+++ /dev/null
-
-SHOWBESTC = mshowbest.c
-SHOWALIGN = mshowalign
-MWH = p_mw.h
-MWHP = p_mw.h w_mw.h
-
-# normal search programs are pv3compfa, etc.
-# each main program requires a worker pv3compfa/c34.workfa
-
-PROGS= pv34compfa pv34compsw pv34compfx pv34comptfx pv34compfy pv34comptfy pv34compfs pv34comptfs
-
-WPROGS = c34.workfa c34.worksw c34.workgsw c34.workfx c34.worktfx c34.workfy c34.worktfy c34.workfs c34.worktfs
-# ps4compfa, etc provides a summaries of effectiveness, require superfamily
-# annotated database. ps4compss uses c34.worksw instead of c34.workgsw, thus
-# allowing high gap penalties.
-
-SPROGS = ps34compfa ps34compsw ps34compss ps34compfx ps34compfy ps34comptfx ps34comptfy
-
-# report highest unrelated sequences
-UPROGS = pu34compfa pu34compsw pu34compfx pu34comptfx pu34compfy pu34comptfy
-
-vall : $(PROGS) $(WPROGS)
-
-uall : $(UPROGS) $(WPROGS)
-
-sall : $(SPROGS) $(WPROGS)
-
-all : $(PROGS) $(UPROGS) $(SPROGS) $(WPROGS)
-
-clean-up:
- rm -f *.o $(PROGS) $(WPROGS) $(SPROGS) $(UPROGS)
-
-install : $(PROGS) $(WPROGS)
- cp $(PROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-sinstall : $(SPROGS) $(WPROGS)
- cp $(SPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-uinstall : $(UPROGS) $(WPROGS)
- cp $(UPROGS) $(WPROGS) $(XDIR)
-
-pv34compfa : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o ${LGETLIB} $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compfa p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o ${LGETLIB} $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34compfa : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34compfa p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34compfa : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34compfa p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pr4compfa : p2_complib.o compacc.o showrel.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pr4compfa p2_complib.o compacc.o showrel.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fa.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34compsw : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compsw p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34compsw : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34compsw p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34compsw : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34compsw p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_sw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o pssm_asn_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34compss : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compss p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34compss : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34compss p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34compss : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34compss p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_ssw.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o lib_sel.o url_subs.o c_dispn.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34compfs : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compfs p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34compfx : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compfx p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34compfx : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34compfx p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34compfx : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34compfx p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34compfy : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34compfy p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34compfy : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34compfy p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34compfy : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34compfy p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_fy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34comptfx : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfx p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34comptfx : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34comptfx p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34comptfx : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34comptfx p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfx.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34comptfy : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfy p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-ps34comptfy : p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) ps34comptfy p2_complib.o compacc.o showsum.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pu34comptfy : p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pu34comptfy p2_complib.o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfy.o scaleswn.o $(NRAND).o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-pv34comptfs : p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB)
- $(CC) $(HFLAGS) pv34comptfs p2_complib.o compacc.o showbest.o $(SHOWALIGN).o htime.o hostacc.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o $(NRAND).o tatstats_fs.o last_tat.o karlin.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(LGETLIB) $(NCBL_LIB) $(PLIB) $(LIB_M)
-
-c34.workfa : p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfa p2_workcomp.o $(DROPNFA_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.worksw : p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.worksw p2_workcomp.o dropnsw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.workgsw : p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.workgsw p2_workcomp.o $(DROPGSW_O) workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.worknw : p2_workcomp.o dropnw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.worknw p2_workcomp.o dropnw.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.workfx : p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfx p2_workcomp.o drop_fx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.workfs : p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfs p2_workcomp.o drop_fs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.worktfs : p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfs p2_workcomp.o drop_tfs.o workacc.o $(NRAND).o tatstats_fs.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.workfy : p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.workfy p2_workcomp.o drop_fz.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.worktfx : p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfx p2_workcomp.o drop_tfx.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-c34.worktfy : p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o faatran.o karlin.o
- $(NCC) $(NFLAGS) c34.worktfy p2_workcomp.o drop_tfz.o workacc.o $(NRAND).o karlin.o faatran.o $(PLIB) $(LIB_WM)
-
-p2_complib.o : p2_complib.c msg.h defs.h upam.h uascii.h param.h structs.h
- $(CC) -DWORKERPGM=\"c34.work\" $(CFLAGS) p2_complib.c
-
-p2_workcomp.o : p2_workcomp.c structs.h msg.h defs.h p_mw.h w_mw.h upam.h uascii.h param.h
- $(NCC) $(CFLAGS) p2_workcomp.c
-
git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff