  long n;
-  long maxlength;
-  double min,max;
-  FILE *file;
-  
-  if (scan_help(argc,argv))
-    show_options(argv[0]);
-
-  scan_options(argc,argv);
-#ifndef OMIT_WHAT_I_DO
-  if (verbosity&VER_INPUT)
-    what_i_do(argv[0],WID_STR);
-#endif
-
-  infile=search_datafile(argc,argv,&column,verbosity);
-  if (infile == NULL)
-    stdi=1;
-
-  if (outfile == NULL) {
-    if (!stdi) {
-      check_alloc(outfile=(char*)calloc(strlen(infile)+5,(size_t)1));
-      strcpy(outfile,infile);
-      strcat(outfile,".ros");
-    }
-    else {
-      check_alloc(outfile=(char*)calloc((size_t)10,(size_t)1));
-      strcpy(outfile,"stdin.ros");
-    }
-  }
-  test_outfile(outfile);
-
-  series=(double*)get_series(infile,&length,exclude,column,verbosity);
-  rescale_data(series,length,&min,&max);
-
-  if (epsset)
-    eps0 /= max;
-
-  check_alloc(list=(long*)malloc(length*sizeof(long)));
-  check_alloc(lyap=(double*)malloc((steps+1)*sizeof(double)));
-  check_alloc(found=(long*)malloc((steps+1)*sizeof(long)));
-  check_alloc(done=(char*)malloc(length));
-
-  for (i=0;i<=steps;i++) {
-    lyap[i]=0.0;
-    found[i]=0;
-  }
-  for (i=0;i<length;i++)
-    done[i]=0;
-  
-  maxlength=length-delay*(dim-1)-steps-1-mindist;
-  alldone=0;
-  file=fopen(outfile,"w");
-  if (verbosity&VER_INPUT)
-    fprintf(stderr,"Opened %s for writing\n",outfile);
-  for (eps=eps0;!alldone;eps*=1.1) {
-    epsinv=1.0/eps;
-    put_in_boxes();
-    alldone=1;
-    for (n=0;n<=maxlength;n++) {
-      if (!done[n])
-       done[n]=make_iterate(n);
-      alldone &= done[n];
-    }
-    if (verbosity&VER_USR1)
-      fprintf(stderr,"epsilon: %e already found: %ld\n",eps*max,found[0]);
-  } 
-  for (i=0;i<=steps;i++)
-    if (found[i])
-      fprintf(file,"%d %e\n",i,lyap[i]/found[i]/2.0);
-  fclose(file);
-
-  return 0;
-}