git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Delete unneeded directory
[jabaws.git] / website / archive / binaries / mac / src / fasta34 / Makefile.mpcom
diff --git a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.mpcom b/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.mpcom
deleted file mode 100644 (file)
index d707007..0000000
--- a/website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.mpcom
+++ /dev/null
@@ -1,109 +0,0 @@
-
-PROGS= mp34compfa mp34compsw mp34compfx mp34comptfx mp34compfy mp34comptfy mp34compfs mp34comptfs
-
-# ms34compfa, etc provides a summaries of effectiveness, require
-# superfamily annotated database. ms34compss uses dropnsw.c instead of
-# dropgsw.c, thus allowing high gap penalties.
-
-SPROGS = ms34compfa ms34compsw ms34compss ms34compfx ms34compfy ms34comptfx ms34comptfy
-
-# report highest unrelated sequences
-UPROGS = mu34compfa mu34compsw mu34compfx mu34comptfx mu34compfy mu34comptfy
-
-vall : $(PROGS) $(WPROGS)
-
-uall : $(UPROGS) $(WPROGS)
-
-sall : $(SPROGS) $(WPROGS)
-
-all : $(PROGS) $(UPROGS) $(SPROGS) $(WPROGS)
-
-clean-up:
-       rm -f *.o $(PROGS) $(WPROGS) $(SPROGS) $(UPROGS)
-
-install : $(PROGS) $(WPROGS)
-       cp $(PROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-sinstall : $(SPROGS) $(WPROGS)
-       cp $(SPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-uinstall : $(UPROGS) $(WPROGS)
-       cp $(UPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-mp34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o  p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mr34compfa : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o manshowrel.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mr34compfa p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o manshowrel.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34compsw : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34compsw p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34compss : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34compss p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o c_dispn.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34compfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34compfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34compfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34compfs : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34compfs p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o faatran.o $(NRAND).o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34comptfs : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfs p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34comptfx : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34comptfx p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mp34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mp34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ms34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) ms34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showsum.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-mu34comptfy : p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o
-       $(LCC) $(LFLAGS) mu34comptfy p2_complib.o compacc.o lib_sel.o url_subs.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o karlin.o c_dispn.o p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o $(PLIB) $(LIB_M)
-
-p2_complib.o : p2_complib.c msg.h defs.h upam.h uascii.h param.h structs.h
-       $(CC) $(CFLAGS) p2_complib.c -o p2_complib.o 
-
-p2_workcomp.o : p2_workcomp.c structs.h msg.h defs.h mw.h upam.h uascii.h param.h
-       $(NCC) $(CFLAGS) p2_workcomp.c